View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3063_low_2 (Length: 661)

Name: NF3063_low_2
Description: NF3063
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3063_low_2
NF3063_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-650)||(38306907-38307548)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 38307548 - 38306907
Alignment:
Q  8 gaaataaaccaagcactgaattaagtatcccttcatcacaacatattcatcatccttttattttccacacaaaaataaataaacaaacaaacaagatgat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38307548 gaaataaaccaagcactgaattaagtatcccttcatcacaacatattcatcatccttttattttccacacaaaaataaataaataaacaaacaagatgat 38307449  T
Q  108 ggatatgaaagattagaaattttgcagaaagatagtgtgatatgccttataaatttgagcagcgtggttctgatagcctaaagttgtatgctttactgct 207  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38307448 ggatatgaaacattagaaattttgcagaaagatagtgtgatatgccttataaatttgagcagcgtggttctgatagcctaaagttgtatgctttactgct 38307349  T
Q  208 ttgaagcacagatgaaaatgaccattgaaagcataagagtgtcgttactaattatcatccaaaatcattatatcatgcaagaactaatcaagttaaatta 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38307348 ttgaagcacagatgaaaatgaccattgaaagcataagagtgtcgttactaattatcatccaaaatcattatatcatgcaagaactaatcaagttaaatta 38307249  T
Q  308 aggtgtactattaggacttgggagatgaaagctcgagcactaaaacagcatcttcaataccaagtgtttcattcactagcatacggaatgataaacgtga 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38307248 aggtgtactattaggacttgggagatgaaagctctagcactaaaacagcatcttcaataccaagtgtttcattcactagcatacggaatgataaacgtga 38307149  T
Q  408 aaagacatcgatcacttattgaagtatgaaagttgtgcttttacatttcaataacaggacgacaaatgaagaggaaaaaactgtcttatttaatgatcat 507  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38307148 caagacatcgatcacttattgaagtatgaaagttgtgcttttacatttcaataacaggacgacaaatgaagaggaaaaaactgtcttattttatgatcat 38307049  T
Q  508 gtggagtgatgattaaaaagaacaaagttaggtgcactttctaatttactgattttgtactctaaaatttaaacttaactgaaaaatttcatctacatgt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38307048 gtggagtgatgattaaaaagaacaaagttaggtgcactttctaatttactgattttgtactctaaaatttaaa-ttaactgaaaaatttcatctacatgt 38306950  T
Q  608 catatgggccagacagttaacatattctttcatggataatgat 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306949 catatgggccagacagttaacatattctttcatggataatgat 38306907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University