View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3065R-Insertion-23 (Length: 960)

Name: NF3065R-Insertion-23
Description: NF3065R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3065R-Insertion-23
NF3065R-Insertion-23
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-861)||(51405283-51406126)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 761; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 761; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 861
Target Start/End: Original strand, 51405283 - 51406126
Alignment:
Q  9 catttctccacctggaatgacattgtcttttggtgctaaattggttggcgtagcacaagataagagcaaaacagttgtgattgatgatattgaaggtagc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51405283 catttctccacctggaatgacattgtcttttggtgctaaattggttggtgtagcacaagataagagcaaaacagttgtgattgatgatattgaaggtagc 51405382  T
Q  109 catgatggtagtaaaaatcaagatgaacaactctggagtgaattccatagtgcaaagagcatgaatgaagagtcaattaagtatgaggaaaggatggttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51405383 catgatggtagtaaaaatcaagatgaacaactctggagtgaattccatagtgcaaagagcatgaatgaagagtcaattaagtatgaggaaaggatggttg 51405482  T
Q  209 aaagtaaaaataatattgagacagaattgaaggaattgagtaagagtaatttgatattggttggtagaatgccaccagttgcaccattggttagtaacag 308  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51405483 aaagtaaaaatgatattgagacagcattgaaggaattgagtaagagtaatttgatattggttggtagaatgccaccagttgcaccattggttagtaacag 51405582  T
Q  309 tgattctgctgaacttggacctattggaagttatatggcttcttctagtttctcaacttctgcatcaatcttggtgattcaacaatataattcaactact 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51405583 tgattctgctgaacttggacctattggaagttatatggcttcttctagtttctcaacttctgcatcaatcttggtgattcaacaatataattcaactact 51405682  T
Q  409 gatattcatcctcttgttatggaggaattggattgtcctgaagtgccagacacaccaacacgttagtgaatttaattaatgtgcatgtcatcaaaggaat 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  51405683 gatattcatcctcttgttatggaggaattggattgtcctgaagtgccagacacaccaacacgttagtgaa-ttaattaatgtgcatgtcatcaaaggaat 51405781  T
Q  509 gatggtggttatttatatggtttatatgtactttatgtatatataaatgaaatgaaggtgactttggaagctttcagagcaagactatactatactggcg 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51405782 gatggtggttatttatatggtttatatgtactttatgtatatataaatgaaatgaaggtgactttggaagctttcagagcaagactatactatactggcg 51405881  T
Q  609 gaattagacactttattagtctatatccgtgacattttaaagttgttggatatttatatcgcattattgtacccccagacaatgtatggtttgaatttta 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  51405882 gaattagacactttattagtctatatccgtgacattttaaagttgttggatatttatatcgcattattgta--cccagacaatgtatggtttgaatttta 51405979  T
Q  709 tatatcattgtttacaaaattcatgttttactattttattttgggtgcccaaacctgttcttgcatatttcactcgtaaaagtaaagagatatgaacatt 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51405980 tatatcattgtttacaaaattcatgttttactattttatttt-ggtgcccaaacttgttcttgcatatttcactcgtaaaagtaaagagatatgaacatt 51406078  T
Q  809 ttcctcctaaccactccactcctttttattattatttg-aattattgtagagtc 861  Q
    |||   |||| |||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  51406079 ttc--tctaa-cact-cactc--ttttattattatttgaaattattgtagagtc 51406126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University