View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3064_low_11 (Length: 475)

Name: NF3064_low_11
Description: NF3064
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3064_low_11
NF3064_low_11
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-454)||(8004107-8004560)
chr1 (1-458)||(7900545-7901003)
chr1 (4-366)||(51518515-51518877)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (59-458)||(1300350-1300754)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 8004560 - 8004107
Alignment:
Q  1 taattttttaattttaacgtgtgtgataccctgaatttttaaaaaggaacgaattaatgaaaccattgaaaaacaatgacacttacagataagaaaagat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8004560 taattttttaattttaacgtgtgtgataccctgaatttttaaaaaggaacgaattaatgaaaccattgaaaaacaatgacacttacagataagaaaaggt 8004461  T
Q  101 tcatcccagtaagcaatgattgtggacagtttgcagtacaattaattgaaggttgaccctcataaacgataactttgtcagcaagataagttgccatgat 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8004460 tcatcccggtaagcaatgattgtggacagtttgcagtacaattaattgaaggttgaccctcataaacgataactttgtcagcaagataagttgccatgat 8004361  T
Q  201 gaaatcatgctcaacgataaaggctgttttctttgcatgaagaataaacctcttaatgacttttgcagcaacaatacgctgttccgaatcaagatatgca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8004360 gaaatcatgctcaacgataaaggctgttttctttgcatgaagaataaacctcttaatgacttttgcagcaacaatacgctgttctgaatcaagatatgca 8004261  T
Q  301 cttggctcatctatcagatagatgtctgcaggctgttgttgtagaacaatagcaactgattagaaaactataaatgctatttagtttaaaatgaatagat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8004260 cttggctcatctatcagatagatgtctgcaggctgttgttgtagaacaatagcaactgattagaaaactataaatactatttagtttaaaatgaatagat 8004161  T
Q  401 gtctaaagtagcaaaatcaaacacgcaacaaagctgagtgatatagttctaaaa 454  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8004160 gtctaaagcaggaaaaacaaacacgcaacaaagctgagtgatatagttccaaaa 8004107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 458
Target Start/End: Original strand, 7900545 - 7901003
Alignment:
Q  1 taattttttaattttaacgtgtgtgataccctgaatttttaaaaaggaacgaattaatgaaaccattgaaaaacaatgacacttacagataagaaaagat 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7900545 taatttttaaattttaacatgcatgataccctaaatttttaaaaagggacgaattaatgaaaccattgaaaaacaatgacacttacagataagaaaaggt 7900644  T
Q  101 tcatcccagtaagcaatgattgtggacagtttgcagtacaattaa-ttgaaggttgaccctcataaacgataactttgtcagcaagataagttgccatga 199  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7900645 tcatcccagtaagcagtgattgtggacagtttgcagtaaaattaaattgaaggttgaccctcaagaacgataactttgtcagcaagataatttgccatga 7900744  T
Q  200 tgaaatcatgctcaacgataaaggctgttttctttgcatgaagaataaacctcttaatgacttttgcagcaacaatacgctgttccgaatcaagatatgc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7900745 tgaaatcatgctcaacgataaaggctgttttctttgcatgaagaataaacctcttaatgacttttgcaactacaatacgctgttcggaatcaagatatgc 7900844  T
Q  300 acttggctcatctatcagatagatgtctgcaggctgttgttgtagaacaatagcaactgattagaaaactataaatgctatttagtttaaaatgaataga 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7900845 acttggctcatctatcagatagatgtctgcaggctgttgttgtagaacaatagcaactgattaaaaaactataaatactatttagtttaaaatgaataga 7900944  T
Q  400 tgtctaaagtagcaaaatcaaacacgcaacaaagctgagtgatatagttctaaaaatct 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7900945 tgtctaaagtagcaaaatcaaacacacaacaaagctgagtgatatagttctaaaaatct 7901003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 4 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 51518877 - 51518515
Alignment:
Q  4 ttttttaattttaacgtgtgtgataccctgaatttttaaaaaggaacgaattaatgaaaccattgaaaaacaatgacacttacagataagaaaagattca 103  Q
    ||||| ||||||||| |  |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  51518877 tttttaaattttaactttcgtgataccctaaatttttaaaacggaatgaattaatgaaaccattgaaaaacaacgacacttacagataagaaaaggttca 51518778  T
Q  104 tcccagtaagcaatgattgtggacagtttgcagtacaattaattgaaggttgaccctcataaacgataactttgtcagcaagataagttgccatgatgaa 203  Q
    |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  51518777 tcccggtcagcaatgattgtggacaatttgcagtacagtcaattgaaggttgaccctcataaacaataactctgtcagcaagataagttgccatgatgaa 51518678  T
Q  204 atcatgctcaacgataaaggctgttttctttgcatgaagaataaacctcttaatgacttttgcagcaacaatacgctgttccgaatcaagatatgcactt 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  51518677 atcatgctcaacgataaaggctgttttctttgcatgaagaataaacctcttgatgacttttgcagcaacaatacgctgttcggaatcaagatatgcactt 51518578  T
Q  304 ggctcatctatcagatagatgtctgcaggctgttgttgtagaacaatagcaactgattagaaa 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51518577 ggctcatctatcagatagatgtctgcaggctgttgttgtaggacaatagcaactgattagaaa 51518515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 59 - 458
Target Start/End: Original strand, 1300350 - 1300754
Alignment:
Q  59 gaaaccattgaaaaacaatgacacttacagataagaaaagattcatcccagtaagcaatgattgtggacagtttgcagtacaattaattgaaggttgacc 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  1300350 gaaaccattgaaaaacaatgacacttactgataagaaaaggttcatcccagtcagcagtgattgtggagaatttgcagtacagtcaattgaaggttgacc 1300449  T
Q  159 ctcataaacgataactttgtcagcaagataagttgccatgatgaaatcatgctcaacgataaaggctgttttctttgcatgaagaataaacctcttaatg 258  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  1300450 ctcataaacaataactctgtcagcaagataagttgccatgatgaaatcatgctcaaccacaaaggctgttttctttgcatgaagaataaacctcttgata 1300549  T
Q  259 acttttgcagcaacaatacgctgttccgaatcaagatatgcacttggctcatctatcagatagatgtctgcaggctgttgttgtagaacaatagcaactg 358  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||    
T  1300550 acttttgcagcaataatacgctgttcggaatcaagatatgcacttggctcatctatcagataaatgtctgcaggctgttgtggtaggacgatagcaattg 1300649  T
Q  359 attagaaaactataaatgctatttagtttaaaatgaatag------atgtctaaagtagcaaaatcaaacacgcaacaaagctgagtgatatagttctaa 452  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| |||| |||| |||||      |  ||| ||||||||||| |||| || |||||||||  || |||||||||||||    
T  1300650 attagaaaactgtaaatactatttcgtttgaaataaataggagtgcacatctcaagtagcaaaa-caaagacacaacaaagccaagagatatagttctaa 1300748  T
Q  453 aaatct 458  Q
    ||||||    
T  1300749 aaatct 1300754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University