View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3074_low_2 (Length: 704)

Name: NF3074_low_2
Description: NF3074
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3074_low_2
NF3074_low_2
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (16-688)||(48584682-48585354)
chr1 (71-632)||(48660963-48661524)
chr1 (71-633)||(48666554-48667119)
chr1 (20-203)||(48639740-48639923)
chr1 (77-641)||(48655976-48656537)
chr1 (442-641)||(48618752-48618951)
chr1 (431-641)||(48652504-48652714)
chr1 (20-391)||(11546889-11547257)
chr1 (431-641)||(11546615-11546825)
chr1 (412-641)||(48628309-48628538)
chr1 (20-391)||(48618309-48618677)
chr1 (75-306)||(48628606-48628837)
chr1 (52-391)||(48652778-48653114)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (431-630)||(19666097-19666296)
chr3 (59-161)||(19665704-19665806)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (412-636)||(27227544-27227768)
chr8 (431-636)||(27223353-27223558)
chr8 (69-192)||(27223830-27223953)
chr8 (69-147)||(27228066-27228144)
chr8 (328-391)||(27227825-27227888)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 641; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 48585354 - 48584682
Alignment:
Q  16 tgtgcatcctttttgtccatttccattcctaggtaaactcgtcttagaagagtttaaggacttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaa 115  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48585354 tgtgcatcctttttgttcatttccattcctaggtaaacttgtcttagaagagtttaaggacttatctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaa 48585255  T
Q  116 gaactagagcatgaattcatagattatctttccaaaaaatcaatccccataagaactgttggtccttcatttaaaaatccaaatgcaaaaggagcaagca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48585254 gaactagagcatgaattcatagattatatttcgaaaaaatcaatccccataagaactgttggtccttcatttaaaaatccaaatgcaaaaggagcaagca 48585155  T
Q  216 acattcatggtgatttcgccaagagcaatgatgatgataaaatcatagagtggctagacacaaagccaaaagattccgtagtttacgtctctttcgggac 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48585154 acattcatggtgatttcgccaagagcaatgatgatgataaaatcatagagtggctagacacaaagccaaaagattccgtagtttacgtctctttcgggac 48585055  T
Q  316 tctagtaaactatcctcaagaacaaatgaatgaaattgtatacgggttattgaattctcaagtctcgtttttgtggtcattaagcaatcctggtgttttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48585054 tctagtaaactatcctcaagaacaaatgaatgaaattgtatacgggttattgaattctcaagtctcgtttttgtggtcattaagcaatcctggtgttttg 48584955  T
Q  416 cctgatgattttttggaggaaacaaatgagagagggaaagtggtgaagtggagtccacaagtagaagtacttgctcatccttcagttgcatgtttcataa 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48584954 cctgatgattttttggaggaaacaaatgagagagggaaagtggtggagtggagtccacaagtagatgtacttgctcatccttcagttgcatgtttcataa 48584855  T
Q  516 cacattgtggttggaattcatcaatcgaagctctttctttaggagttcctgtgttgacatttccatcaagaggtgaccaacttacaaatgcaaaattctt 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48584854 cacattgtggttggaattcatcaattgaagctctttctttaggagttcctgtgttgacatttccatcaagaggtgaccaacttacaaatgcaaaattctt 48584755  T
Q  616 ggttgatgtttttggggtaggaattaaaatgggtagtggttgggctgtaaataataaattggtaacaagagat 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48584754 ggttgatgtttttggggtaggaattaaaatgggtagtggttgggctgtaaataataaattggtaacaagagat 48584682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 71 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 48661524 - 48660963
Alignment:
Q  71 aaggacttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgaattcatagattatctttccaaaaaatcaatccccataagaa 170  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||||     
T  48661524 aaggacatgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctttgaagaattagagcatgatttcatcgattatatttcaaaaaaatcaatcaccataagac 48661425  T
Q  171 ctgttggtccttcatttaaaaatccaaatgcaaaaggagcaagcaac---attcatggtgatttcgccaagagcaatgatgatgataaaatcatagagtg 267  Q
     |||||||||||  ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||   | || |||||||||| | ||||| |||||||||  ||  || ||||||||    
T  48661424 atgttggtcctttgtttaagaatccaaaggcaaatggagcaagcaacaatactcttggtgatttcactaagagtaatgatgattctactattatagagtg 48661325  T
Q  268 gctagacacaaagccaaaagattccgtagtttacgtctctttcgggactctagtaaactatcctcaagaacaaatgaatgaaattgtatacgggttattg 367  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| ||||||||  | ||||| |||||| | || ||  || ||||||||||| | || ||||||| ||| |||||||||    
T  48661324 gctaaacacaaagccaaaaggttctgtagtttatatttcttttgggactattgtgaatcatactcaagaacaagttaacgaaattgcatatgggttattg 48661225  T
Q  368 aattctcaagtctcgtttttgtggtcattaagcaatcctggtgttttgcctgatgattttttggaggaaacaaatgagagagggaaagtggtgaagtgga 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||   || |    |||||| || ||||  || ||||||||||||| || |||||| ||||| ||||| ||||    
T  48661224 aattctcaagtctcgtttttgtgggtatta---aaacaacatgttttccccgatggcttcttggaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatgga 48661128  T
Q  468 gtccacaagtagaagtacttgctcatccttcagttgcatgtttcataacacattgtggttggaattcatcaatcgaagctctttctttaggagttcctgt 567  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||  || |||||||||||||  |    
T  48661127 gtccacaagaacaagtacttgctcattcttcagtggcatgtttcataacccattgtggttggaattcatcgatggaagcaattactttaggagttccaat 48661028  T
Q  568 gttgacatttccatcaagaggtgaccaacttacaaatgcaaaattcttggttgatgtttttgggg 632  Q
    ||||||||||||  ||   ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  48661027 gttgacatttcctgcatttggtgaccaacttacaaacgcaaagttcttggtcgatgtttttgggg 48660963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 71 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 48667119 - 48666554
Alignment:
Q  71 aaggacttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgaattcatagattatctttccaaaaaatcaatccccataagaa 170  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||  ||||||||||| ||||||||     
T  48667119 aaggacatgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctttgaagaattagagcatgatttcatcgattatatttcggaaaaatcaatcgccataagac 48667020  T
Q  171 ctgttggtccttcatttaaaaatccaaatgcaaaaggagcaagcaac---attcatggtgatttcgccaagagcaatgatgatgataaaatcatagagtg 267  Q
    | ||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||   || | |||||||||| | |||||||||||||||  ||| || ||||||||    
T  48667019 ccgttggtcctttgtttaaaaatccaaaggcaaacggagcaagcaacaatatacttggtgatttcactaagagcaatgatgattgtaatattatagagtg 48666920  T
Q  268 gctagacacaaagccaaaagattccgtagtttacgtctctttcgggactctagtaaactatcctcaagaacaaatgaatgaaattgtatacgggttattg 367  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| || |||||  | ||||| || ||| | ||  |   ||||||||||| | || ||||||| | ||| |||||||||    
T  48666919 gctaaacacaaagccaaaaggttctgtggtttatatttcttttggtactgttgtgtatcttcctcaagaactagtgtatgaaatagcatatgggttattg 48666820  T
Q  368 aattctcaagtctcgtttttgtggtc-attaagcaatcctggtgttttgcctgatgattttttggaggaaacaaatgagagagggaaagtggtgaagtgg 466  Q
     ||||||||||| | ||||||||| | |  || ||| | || || ||||||  |||  || ||||||||||||| || |||||| ||||| ||||| |||    
T  48666819 gattctcaagtcacatttttgtgggcaaagaaacaa-catgatgatttgccgtatggattcttggaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaattgg 48666721  T
Q  467 agtccacaagtagaagtacttgctcatccttcagttgcatgtttcataacacattgtggttggaattcatcaatcgaagctctttctttaggagttcctg 566  Q
    |||||||||| | ||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||      
T  48666720 agtccacaagaacaagtattggctcatccatcagtggcatgtttcataacacattgtggttggaactcatcaatggaagcacttactttaggagttccaa 48666621  T
Q  567 tgttgacatttccatcaagaggtgaccaacttacaaatgcaaaattcttggttgatgtttttggggt 633  Q
    |||||||||||||| ||   ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  48666620 tgttgacatttccaacatttggtgaccaacttacaaacgcaaagttcttggttgatgtttatggggt 48666554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 48639923 - 48639740
Alignment:
Q  20 catcctttttgtccatttccattcctaggtaaactcgtcttagaagagtttaaggacttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaac 119  Q
    ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48639923 catccttttttcccatttccatttctaggtaaactcatcttagaagagtttaaggacttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaac 48639824  T
Q  120 tagagcatgaattcatagattatctttccaaaaaatcaatccccataagaactgttggtccttcatttaaaaatccaaatgcaa 203  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  48639823 tagagcatgatttcatagattatatttcaaaaaaatcaatcaccataagacctattggtccttcgtttaagaatccaaatgcaa 48639740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 77 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 48656537 - 48655976
Alignment:
Q  77 ttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgaattcatagattatctttccaaaaaatcaatccccataagaactgttg 176  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||| ||||  |||| ||||||  ||||||| |  |||    
T  48656537 ttgtctaaagcattgtgtgtatttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcaatcatcataagaccaattg 48656438  T
Q  177 gtccttcatttaaaaatccaaatgcaaaaggagcaagcaacattcatggtgatttcgccaagagcaatgatgatgataaaatcatagagtggctagacac 276  Q
    ||||    || || || |||||   || ||| ||||| || |||| | ||||||| |  ||||    |||||||  ||  || |||||||||||| || |    
T  48656437 gtccggtgttcaacaacccaaacataataggtgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaagac---tgatgattctactattatagagtggctaaactc 48656341  T
Q  277 aaagccaaaagattccgtagtttacgtctctttcgggactctagta-aactatcctcaagaacaaatgaatgaaattgtatacgggttattgaattctca 375  Q
    ||||||||||| ||| || ||||| || || || |||||| | ||  |||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  48656340 aaagccaaaaggttctgtggtttatgtttcctttgggactattgtgcaact-tcctccagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattgaattctca 48656242  T
Q  376 agtctcgtttttgtggtcattaagcaatcctggtgttttgcctgatgattttttggaggaaacaaatgagagagggaaagtggtgaagtggagtccacaa 475  Q
    |||| | ||||| ||| ||   |  || | || || ||||||| |||  |||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  48656241 agtcacatttttatgggcaaagaaaaagcatgatgatttgcctcatggatttttggaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccacaa 48656142  T
Q  476 gtagaagtacttgctcatccttcagttgcatgtttcataacacattgtggttggaattcatcaatcgaagctctttctttaggagttcctgtgttgacat 575  Q
    | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||| | ||| ||| ||||||||| ||||| ||||    
T  48656141 gaacaagtacttgctcatccttcagtggcatgtttcataacccattgtggttggaattcaacgattgaatcacttgcttcaggagttccagtgttaacat 48656042  T
Q  576 ttccatcaagaggtgaccaacttacaaatgcaaaattcttggttgatgtttttggggtaggaatta 641  Q
    |||||  |   |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  48656041 ttccagtatttggtgaccaacctacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttggtgtagggatta 48655976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 442 - 641
Target Start/End: Original strand, 48618752 - 48618951
Alignment:
Q  442 tgagagagggaaagtggtgaagtggagtccacaagtagaagtacttgctcatccttcagttgcatgtttcataacacattgtggttggaattcatcaatc 541  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  48618752 tgagagaggaaaagtggtgaactggagtccacaagaagaagtacttgctcatccttcagtggcatgcttcataacacattgtggttggaattcatcaatg 48618851  T
Q  542 gaagctctttctttaggagttcctgtgttgacatttccatcaagaggtgaccaacttacaaatgcaaaattcttggttgatgtttttggggtaggaatta 641  Q
    ||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||| || | ||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  48618852 gaagcactttctttgggagttccaatgttgacatttccagcatggggtgatcaagtcacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttggtgtagggatta 48618951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 431 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 48652714 - 48652504
Alignment:
Q  431 gaggaaacaaatgagagagggaaagtggtgaagtggagtccacaagtagaagtacttgctcatccttcagttgcatgtttcataacacattgtggttgga 530  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| || || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  48652714 gaggaaacaagtgagagaggaaaagttgtaaaatggagtccacaagaacaagtacttgctcatccttcagtggcatgcttcataacacattgtggttgga 48652615  T
Q  531 attcatcaatcgaagctctttctttaggagttcctgtgttgacatttccatcaagaggtgaccaacttacaaatgcaaaattcttggttgatgtttttgg 630  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||| || | ||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48652614 attcatcaatggaagcactttctttgggagttccaatgttgacatttccagcatggggtgatcaagtcacaaatgcaaaattcttggtagatgtttttgg 48652515  T
Q  631 ggtaggaatta 641  Q
     ||||| ||||    
T  48652514 agtagggatta 48652504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 11547257 - 11546889
Alignment:
Q  20 catcctttttgtccatttccattcctaggtaaactcgtcttagaagagtttaaggacttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaac 119  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||||| | |||| |||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  11547257 catccttttagtccatatccatttctagggacactcatcttagaacagtttaagaatttatctaaagtgttttgtgttttagtagaaacctatgaagaac 11547158  T
Q  120 tagagcatgaattcatagattatctttccaaaaaatcaatccccataagaactgttggtccttcatttaaaaatccaaatgcaaaaggagcaagcaacat 219  Q
    |||| ||||| ||||| || ||| || | |||||||| |||| ||||||| || ||||||| |  |||||||||||||||   ||||| ||||| || ||    
T  11547157 tagaacatgatttcattgactatattacaaaaaaatccatccacataagacctattggtccattgtttaaaaatccaaatattaaaggtgcaagtaatat 11547058  T
Q  220 tcatggtgatttcgccaagagcaatgatgatgataaaatcatagagtggctagacacaaagccaaaagattccgtagtttacgtctctttcgggactcta 319  Q
    || ||| ||||| |  |||||   |||||||  ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||  | ||||| |||||| |     
T  11547057 tcgtggagattttgttaagag---tgatgattgtaatattatagagtggctaaacacaaagccaaaagattctgtggtttatatttcttttgggactatt 11546961  T
Q  320 gtaaactatcctcaagaacaaatgaatgaaattgtatacgggttattgaattctcaagtctcgtttttgtgg 391  Q
    ||  ||  ||| ||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||  |||||||||| || |||||||||    
T  11546960 gtgtaccttccacaagaacaagtgaatgaaatagcatatgggttattagattctcaagtatcatttttgtgg 11546889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 431 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 11546825 - 11546615
Alignment:
Q  431 gaggaaacaaatgagagagggaaagtggtgaagtggagtccacaagtagaagtacttgctcatccttcagttgcatgtttcataacacattgtggttgga 530  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||    
T  11546825 gaggaaacaaatgagagaggaaaagttgtgaaatggagtccacaagaagaagtattggctcatccttcattggtatgtttcataacacattgtggttgga 11546726  T
Q  531 attcatcaatcgaagctctttctttaggagttcctgtgttgacatttccatcaagaggtgaccaacttacaaatgcaaaattcttggttgatgtttttgg 630  Q
    |||| ||||| || || |||  |||||| |||||  |||||||||||||| || | ||||| ||| | ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  11546725 attcttcaatagaggcacttagtttaggtgttccaatgttgacatttccagcatggggtgatcaagtcacaaatgcaaagtttttggtagatgtttttgg 11546626  T
Q  631 ggtaggaatta 641  Q
     ||||| ||||    
T  11546625 tgtagggatta 11546615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 412 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 48628538 - 48628309
Alignment:
Q  412 tttgcctgatgattttttggaggaaacaaatgagagagggaaagtggtgaagtggagtccacaagtagaagtacttgctcatccttcagttgcatgtttc 511  Q
    |||||||||||  || ||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| || |||||||||    
T  48628538 tttgcctgatgggttcttggaggaaacaagtgagtgaggaaaagtggtgaagtggagtccacaagaggaagtacttgatcatccttcggtggcatgtttc 48628439  T
Q  512 ataacacattgtggttggaattcatcaatcgaagctctttctttaggagttcctgtgttgacatttccatcaagaggtgaccaacttacaaatgcaaaat 611  Q
     | ||||||||||| ||||||||| | || |||||  || ||| ||||||||| |||||| |||||||| ||   |||||||| |||||||||||||| |    
T  48628438 gtgacacattgtggctggaattcaacgatggaagcaattgcttcaggagttccagtgttggcatttccagcatttggtgaccaccttacaaatgcaaagt 48628339  T
Q  612 tcttggttgatgtttttggggtaggaatta 641  Q
    | ||| | ||||||||||| ||||| ||||    
T  48628338 ttttgatagatgtttttggtgtagggatta 48628309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 391
Target Start/End: Original strand, 48618309 - 48618677
Alignment:
Q  20 catcctttttgtccatttccattcctaggtaaactcgtcttagaagagtttaaggacttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaac 119  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| ||||| | |||| |||||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  48618309 catccttttagtcaatttccatttctagggacactcatcttagaacagtttaagaatttgtctaaagtattttgtgttttagtagaaacctatgaagaac 48618408  T
Q  120 tagagcatgaattcatagattatctttccaaaaaatcaatccccataagaactgttggtccttcatttaaaaatccaaatgcaaaaggagcaagcaacat 219  Q
    |||||||||| ||||| || ||| |||| |||||| ||||   | ||||| |  ||||||| |  ||| | |||||||||   ||||| ||||  || ||    
T  48618409 tagagcatgatttcattgactatatttcaaaaaaaacaattttcgtaagacccattggtccattgtttcacaatccaaatattaaaggtgcaaaaaatat 48618508  T
Q  220 tcatggtgatttcgccaagagcaatgatgatgataaaatcatagagtggctagacacaaagccaaaagattccgtagtttacgtctctttcgggactcta 319  Q
    || ||| ||||| |  |||||   |||||||  ||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||| || |||||  | ||||| ||| || |     
T  48618509 tcgtggagattttgttaagag---tgatgattgtaatattatagagtggctaagcacaaagccaaaaggttctgtggtttatatttcttttgggtctatt 48618605  T
Q  320 gtaaactatcctcaagaacaaatgaatgaaattgtatacgggttattgaattctcaagtctcgtttttgtgg 391  Q
    ||  ||  ||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  48618606 gtgtacattccacaagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattggattctcaagtatcgtttttgtgg 48618677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 75 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 48628837 - 48628606
Alignment:
Q  75 acttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgaattcatagattatctttccaaaaaatcaatccccataagaactgt 174  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |  |    
T  48628837 acttgtccaaaatattttgtgtattagcggatacctatgaagaactagagcatgatttcatcgattatctttccaaaaaatcagtcctcattagacccat 48628738  T
Q  175 tggtccttcatttaaaaatccaaatgcaaaaggagcaagcaacattcatggtgatttcgccaagagcaatgatgatgataaaatcatagagtggctagac 274  Q
    |||||||   || || || ||||    ||||| ||||||||| ||||  |||||||| |  |||||| ||||||||  ||  || |||||||||||| ||    
T  48628737 tggtcctctgttcaagaacccaacaataaaagcagcaagcaatattcgaggtgattttgttaagagcgatgatgattgtagtattatagagtggctacac 48628638  T
Q  275 acaaagccaaaagattccgtagtttacgtctc 306  Q
    |||||||||| || ||| || |||||| ||||    
T  48628637 acaaagccaacaggttctgttgtttacatctc 48628606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 52 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 48653114 - 48652778
Alignment:
Q  52 actcgtcttagaagagtttaaggacttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgaattcatagattatctttccaaa 151  Q
    ||||||||||||| |  ||||| | || |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||| ||     
T  48653114 actcgtcttagaacaaattaagaatttatctaaagtattttgtgttttagtagaaacctatgaagaactagagcatgatttcattgactatatttcaaac 48653015  T
Q  152 aaatcaatccccataagaactgttggtccttcatttaaaaatccaaatgcaaaaggagcaagcaacattcatggtgatttcgccaagagcaatgatgatg 251  Q
    |||||||||| ||||||| |  ||||||| |  ||||| ||  ||||    ||||| |||| ||| || | ||||||||| |  |||||   |||||||     
T  48653014 aaatcaatcctcataagacccattggtccattgtttaacaactcaaacattaaaggtgcaaacaatatccgtggtgattttgttaagag---tgatgatt 48652918  T
Q  252 ataaaatcatagagtggctagacacaaagccaaaagattccgtagtttacgtctctttcgggactctagtaaactatcctcaagaacaaatgaatgaaat 351  Q
     ||| || |||||||||||| || ||||| |||||| ||| || |||||  | ||||| || ||| | ||  ||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  48652917 gtaatattatagagtggctaaactcaaagacaaaaggttctgtggtttatatttcttttggtactgttgtgtaccttcctcaagaacaagtgaatgaaat 48652818  T
Q  352 tgtatacgggttattgaattctcaagtctcgtttttgtgg 391  Q
     | ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  48652817 agcatatgggttattggattctcaagtatcgtttttgtgg 48652778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 120; Significance: 5e-61; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 431 - 630
Target Start/End: Original strand, 19666097 - 19666296
Alignment:
Q  431 gaggaaacaaatgagagagggaaagtggtgaagtggagtccacaagtagaagtacttgctcatccttcagttgcatgtttcataacacattgtggttgga 530  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19666097 gaggaaacaaatgagagaggaaaagtggtgaattggagtccacaagaagaagtacttgctcatccttcagtagcatgtttcataacacattgtggttgga 19666196  T
Q  531 attcatcaatcgaagctctttctttaggagttcctgtgttgacatttccatcaagaggtgaccaacttacaaatgcaaaattcttggttgatgtttttgg 630  Q
    |||| || || ||||| |||  ||||||||||||  |||||||||||||| || | ||||| ||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  19666197 attcgtcgatggaagcgcttagtttaggagttccaatgttgacatttccagcatggggtgatcaagtcacaaatgcaaagtttttggttgatgtttttgg 19666296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 59 - 161
Target Start/End: Original strand, 19665704 - 19665806
Alignment:
Q  59 ttagaagagtttaaggacttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgaattcatagattatctttccaaaaaatcaa 158  Q
    |||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||| | ||| || ||| |||| ||||||||||    
T  19665704 ttagaacagtttaagaatttatctaaagtgttttgtgtattggtggatagttatgatgaactagagcatgattacatcgactatatttcgaaaaaatcaa 19665803  T
Q  159 tcc 161  Q
    |||    
T  19665804 tcc 19665806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 85; Significance: 4e-40; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 412 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 27227768 - 27227544
Alignment:
Q  412 tttgcctgatgattttttggaggaaacaaatgagagagggaaagtggtgaagtggagtccacaagtagaagtacttgctcatccttcagttgcatgtttc 511  Q
    |||||||||||  || ||||||||||| | || || ||| ||||| | ||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  27227768 tttgcctgatgggttcttggaggaaactagtgggaaaggaaaagttgcgaagtggtgtccacaagaacaagtactagctcatccttcagtggcatgtttc 27227669  T
Q  512 ataacacattgtggttggaattcatcaatcgaagctctttctttaggagttcctgtgttgacatttccatcaagaggtgaccaacttacaaatgcaaaat 611  Q
    || ||||||||||||||||| || || || || || ||| |||||||||| ||  |||| ||||||||| || | ||||| ||| ||||||||||||| |    
T  27227668 atgacacattgtggttggaactcgtcgatggaggcacttactttaggagtgccgatgttaacatttccagcatggggtgatcaagttacaaatgcaaagt 27227569  T
Q  612 tcttggttgatgtttttggggtagg 636  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||    
T  27227568 tcttggtagatgtttttgaggtagg 27227544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 431 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 27223558 - 27223353
Alignment:
Q  431 gaggaaacaaatgagagagggaaagtggtgaagtggagtccacaagtagaagtacttgctcatccttcagttgcatgtttcataacacattgtggttgga 530  Q
    |||||||| | || |||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||| || ||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  27223558 gaggaaactagtgggagaggaaaagtggtgaagtggtgtccacaagaacaagtactagctcatccttcggtggcatgctttgtaacacattgtggttgga 27223459  T
Q  531 attcatcaatcgaagctctttctttaggagttcctgtgttgacatttccatcaagaggtgaccaacttacaaatgcaaaattcttggttgatgtttttgg 630  Q
    | || || || ||||| ||| |||||||||| ||  |||| ||||||||| || | || || ||| | ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  27223458 actcgtcgatggaagcacttactttaggagtgccgatgttaacatttccagcatggggcgatcaagtcacaaatgcaaagtttttggtagatgtttttgg 27223359  T
Q  631 ggtagg 636  Q
    ||||||    
T  27223358 ggtagg 27223353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 69 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 27223953 - 27223830
Alignment:
Q  69 ttaaggacttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgaattcatagattatctttccaaaaaatcaatccccataag 168  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || ||| |||| ||||| ||| ||   |||||    
T  27223953 ttaagaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaaattcagtcaaaataag 27223854  T
Q  169 aactgttggtccttcatttaaaaa 192  Q
    | || |||||||||  ||||||||    
T  27223853 acctattggtcctttgtttaaaaa 27223830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 69 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 27228144 - 27228066
Alignment:
Q  69 ttaaggacttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgaattcatagattatctttc 147  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | || ||||| |||||| ||||| ||||    
T  27228144 ttaagaacttgtctaaagtgttttgtgtattggtggatacctatgaggaattggaacatgatttcataaattatatttc 27228066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 328 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 27227888 - 27227825
Alignment:
Q  328 tcctcaagaacaaatgaatgaaattgtatacgggttattgaattctcaagtctcgtttttgtgg 391  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  || || |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  27227888 tcctcaagaacaagtgaatgaaattgcctatggattattggattctcaagtctcctttttgtgg 27227825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University