View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3073_high_3 (Length: 329)

Name: NF3073_high_3
Description: NF3073
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3073_high_3
NF3073_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-313)||(47601047-47601340)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (47-313)||(13393636-13393902)
chr5 (31-313)||(13385408-13385691)
chr5 (31-313)||(13389229-13389511)
chr5 (72-298)||(13412932-13413158)
chr5 (92-298)||(13419297-13419503)
chr5 (92-298)||(13446848-13447054)
chr5 (74-302)||(13453783-13454011)
chr5 (92-298)||(13426188-13426394)
chr5 (89-313)||(13378832-13379056)
chr5 (88-302)||(13373035-13373249)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (127-300)||(28430625-28430798)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (163-222)||(8354109-8354168)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 20 - 313
Target Start/End: Original strand, 47601047 - 47601340
Alignment:
Q  20 tttaagaatattagaatattgaactattgtatttatacttgcatcttatcttggtcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgctt 119  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601047 tttaagaatattagaatgtttaactattgtatttatacttgcatcttatcttggtcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgctt 47601146  T
Q  120 ctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaac 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601147 ctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagccccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaac 47601246  T
Q  220 acctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagt 313  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601247 acctatatgcataccaggtttatcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagt 47601340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 47 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 13393902 - 13393636
Alignment:
Q  47 tgtatttatacttgcatcttatcttggtcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaa 146  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||| |  |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  13393902 tgtatttgtacctgcattttatcttggtcatgacttataagaaatgaatcagctcctaggttttctattgcttctttctctttgttgggtgatgtactaa 13393803  T
Q  147 ttacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgag 246  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  13393802 ttactgttacattagctccaaaagcttttgcaaacttcacacccaagtgaccaagtccaccaagaccaacaatacctatattcataccaggcttgtcgag 13393703  T
Q  247 tccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| || |||||||    
T  13393702 tccaaaatatcgaagaggactatacacagtaataccggcacaaaggagaggagcagcagattcaagt 13393636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 31 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 13385691 - 13385408
Alignment:
Q  31 tagaatattgaactattgtattta-tacttgcatcttatcttggtcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttcttt 129  Q
    ||||||||||||||||| | |||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||    
T  13385691 tagaatattgaactatttttttttgtacctgcattttatcttggtcacgacttatcagaaatgaatcagctcctaagtgttcttttgcttccttttcttt 13385592  T
Q  130 gttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgc 229  Q
    | |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||     
T  13385591 gctagcagatgtactaattacggtcacattagcaccaaaagctttggcaaatttcacagccatgtgaccaagcccaccaagaccaacaacaccgacatga 13385492  T
Q  230 ataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagt 313  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  13385491 agaccaggtttgtcgagtccaaagtatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagt 13385408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 31 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 13389511 - 13389229
Alignment:
Q  31 tagaatattgaactattgtatttatacttgcatcttatcttggtcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttg 130  Q
    ||||| ||||||| ||| | ||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||  |||| |||||||||| ||||||    
T  13389511 tagaaaattgaacaattttttttgtacctgcattttctcttggtcacgacttatcagaaatgaatcggctcctaagtgttctattgcttctttctctttg 13389412  T
Q  131 ttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgca 230  Q
    || |||||||||||||| || || ||| | |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |    
T  13389411 ttgggtgatgtactaatcactgttacaatcgcaccaaatgctttggcaaatttcacagccatgtgaccaagcccaccaagaccaacaacacctatacgaa 13389312  T
Q  231 taccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagt 313  Q
     ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  13389311 gaccaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagt 13389229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 72 - 298
Target Start/End: Original strand, 13412932 - 13413158
Alignment:
Q  72 ggtcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagc 171  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  13412932 ggtcactacttatcagaaatgaatcagctcctaagtgttctattgcttccttttctttgttaggcgatgtactaattacggtaacattagcaccgaaagc 13413031  T
Q  172 tttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatac 271  Q
    ||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||     
T  13413032 tttggcaaatttcacagccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgtaaaccaggcttatcgagtccaaaaaatcgaagaggactatat 13413131  T
Q  272 actgtgataccggcacaaagaagagga 298  Q
    || |||| ||| |||||||| ||||||    
T  13413132 acggtgacaccagcacaaaggagagga 13413158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 92 - 298
Target Start/End: Original strand, 13419297 - 13419503
Alignment:
Q  92 gagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagcca 191  Q
    ||||||||||| |||  |||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||    
T  13419297 gagtcagctcccaagtgttctattgcttccttttctttgtgaggcgatgtactaattacggtcacattagcaccgaaagcttttgcaaatttcacagcca 13419396  T
Q  192 tgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaag 291  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||    
T  13419397 tatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgtgattccagcgcaaag 13419496  T
Q  292 aagagga 298  Q
    |||||||    
T  13419497 aagagga 13419503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 92 - 298
Target Start/End: Original strand, 13446848 - 13447054
Alignment:
Q  92 gagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagcca 191  Q
    ||||| |||||||||  |||| ||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  13446848 gagtctgctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttaggcgacgtactaattacggtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagcca 13446947  T
Q  192 tgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaag 291  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || || |||||    
T  13446948 tatgaccaagtccaccaagaccaacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtcgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaag 13447047  T
Q  292 aagagga 298  Q
    |||||||    
T  13447048 aagagga 13447054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 74 - 302
Target Start/End: Original strand, 13453783 - 13454011
Alignment:
Q  74 tcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctt 173  Q
    ||||| ||||| | ||||||||| |||| ||||  ||||  |||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  13453783 tcacggcttattagaaatgagtccgctcgtaagtgttctaatgcttccttttcctttttaggtgatgtactaattacggtcacattagcaccgaaagctt 13453882  T
Q  174 tagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacac 273  Q
    | || || || || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  13453883 tggcgaatttcacggccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatattcatatcaggcttgtcgagtccaaaatgtcgaagaggactatatac 13453982  T
Q  274 tgtgataccggcacaaagaagaggagcag 302  Q
     || || || |||||||| ||||||||||    
T  13453983 ggttatcccagcacaaaggagaggagcag 13454011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 92 - 298
Target Start/End: Original strand, 13426188 - 13426394
Alignment:
Q  92 gagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagcca 191  Q
    ||||||||||||||   |||| | ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || || |||||||    
T  13426188 gagtcagctcctaaatgttctatcgcttccttttctttgctaggcgatgtactaattactgttacattagcaccaaaagctttggcgaatttcacagcca 13426287  T
Q  192 tgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaag 291  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||  || || |||||    
T  13426288 tatgaccaagtccaccaagaccaacaacgcctatattcataccaggcttgtcgagttgaaaatgacgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaag 13426387  T
Q  292 aagagga 298  Q
    |||||||    
T  13426388 aagagga 13426394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 89 - 313
Target Start/End: Original strand, 13378832 - 13379056
Alignment:
Q  89 aatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacag 188  Q
    ||||||||||||||||||| |||  | ||||| || | ||||||||| || ||||| |  ||||| || ||| ||||||| ||||| || ||||| ||||    
T  13378832 aatgagtcagctcctaagcgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcacag 13378931  T
Q  189 ccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcaca 288  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| | |||||||| |   |  || |||||||||||||| || |||||    
T  13378932 ccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtcaaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcaca 13379031  T
Q  289 aagaagaggagcagtagcttcaagt 313  Q
    ||| |||||||| | ||| ||||||    
T  13379032 aaggagaggagcggcagcatcaagt 13379056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 88 - 302
Target Start/End: Original strand, 13373035 - 13373249
Alignment:
Q  88 aaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaaca 187  Q
    |||||||||||||||||||  |||  | ||||| || | ||||||||| || || || || || || |||||||||||||||||||| | ||| || |||    
T  13373035 aaatgagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtgcttatcactgttacattagcaccaaaagctttggtaaatttcaca 13373134  T
Q  188 gccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcac 287  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| | ||| | |||||| ||||  ||||||||||||   | ||| ||||| |||||||| || ||||    
T  13373135 gccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacccacatgtaaaccaggcttgttaagtccaaaatatttcaaagggctatatactgtgatccccgcac 13373234  T
Q  288 aaagaagaggagcag 302  Q
    |||||||||||||||    
T  13373235 aaagaagaggagcag 13373249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 127 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 28430798 - 28430625
Alignment:
Q  127 tttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctata 226  Q
    ||||||||| || || ||||| || || || ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||      
T  28430798 tttgttaggagaagtgctaatcactgttaccttagcaccaaaagctttggcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagaccaaccacacctaat 28430699  T
Q  227 tgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagc 300  Q
    ||||    |||||| || ||||||||||||   | ||| |||||||| ||||| ||||| || || ||||||||    
T  28430698 tgcaagttaggtttatcaagtccaaaatatttcaaagggctatacaccgtgatcccggcgcagaggagaggagc 28430625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 163 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8354168 - 8354109
Alignment:
Q  163 accaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacc 222  Q
    |||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||    
T  8354168 accaaatgctttaccaaattttacagccatgtgaccaagtcctcccaaaccaacaacacc 8354109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University