View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3061_low_6 (Length: 471)

Name: NF3061_low_6
Description: NF3061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3061_low_6
NF3061_low_6
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (18-468)||(37896889-37897339)
chr2 (18-461)||(37957858-37958301)
chr2 (95-461)||(37952123-37952489)
chr2 (234-459)||(28166759-28166985)
chr2 (234-459)||(44905604-44905830)
chr2 (46-140)||(44905482-44905573)
chr2 (46-140)||(28166637-28166728)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (46-458)||(11528332-11528744)
chr3 (18-459)||(39712693-39713137)
chr3 (234-358)||(3149633-3149757)
chr3 (275-315)||(24549693-24549733)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (261-461)||(34539249-34539449)
chr4 (234-459)||(11148747-11148973)
chr4 (46-140)||(34539100-34539191)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (273-461)||(38757779-38757968)
chr7 (46-140)||(38757618-38757709)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-140)||(40768560-40768678)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 37896889 - 37897339
Alignment:
Q  18 caaagaccatggttagggaaaacagaagcttgcaaagccaacaaagggaaaatgaatgtgttattttcaatgtcattatcatcataggttgttttgtgtg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37896889 caaagaccatggttagggaaaacagaagcttgcaaagccaacaaagggaaaatgaatgtgttattttcaatgtcattatcatcataggttgttttgtgtg 37896988  T
Q  118 ttaactttggaacaaggtgattatagtctttcagatttttgggatggtgattggctgaaagatggttgaaattcgccgaggtttcgatgatggtaaaggt 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37896989 ttaactttggaacaagatgattatagtctttaagatttttgggatggtgattggctgaaagatggttgaaattcgccgaggtttcgatgacggtaaaggt 37897088  T
Q  218 gacagaatctttttgagtgtagaggataaagggtttgtggggtggtggtggagagatgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37897089 gacagaatctttttgagtgtagaggataaagggtttgtggggtggtggtggagagattagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaa 37897188  T
Q  318 agagagtgtttgagagatggaagtgttgttttgcaaaaatgagttgttgaatgaggaaagtgatagaagaattggcgtctaacatagattggaccagcta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37897189 agagagtgtttgagagatggaagtgttgttttgcaaaaatgagttgttgaatgaggaaagtgatagaagaattggcgtctaacatagattggaccagcta 37897288  T
Q  418 aaggcaagtcaaggaatgtgagaggaagagaagttgttgttgttgatgatg 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  37897289 aaggcaagtcaaggaatgtgagaggaagagaaattgttgctgtagatgatg 37897339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 18 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 37958301 - 37957858
Alignment:
Q  18 caaagaccatggttagggaaaacagaagcttgcaaagccaacaaagggaaaatgaatgtgttattttcaatgtcattatcatcataggttgttttgtgtg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |      
T  37958301 caaagaccatggttagggaaaacagaagcttgcaaagacaacaaagggaaaatgaatgtgttattctcaatgtcattaccatcataggttgttttgcggc 37958202  T
Q  118 ttaactttggaacaaggtgattatagtctttcagatttttgggatggtgattggctgaaagatggttgaaattcgccgaggtttcgatgatggtaaaggt 217  Q
    |||| ||||||  ||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||| |     
T  37958201 ttaattttggactaagataattatagtctttaagatttttggggtggtgattggttgatagatggttgaaatctgccgaggattcgacgatggtaaaagc 37958102  T
Q  218 gacagaatctttttgagtgtagaggataaagggtttgtggggtggtggtggagagatgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaa 317  Q
    |||||| || ||||||||| | || ||||| |||||||||||| |||| ||| |    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37958101 gacagagtcattttgagtgcaaagaataaaaggtttgtggggttgtggaggacattgaagatttccagctagagggaagaaatgttgaagagtaagagaa 37958002  T
Q  318 agagagtgtttgagagatggaagtgttgttttgcaaaaatgagttgttgaatgaggaaagtgatagaagaattggcgtctaacatagattggaccagcta 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||||||| |||||| || |    
T  37958001 agagagtgtttgagagatggaagtgttgttttacaaaaatgggttgttgaatgtggaaagtgatagaagaataagcgttcaacatagactggacctgcaa 37957902  T
Q  418 aaggcaagtcaaggaatgtgagaggaagagaagttgttgttgtt 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37957901 aaggcaagtcaaggaatgtgagaggaagagaagttgttgttgtt 37957858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 95 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 37952489 - 37952123
Alignment:
Q  95 atcatcataggttgttttgtgtgttaactttggaacaaggtgattatagtctttcagatttttgggatggtgattggctgaaagatggttgaaattcgcc 194  Q
    ||||||| | |||||||| | |||||  |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| || || |||| ||| |||||||||||||| ||     
T  37952489 atcatcaaatgttgttttttctgttagttttggaacaaggtgattaaagtcttggagatttttggggtgttggttggttgagagatggttgaaatttgct 37952390  T
Q  195 gaggtttcgatgatggtaaaggtgacagaatctttttgagtgtagaggataaagggtttgtggggtggtggtggagagatgagatttccagcaagaggga 294  Q
    || | |||||||| |||||| ||||| || || ||||||||| | || ||||| ||||||||||||||| | ||| ||   |||||||||||||||||||    
T  37952389 gaagattcgatgacggtaaaagtgacggagtcattttgagtgcaaagaataaaaggtttgtggggtggtagaggacagtgaagatttccagcaagaggga 37952290  T
Q  295 agaaatgttgaagagtaagagaaagagagtgtttgagagatggaagtgttgttttgcaaaaatgagttgttgaatgaggaaagtgatagaagaattggcg 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  37952289 agaaatgttgaagagtaagagaaagagagtgtttgagagatggaagtgttgttttagaaaaatgggttgttgaatgaggaaagtgatagaagaataagcg 37952190  T
Q  395 tctaacatagattggaccagctaaaggcaagtcaaggaatgtgagaggaagagaagttgttgttgtt 461  Q
    |  |||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37952189 ttcaacatagactggacctgcaaaaggcaagtcgaggaatgtgagaggaagaaaagttgttgttgtt 37952123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 234 - 459
Target Start/End: Original strand, 28166759 - 28166985
Alignment:
Q  234 gtgtagaggataaagggtttgtggggtggtggtggagagatgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagaga-gtgtttgaga 332  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||    
T  28166759 gtgtagagaataaacggtttttgtcgtggtggtagagaaatgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagaaatttttttgaga 28166858  T
Q  333 gatggaagtgttgttttgcaaaaatgagttgttgaatgaggaaagtgatagaagaattggcgtctaacatagattggaccagctaaaggcaagtcaagga 432  Q
    || |||||||||||||||||||||||  | ||||||| || |||  | | ||| |||   | | |||  |||| ||||||||| ||| |||||||||  |    
T  28166859 gaaggaagtgttgttttgcaaaaatggttggttgaataagcaaaagggtcgaaaaatattcatttaatgtagactggaccagcaaaatgcaagtcaaaaa 28166958  T
Q  433 atgtgagaggaagagaagttgttgttg 459  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  28166959 atgtgaaaggaagataagttgttgttg 28166985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 234 - 459
Target Start/End: Original strand, 44905604 - 44905830
Alignment:
Q  234 gtgtagaggataaagggtttgtggggtggtggtggagagatgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagaga-gtgtttgaga 332  Q
    |||||||| ||||| ||||| || |  |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||     
T  44905604 gtgtagagaataaacggtttttgtgagggtggtagagaaatgagatttccggcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagagatttttttgagc 44905703  T
Q  333 gatggaagtgttgttttgcaaaaatgagttgttgaatgaggaaagtgatagaagaattggcgtctaacatagattggaccagctaaaggcaagtcaagga 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||| || |||  | | |||||||  || | |||| |||| |||| |||| ||| || ||||||  |    
T  44905704 gatggaagtgttgttttgcaaaaatggttggttaaataagcaaaagggtcgaagaatatgcatttaacgtagactggatcagcaaaatgctagtcaaaaa 44905803  T
Q  433 atgtgagaggaagagaagttgttgttg 459  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  44905804 atgtgagaggaagataagttgttgttg 44905830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 140
Target Start/End: Original strand, 44905482 - 44905573
Alignment:
Q  46 cttgcaaagccaacaaagggaaaatgaatgtgttattttcaatgtcattatcatcataggttgttttgtgtgttaactttggaacaaggtgatta 140  Q
    |||||||||| ||||| || |  |||||||||| |||||||||||   |||||||| |  |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44905482 cttgcaaagctaacaatggaaggatgaatgtgtcattttcaatgt---tatcatcaaacttgtttttgtgtgttaattttggaacaaggtgatta 44905573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 46 - 140
Target Start/End: Original strand, 28166637 - 28166728
Alignment:
Q  46 cttgcaaagccaacaaagggaaaatgaatgtgttattttcaatgtcattatcatcataggttgttttgtgtgttaactttggaacaaggtgatta 140  Q
    |||||||||| ||||| || |  |||||||||| |||||||||||   |||||||| |  |  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  28166637 cttgcaaagctaacaatggaaggatgaatgtgtcattttcaatgt---tatcatcaaacttatttttgcgtgttaattttggaacaaggtgatta 28166728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 46 - 458
Target Start/End: Original strand, 11528332 - 11528744
Alignment:
Q  46 cttgcaaagccaacaaagggaaaatgaatgtgttattttcaatgtcattatcatcataggttgttttgtgtgttaactttggaacaaggtgattatagtc 145  Q
    |||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |  |  |||||| ||||||  |||||||||||||||||   ||    
T  11528332 cttgcaaagccaacaatggaagaatgaatgtgtcattttcaatgttattatcatcaaacttgtttttgtttgttaatgttggaacaaggtgattagtttc 11528431  T
Q  146 tttcagatttttgggatggtgattggctgaaagatggttgaaattcgccgaggtttcgatgatggtaaaggtgacagaatctttttgagtgtagaggata 245  Q
    ||| ||||||||  |  | || ||||  || |||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||  |||||||| |||    
T  11528432 tttgagatttttcaggggttgtttggtcgagagatggttgaaatctgctgaggattcgatgatggtaaaggcgacagagtcttcttcggtgtagagaata 11528531  T
Q  246 aagggtttgtggggtggtggtggagagatgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagagagtgtttgagagatggaagtgttg 345  Q
    || ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||    
T  11528532 aaaggtttttgtggtggtggtggagaaatgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagagattttttgagagatggtagtgttg 11528631  T
Q  346 ttttgcaaaaatgagttgttgaatgaggaaagtgatagaagaattggcgtctaacatagattggaccagctaaaggcaagtcaaggaatgtgagaggaag 445  Q
    |||||||||||||  | ||||||| || |||  ||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  11528632 ttttgcaaaaatggttggttgaataagcaaaaggatagaagaataggcgtttaacgtagactggacctgcaaaatgcaagtcgaggaatgtgagaggaag 11528731  T
Q  446 agaagttgttgtt 458  Q
    |||||||||||||    
T  11528732 agaagttgttgtt 11528744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 459
Target Start/End: Original strand, 39712693 - 39713137
Alignment:
Q  18 caaagaccatggttagggaaaacagaagcttgcaaagccaacaaagggaaaatgaatgtgttattttcaatgtcatta---tcatcataggttgttttgt 114  Q
    |||| ||||||||| || ||||| ||  |||||||||||||||| || | | ||||||||| ||||||||||||||||   || |||    | |||||||    
T  39712693 caaacaccatggttgggaaaaactgagacttgcaaagccaacaatggaagagtgaatgtgtcattttcaatgtcattaatatcttcaaccctagttttgt 39712792  T
Q  115 gtgttaactttggaacaaggtgattatagtctttcagatttttgggatggtgattggctgaaagatggttgaaattcgccgaggtttcgatgatggtaaa 214  Q
    |||||||  ||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||  | ||||| |||  ||| |||||||||||||  | ||||| ||| | |||||| ||    
T  39712793 gtgttaatattggagcaaggtgattattttctttgagatttttcaggtggtgtttgtttgagagatggttgaaatctgacgaggattcaacgatggtgaa 39712892  T
Q  215 ggtgacagaatctttttgagtgtagaggataaagggtttgtggggtggtggtggagagatgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaaga 314  Q
    |  ||| || |||| ||  ||| || | ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |       
T  39712893 gaagacggagtcttcttcggtgcagcgaataaaaggtttttgtggtggtggtggagaaatgagatttccagcaagagggaaaaaatgttgaagagcacat 39712992  T
Q  315 gaaagagagtgtttgagagatggaagtgttgttttgcaaaaatgagttgttgaatgaggaaagtgatagaagaattggcgtctaacatagattggaccag 414  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||||||||||  |||||||||||  |||| || | |||||||||||||    
T  39712993 gaaagagactgtttgagagatggaagtgttgttttgcaaaaatggttggtagaatgaggaaaaggatagaagaataagcgtttagcgtagattggaccag 39713092  T
Q  415 ctaaaggcaagtcaaggaatgtgagaggaagagaagttgttgttg 459  Q
    | ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||    
T  39713093 caaaatgcaagtcaagaaatgtgagaggaagataagtagttgttg 39713137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 234 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 3149757 - 3149633
Alignment:
Q  234 gtgtagaggataaagggtttgtggggtggtggtggagagatgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagagagtgtttgagag 333  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||  ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||    
T  3149757 gtgtagagaataaatggtttttgtcgtggtagtagagaaatgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagagatttttcgagag 3149658  T
Q  334 atggaagtgttgttttgcaaaaatg 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  3149657 atggaagtgttgttttgcaaaaatg 3149633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 275 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 24549733 - 24549693
Alignment:
Q  275 gagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagag 315  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  24549733 gagatttccaacaagagggaagaaatattgaagagaaagag 24549693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 261 - 461
Target Start/End: Original strand, 34539249 - 34539449
Alignment:
Q  261 ggtggtggagagatgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagagagtgtttgagagatggaagtgttgttttgcaaaaatgag 360  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  34539249 ggtggtagagaaatgagatttccggcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagagattttttgagagatggaagtgttgttttgcgaaaatggt 34539348  T
Q  361 ttgttgaatgaggaaagtgatagaagaattggcgtctaacatagattggaccagctaaaggcaagtcaaggaatgtgagaggaagagaagttgttgttgt 460  Q
    | ||||||| || |||  | | |||||||  || | |||  |||||||||||||| ||| |||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  34539349 tggttgaataagcaaaagggtcgaagaatatgcatttaatgtagattggaccagcaaaatgcaagtcaaaaaatatgagaggaagataagttgttgttgt 34539448  T
Q  461 t 461  Q
    |    
T  34539449 t 34539449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 234 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 11148973 - 11148747
Alignment:
Q  234 gtgtagaggataaagggtttgtggggtggtggtggagagatgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagaga-gtgtttgaga 332  Q
    |||||||| ||||| | ||| ||  |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||    
T  11148973 gtgtagagaataaacgatttttgtcgtggtggtagagaaatgagatttccagcaaaagggaagaaatgttgaacagtaagagaaagagatttttttgaga 11148874  T
Q  333 gatggaagtgttgttttgcaaaaatgagttgttgaatgaggaaagtgatagaagaattggcgtctaacatagattggaccagctaaaggcaagtcaagga 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| || |||  | | |||||||  || | |||| |||| ||||||| | ||| |||||||||  |    
T  11148873 gatggaagtgttgttttgcaaaaatggttggttgaataagtaaaagggtcgaagaatatgcatttaacgtagactggaccaacaaaatgcaagtcaaaaa 11148774  T
Q  433 atgtgagaggaagagaagttgttgttg 459  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  11148773 atgtgagaggaagataagttgttgttg 11148747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 140
Target Start/End: Original strand, 34539100 - 34539191
Alignment:
Q  46 cttgcaaagccaacaaagggaaaatgaatgtgttattttcaatgtcattatcatcataggttgttttgtgtgttaactttggaacaaggtgatta 140  Q
    |||||||||| ||||| || |  |||||||||| |||||||||||   |||||||| |  |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34539100 cttgcaaagctaacaatggaaggatgaatgtgtcattttcaatgt---tatcatcaaacttgtttttgtgtgttaattttggaacaaggtgatta 34539191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 273 - 461
Target Start/End: Original strand, 38757779 - 38757968
Alignment:
Q  273 atgagatttccagcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagaga-gtgtttgagagatggaagtgttgttttgcaaaaatgagttgttgaatga 371  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |    
T  38757779 atgagatttccggcaagagggaagaaatgttgaagagtaagagaaagagatttttttgagagatggaagtgttgttttgcaaaaatggttggttgaataa 38757878  T
Q  372 ggaaagtgatagaagaattggcgtctaacatagattggaccagctaaaggcaagtcaaggaatgtgagaggaagagaagttgttgttgtt 461  Q
    | |||  | | |||||||  || | |||| |||| ||||||| | ||| ||||| |||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  38757879 gcaaaagggtcgaagaatatgcatttaacgtagactggaccaacaaaatgcaaggcaaaaaatgttagaggaagataagttgttgttgtt 38757968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 140
Target Start/End: Original strand, 38757618 - 38757709
Alignment:
Q  46 cttgcaaagccaacaaagggaaaatgaatgtgttattttcaatgtcattatcatcataggttgttttgtgtgttaactttggaacaaggtgatta 140  Q
    |||||||||| ||||| || |  |||||||||| |||||||||||   |||||||| |  |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38757618 cttgcaaagctaacaatggaaggatgaatgtgtcattttcaatgt---tatcatcaaacttgtttttgtgtgttaattttggaacaaggtgatta 38757709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 140
Target Start/End: Original strand, 40768560 - 40768678
Alignment:
Q  18 caaagaccatggttagggaaaacagaagcttgcaaagccaacaaagggaaaatgaatgtgttattttcaatgtcattatcatcataggttgttttgtgtg 117  Q
    |||| |||||||||||| ||||| |   |||||||||| ||||| || |  |||||||||| |||||||||||   |||||||| |  |  |||||||||    
T  40768560 caaataccatggttaggaaaaactgtgacttgcaaagctaacaatggaaggatgaatgtgtcattttcaatgt---tatcatcaaacttatttttgtgtg 40768656  T
Q  118 ttaactttggaacaaggtgatta 140  Q
    |||| ||||||| ||||||||||    
T  40768657 ttaattttggaa-aaggtgatta 40768678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University