View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3065-Insertion-2 (Length: 725)

Name: NF3065-Insertion-2
Description: NF3065
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3065-Insertion-2
NF3065-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-725)||(25973872-25974605)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 456; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 725
Target Start/End: Original strand, 25973872 - 25974605
Alignment:
Q  11 tccatcgaggaatggacttcgccaaagaaattggtgttgaataaccaatgagccttaacgaattcttgaacacatgaaaaaatatgcataaggtatgaaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25973872 tccatcgaggaatggacttcgccaaagaaattggtgttgaataaccaacgagccttaacgaattcttgaacacatgaaaaaatatgcataaggtatgaaa 25973971  T
Q  111 agaagtcgagcatgaatcaatgtttgtccactccaa--------ttgataagagcttcgatgcactagtccatcaacaaaatctcctctcgagctcatgc 202  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||         |||| ||||||||||||||||| | |||||| |||||| || || ||||   ||||    
T  25973972 agaagtcgagcatgaatcaatgttcgtccactccataattcaccttgacaagagcttcgatgcacttgcccatcagcaaaatttc-tcccgag---atgc 25974067  T
Q  203 gcttagttgatagaatcgtcacttacaataacataggtaaaaattcatcccacaactgatacattttaagcctcatcgaggaagagagcttacaacaaca 302  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25974068 gcttagttgatacaatcgtcacttacaataacataggtaaaaattcatcccacaactgatacattttaagcctcatcgaggaagagagcttaccacaaca 25974167  T
Q  303 cgttccacctttgagcat----aaaaaattaggtaaaacctttccattttgaaatggatcaagttttaaacctc----atcgagaatgataacttacaac 394  Q
     |||||||||||||| ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| ||    
T  25974168 agttccacctttgagtataaaaaaaaaattaggtaaaacctttccattttgaaatggatcaagttttaaacctcatcgatcgagaatgataacttaccac 25974267  T
Q  395 aataagatcaaccaccgaacatnnnnnnnntcaaaacaatagagacaaaccctcatgctattttaatctgctcaaataagttagacagattaaacctata 494  Q
    ||||||||||||||||| ||||        ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||  |    
T  25974268 aataagatcaaccaccggacat-aaaaaaatcaaaacaatagagaaaaaccctcatgctaatttaatctccacaaataagttagacagattaaacctgca 25974366  T
Q  495 ccacagggtagaaagtatccaacaactccatcac--------tgttaggtataattctaactcacgatgggattttcacgccttgaggaagataaccaac 586  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||        ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  25974367 ccacggggtagaaaatatccaataactccatcactgttagaatgttaggcagaattctaactcgcgatgggattttcacgccttggggaagataaccaat 25974466  T
Q  587 aaaggttcctccatcgtcaaaccattcataaaaacaacttcaaacaaattttgggacgcaataatttgaacgaaaggctattaaagtaactttgtcaata 686  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25974467 aaaggttcctccaccatcaaaccattcataaaaacaacttcgaacaaattttgggacacaataatctgaacgtaaggctattaaagtaactttgtcaata 25974566  T
Q  687 catcgtcttcccacaagatcataaaagcgagaaatgcta 725  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25974567 catcgtcttcccacaagatcataaaagcgagaaatgcta 25974605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University