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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3069_low_9 (Length: 625)
Name: NF3069_low_9
Description: NF3069
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3069_low_9 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 467; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 63 - 615
Target Start/End: Original strand, 41986940 - 41987481
Alignment:
| Q |
63 |
atataatcacacatttcctataatttccaatagaacaataataacatatatgttttgtttgtatttcaatatcaatatcttaggatacattggagttgta |
162 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
41986940 |
atataatcacacatttcctataatttccaatagaacaataataacatatatgttttgtttgtatttcaatatcaatatcttaggatacattggagttgta |
41987039 |
T |
|
| Q |
163 |
tctcaattcgatgcaaaattgaatccaattgatacgagtcttgaatctcatctttaatctttatcgctcctattgaatcataacctaaacatagtacaca |
262 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
41987040 |
tctcaattcgatacaaaattgaatccaattgatacgaatcttgaatct------------ttatcggtcctattgaatcataacctaaacatagtacaca |
41987127 |
T |
|
| Q |
263 |
aacccactttttatagtcgatcactttactatttatgacttgaatctttaattatt--gagattttgctatatggtataagactataacaaattatattt |
360 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
41987128 |
aacccactttttatagtcgatcactgtactatttatgacttgaatctttaattattttgagattttgctatatggtataagactataacaaattatattt |
41987227 |
T |
|
| Q |
361 |
ttgctatttcacttttttcttacttaaagatgtcatatttttattgatatcgtatatcttccaaattcacaaatttgaatctctgtttgataaccatgat |
460 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
41987228 |
ttgctatttcacctttttcttacttaaagatgtcatatttttattgatatcgtatatcttccaaattcacaa-tttgaatctctgtttgataaccatgat |
41987326 |
T |
|
| Q |
461 |
caacatagtgttctaataaaccaaaggtacataccaattatgtcttatatattcatggaacccctaactttattagatacctgacacaacatccaaatgt |
560 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
41987327 |
caacatagtgttctaataaaccaaaggtacataccaattatgtcttatatattcatggaacccctaactttattagatacctgacacaacatccaaatgt |
41987426 |
T |
|
| Q |
561 |
agtccctagatatttaactacgtgagtgatccttccttttcagatatgatgatgt |
615 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |
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| T |
41987427 |
agtccctagatatttaactacgtgtgtgatccttccttttcagatacgatgatgt |
41987481 |
T |
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