View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3065R-Insertion-24 (Length: 980)
Name: NF3065R-Insertion-24
Description: NF3065R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3065R-Insertion-24 |
 | |
|
| [»] scaffold0070 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0060 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold2006 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 907
Target Start/End: Complemental strand, 19216467 - 19215564
Alignment:
| Q |
7 |
caaggctttctgcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacata |
106 |
Q |
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| T |
19216467 |
caaggctttccgcctttcactacccaaagacacatcctaactggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcgcaccaaaggtccacata |
19216368 |
T |
|
| Q |
107 |
tctcggagcctccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaaataaatatacaagttatacatttatt |
206 |
Q |
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|
| T |
19216367 |
tctcggagcctccaactgtaagtcattatcattatctgattttcaaatacggaaaagggtcaactcccaaacaaacaaatatacaagttatacatttatt |
19216268 |
T |
|
| Q |
207 |
taacatgtatttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcac |
306 |
Q |
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|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |
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| T |
19216267 |
taacatgtatttaaaggtatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcatcacccaaaacaacaatggactcgacaaatgcacagcgc |
19216168 |
T |
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| Q |
307 |
cctaaaggttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaatta |
406 |
Q |
| |
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| T |
19216167 |
cctaaaggttgacctagatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtagatatttgtgggcttcaaccaatta |
19216068 |
T |
|
| Q |
407 |
tgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaat |
506 |
Q |
| |
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| T |
19216067 |
tgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacataccccacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaagacaacgagcctaaaccaat |
19215968 |
T |
|
| Q |
507 |
tatgagcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatg |
606 |
Q |
| |
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|
| T |
19215967 |
tatgagcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccatgcgacaatgaatgtatg |
19215868 |
T |
|
| Q |
607 |
catgcgacatctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccgactaaatcaatcattgtcttaaccacctactagagacactgatta |
706 |
Q |
| |
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| T |
19215867 |
catgcaacacctgcttattaactccacaaaataggccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattatcttaaccacctgctagagacactgatta |
19215768 |
T |
|
| Q |
707 |
caccgacaacaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagtagtacaagatcaaggt--- |
803 |
Q |
| |
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| T |
19215767 |
caccgatagtaataccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcagacatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaagttcac |
19215668 |
T |
|
| Q |
804 |
---tcacatagtatataagcatgggcacaacacataaaacatgttaaaaaacatcatcatttaatcaacccagtaaatacatatataaaata-agaaatg |
899 |
Q |
| |
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|
| T |
19215667 |
atagcacatagtatgtaagcat-ggtacaatac-ttaaacatgtt-aaaaacatcatcattttaacaa-caagtaaatacatatataaaatagaaaaatg |
19215572 |
T |
|
| Q |
900 |
gagcgccc |
907 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
19215571 |
gagcgccc |
19215564 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 482 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 19589736 - 19589454
Alignment:
| Q |
482 |
aagaaatcaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatg |
581 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| | || ||||||||||||| | ||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |
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|
| T |
19589736 |
aagaaaacaacgagtctcaaccaattatgaacactcaaaacaaaacgacaaaccccaaccaattacgggcactcaagacttagggttccaaccaattatg |
19589637 |
T |
|
| Q |
582 |
ggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcgacatctggtt-attaactcca-caaaatagatcacccaaaatgagtatccgactaaatcaatcattgtc |
679 |
Q |
| |
|
|||| ||| |||| |||||| |||||||| | | ||||| |||||||||| ||||||||||| | | ||||||||| ||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
19589636 |
ggcagcacacgacgatgaatatatgcatgtaatacatggttaattaactccataaaaatagatcaattacactgagtatccaactaaattaatggttgtt |
19589537 |
T |
|
| Q |
680 |
ttaaccacctactagagacactgattacaccgacaacaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaa |
762 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| ||||||| | |||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
19589536 |
ctaaccaccatctagagacacagattacatcaacaataatttcgacatacaaaatatgcaagaccacaattgaagcatgaaaa |
19589454 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 391 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 10999128 - 10998975
Alignment:
| Q |
391 |
gggcttcaaccaattatgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatca |
490 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||| || |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
10999128 |
gggcttcaaccaattatgaacactccatcgtagctccaaccagttatgaacatcatatac-tcccgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaa---a |
10999033 |
T |
|
| Q |
491 |
acgagcctcaaccaattatgagcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatg |
548 |
Q |
| |
|
|||| || ||| |||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
10999032 |
acgattctaaactaattatgagctctcaaaaggaaatgataagtcacaaccaattatg |
10998975 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 332 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 19591392 - 19591311
Alignment:
| Q |
332 |
caaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaattatgaacac |
413 |
Q |
| |
|
|||||||| | |||||||| |||||| |||||||||| || || |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
19591392 |
caaatgattcagatatcacatcccttttagggcaacataaatttttcgtagatatttgtgggctttaaccaattatgaacac |
19591311 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 36 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 19592062 - 19591925
Alignment:
| Q |
36 |
acacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacatatctcggagcctccaactgtaactcattat |
135 |
Q |
| |
|
||||| |||| || ||||||||||| || |||||||||| || ||||| | |||||||||| |||||||||||||| || |||| |||| || | || |
|
|
| T |
19592062 |
acacaccctaactcgtcataactttagatgcttgtgagaactcatgccaagacgcaccaaaggttcacatatctcggagtcttcaaccgtaagtcgtgat |
19591963 |
T |
|
| Q |
136 |
cattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcc |
173 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| |||||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
19591962 |
cattatttgattccaaaatactgaaaagagtcaactcc |
19591925 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 943
Target Start/End: Original strand, 41313113 - 41314043
Alignment:
| Q |
7 |
caaggctttctgcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacata |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
41313113 |
caaggctttccgcctttcactacccaaagacacatcctagttggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaacaaggcgcatcaaaggtccacata |
41313212 |
T |
|
| Q |
107 |
tctcggagcctccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaaataaatatacaagttatacatttatt |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41313213 |
tctcggagcctccaactgtaagtcattattattatctgattttcaaatacggaaaagggtcaactcccaaacaaacaaatatacaagttatacatttatt |
41313312 |
T |
|
| Q |
207 |
taacatgtatttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcac |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |
|
|
| T |
41313313 |
taacatgtatttaaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaagcaacaatggactcgacaaatgcacaacac |
41313412 |
T |
|
| Q |
307 |
cctaaaggttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaatta |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41313413 |
cctaaaggttgacctatacgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtagatatttgtgggcttcaaccaatta |
41313512 |
T |
|
| Q |
407 |
tgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaa-tcaacgagcctcaaccaa |
505 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41313513 |
tgaacactccaccatgactccaaccaattatggacaccacataccccacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaagacaacgagcctcaaccaa |
41313612 |
T |
|
| Q |
506 |
ttatgagcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtat |
605 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41313613 |
ttatgagcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgagcaccacgcgacaatgaatgtat |
41313712 |
T |
|
| Q |
606 |
gcatgcgacatctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccgactaaatcaatcattgtcttaaccacctactagagacactgatt |
705 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |
|
|
| T |
41313713 |
gcatgcgacacctgcttattaactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgatt |
41313812 |
T |
|
| Q |
706 |
acaccgacaacaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagtagtacaagatcaaggttc |
805 |
Q |
| |
|
||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
41313813 |
acaccaacagtaacgctaactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaacaacaagttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaa-gttc |
41313910 |
T |
|
| Q |
806 |
acatagtatataagcatgggcacaacacataaaacatgttaaaaaacatcatcatttaatcaacccagtaaatacatatataaaat--aagaaatggagc |
903 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||| || | || || | ||||||||| |||||||||||||||| | ||| | ||||| |||||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
41313911 |
acatagtatgtaagcat-ggtaaaatac-ttaaacatgtt-aaaaacatcatcattttaacaa-caagtaactacatatataaaatagaaaaaatggagc |
41314006 |
T |
|
| Q |
904 |
gcccctttccccttaaccttagccatatagcagctattaa |
943 |
Q |
| |
|
| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
41314007 |
g-ccatttccc--ttaccttagcaatatagcagctattaa |
41314043 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 20448383 - 20448215
Alignment:
| Q |
18 |
gcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacatatctcggagcct |
117 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||| | ||||| |||| || ||||| || |||| ||||| |
|
|
| T |
20448383 |
gcctttaactacccaaagacacaccctagctggtcataactttagacgcttgcgag-actctcgctaaggcgcacccaaagtccaaatcactcgaagcct |
20448285 |
T |
|
| Q |
118 |
ccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaaataaatat |
188 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
20448284 |
ccaactgtaagtcattatcattatct-aatttcaaatacggaaaagggtcaactcccaaacaaacaaatat |
20448215 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 20534150 - 20533982
Alignment:
| Q |
18 |
gcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacatatctcggagcct |
117 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||| | ||||| |||| || ||||| || |||| ||||| |
|
|
| T |
20534150 |
gcctttaactacccaaagacacaccctagctggtcataactttagacgcttgcgag-actctcgctaaggcgcacccaaagtccaaatcactcgaagcct |
20534052 |
T |
|
| Q |
118 |
ccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaaataaatat |
188 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
20534051 |
ccaactgtaagtcattatcattatct-aatttcaaatacggaaaagggtcaactcccaaacaaacaaatat |
20533982 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 943
Target Start/End: Complemental strand, 2188820 - 2187892
Alignment:
| Q |
7 |
caaggctttctgcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacata |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
2188820 |
caaggctttccgcctttcactacccaacgacacttcctagctggtcataactttgaacacttgtgagaaatctcaccaaggcgcatcaaaggtccacata |
2188721 |
T |
|
| Q |
107 |
tctcggagcctccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaaataaatatacaagttatacatttatt |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2188720 |
tctcggagcctccaactgtaagtcattatcattatctgattttcaaatacggaaaagtgttagctcccaaacaaacaaatatacaagttatacatttatt |
2188621 |
T |
|
| Q |
207 |
taacatgtatttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcac |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |
|
|
| T |
2188620 |
taacatgtatttaaagacatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgacaaatgcacaacac |
2188521 |
T |
|
| Q |
307 |
cctaaaggttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaatta |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2188520 |
cctaaaggttaacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcc-ttatagggcaacaaaagttcttcgtagatatttgtgggcttcaaccaatta |
2188422 |
T |
|
| Q |
407 |
tgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaat |
506 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2188421 |
tgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacataccccacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaagacaacgagcctcaaccaat |
2188322 |
T |
|
| Q |
507 |
tatgagcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatg |
606 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2188321 |
tatgagcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgagcaccacgcgacaatgaatgtatg |
2188222 |
T |
|
| Q |
607 |
catgcgacatctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccgactaaatcaatcattgtcttaaccacctactagagacactgatta |
706 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |
|
|
| T |
2188221 |
catgcgacacctgcttattaactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgacttaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgatta |
2188122 |
T |
|
| Q |
707 |
caccgacaacaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagtagtacaagatcaaggttca |
806 |
Q |
| |
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| T |
2188121 |
caccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaagcatg-aaacaacaagttatactcacaaccaatcaatacaaaatcaa-gttca |
2188024 |
T |
|
| Q |
807 |
catagtatataagcatgggcacaacacataaaacatgttaaaaaacatca-tcatttaatcaacccagtaaatacatatataaaataagaaatggagcgc |
905 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||| | |||| |||| ||||||||| |||||||||| | ||||| || | |||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
2188023 |
catagtatgtaagcat-gatacaatacat-aaacatgtt-aaaaacatcacccttttaaaaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaatggagcg- |
2187928 |
T |
|
| Q |
906 |
ccctttccccttaaccttagccatatagcagctattaa |
943 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
2187927 |
ccctttccc--ttaccttagcaatatagcagctattaa |
2187892 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 943
Target Start/End: Original strand, 19632086 - 19633012
Alignment:
| Q |
7 |
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106 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19632086 |
caaggctttccgcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgaaaaatctcaccaaggcgcaccaaaggtccacata |
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T |
|
| Q |
107 |
tctcggagcctccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaaataaatatacaagttatacatttatt |
206 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
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|
| T |
19632186 |
tctcggagcctccaactgtaagtcattatcattatctgattttcaaatacggaaaaaggtcaactcccaaacaaacaaatatacaagttatacatatatt |
19632285 |
T |
|
| Q |
207 |
taacatgtatttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcac |
306 |
Q |
| |
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| T |
19632286 |
taacaggtatttcaagacaagcaaatagtacaaataataatataaactacac-aaatgtcaagacccaagacaccagtggactcgacaaatgaacgacac |
19632384 |
T |
|
| Q |
307 |
cctaaaggttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaatta |
406 |
Q |
| |
|
| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19632385 |
cttaaa-gttgacctatatgcgacacaaatgatctggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtagataattgtgggcttcaaccaatta |
19632483 |
T |
|
| Q |
407 |
tgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaat |
506 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
19632484 |
tgaacactccaccatggctccaaacaattatggacaccacataccccacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaagacaacaagcctcaaccaat |
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T |
|
| Q |
507 |
tatgagcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatg |
606 |
Q |
| |
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| T |
19632584 |
tatgagcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatg-gcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgagcaccacgcgacactgaatgtatg |
19632682 |
T |
|
| Q |
607 |
catgcgacatctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccgactaaatcaatcattgtcttaaccacctactagagacactgatta |
706 |
Q |
| |
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| T |
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catgcgacacctgcttattaactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgatta |
19632782 |
T |
|
| Q |
707 |
caccgacaacaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagtagtacaagatcaaggttca |
806 |
Q |
| |
|
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| T |
19632783 |
caccgacagtaacgttgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaagcatg-aaacaacaagttatactcacaacgaagcaatacaaaatcaa-gttca |
19632880 |
T |
|
| Q |
807 |
catagtatataagcatgggcacaacacataaaacatgttaaaaaacatcatcattt-aatcaacccagtaaatacatatataaaataagaaatggagcgc |
905 |
Q |
| |
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|
| T |
19632881 |
catagtatgtaagcat-gatacaatatat-aaacatgtt-aaaaacatcatcctttaaaaaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaatggagcg- |
19632976 |
T |
|
| Q |
906 |
ccctttccccttaaccttagccatatagcagctattaa |
943 |
Q |
| |
|
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| T |
19632977 |
ccctttccc--ttaccttaacaatatagcagctattaa |
19633012 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 943
Target Start/End: Original strand, 1608008 - 1608919
Alignment:
| Q |
18 |
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117 |
Q |
| |
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|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| | || || |||| ||||||||||| ||| ||||| |
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| T |
1608008 |
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T |
|
| Q |
118 |
ccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatag-tcaactcccaaacaa--ataaatatacaagttatacatttatttaacatgt |
214 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1608108 |
ccaactgtaagtcattatcattatctgattttcaaatacggaaaaagggtcaactcccaaacaacaacaaatatacaagttatacatttaattaaca--- |
1608204 |
T |
|
| Q |
215 |
atttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaa-acaacaatggactcgaaaaatgcacggcaccctaaag |
313 |
Q |
| |
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||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||| || ||| | ||||||||| ||||| ||| |||| ||||| |
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| T |
1608205 |
-----aagtcaagcaaatagtacaaataataatataaactacgcaaaatgtcaagaccccaagacactagtggactcgacaaatgaacgacaccttaaag |
1608299 |
T |
|
| Q |
314 |
gttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttata-gggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaattatgaaca |
412 |
Q |
| |
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| T |
1608300 |
-ttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttaaaagggcaacaaaatttcttcgtagatatttgtgagcttcaaccaattatgaaca |
1608398 |
T |
|
| Q |
413 |
ctccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaattatgag |
512 |
Q |
| |
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|
| T |
1608399 |
ctccaccgtagctccaaccaattatggacaccacataccccacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaaagagcctcaaccaattatgag |
1608498 |
T |
|
| Q |
513 |
cactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcg |
612 |
Q |
| |
|
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|
| T |
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cactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttagggtcccaaccaattatgggcaccacgcgaccatgaatgtatgcatgcg |
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T |
|
| Q |
613 |
acatctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccgactaaatcaatcattgtcttaaccacctactagagacactgattacaccga |
712 |
Q |
| |
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| T |
1608599 |
acacctgcttattaactccacaagatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgattaca-cga |
1608697 |
T |
|
| Q |
713 |
caacaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagtagtacaagatcaaggttcacatagt |
812 |
Q |
| |
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|| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||| |
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| T |
1608698 |
cagtaactccgactaacaaaatatgcaagaccacaaaccaggcaag-gaacggcaagttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaa-attcacatagt |
1608795 |
T |
|
| Q |
813 |
atataagcatgggcacaacacataaaacatgttaaaaaacatcatcatttaatcaacccagtaaatacatatataaaataagaaatggagcgcccctttc |
912 |
Q |
| |
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| T |
1608796 |
atgtaagcat-gatacaatacat-aaacatgtt-aaaaacatcatcctttaaacaa-ccagtaaatacatatataaaataaaaaatggagcgcccttttc |
1608891 |
T |
|
| Q |
913 |
cccttaaccttagccatatagcagctattaa |
943 |
Q |
| |
|
| | |||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
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c---ttaccttagcaatatagcagctattaa |
1608919 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 441
Target Start/End: Original strand, 20536623 - 20537039
Alignment:
| Q |
18 |
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117 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||| | ||||| |||| ||||||||||| ||| ||||| |
|
|
| T |
20536623 |
gcctttaactacccaaagacacaccctagttggtcataactttggacgcttgcgagaactctcgctaaggcgcacccaaggtccacatcactctaagcct |
20536722 |
T |
|
| Q |
118 |
ccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatag-tcaactcccaaaca-aataaatatacaagttatacatttatttaacatgta |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| || |||||| |
|
|
| T |
20536723 |
ccaactgtaagtcattatcattatctgattttcaaatacggaaaaaaggtcaactcccaacaacaataaatatacaagttatacatataattaaca---- |
20536818 |
T |
|
| Q |
216 |
tttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcaccctaaaggt |
315 |
Q |
| |
|
||| || ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||| | ||||||||| ||||| || |||| ||||| | |
|
|
| T |
20536819 |
----aagtcaagcaaatagtacaattaataatataaactacacaaaacgtcaagacccaagacactagtggactcgacaaatgagcgacaccttaaag-t |
20536913 |
T |
|
| Q |
316 |
tgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaattatgaacactc |
415 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20536914 |
tgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttaaagggcaacaaaagttcttcgtagatatttgtgagcttcaaccaattatgaacactc |
20537013 |
T |
|
| Q |
416 |
caccgtgactccaaccaattatggac |
441 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20537014 |
caccgtagctccaaccaattatggac |
20537039 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 599; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 943
Target Start/End: Original strand, 37626573 - 37627499
Alignment:
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Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37626573 |
caaggctttccgcctttcactacctaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaacaaggcgcaccaaaggtccacata |
37626672 |
T |
|
| Q |
107 |
tctcggagcctccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaaataaatatacaagttatacatttatt |
206 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37626673 |
tctcggagcctccaaccgtaagtcattatcattatctgattttcaaatacggaaaagggtcaactcccaaacaaacaaatatacaagttatacatttatt |
37626772 |
T |
|
| Q |
207 |
taacatgtatttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcac |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |
|
|
| T |
37626773 |
taacatgtatttaaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacac-atgtgtcaacacccaaaacaacaatggactcgacaaatgcacaacac |
37626871 |
T |
|
| Q |
307 |
cctaaaggttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaatta |
406 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37626872 |
cctaaaggttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtagatatttgtgggcttcaaccaatta |
37626971 |
T |
|
| Q |
407 |
tgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaat |
506 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |
|
|
| T |
37626972 |
tgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacataccccacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaagac-acgagcctcaaccaat |
37627070 |
T |
|
| Q |
507 |
tatgagcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatg |
606 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37627071 |
tatgagcactcaaaaggaaacaataagcctcaaccaattatgggcactcaagacttcggatcccaaccaattatgggcaccaagcgacaatgaatgtatg |
37627170 |
T |
|
| Q |
607 |
catgcgacatctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccgactaaatcaatcattgtcttaaccacctactagagacactgatta |
706 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37627171 |
catgcgacacctgcatattaactccac-aaatagaccactcacaatgagtatgcgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgatta |
37627269 |
T |
|
| Q |
707 |
caccgacaacaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagtagtacaagatcaaggttca |
806 |
Q |
| |
|
|||||||| || |||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | || || ||||| ||||| |
|
|
| T |
37627270 |
caccgacaggaatgctgactaacaaaatatgctagacctcaatcaaggcatg-aaacaacaatttatactcacaaccaagcaatataaaatcaa-gttca |
37627367 |
T |
|
| Q |
807 |
catagtatataagcatgggcacaacacataaaacatgttaaaaaacatcat-catttaatcaacccagtaaatacatatataaaataagaaatggagcgc |
905 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||| | |||| |||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| || | |||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
37627368 |
catagtatgtaagcat-gatacaatacat-aaacatgtt-aaaaacatcatccttttaaaaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaatggagcg- |
37627463 |
T |
|
| Q |
906 |
ccctttccccttaaccttagccatatagcagctattaa |
943 |
Q |
| |
|
||||||||| | |||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
37627464 |
ccctttccc--ttaccttagcaatatagcagctattaa |
37627499 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 519
Target Start/End: Original strand, 37803113 - 37803625
Alignment:
| Q |
7 |
caaggctttctgcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacata |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||| |
|
|
| T |
37803113 |
caaggctttccgcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaacaaggcgcatcaaaggtctacata |
37803212 |
T |
|
| Q |
107 |
tctcggagcctccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaaataaatatacaagttatacatttatt |
206 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37803213 |
tctcggagcctccaaccgtaagtcattatcattatctgattttcaaatacggaaaagggtcaacttccaaacaaacaaatatacaagttatacatttatt |
37803312 |
T |
|
| Q |
207 |
taacatgtatttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcac |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| |
|
|
| T |
37803313 |
taacatgtatttaaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaatacaacaatggactcgacaaatgcacaacac |
37803412 |
T |
|
| Q |
307 |
cctaaaggttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaatta |
406 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37803413 |
cctaaatgttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttagagggcaacaaaagttcttcatagatatttgtgggcttcaaccaatta |
37803512 |
T |
|
| Q |
407 |
tgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaat |
506 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
37803513 |
tgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacataccccacgggttccaaccaattatgggcaccaaaagaagacaatatgccccaaccaat |
37803612 |
T |
|
| Q |
507 |
tatgagcactcaa |
519 |
Q |
| |
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| T |
37803613 |
tatgggcactcaa |
37803625 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 883
Target Start/End: Original strand, 14275467 - 14276344
Alignment:
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7 |
caaggctttctgcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacata |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||||| |||| | ||||| |||| ||||||||||| |
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|
| T |
14275467 |
caaggctttcagccttttactacccaagtacacatcctagttggtcaaaactttggacgcttgcgagaactctcgctaaggcgcaccgaaggtccacatt |
14275566 |
T |
|
| Q |
107 |
tctcggagcctccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatag-tcaactcccaaacaa--ataaatatacaagttatacatt- |
202 |
Q |
| |
|
||||| ||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||| |
|
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| T |
14275567 |
tctcgaagcttctaactgtaaattgatatcattatctgattttcaaatacggaaaaagggtcaactcccaaacaacaacaaacatacaagttacacattg |
14275666 |
T |
|
| Q |
203 |
-tatttaacatgtatttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcac |
301 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| || ||| |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| |
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|
| T |
14275667 |
atatttaacatgtattttaaaccattaaaatagtataattattaatataaggtacataaaatatcaacaccccaaacaccagtggactcgacaaatgcac |
14275766 |
T |
|
| Q |
302 |
ggcaccctaaaggttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaa-gttcttcgtaaatatttgtgggcttcaac |
400 |
Q |
| |
|
| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| |||||| |
|
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| T |
14275767 |
gacaccctaaggattgacctatatgcgacacaaatgatttggatatcacctcccttatagggcaacaaaaagttcttcgtagatatgtgtgggtttcaac |
14275866 |
T |
|
| Q |
401 |
caattatgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctca |
500 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
14275867 |
caattatgaacactccactgtggctccaaccaattagggacaccacataccccacgggtcccaactaattatgggcaccaaaagaaaacaacgagcctca |
14275966 |
T |
|
| Q |
501 |
accaattatgagcactcaa-aaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatga |
599 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14275967 |
accaattatgagcactcaaccaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcaggtcccaaccaattataggcaccacgcgacaatga |
14276066 |
T |
|
| Q |
600 |
atgtatgcatgcgacatctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccg----actaaatcaatcattgtcttaaccacctactaga |
695 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| | ||| |
|
|
| T |
14276067 |
atgtatgcatgcgacacatgattattaactccaaaaaatagatcacacacaatgagtatccgaccaaccaaattaatcattgtcttaaccacctgccaga |
14276166 |
T |
|
| Q |
696 |
gacactgattacaccgacaacaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagtagtacaag |
795 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| |||||| |||| |||| | ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||| ||||| |
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|
| T |
14276167 |
gacacagattacatcgacaataactctgactta-caaatatgcaagtccgcaattcagatatgaaaacaacaaattatgctcacagccaa----tacaaa |
14276261 |
T |
|
| Q |
796 |
atcaaggttcacatagtatataagcatgggcacaacacataaaacatgttaaaaaacatcatcatttaatcaacccagtaaatacata |
883 |
Q |
| |
|
| ||| ||||||||||||| ||||||| || |||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
14276262 |
agcaa-gttcacatagtatgtaagcat-ggtacaatacat-aaacatgtt-aaaaacatcatcattttaacaa-caagtaaatacata |
14276344 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 626 - 943
Target Start/End: Original strand, 37806299 - 37806609
Alignment:
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725 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||| |
|
|
| T |
37806299 |
aactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgattacaccgacagtaa---cgac |
37806395 |
T |
|
| Q |
726 |
taagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagtagtacaagatcaaggttcacatagtatataagcatggg |
825 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| | |
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|
| T |
37806396 |
taacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaataacaagttatactcacaacaaagcaatacaaaatcaa-gttcacatagtatgtaagcat-ga |
37806492 |
T |
|
| Q |
826 |
cacaacacataaaacatgttaaaaaacatcatcattt---aatcaacccagtaaatacatatataaaat-aagaaatggagcgcccctttccccttaacc |
921 |
Q |
| |
|
|||| |||| ||||||| | |||||||||||| ||| || || | |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| | ||| |
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|
| T |
37806493 |
tacaatacat-aaacatg-tcaaaaacatcatccttttaaaaaaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatggagcg-ccctttccc--ttacc |
37806587 |
T |
|
| Q |
922 |
ttagccatatagcagctattaa |
943 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
37806588 |
ttagcaatatagcagctattaa |
37806609 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 499 - 630
Target Start/End: Original strand, 37803568 - 37803698
Alignment:
| Q |
499 |
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598 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||| |||||| | |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
37803568 |
caaccaattatgggcac-caaaagaagacaatatgccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacacgacaatg |
37803666 |
T |
|
| Q |
599 |
aatgtatgcatgcgacatctggttattaactc |
630 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
37803667 |
aatgtatgcatgcgacacctgcatattaactc |
37803698 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 670 - 785
Target Start/End: Original strand, 33614493 - 33614608
Alignment:
| Q |
670 |
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769 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||| || ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
33614493 |
aatcattgtcttaaccacatacgagagacacaaattacaccaacaataatttcgacttacaaaatatgcaagaccacaattcacgcataaaaacaacaaa |
33614592 |
T |
|
| Q |
770 |
ttatactcacaaccaa |
785 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
33614593 |
ttatactcacaaccaa |
33614608 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 542; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 944
Target Start/End: Complemental strand, 29823585 - 29822663
Alignment:
| Q |
11 |
gctttctgcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacatatctc |
110 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
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gctttccgcctttcactacccaaagacacaccctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcgcaccaaaggtccacatatctc |
29823486 |
T |
|
| Q |
111 |
ggagcctccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaaataaatatacaagttatacatttatttaac |
210 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
29823485 |
ggagcctccaactgtaagtcattatcattatctgattttcaaatacggaaaagggtcaactcccaaacaaacaaata--caagttatacatatatttaat |
29823388 |
T |
|
| Q |
211 |
atgtatttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcacccta |
310 |
Q |
| |
|
|||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||| || || |||||| ||||| ||| |||| || |
|
|
| T |
29823387 |
gggtatttcaagacaaacaaatagtacaaataataatataaactacacaaa-tgtcaagacccaagacatcagtgaactcgacaaatgaacgacacctta |
29823289 |
T |
|
| Q |
311 |
aaggttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaattatgaa |
410 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29823288 |
aag-ttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtagataattgtgggcttcaaccaattatgaa |
29823190 |
T |
|
| Q |
411 |
cactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaattatg |
510 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29823189 |
cactccaccgtggctccaaccaattatggacaccacataccctacgggtcccatccaattatgggcgccaaaagaagacaacgagcctcaaccaattatg |
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T |
|
| Q |
511 |
agcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatg |
610 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29823089 |
agcactcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgggcgctcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatg |
29822990 |
T |
|
| Q |
611 |
cgacatctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccgactaaatcaatcattgtcttaaccacctactagagacactgattacacc |
710 |
Q |
| |
|
||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
29822989 |
cgacacctgcttatt-actccacaaaatagaccactcacaatgagtatctgactaaattaatcatggtcttaaccacctgctagagacattgattacacc |
29822891 |
T |
|
| Q |
711 |
gacaacaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagtagtacaagatcaaggttcacata |
810 |
Q |
| |
|
|||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
29822890 |
gacagtaactccgactaacaaaatatgcaagaccacaatccaagcatg-aaacaacaagtcatactcacaaccaagcaatacaaaatcaa-gttcacata |
29822793 |
T |
|
| Q |
811 |
gtatataagcatgggcacaacacataaaacatgttaaaaaacatcat-catttaatcaacccagtaaatacatatataaaat-aagaaatggagcgcccc |
908 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| | |||| |||| ||||||||| ||||||| ||| | ||||| || | |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| |
|
|
| T |
29822792 |
gtatgtaagcat-gatacaatacat-aaacatgtt-aaaaacaccatccttttaaaaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatggagcg-ccc |
29822697 |
T |
|
| Q |
909 |
tttccccttaaccttagccatatagcagctattaag |
944 |
Q |
| |
|
|||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29822696 |
tttccc--ttaccttagcaatatagcagctattaag |
29822663 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 694
Target Start/End: Original strand, 451497 - 452171
Alignment:
| Q |
19 |
cctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacatatctcggagcctc |
118 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| ||||| |||| | ||||| ||| ||||||||||| ||| |||||| |
|
|
| T |
451497 |
cctttaactacccaaagacacaccctaactggtcataactttggacgcttgcgagaactctcgctaaggcggacccaaggtccacatcactctaagcctc |
451596 |
T |
|
| Q |
119 |
caactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatag-tcaactcccaaacaa--ataaatatacaagttatacatttatttaacatgta |
215 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |
|
|
| T |
451597 |
caactgtaagtcattatcattatctgattttcaaatacggaaaaagggttaactcccaaacaacaacaaatatacaagttatacatatatttaacaggta |
451696 |
T |
|
| Q |
216 |
tttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcaccctaaaggt |
315 |
Q |
| |
|
||| ||| || ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||| ||||| ||| |||| ||||| | |
|
|
| T |
451697 |
tttcaagacaagcaaatagtacaa-taataatataaactacacaaaatgtcaagacccaagacaccagtggactcgacaaatgaacgacaccttaaagct |
451795 |
T |
|
| Q |
316 |
tgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaattatgaacactc |
415 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
451796 |
-gacctataggcgacacaaattaatcggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtagatatttgtaagcttcaaccaattatgaacactc |
451894 |
T |
|
| Q |
416 |
caccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaattatgagcac |
515 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
451895 |
caccgtagctccaaccaattatggacaccacattccccacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagtcccaaccaattatgagcac |
451994 |
T |
|
| Q |
516 |
tcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcgaca |
615 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
451995 |
tcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacacgacaatgaatgtatgcatgtgaca |
452094 |
T |
|
| Q |
616 |
tctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccgactaaatcaatcattgtcttaaccacctactag |
694 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||| | | | | | |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||| |
|
|
| T |
452095 |
cctgattattaactccacaaaaaacaccgctcttaatgagtaaccgactaaattaatcat--tcttaaccacctgctag |
452171 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 662
Target Start/End: Original strand, 7093331 - 7093976
Alignment:
| Q |
18 |
gcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacatatctcggagcct |
117 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| | ||||| |||| || |||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
7093331 |
gcctttaactacccaaagacacaccctagctggtcataactttggacgcttgcgagac-tctcgctaaggcgcacctaaagtccacatcactcgaagcct |
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T |
|
| Q |
118 |
ccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaa--ataaatatacaagttatacatttatttaacatgta |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||| |||| |||||| | |
|
|
| T |
7093430 |
ccaactgtaaatcattatcattatctgattttcaaatacggaaaagggtcaactcccaaacaacaacaaacatacaagttgtacatatattaaacatgaa |
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T |
|
| Q |
216 |
tttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcaccctaaaggt |
315 |
Q |
| |
|
||| ||| || |||||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
7093530 |
tttcaagacaagcaaattgtacaaaaattaatataac-tacacaaagtgtcaacaccaaaaacacatgtggactcgacaaatgcacaacaccctaaagac |
7093628 |
T |
|
| Q |
316 |
tgacctatatgcgacac-aaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaattatgaacact |
414 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7093629 |
cgacctatatgcgactccaaatgatccggatatcacctctcttaaaggacaacaaaagttcttcgtagatatttgtgggctccaaccaattatgaacact |
7093728 |
T |
|
| Q |
415 |
ccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaattatgagca |
514 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7093729 |
ccaccgtgactccaaccaattatggacaccacataccccacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaattatgagca |
7093828 |
T |
|
| Q |
515 |
ctcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcgac |
614 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7093829 |
ctcacaaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcctaaccaattatgggcaccacgcaacaatgaatgtatgcatgcgac |
7093928 |
T |
|
| Q |
615 |
atctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccga |
662 |
Q |
| |
|
| ||| |||||||||||| ||||||| || || ||||| ||||||| |
|
|
| T |
7093929 |
acctgcatattaactccaccaaatagacaactcacaatgaatatccga |
7093976 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 662
Target Start/End: Original strand, 7097072 - 7097709
Alignment:
| Q |
25 |
actacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacatatctcggagcctccaactg |
124 |
Q |
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| T |
7097072 |
actacccaaagacacaccctagctggtcataactttg-acgcttgcgagac-tctcgctaaggtgcacctaaagtccacatcactcgaagcctccaactg |
7097169 |
T |
|
| Q |
125 |
taactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaa--ataaatatacaagttatacatttatttaacatgtatttgaag |
222 |
Q |
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| T |
7097170 |
taaatcattatcattatctgattttcaaatacggaaaagggtcaactcccaaacaacaacaaacatacaagttgtacatatattaaacatgaatttcaag |
7097269 |
T |
|
| Q |
223 |
gcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcaccctaaaggttgaccta |
322 |
Q |
| |
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| T |
7097270 |
acaagcaaattgtacaaaaattaatataac-tacacaaaatgtcaacacccaaaacacatgtggactcgacaaatgcacaacaccctaaagaccgaccta |
7097368 |
T |
|
| Q |
323 |
tatgcgacac-aaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaattatgaacactccaccgt |
421 |
Q |
| |
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| T |
7097369 |
tatgcgactccaaatgatccggatatcacctctcttaaaggacaacaaaagttcttcgtagatatttgtgggctccaaccaattatgaacactccaccgt |
7097468 |
T |
|
| Q |
422 |
gactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaaa |
521 |
Q |
| |
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| T |
7097469 |
gactccaaccaattatggacaccacataccccacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaattatgagcactcacaa |
7097568 |
T |
|
| Q |
522 |
ggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcgacatctggt |
621 |
Q |
| |
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| T |
7097569 |
ggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcctaaccaattatgggcaccacgcaacaatgaatgtatgcatgcgacacctgca |
7097668 |
T |
|
| Q |
622 |
tattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccga |
662 |
Q |
| |
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|
|
| T |
7097669 |
tattaactccaccaaatagacaactcacaatgaatatccga |
7097709 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
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Target Start/End: Original strand, 7093977 - 7094196
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785 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |
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|
| T |
7093977 |
acctgctagagacattgattacaccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaacaacaatttatactcacaaccaa |
7094075 |
T |
|
| Q |
786 |
gtagtacaagatcaaggttcacatagtatataagcatgggcacaacacataaaacatgttaaaaaacatcatcattt--aatcaacccagtaaatacata |
883 |
Q |
| |
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| | ||||| ||||| |||||| |||||| ||||||| | |||| |||| ||||||||| |||||||||||| ||| || || | |||||||||||| |
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|
| T |
7094076 |
gcaatacaaaatcaa-gttcacctagtatgtaagcat-gatacaatacat-aaacatgtt-aaaaacatcatccttttaaaaaaaacaagtaaatacata |
7094171 |
T |
|
| Q |
884 |
tataaaat-aagaaatggagcgccc |
907 |
Q |
| |
|
|||||||| || ||||||||||||| |
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| T |
7094172 |
tataaaataaaaaaatggagcgccc |
7094196 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 686 - 907
Target Start/End: Original strand, 7097710 - 7097929
Alignment:
| Q |
686 |
acctactagagacactgattacaccgacaacaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaa |
785 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
7097710 |
acctgctagagacattgattacaccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaacaacaatttatactcacaaccaa |
7097808 |
T |
|
| Q |
786 |
gtagtacaagatcaaggttcacatagtatataagcatgggcacaacacataaaacatgttaaaaaacatcatcattt--aatcaacccagtaaatacata |
883 |
Q |
| |
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| | ||||| ||||| |||||| |||||| ||||||| | |||| |||| ||||||||| |||||||||||| ||| || || | |||||||||||| |
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| T |
7097809 |
gcaatacaaaatcaa-gttcacctagtatgtaagcat-gatacaatacat-aaacatgtt-aaaaacatcatccttttaaaaaaaacaagtaaatacata |
7097904 |
T |
|
| Q |
884 |
tataaaat-aagaaatggagcgccc |
907 |
Q |
| |
|
|||||||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
7097905 |
tataaaataaaaaaatggagcgccc |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 702 - 907
Target Start/End: Original strand, 453952 - 454152
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801 |
Q |
| |
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| T |
453952 |
gattacaccgacaatagctccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcatacatgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaa- |
454050 |
T |
|
| Q |
802 |
gttcacatagtatataagcatgggcacaacacataaaacatgttaaaaaacatcatcatttaatcaacccagtaaatacatatataaaat-aagaaatgg |
900 |
Q |
| |
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|
| T |
454051 |
gttcacatagtatgaaagca-gggtacactatat-aaacatgtt--aaaacatcatcattttaacaa-caagtaactacatatataaaataaaaaaatgg |
454145 |
T |
|
| Q |
901 |
agcgccc |
907 |
Q |
| |
|
||||||| |
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| T |
454146 |
agcgccc |
454152 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 75 - 218
Target Start/End: Original strand, 45462374 - 45462520
Alignment:
| Q |
75 |
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174 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| |||| || | |||| ||||||||| ||| | |||||| ||||||||| |
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|
| T |
45462374 |
aatctcaccaaggcgcaccaaaggtccacatatcgcgaagcctccaaccgtaaatcgtgatcaatatctgattccaaaaaatggaaaaggatcaactccc |
45462473 |
T |
|
| Q |
175 |
aaacaaataaa---tatacaagttatacatttatttaacatgtattt |
218 |
Q |
| |
|
||||||| ||| || |||| ||| |||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
45462474 |
aaacaaaaaaaaattacacaacttacacatgtatataacatgtattt |
45462520 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 8378493 - 8377711
Alignment:
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117 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| | ||||| |||| || |||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
8378493 |
gcctttaactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacgcttgcgagac-tctcgctaaggcgcacctaaagtccacatcactcgaagcct |
8378395 |
T |
|
| Q |
118 |
ccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaa--ataaatatacaagttatacatttatttaacatgta |
215 |
Q |
| |
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| T |
8378394 |
ccaactgtaagtcattatcattatctgattttcaaatacggaaaagggtcaattcccagacaacaacaaacatacaagttgtacatatattgaacatgaa |
8378295 |
T |
|
| Q |
216 |
tttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcaccctaaaggt |
315 |
Q |
| |
|
||| ||| || |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
8378294 |
tttcaagacaagcaaattgtacaaaaattaatataac-tacacaaaatgtcaacacccaaaacacatgtggactcgacaaatgcacaacaccctaaagac |
8378196 |
T |
|
| Q |
316 |
tgacctatatgcgacac-aaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaattatgaacact |
414 |
Q |
| |
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|
|
| T |
8378195 |
cgaactatatgcgactccaaatgatccggatatcacctcccttaaaggacaacaaaagttcttcgtagatatttgtgggctccaaccaattatgaacact |
8378096 |
T |
|
| Q |
415 |
ccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaattatgagca |
514 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8378095 |
ccgccgtgactccaaccaattatggacaccacataccccacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgggcctcaaccaattatgagca |
8377996 |
T |
|
| Q |
515 |
ctcaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcgac |
614 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8377995 |
ctcacaaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcaacaatgaatgtatgcatgcgac |
8377896 |
T |
|
| Q |
615 |
atctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccgactaaatcaatcattgtcttaaccacctactagagacactgattacaccgaca |
714 |
Q |
| |
|
| ||| |||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
8377895 |
acctgcatattaactccacaaaatagacaactcacaatgaatatccgactaaattaatcactgtcttaaccacctgctagagacattgattacaccgaca |
8377796 |
T |
|
| Q |
715 |
acaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagtagtacaagatcaa |
800 |
Q |
| |
|
||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||| |
|
|
| T |
8377795 |
gtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaacaacaatttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaa |
8377711 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0070 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:
Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 786
Target Start/End: Original strand, 58140 - 58897
Alignment:
| Q |
18 |
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117 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||| |||| ||||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
58140 |
gcctttaactacccaaagagacaccctaatttgtcataactttggacgcttgcgagaactctcactaaggtgcacccaaggtccacatcagtctaagcct |
58239 |
T |
|
| Q |
118 |
ccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatag-tcaactcccaaacaa--ataaatatacaagttatacatttatttaacatgt |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| | |
|
|
| T |
58240 |
ccaactgtaagtcattatcattatctgattttcaaatacggaaaaagggtcaactcccaaacaacaacaaatatacaagttatacatatatttaacacgc |
58339 |
T |
|
| Q |
215 |
atttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcaccctaaagg |
314 |
Q |
| |
|
|||| ||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| |
|
|
| T |
58340 |
atttcaagacaataaaatagtacaaataataatataaactacacaaaatgtcaagacccaagacaccaatggactcgacaaatgaacgacaccttaaagc |
58439 |
T |
|
| Q |
315 |
ttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaattatgaacact |
414 |
Q |
| |
|
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
58440 |
t-gacatatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttgtagggcaacaaaagttcttcgtagatatttgtgagcttcaaccaattatgaacact |
58538 |
T |
|
| Q |
415 |
ccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaattatgagca |
514 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
58539 |
ccaccgtagctccaaccaattatggacaccacataccccacgtgtcccaaccaattatgggcaccaaaagaagacaacgagcctcaaccaattatgagca |
58638 |
T |
|
| Q |
515 |
ctc-aaaaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcga |
613 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
58639 |
ctcaaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcga |
58738 |
T |
|
| Q |
614 |
catctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccgactaaatcaatcattgtcttaaccacctactagagacactgattacaccgac |
713 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| ||||||||| | | | | || |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||| |
|
|
| T |
58739 |
cagctggttattaattccacaaaaaacacctctcataatgagtaaccgactaaattaatcat--tcttaaccacctgctagagacacagattgcac---- |
58832 |
T |
|
| Q |
714 |
aacaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaag |
786 |
Q |
| |
|
||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
58833 |
--------cgacttacaaaatatgcaagaccacaattcatgcatgaaaacaacaagttatattcacaaccaag |
58897 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 907
Target Start/End: Original strand, 11991282 - 11992187
Alignment:
| Q |
7 |
caaggctttctgcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacata |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||| |||| | ||||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
11991282 |
caaggctttcgaccttttactacccaagtacacatcctagctagtcaaaactttggacgcttgcgagaactctcgctaaggcgcaccggaggtccacatc |
11991381 |
T |
|
| Q |
107 |
tctcggagcctccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatag-tcaactcccaaacaa--ataaatatacaagttatacatt- |
202 |
Q |
| |
|
||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||| |
|
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| T |
11991382 |
tctcgaagcttccaactgtaaatcgatatcattatctaattttaaaatacggaaaaagggtcaactcccaaacaacaacaaacatacaagttacacatag |
11991481 |
T |
|
| Q |
203 |
-tatttaacatg----tatttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaat |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| || ||| ||| | || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| || ||||||||| |||| |
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| T |
11991482 |
atatttaacatgcatgtattttaaaccattaaaacaatataattattaatataaggtacataaaatatcaacaccccaaacaccagtggactcgacaaat |
11991581 |
T |
|
| Q |
298 |
gcacggcaccctaaaggttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaa-gttcttcgtaaatatttgtgggctt |
396 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| || |
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| T |
11991582 |
gcacgacaccctaaggattaacctatatgcgatacaaatgatccggatatcatctcccttatagggcaataaaaagttcttcgtagatatttgtggggtt |
11991681 |
T |
|
| Q |
397 |
caaccaattatgaacactccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagc |
496 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
11991682 |
caaccaattatgaacactccaccgtggctccaaccaattatggacaccacataccccacgggtcccaaccaattatgggcaccaaatgaaatcaacgagc |
11991781 |
T |
|
| Q |
497 |
ctcaaccaattatgagcactcaa-aaggaaacaataagccccaaccaattatgagcattcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacgcgaca |
595 |
Q |
| |
|
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| T |
11991782 |
ctcaaccaattatgagcactcaaccaagaaacgataagcctcaaccaattatgggcactcaagactttgggtcccaaccaattatgggcaccatgcgaca |
11991881 |
T |
|
| Q |
596 |
atgaatgtatgcatgcgacatctggttattaactccacaaaatagatcacccaaaatgagtatccgactaaatcaatcattgtctt-aaccacctactag |
694 |
Q |
| |
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| T |
11991882 |
atgaatgcatgcttgcgacacatggttattaactccacaaaatagatcactcacaatgagtattcgaccaaattaatcattgtcttaaaccacctgctag |
11991981 |
T |
|
| Q |
695 |
agacactgattacaccgacaacaacttcgactaagaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagtagtacaa |
794 |
Q |
| |
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| T |
11991982 |
agacacggattacaccgacaataactcggacttacaaaatatgcaagaccgcaattcagacatgaaaacaacgaattatactcacagccaagcaatacaa |
11992081 |
T |
|
| Q |
795 |
gatcaaggttcacatagtatataagcatgggcacaacacataaaacatgttaaaaaacatcatcatttaatcaacccagtaaatacatatataaaataag |
894 |
Q |
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| T |
11992082 |
aatcaa-gttc-catagtatgtatgcat-ggtacaatacat-aaatatgtt-aaaaacattatcttttaa-caa-caagtaaatacatatataaaataaa |
11992174 |
T |
|
| Q |
895 |
aaatggagcgccc |
907 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
11992175 |
aaatggagcgccc |
11992187 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 7 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 639589 - 639416
Alignment:
| Q |
7 |
caaggctttctgcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacata |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| | |||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
639589 |
caaggctttcagactttcactacccaagtacacatcctaaccggtcataaatttggacgcttgtgtgaaatctcaccaaggcgcaccaaaggtccacata |
639490 |
T |
|
| Q |
107 |
tctcggagcctccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaa |
180 |
Q |
| |
|
||||| |||||| ||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |
|
|
| T |
639489 |
tctcgaagcctcaaaccgtaagtcgttatctttatctgattttcaaatacggaaaaagggtaactcccaaacaa |
639416 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 232 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 639307 - 639146
Alignment:
| Q |
232 |
tagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaa-aacaacaa-tggactcgaaaaatgcacggc-accctaaaggttgacctatatgcg |
328 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
639307 |
tagtacaaatattaaaatgaagtacacaaaatgtcaaaactcattaacaagaagttgactcaacaaatgcacgaccaccctaaagaacgacctatatgcc |
639208 |
T |
|
| Q |
329 |
aca-caaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttg |
389 |
Q |
| |
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| ||||||||| |||||||||||||||| ||| | |||| ||||||||| || ||||||| |
|
|
| T |
639207 |
aatgcaaatgatctggatatcacctcccttttagagaaacataagttcttcctagatatttg |
639146 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0060 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 1)
Name: scaffold0060
Description:
Target: scaffold0060; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 18 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 17342 - 16837
Alignment:
| Q |
18 |
gcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacatatctcggagcct |
117 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||| ||||| |||| | ||||| |||| ||||||||||| ||| ||||| |
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| T |
17342 |
gcctttaactacccaaagacacaccctaactggtcataattttggacgcttgcgagaactctcgctaaggcgcacccaaggtccacatcactctaagcct |
17243 |
T |
|
| Q |
118 |
ccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatag-tcaactcccaaacaa--ataaatatacaagttatacatttatttaacatgt |
214 |
Q |
| |
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| T |
17242 |
ccaaatgtaagtcattatcatcatctaattttcaaatacggaaaaaggatcaactcccaaacaacaacaaatatacaagttatacatatatttaacaggt |
17143 |
T |
|
| Q |
215 |
atttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacacaaaatgtcaacacccaaaacaacaatggactcgaaaaatgcacggcaccctaaagg |
314 |
Q |
| |
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| T |
17142 |
atttcaagacaagcaaatagtacgaataataatataaactacacaaaatgtcaagacccaagacactagtggactcgacaaatgaacgacaccttaaag- |
17044 |
T |
|
| Q |
315 |
ttgacctatatgcgacacaaatgatccggatatcacctcccttatagggcaacaaaagttcttcgtaaatatttgtgggcttcaaccaattatgaacact |
414 |
Q |
| |
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| T |
17043 |
ttgacctatatgtgacacaaatgatccggatatcgcctcccttataggacaacaaaagttcttcatagatatttgtgagcttcagccaattatcaacact |
16944 |
T |
|
| Q |
415 |
ccaccgtgactccaaccaattatggacaccacatacctcacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgagcctcaaccaattatgagca |
514 |
Q |
| |
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|
| T |
16943 |
ccaccgtagctccaaccaattatggacaccacataccccacgggtcccaaccaattatgggcaccaaaagaaatcaacgaacctcaaccaattatgagca |
16844 |
T |
|
| Q |
515 |
ctcaaaa |
521 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
16843 |
ctcaaaa |
16837 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold2006 (Bit Score: 200; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold2006
Description:
Target: scaffold2006; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 7 - 258
Target Start/End: Original strand, 916 - 1167
Alignment:
| Q |
7 |
caaggctttctgcctttcactacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacata |
106 |
Q |
| |
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| T |
916 |
caaggctttccgcctttcactaccaaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaacaaggcgcaacaaaggtcaacata |
1015 |
T |
|
| Q |
107 |
tctcggagcctccaactgtaactcattatcattatctgattttcaaatacggaaaatagtcaactcccaaacaaataaatatacaagttatacatttatt |
206 |
Q |
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| T |
1016 |
tctcggagcctccaaccgtaagtcattatcattatctgattttcaaatacggaaaagggtcaactaccaaacaaacaaatatacaagttatacatttatt |
1115 |
T |
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| Q |
207 |
taacatgtatttgaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacac |
258 |
Q |
| |
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| T |
1116 |
taacatgtatttaaaggcatgcaaatagtacaaatattaatataaagtacac |
1167 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 46; Significance: 1e-16; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 26 - 123
Target Start/End: Original strand, 30749722 - 30749818
Alignment:
| Q |
26 |
ctacccaaagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcaccaaggcacaccaaaggtccacatatctcggagcctccaact |
123 |
Q |
| |
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| T |
30749722 |
ctacccaaa-acacaccctagatgatcataactttgaacgcttgtgagaactctctccaaggtgcaccaaaggtccacaaatctcagagcctccaact |
30749818 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 123
Target Start/End: Original strand, 30759986 - 30760078
Alignment:
| Q |
33 |
aagacacatcctagctggtcataactttggacacttgtgagaaatctcac--caaggcacaccaaaggtccacatatctcggagcctccaact |
123 |
Q |
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| T |
30759986 |
aagatacaccctagatgatcataactttggacgcttgtgagaactctctctccaaggtgcaccaaaggtccacaaatctctgagcctccaact |
30760078 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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