View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3073_high_4 (Length: 325)

Name: NF3073_high_4
Description: NF3073
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3073_high_4
NF3073_high_4
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (17-319)||(30626082-30626384)
chr2 (17-319)||(30663033-30663335)
chr2 (17-319)||(30671713-30672015)
chr2 (252-300)||(17923362-17923410)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (17-319)||(35366871-35367173)
chr5 (17-319)||(35754825-35755127)
chr5 (17-319)||(35410684-35410986)
chr5 (17-319)||(35386023-35386325)
chr5 (17-319)||(35376417-35376725)
chr5 (17-295)||(35423676-35423960)
chr5 (17-129)||(35370257-35370370)
chr5 (53-127)||(35437060-35437134)
chr5 (192-229)||(35437199-35437236)
chr5 (252-300)||(10746974-10747022)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (17-319)||(10420451-10420753)
chr1 (17-319)||(10415564-10415866)
chr1 (17-319)||(10409867-10410175)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-319)||(29623005-29623307)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (50-316)||(1153790-1154056)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (17-130)||(13564641-13564754)
chr8 (29-109)||(28605599-28605679)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (252-300)||(12932481-12932529)
chr6 (252-300)||(12948846-12948894)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Original strand, 30626082 - 30626384
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30626082 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagaatagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 30626181  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30626182 ggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 30626281  T
Q  217 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30626282 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcaatgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 30626381  T
Q  317 ttt 319  Q
    |||    
T  30626382 ttt 30626384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Original strand, 30663033 - 30663335
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30663033 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagcgtagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 30663132  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30663133 ggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 30663232  T
Q  217 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30663233 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 30663332  T
Q  317 ttt 319  Q
    |||    
T  30663333 ttt 30663335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Original strand, 30671713 - 30672015
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30671713 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagcgtagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 30671812  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30671813 ggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 30671912  T
Q  217 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30671913 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 30672012  T
Q  317 ttt 319  Q
    |||    
T  30672013 ttt 30672015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 252 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 17923410 - 17923362
Alignment:
Q  252 ttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggt 300  Q
    |||| |||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  17923410 ttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggt 17923362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Original strand, 35366871 - 35367173
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35366871 atgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 35366970  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 216  Q
    | |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35366971 gaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacattgctcttgatgtagctcatgcact 35367070  T
Q  217 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 316  Q
     |||||||||||||||||||| |||||     |||||||||||||| | || || | ||| |||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||    
T  35367071 cgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgacactgtagcccacttgggagac 35367170  T
Q  317 ttt 319  Q
    |||    
T  35367171 ttt 35367173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Original strand, 35754825 - 35755127
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| | || |    
T  35754825 atgaagcaccggaatcttgtcaagattttaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcatgtcaaatg 35754924  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 216  Q
    ||||||| |||||| |  |||||||| | |||| ||| |||| |  |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35754925 ggagtcttgaaaagttgttgcacgataatgaagggtcaggaaattttaatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcatt 35755024  T
Q  217 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 316  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  | || ||||||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  35755025 ggattatcttcacaatgatacagaacaagtcgtagttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatgaaattgtagcccacttgggagac 35755124  T
Q  317 ttt 319  Q
    |||    
T  35755125 ttt 35755127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Original strand, 35410684 - 35410986
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    |||| |||||| ||||||||||| || || || |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  35410684 atgaggcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacgtgttgttcaagtgttgattataatggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttaatgcctaatg 35410783  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 216  Q
    ||| |||||||||| || |||| ||| |||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35410784 ggaatctagaaaagtttttgcatgataacgaagggtctgaaaatcataatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcact 35410883  T
Q  217 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 316  Q
     ||||||||||||||||  || ||| | | |||||||||||||||| | || || | ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  35410884 tgattatcttcacaatgagacagagcaagctgtagttcactgtgatcttaagccgagcaacgttcttcttgacgatgactttgtagcccacttgggagac 35410983  T
Q  317 ttt 319  Q
    |||    
T  35410984 ttt 35410986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Original strand, 35386023 - 35386325
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    ||||||||||  |||||||||||| | || || |||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | || |    
T  35386023 atgaagcaccagaatcttgtcaaggtcctaacctgttgttcaagtgttgattataagggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgtcaaatg 35386122  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 216  Q
     |||||| |||||| || ||||| || | |||| ||||| || ||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35386123 agagtcttgaaaagtttttgcacaataatgaagggtctgaaaatcataatctcaacctcacataaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcact 35386222  T
Q  217 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 316  Q
     |||||||||||||||| ||| ||| | |  ||||||||||||||| | || |||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  35386223 tgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatcttaagccaagcaacgttcttcttgacgatgactttgtagcccacttgggagac 35386322  T
Q  317 ttt 319  Q
    |||    
T  35386323 ttt 35386325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Original strand, 35376417 - 35376725
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||||||| |||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||  |    
T  35376417 atgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagattttaaggccattgtttttgagttcatgcctagtg 35376516  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaaga------gtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctca 210  Q
    ||| ||| ||||| ||  |||| | | |||||||      |||| ||| ||  |||||||   ||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||    
T  35376517 ggaatctggaaaacctgttgcatggtaacgaagatcatgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctca 35376616  T
Q  211 tgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||   || ||||||||     
T  35376617 tgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccactta 35376716  T
Q  311 ggagacttt 319  Q
    |||||||||    
T  35376717 ggagacttt 35376725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 295
Target Start/End: Original strand, 35423676 - 35423960
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    ||||||||||| |||||||| || || || || || ||||||||| |||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||  |    
T  35423676 atgaagcaccgtaatcttgtgaaaatcctaacttgctgttcaagtgttgattataatggtgaagattttaaggccattgtttttgagttcatgcctagtg 35423775  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaaga------gtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctca 210  Q
    ||| ||||||||| ||  |||| | | |||||||      |||| ||| ||  |||||||   ||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||    
T  35423776 ggaatctagaaaacctgttgcatggtaacgaagatcatgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctca 35423875  T
Q  211 tgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgac 295  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35423876 tgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgac 35423960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 129
Target Start/End: Original strand, 35370257 - 35370370
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttc-aaggctattgtttttgagttcatgcctaag 115  Q
    |||| |||||| ||||||||||| || || || ||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  35370257 atgaggcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacgtgttgctcaagtgttgattataatggtgaagagttccaaggctattgtttttgagttcatgcccaat 35370356  T
Q  116 gggagtctagaaaa 129  Q
    |||||| |||||||    
T  35370357 gggagtttagaaaa 35370370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 53 - 127
Target Start/End: Original strand, 35437060 - 35437134
Alignment:
Q  53 tgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaa 127  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  35437060 tgttcaagtattgattataatggtgaagttttcaaggctatagtttttgaattcatgcctatggggagtctagaa 35437134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 229
Target Start/End: Original strand, 35437199 - 35437236
Alignment:
Q  192 ttgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcac 229  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35437199 ttgctctcgatgtagcccatgcattggattatcttcac 35437236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 252 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 10747022 - 10746974
Alignment:
Q  252 ttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggt 300  Q
    ||||||||||| | || |||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10747022 ttcactgtgatctcaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggt 10746974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 10420753 - 10420451
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10420753 atgaaacaccgaaaccttgtcaagatcctaacttgttgttcaagcgttgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 10420654  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10420653 ggagtctagaaaagcttctgcacgataaagaagggtctggaattcataatctcagcctcagacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcact 10420554  T
Q  217 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 316  Q
      ||||||||||||||||||| ||| | |   |||||||||||||| | || || | ||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  10420553 taattatcttcacaatggtacagagcaagccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgacattgtagctcacttgggagac 10420454  T
Q  317 ttt 319  Q
    |||    
T  10420453 ttt 10420451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 10415866 - 10415564
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415866 atgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 10415767  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 216  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||| |    
T  10415766 ggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctggcacaaaggttagacatcgctcttgatctagctcatgcact 10415667  T
Q  217 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 316  Q
     |||||||||||||||| ||| ||| | |  ||||||||||||||||| ||  ||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  10415666 tgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcaagcaacgttcttcttgacgatgacgttgtagcccacttgggagac 10415567  T
Q  317 ttt 319  Q
    |||    
T  10415566 ttt 10415564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 10410175 - 10409867
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10410175 atgaagcaccggaatcttgttaagatcctaacttgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatg 10410076  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacg---atgacgaa---gagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctca 210  Q
    ||||| | ||||| ||| |||| |   || | |||   |||||| ||| ||  |||||||   ||||||||||| | ||||||| |||  | ||||||||    
T  10410075 ggagtttggaaaaccttttgcatggtaataaagaacacgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgttctcaacgtagctca 10409976  T
Q  211 tgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttg 310  Q
    |||||||||||||||||||| || | | ||| | || || |||||  |||  || ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||     
T  10409975 tgcattggattatcttcacattgatgcagagcaagtggtggttcatagtggcgttaaaccaagcaatgttcttctcgatgatgacaatgtagctcactta 10409876  T
Q  311 ggagacttt 319  Q
    |||||||||    
T  10409875 ggagacttt 10409867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 163; Significance: 5e-87; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 29623307 - 29623005
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  29623307 atgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaata 29623208  T
Q  117 ggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcatt 216  Q
     ||||||||||||| |  |||||||| | ||||  |||||||  |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623207 tgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcatt 29623108  T
Q  217 ggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 316  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||  | | |||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29623107 ggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagac 29623008  T
Q  317 ttt 319  Q
    |||    
T  29623007 ttt 29623005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 50 - 316
Target Start/End: Original strand, 1153790 - 1154056
Alignment:
Q  50 tgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgatgacgaag 149  Q
    ||||| |||||||||||||  || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||| |||   ||||    
T  1153790 tgttgctcaagtattgattgcaaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaacgggagtctagaaaagatgttgcatgatattgaag 1153889  T
Q  150 agtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgt 249  Q
     ||||| || ||| |||||||  |||||| ||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||||||| |||  || | |||      
T  1153890 ggtctgaaaatcacaatctcaagctcacaaaaagggtagattttgctcttgatatagctcatgcacttgattttcttcacaatgatacaaagcaagttac 1153989  T
Q  250 agttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagac 316  Q
    ||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  1153990 agttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatgacaatgtagcccacttgggagac 1154056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 130
Target Start/End: Original strand, 13564641 - 13564754
Alignment:
Q  17 atgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagg 116  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||| | |  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  13564641 atgaagcaccgaaatcgtgttaagattcttccttaatgttcaagtattgataataagggtgacgatttcaaggctattgtttttgagttcatgtctaatg 13564740  T
Q  117 ggagtctagaaaag 130  Q
    | ||||||||||||    
T  13564741 gtagtctagaaaag 13564754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 109
Target Start/End: Original strand, 28605599 - 28605679
Alignment:
Q  29 aatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagtattgattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatg 109  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| || ||| | || ||||| ||| | |||||||||| ||||    
T  28605599 aatcttgtcaagattttaacatgttgttcaagtatggattacaatggtaatgaattcaaagctttagtttttgagtacatg 28605679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 252 - 300
Target Start/End: Original strand, 12932481 - 12932529
Alignment:
Q  252 ttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggt 300  Q
    |||| |||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  12932481 ttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggt 12932529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 252 - 300
Target Start/End: Original strand, 12948846 - 12948894
Alignment:
Q  252 ttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggt 300  Q
    |||| |||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  12948846 ttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggt 12948894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University