View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3065-Insertion-3 (Length: 642)

Name: NF3065-Insertion-3
Description: NF3065
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3065-Insertion-3
NF3065-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-642)||(36748839-36749479)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 36749479 - 36748839
Alignment:
Q  8 gtatttgaccacaacaccacactaacttaaaccagagcctttatggtactgctctttacgtgtaaatatacacatcacaagataaaaatatagaacaca- 106  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36749479 gtatttgaccacaataccacactaacttaaaccagagcctttatggtactgctctttacgtgtaaatatacacatcacaagataaaaatatagaacacaa 36749380  T
Q  107 caaatcacttgtctctctttcaacatatcctcctactctgataggacgacaatagtacaaaacagta--------cttgcatatgcacnnnnnnnngtta 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||        |||||||||||||        ||||    
T  36749379 caaatcacttgtctctctttcaacatatccttctactctgataggac---aatagtacaaaacagtagaacattacttgcatatgcacaaacaaaagtta 36749283  T
Q  199 ttgactcaattactgaactctacataaatttagaagtaatgcatgtaatgttaattagctaatacagttgnnnnnnntcaattaaannnnnnncttgcta 298  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||        |||||||    
T  36749282 ttgactcaattactgaagtctacataaatttagaagtaatgcatgtaatgttaattagctaatacagttgaaaaaaatcaattaattttttttcttgcta 36749183  T
Q  299 ttttaagaattattacttctgaattcaaatttgtcaaaagaaatgaatagaaatacttccaaaagttttgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatacttc 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||                   |||||||||    
T  36749182 ttttaagaattattacttctgaattcaaatttgtcaaaagaaatgaatagaa-tacttacaaaagttttgtcaaaaaaaaaaaaaaaaaa-gaatacttc 36749085  T
Q  399 caaaagtgattcccagccacacgaacgtgagaaa--aacaaataaacgaaatatagtgttagtagttggtaggtaaatggatccatatttccttaattag 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36749084 caaaagtgattcccagccacacgaacgcgagaaagaaacaaataaacgaaatatagtgttagtagttggtaggtaaatggatccatatttccttaattag 36748985  T
Q  497 aagggaaggtcaaaatatcaaaactcttaattaaagcttagaaaacgatatatatcagccctatgcttatgagttaagtatatttattatgtatatgtac 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36748984 aagggaaggtcaaaatatcaaaactcttaattaaagcttagaaaacgatatatatcagccctatgcttatgagttaagtatatttattatgtatatgtac 36748885  T
Q  597 aaacgtttgccgctataaaaagtaaacaaagaaattagaaaaacta 642  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36748884 aaacgtttgccgctataaaaagtaaacaaagaaattagaaaaacta 36748839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University