View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3069_high_5 (Length: 661)

Name: NF3069_high_5
Description: NF3069
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3069_high_5
NF3069_high_5
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (15-642)||(46997516-46998143)
chr3 (20-622)||(46974473-46975075)
chr3 (20-637)||(46980447-46981062)
chr3 (15-642)||(46995256-46995895)
chr3 (233-634)||(47001187-47001589)
chr3 (15-247)||(47001603-47001835)
chr3 (20-617)||(46951039-46951633)
chr3 (18-148)||(46955842-46955972)
chr3 (20-173)||(46958673-46958826)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 46998143 - 46997516
Alignment:
Q  15 cacagagcagtcaaccatgatggacacaccatgtctttgttgtccattcaagttactgaattattggatagtgtttttataggttgttccatgaatcatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46998143 cacagagcagtcaaccatgatggacacaccatgtctttgttgtccattcaagttactgaattattggatagtgtttttataggttgttccatgaatcatt 46998044  T
Q  115 gtattggtgatggaactggttattggaatttctttaacttattttctgagatatttcaaaatgatgttcatgttcctgttccgatttcacataaacctac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  46998043 gtattggtgatggaactggttattggaatttctttaactcattttctgagatatttcaaaatgatgttcatgttcctgttccgatttcacataaacctat 46997944  T
Q  215 tcacaataaatggtttccagaaggttatggtccaatcatcaaccttcctttcaaacatcatgacgagtttattcatagatatgaaacacctattttgaga 314  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46997943 tcacaatagatggtttccagaaggttatggtccaatcatcagccttcctttcaaacatcatgacgagtttattcatagatatgaaacacctattttgaga 46997844  T
Q  315 gagagaatatttcatttttcagcagagtctattgcgaaacttaaagcaaaagctaacaaagagtctgatacaaacaaaatctcttcttttcaatccttat 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46997843 gagagaatatttcatttttcagcagagtctattgcgaaacttaaagcaaaagctaacaaagagtctgatacaaacaaaatctcttcttttcaatccttat 46997744  T
Q  415 cagcactagtttggagatgtctaacgcgtgcacgtcagttacaacaaggtcaacgaacaacttgcaaattggccataaacaaccgaacgagaatggaacc 514  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  46997743 cagcactagtttggagatctctaacgcgtgcacgtcagttacaacaaggtcaacgaacaacttgcaaattggccgtaaacaaccgaacgagaatggaacc 46997644  T
Q  515 acctcttcctaaggaatattttgggaattccatctacgcagtgagggctgaaacaacggtaggggaattgctggaaaatgatctaggatgggcagcatgg 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46997643 acctcttcctaaggaatattttgggaattccatctacgcagtgagggctgaaacaacggtaggggaattgctggaaaatgatctaggatgggcagcatgg 46997544  T
Q  615 aagattcacctggctattgcaaactatg 642  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46997543 aagattcacctggctattgcaaattatg 46997516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 46975075 - 46974473
Alignment:
Q  20 agcagtcaaccatgatggacacaccatgtctttgttgtccattcaagttactgaattattggatagtgtttttataggttgttccatgaatcattgtatt 119  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||  | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  46975075 agcagtcagccatgatggtcataccatgtctttattaactattcaagtaactgaattattggatggtgtttttataggttgttccatgaatcattgtata 46974976  T
Q  120 ggtgatggaactggttattggaatttctttaacttattttctgagatatttcaaaatgatgttcatgttcctgttccgatttcacataaacctactcaca 219  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||    
T  46974975 ggtgatgggactggttattggaatttctttaactcattttctgagatatttcaaaatgatattcatgttcttgttccgatttcacatcaacctatccaca 46974876  T
Q  220 ataaatggtttccagaaggttatggtccaatcatcaaccttcctttcaaacatcatgacgagtttattcatagatatgaaacacctattttgagagagag 319  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||| | ||||| ||||||||    
T  46974875 atagatggtttccacaaggttatggtccgattatcaaccttccattcaaacatcacgaggagtttgttcacagatatgaaacatccattttaagagagag 46974776  T
Q  320 aatatttcatttttcagcagagtctattgcgaaacttaaagcaaaagctaacaaagagtctgatacaaacaaaatctcttcttttcaatccttatcagca 419  Q
    ||| || ||||||||||| ||||||||   |||||| |||||||| || ||  |||||||| ||||||  ||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  46974775 aatcttccatttttcagctgagtctataatgaaactgaaagcaaaggcaaatgaagagtctaatacaagaaaaatttcttcgtttcaatctttatcagca 46974676  T
Q  420 ctagtttggagatgtctaacgcgtgcacgtcagttacaacaaggtcaacgaacaacttgcaaattggccataaacaaccgaacgagaatggaaccacctc 519  Q
     |||||||||||| | |||| |||||||||||  ||||||| |||||  |||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46974675 ttagtttggagatctataactcgtgcacgtcaactacaacacggtcagagaacaacttgcaaactggctacaaacaaccgaacgagaatggaaccacctc 46974576  T
Q  520 ttcctaaggaatattttgggaattccatctacgcagtgagggctgaaacaacggtaggggaattgctggaaaatgatctaggatgggcagcatggaagat 619  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |  | || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  46974575 ttccgaaggaatattttgggaattcacttcatgcggtgagtgctgaaacgacggtaggggaattgctggagaatgatctaggatgggcagcatggaaaat 46974476  T
Q  620 tca 622  Q
    |||    
T  46974475 tca 46974473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 20 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 46981062 - 46980447
Alignment:
Q  20 agcagtcaaccatgatggacacaccatgtctttgttgtccattcaagttactgaattattggatagtgtttttataggttgttccatgaatcattgtatt 119  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| ||    
T  46981062 agcagtcaaccatgatggtcataccatgtctttgttgtctattcaagtcactgaattagtagatggtgttttcattggttgttccatgaatcattgtctt 46980963  T
Q  120 ggtgatggaactggttattggaatttctttaacttattttctgagatatttcaaaatgatgttcatgttcctgttccgatttcacataaacctactcaca 219  Q
     |||||||||| | ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||  ||| ||||||||| ||||||  ||||    
T  46980962 tgtgatggaacagcttattggaatttcttcaacacattttctgagatatttcaaaatgatgttcctgctgct--tcccatttcacatcaacctatccaca 46980865  T
Q  220 ataaatggtttccagaaggttatggtccaatcatcaaccttcctttcaaacatcatgacgagtttattcatagatatgaaacacctattttgagagagag 319  Q
    | | |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  | |||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  46980864 agagatggtttccacaaggttatggtccaattatcaaccttccattcaaacatcaccatgagtttgttcacagatatgaaacacccattttaagagagag 46980765  T
Q  320 aatatttcatttttcagcagagtctattgcgaaacttaaagcaaaagctaacaaagagtctgatacaaacaaaatctcttcttttcaatccttatcagca 419  Q
    ||| || ||||||||||  || ||||| || |||||||||||||| || ||   ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  46980764 aatcttccatttttcagtggaatctatagcaaaacttaaagcaaaggcaaatgcagagtctaatacaaacaaaatttcttcgtttcaatctttatcagca 46980665  T
Q  420 ctagtttggagatgtctaacgcgtgcacgtcagttacaacaaggtcaacgaacaacttgcaaattggccataaacaaccgaacgagaatggaaccacctc 519  Q
     |||||||||||| | |||| | |||||||||  ||||||| |||||  |||||||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46980664 ttagtttggagatctataactcatgcacgtcaactacaacacggtcagagaacaacttgcaaaatggctacaaacaaccgaacaagaatggaaccacctc 46980565  T
Q  520 ttcctaaggaatattttgggaattccatctacgcagtgagggctgaaacaacggtaggggaattgctggaaaatgatctaggatgggcagcatggaagat 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | || | |||||| |||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  46980564 ttcctaaggaatattttgggaattcactttatgtagtgagtgctgaaacgacggtaggagagttgctggagaatgatctaggatgggcagcatggaaaat 46980465  T
Q  620 tcacctggctattgcaaa 637  Q
    |||  |||||||||||||    
T  46980464 tcatgtggctattgcaaa 46980447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 15 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 46995895 - 46995256
Alignment:
Q  15 cacagagcagtcaaccatgatggacacaccatgtctttgttgtccattcaagttactgaattattggatagtgtttttataggttgttccatgaatcatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||| ||      
T  46995895 cacagagcagtcaaccatgatggacacaccatgtctttgttgtccattcaagtcactgaattattagacggtgttttcataggttgttccatgaaccacg 46995796  T
Q  115 gtattggtgatggaactggttattggaatttctttaacttattttctgagatatttcaaaa------------tgatgttcatgttcctgttccgatttc 202  Q
     | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||            |||||||||| |||||||||| |||||    
T  46995795 ctgttggtgatggaactgcttattggaatttctttaatacactttctgagatatttcaaaaggttgttgatgttgatgttcatattcctgttcctatttc 46995696  T
Q  203 acataaacctactcacaataaatggtttccagaaggttatggtccaatcatcaaccttcctttcaaacatcatgacgagtttattcatagatatgaaaca 302  Q
    |||  |||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  46995695 acaccaacctattcacaatagatggtttcctgaaggctatggtccaattatcaaccttcctttcaaacatcacgacgagtttattcatagatatgaagca 46995596  T
Q  303 cctattttgagagagagaatatttcatttttcagcagagtctattgcgaaacttaaagcaaaagctaacaaagagtctgatacaaacaaaatctcttctt 402  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||| || ||||||||||  || ||||  ||||||||||| |    
T  46995595 cctattttgagagagagaatcttccatttttcagcagagtttatagcaaaactcaaagcaaaggcaaacaaagagtgcgagacaacgaaaatctcttcgt 46995496  T
Q  403 ttcaatccttatcagcactagtttggagatgtctaacgcgtgcacgtcagttacaacaaggtcaacgaacaacttgcaaattggccataaacaaccgaac 502  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||| ||||  ||||   |||| || | |||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46995495 ttcaatctttatctgcactagtttggagatctataactcgtgtgcgtcgactacaccatgatcagagaacgacttgcaaattggctataaacaaccgaac 46995396  T
Q  503 gagaatggaaccacctcttcctaaggaatattttgggaattccatctacgcagtgagggctgaaacaacggtaggggaattgctggaaaatgatctagga 602  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||  ||||||||||   ||| || |||||||| ||||  ||||||    
T  46995395 gagaatggaaccgtctcttcctaaggaatattttgggaattcagtttacgcagtgagcactgaaacaacaaaaggtgagttgctggagaatggactagga 46995296  T
Q  603 tgggcagcatggaagattcacctggctattgcaaactatg 642  Q
    | |||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  46995295 ttggcatcatggaagattcatctagctattgcaaaatatg 46995256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 233 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 47001589 - 47001187
Alignment:
Q  233 agaaggttatggtccaatcatcaaccttcctttcaaacatcatgacgagtttattcatagatatgaaacacctattttgagagagagaatatttcatttt 332  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||| ||||| ||||||    
T  47001589 agaaggttatggtccaactatcaaccttcctttcaaacatcacgacgagtttattcacagatatcaagcacctactttgagagagaggatattccatttt 47001490  T
Q  333 tcagcagagtctattgcgaaacttaaa-gcaaaagctaacaaagagtctgatacaaacaaaatctcttcttttcaatccttatcagcactagtttggaga 431  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47001489 tcagcagagtctatagcgaaacttaaaggcaaaagctaacaaagagtttgatacaaacaaaatctcttcgtttcaatctttatcagcactagtttggaga 47001390  T
Q  432 tgtctaacgcgtgcacgtcagttacaacaaggtcaacgaacaacttgcaaattggccataaacaaccgaacgagaatggaaccacctcttcctaaggaat 531  Q
    | | |||| |||||| ||||   ||||   |||||| |||||||||| || ||| |  ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||    
T  47001389 tctataactcgtgcatgtcaacaacaatgcggtcaaagaacaacttgtaagttgtctttaaacaaccgaactagaatagaaccgcctcttccaaatgaat 47001290  T
Q  532 attttgggaattccatctacgcagtgagggctgaaacaacggtaggggaattgctggaaaatgatctaggatgggcagcatggaagattcacctggctat 631  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||  | ||||||||||| |||||||| ||| |    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47001289 attttgggaattcgattcacgcagttggtgctgaaacaacagtaggggagttgttcaggaatgatttaggatgggcagcatggaagattcatctggctat 47001190  T
Q  632 tgc 634  Q
    |||    
T  47001189 tgc 47001187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 47001835 - 47001603
Alignment:
Q  15 cacagagcagtcaaccatgatggacacaccatgtctttgttgtccattcaagttactgaattattggatagtgtttttataggttgttccatgaatcatt 114  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47001835 cacagagcagttaaccatgatggtcacaccatgtctttgttgtctattcaagtcactgaattattggatggtgttttcataggttgttccatgaatcatt 47001736  T
Q  115 gtattggtgatggaactggttattggaatttctttaacttattttctgagatatttcaaaatgatgttcatgttcctgttccgatttcacataaacctac 214  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  47001735 gtattggtgatggaacagcttattggaatttcttcaacacattttcggagatatttcaaaatgatgttcatgttcctgttccgatttcacataaacctat 47001636  T
Q  215 tcacaataaatggtttccagaaggttatggtcc 247  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  47001635 tcacaaaagatggtttccagaaggttatggtcc 47001603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 46951633 - 46951039
Alignment:
Q  20 agcagtcaaccatgatggacacaccatgtctttgttgtccattcaagttactgaattattggatagtgtttttataggttgttccatgaatcattgtatt 119  Q
    |||| ||||||| || || ||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||  || | ||| ||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||    
T  46951633 agcaatcaaccacgacggtcacaccatgccgttgttatccatccaagtcactgagctagtagatggtgttttcataggttgttctatgaatcactatatt 46951534  T
Q  120 ggtgatggaactggttattggaatttctttaacttattttctgagatatttcaaaatgatgttcatgttcctgttccgatttcacataaacctactcaca 219  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||   ||  ||||| |||||||||    | |  |||| |   ||||  |||||||   ||||  | ||||    
T  46951533 ggtgatggaacttcttattggaatttctttaatacatggtctgaaatatttcaaggccaaggccatgat---gttcgcatttcacgccaaccctcacaca 46951437  T
Q  220 ataaatggtttccagaaggttatggtccaatcatcaaccttcctttcaaacatcatgacgagtttattcatagatatgaaacacctattttgagagagag 319  Q
     |   |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||   ||| |||||| |||| |   ||||||||||    
T  46951436 ttcgttggtttccagaaggttatggtccactgatcaatcttccattcaaacatcatgacgagattataactaggtatgaaccacccaagctgagagagag 46951337  T
Q  320 aatatttcatttttcagcagagtctattgcgaaacttaaagcaaaagctaacaaagagtctgatacaaacaaaatctcttcttttcaatccttatcagca 419  Q
    | | || |||||| |||||||||||||||| ||  | ||||| || || || |  |||||| ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  46951336 attcttccattttacagcagagtctattgcaaagttgaaagctaaggccaatatggagtctaatacaaacaaaatctcttcattccaatctttatcagca 46951237  T
Q  420 ctagtttggagatgtctaacgcgtgcacgtcagttacaacaaggtcaacgaacaacttgcaaattggccataaacaaccgaacgagaatggaaccacctc 519  Q
    |  ||||||||| || |||| ||||| ||  |  ||    | | ||||  ||||||||| |  || ||| |||| || ||| |||||||| |||||||||    
T  46951236 catgtttggagaggtataactcgtgctcgcgacctaacgaatgatcaagtaacaacttgtatgttagccgtaaataatcgaccgagaatgaaaccacctc 46951137  T
Q  520 ttcctaaggaatattttgggaattccatctacgcagtgagggctgaaacaacggtaggggaattgctggaaaatgatctaggatgggcagcatggaag 617  Q
    |||| || || ||||||||||  ||  |  || ||||||| |   ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  46951136 ttccaaaagagtattttgggacctcagttgacacagtgagtgtaaaaacaaccgtaggtgaattgctagaaaatgatttgggatgggcagcatggaag 46951039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 46955972 - 46955842
Alignment:
Q  18 agagcagtcaaccatgatggacacaccatgtctttgttgtccattcaagttactgaattattggatagtgtttttataggttgttccatgaatcattgta 117  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||| | ||| | ||||||||||| || ||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  46955972 agagcaatcaatcatgatggtcacaccatgccgttgctatccattcaagtcacggaattaggggatggtgttttcataggttgttccatgaaccattgta 46955873  T
Q  118 ttggtgatggaactggttattggaatttctt 148  Q
    |||||||||| |||  || ||||||||||||    
T  46955872 ttggtgatgggacttctttttggaatttctt 46955842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 20 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 46958826 - 46958673
Alignment:
Q  20 agcagtcaaccatgatggacacaccatgtctttgttgtccattcaagttactgaattattggatagtgtttttataggttgttccatgaatcattgtatt 119  Q
    |||| ||||||| || || ||||||||| | ||||| || |||||||| || ||  || ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  46958826 agcaatcaaccacgacggtcacaccatgccattgttatcaattcaagtcacagagctagtggatggtgttttcataggttgttccctgaatcattgtatt 46958727  T
Q  120 ggtgatggaactggttattggaatttctttaacttattttctgagatatttcaa 173  Q
    |||||||| ||   ||  |||||||| |||||  |||  |||||||||||||||    
T  46958726 ggtgatggtacctctttctggaatttttttaatatatggtctgagatatttcaa 46958673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University