View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3083_high_5 (Length: 497)

Name: NF3083_high_5
Description: NF3083
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3083_high_5
NF3083_high_5
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (12-426)||(5613850-5614264)
chr4 (12-480)||(5885288-5885759)
chr4 (131-425)||(5847248-5847548)
chr4 (12-409)||(5559768-5560165)
chr4 (12-409)||(5894255-5894652)
chr4 (11-409)||(3749710-3750108)
chr4 (12-479)||(5570098-5570565)
chr4 (12-316)||(5858823-5859127)
chr4 (19-274)||(5582513-5582768)
chr4 (94-480)||(5851986-5852372)
chr4 (12-274)||(5538446-5538708)
chr4 (357-478)||(6030677-6030798)
chr4 (235-315)||(5565545-5565625)
chr4 (12-50)||(5847557-5847595)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (290-480)||(23268459-23268649)
chr8 (11-403)||(1486007-1486399)
[»] scaffold0454 (1 HSPs)
scaffold0454 (11-403)||(1190-1586)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 426
Target Start/End: Original strand, 5613850 - 5614264
Alignment:
Q  12 agagagatcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaatctctattggaatctgccccacaaattcattatatgacaaatcaagataagttaacttcacc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5613850 agagagatcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaatctctattggaatctgccccacaaattcattatatgacaaatcaagataagttaacttcacc 5613949  T
Q  112 aacttgttgaatgctgatggaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaagactacttgattcgtcaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5613950 aacttgttgaatgctgatggaatggaagaatttaaataattattagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaagactacttgattcttcaa 5614049  T
Q  212 ttccaccagaaatagattctccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaattgcagcaagcagtgcttttatt 311  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  5614050 ttccaccagaaatagattcttcactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaattgcagcatgcaatgcttttatt 5614149  T
Q  312 ccacaatattagttttgtggaattttcaggatgaaatgtgagattgttttttaattgaagcaacaaagttcgttgatcctcaagacatttggcagaggaa 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5614150 ccacaatattagttttgtggaattttcaggatgaaatgcgagattgtttttgaattgaagcaacaaagttcgttgatcctcaagacatttggcagaggaa 5614249  T
Q  412 agagaagtttggaaa 426  Q
    |||||||||||||||    
T  5614250 agagaagtttggaaa 5614264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 12 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 5885759 - 5885288
Alignment:
Q  12 agagagatcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaatctctattggaatctgccccacaaattcattatatgacaaatcaagataagttaacttcacc 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| ||||  |||| ||  || ||||||||  |||||||| |||||| ||    
T  5885759 agagatatcaagagtaaccaaccttgtaagatgggaaatctcaattggaatctccccctgaaatccagcatctgacaaattcagataagtcaacttctcc 5885660  T
Q  112 aacttgttgaatgctgatggaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaagactacttgattcgtcaa 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5885659 aacttgttgaaagctgatggaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgcaagagactgaaaagactacttgattcgtcaa 5885560  T
Q  212 ttccaccagaaatagattctccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaattgcagcaagcagtgcttttatt 311  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||| |||    
T  5885559 atccaccaaaaatagattctccactcaggtcaaggccaacaacatatccctcattgtcacaagtaacaccactccaactgcagcaagccgtgttttgatt 5885460  T
Q  312 ccacaatattagttttgtggaattttcaggatgaa---atgtgagattgttttttaattgaagcaacaaagttcgttgatcctcaagacatttggcagag 408  Q
    ||||||||||||||| | |  ||  ||||||  ||   |||||||||||||||||||||| |||||||  | | ||||||||||||||||||||||||||    
T  5885459 ccacaatattagtttggggatatagtcaggagaaatatatgtgagattgttttttaattggagcaacagtgattgttgatcctcaagacatttggcagag 5885360  T
Q  409 gaaagagaagtttggaaagtgnnnnnnntgcagtagtggcagaaaaggaaggaaaacaatgaaagtaatgta 480  Q
    | ||||||  | |||||||||       ||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  5885359 gcaagagagttctggaaagtgaaaaaaatgcagtagtagcagataaggatggaaaacgatgaaagtaatgta 5885288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 131 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 5847548 - 5847248
Alignment:
Q  131 gaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaagactacttgattcgtcaattccaccagaaatagattc 230  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| |||||||||||    
T  5847548 gaatggaagaatttaaataattatgagccaagttcagttccttgagatgtaggagattgaaaagaatacttgattcgttaaatccacctgaaatagattc 5847449  T
Q  231 tccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaat------tgcagcaagcagtgcttttattccacaatattagt 324  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5847448 ttcactcaggtcaaggccaataacatatccctcattgtcacaggtaacaccactccaattgcacttgcagcaagcaatgcttttattccacaatattagt 5847349  T
Q  325 tttgtggaattttcaggatgaaatgtgagattgttttttaattgaagcaacaaagttcgttgatcctcaagacatttggcagaggaaagagaagtttgga 424  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| || | | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||    
T  5847348 ttcgtggaattctcaggatgaaatgtgagattgtttttaaattggatcaaaaatgattgttgatcctcaagacatttggcaaaggcaagagaggtttgga 5847249  T
Q  425 a 425  Q
    |    
T  5847248 a 5847248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 409
Target Start/End: Original strand, 5559768 - 5560165
Alignment:
Q  12 agagagatcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaatctctattggaatctgccccacaaattcattatatgacaaatcaagataagttaacttcacc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||   |  |||||||||||  ||||| || |||||| ||    
T  5559768 agagagatcaagagtaaccaaccttttgagctgagaaatctctacaggaatttgccccacaaagctagcatatgacaaattcagatatgtcaacttctcc 5559867  T
Q  112 aacttgttgaatgctgatggaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaagactacttgattcgtcaa 211  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||| | | | |||||||||| ||||| |||| ||    
T  5559868 aacttgttgaatcctgatggaatggaagaattgaaatagttatcagccaaattcagtttctggaggtgttgcaaactgaaaagactgcttgaatcgttaa 5559967  T
Q  212 ttccaccagaaatagattctccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaattgcagcaagcagtgcttttatt 311  Q
     |||||||   |||  |||  |||| |||||||||||||||| || ||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5559968 atccaccatggatatcttcgtcactaaggtcaaggccaataacatgtccctcaatgtcacatgtaacacccctccaattgcagcaagcagtgctttgatt 5560067  T
Q  312 ccacaatattagttttgtggaattttcaggatgaaatgtgagattgttttttaattgaagcaacaaagttcgttgatcctcaagacatttggcagagg 409  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  5560068 ccacaatattagtttggtggaatattcaggattgaatgtgagattgttttttaattgatgcaacaatgattgttgatcctcaagacatttggtagagg 5560165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 12 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 5894652 - 5894255
Alignment:
Q  12 agagagatcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaatctctattggaatctgccccacaaattcattatatgacaaatcaagataagttaacttcacc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||||||   |   | ||||||||  |||||||| |||||| ||    
T  5894652 agagagatcaagagtaaccaaccttgtaagttgtgaaatctcaattggaatctgccccacaaagctagcctttgacaaattcagataagtcaacttctcc 5894553  T
Q  112 aacttgttgaatgctgatggaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaagactacttgattcgtcaa 211  Q
    || ||| ||||| ||||||||||   |||||| ||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||    
T  5894552 aatttgctgaatcctgatggaattagagaattgaaattgttataagccaagttcagttttttgagatgtaggagattgaaaagactgcttgaatcgttaa 5894453  T
Q  212 ttccaccagaaatagattctccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaattgcagcaagcagtgcttttatt 311  Q
     |||||||   |||  |||  |||| |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5894452 atccaccatggatatcttcgtcactaaggtcaaggccaataacatgtccctcattgtcacaagttacaccactccaattgcagcaagcagtggttttatt 5894353  T
Q  312 ccacaatattagttttgtggaattttcaggatgaaatgtgagattgttttttaattgaagcaacaaagttcgttgatcctcaagacatttggcagagg 409  Q
    ||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| | | ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  5894352 ccacaatattagtttggtagaaccttcaggatgaaatgtgagattttttttgaattggagcaacaatgattgttgatcctcaagacatatggctgagg 5894255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 11 - 409
Target Start/End: Original strand, 3749710 - 3750108
Alignment:
Q  11 cagagagatcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaatctctattggaatctgccccacaaattcattatatgacaaatcaagataagttaacttcac 110  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||   |   | ||||||||  ||||| || |||||  |    
T  3749710 cagagagatcaagaataaccaaccttgtaagctgcgaaatctcaatcggaatctgccctacaaagctagcttgtgacaaattcagatatgtcaacttatc 3749809  T
Q  111 caacttgttgaatgctgatggaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaagactacttgattcgtca 210  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||  |||||| ||||  || |  |||||||| | ||| | ||||||| | ||| |||||||||||||||| |||| |    
T  3749810 caacttgatgaatcttgatggaatgtgagaattgaaatggttgtatgccaagtttaatttttggagatgttgaagactgaaaagactacttgaatcgtta 3749909  T
Q  211 attccaccagaaatagattctccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaattgcagcaagcagtgcttttat 310  Q
    | |||||||   ||   |||  ||||||| |||||||| |||| || ||| || ||||  || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3749910 aatccaccatcgatcttttcgtcactcagatcaaggccgataacatgtccatcattgttgcatgtaacaccactccaattgcagcaagcaatgcttttat 3750009  T
Q  311 tccacaatattagttttgtggaattttcaggatgaaatgtgagattgttttttaattgaagcaacaaagttcgttgatcctcaagacatttggcagagg 409  Q
    ||||||||  |||||| |||||| ||||| | |  |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  3750010 tccacaattctagtttggtggaactttcatggttgaatgtgagattgttttttaattgaagcaacaatgattgttgatcctcaagacatttggcagagg 3750108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 12 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 5570565 - 5570098
Alignment:
Q  12 agagagatcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaatctctattggaatctgccccacaaattcattatatgacaaatcaagataagttaacttcacc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| | |  |||||| ||||  |||||| | ||| |||||    
T  5570565 agagagatcaagagtaaccaaccttgtaagctgagaaatctctatagaaatatgccccacaaagttagcatatgataaattcagataattcaacatcacc 5570466  T
Q  112 aacttgttgaatgctgatggaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaagactacttgattcgtcaa 211  Q
    || ||||| ||| ||||||||||   |||||| ||||  |||||||||||||||| ||| |  |||||  ||||| | |||||||||||||| |  ||||    
T  5570465 aatttgttaaatcctgatggaataacagaattgaaattgttatcagccaagttcaatttttgaagatgatggagactaaaaagactacttgaattatcaa 5570366  T
Q  212 ttccaccagaaatagattctccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaattgcagcaagcagtgcttttatt 311  Q
      ||| |||| ||   |||| || | | |||||||||||| |  | ||| | | |||||||| | || ||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  5570365 aaccatcagagatgtcttctgcaataaagtcaaggccaatcacgtgtcctttgctgtcacaacttacaccattccaatagcagcaagcagtgctcttatt 5570266  T
Q  312 ccacaatattagttttgtggaattttcaggatgaaatgtgagattgttttttaattgaagcaacaaagttcgttgatcctcaagacatttggcagaggaa 411  Q
    ||| ||| ||||||| |||||| ||||||| |   |||||||||| ||||||| ||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||| |||| |    
T  5570265 ccataattttagtttggtggaagtttcagggttgtatgtgagattattttttagttggagcaacaacgattgttgatcctcaagacatttggctgaggca 5570166  T
Q  412 agagaagtttggaaagtgnnnnnnntgcagtagtggcagaaaaggaaggaaaacaatgaaagtaatgt 479  Q
    | ||   |||||||||||       ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5570165 acagtgatttggaaagtgagatatatgcagtagtagcatagaaggaaggaaaacaatgaaactaatgt 5570098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 316
Target Start/End: Original strand, 5858823 - 5859127
Alignment:
Q  12 agagagatcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaatctctattggaatctgccccacaaattcattatatgacaaatcaagataagttaacttcacc 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||| |||   ||||  |  || ||  | ||  ||||| || |||||| ||    
T  5858823 agagatatcaagagtaaccaaccttataagctgggaaatttctattggaatcttcccgtgaaatctagcatctgtaagattcagatatgtcaacttctcc 5858922  T
Q  112 aacttgttgaatgctgatggaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaagactacttgattcgtcaa 211  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||  ||||||||||| ||| | ||||||| |||||   || ||||| ||||  |  ||||    
T  5858923 agcttgttgaatgctgatggaatggaagaattgaaattgttaaaagccaagttcactttttggagatgttggagaccaaatagactgcttgtattttcaa 5859022  T
Q  212 ttccaccagaaatagattctccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaattgcagcaagcagtgcttttatt 311  Q
     ||||||| | ||| ||||| |||||| |||||||||||||| || ||| ||  |||||||||| || |||||||| |||||||| ||| |||||| |||    
T  5859023 atccaccatagatatattctgcactcaagtcaaggccaataacatgtccttcactgtcacaagttacaccactccagttgcagcatgcaatgctttgatt 5859122  T
Q  312 ccaca 316  Q
    |||||    
T  5859123 ccaca 5859127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 5582768 - 5582513
Alignment:
Q  19 tcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaatctctattggaatctgccccacaaattcattatatgacaaatcaagataagttaacttcaccaacttgt 118  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| | |  |||||||||||  | |||| | ||| ||||||||||||    
T  5582768 tcaagagtaaccaaccttgtaagctgagaaatctctataggaatttgccccacaaagttagcatatgacaaattcaaataactcaacatcaccaacttgt 5582669  T
Q  119 tgaatgctgatggaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaagactacttgattcgtcaattccacc 218  Q
    ||||| |||||||||||  |||||| ||||  ||| |||||||||||| ||| |  |||||| | ||| | |||||||| ||||  |  |||| ||||||    
T  5582668 tgaatcctgatggaatgacagaattgaaattgttagcagccaagttcaatttttgaagatgttgaagactaaaaagactgcttgcattatcaaatccacc 5582569  T
Q  219 agaaatagattctccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaag 274  Q
    ||| || |||||| ||||||| ||||| |||| || | |||||| | |||||||||    
T  5582568 agagattgattcttcactcagatcaagaccaacaacaaatcccttgctgtcacaag 5582513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 94 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 5852372 - 5851986
Alignment:
Q  94 agataagttaacttcaccaacttgttgaatgctgatggaatggaagaatttaaataa-ttatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaa 192  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||||| | |||||||||  ||  || ||| || |||| |||||| |||||||||| |||||||  |||| |||||    
T  5852372 agataattcaacatcaccaacttgttgaatcccgatggaatgacagt-ttcaaacaagttataagccaaattcagtttctggagatgttcgagactgaaa 5852274  T
Q  193 agactacttgattcgtcaattccaccagaaatagattctccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaattgc 292  Q
    ||||||||||| |  ||||  ||| |||| |||  |||| |||||| |||||||||||| |  | ||| ||  |||||||||| || |||||||||| ||    
T  5852273 agactacttgaattatcaaaaccatcagagatatcttcttcactcaagtcaaggccaatcacttgtccttcactgtcacaagttacaccactccaatcgc 5852174  T
Q  293 agcaagcagtgcttttattccacaatattagttttgtggaattttcaggatgaaatgtgagattgttttttaattgaagcaacaa-agttcgttgatcct 391  Q
    |||||||| || |||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||| |  |||| |||||| |||| || |||||| | ||| || | ||||||| |    
T  5852173 agcaagcaatgattttattccagaattttagtttggtggaaatttcagggtcgaatgcgagattattttatagttgaagtagcaatagat-gttgatctt 5852075  T
Q  392 caagacatttggcagaggaaagagaagtttggaaagtgnnnnnnntgcagtagtggcagaaaaggaaggaaaacaatgaaagtaatgta 480  Q
    | ||||||||||| |||| ||  |   |||||||| ||       ||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  5852074 cgagacatttggctgaggcaacggtgatttggaaactgatataaatgcagtagtagcagagaatgaaggaaaacaatggaagtaatgta 5851986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 12 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 5538708 - 5538446
Alignment:
Q  12 agagagatcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaatctctattggaatctgccccacaaattcattatatgacaaatcaagataagttaacttcacc 111  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||||||||  |||||| | ||| |||||    
T  5538708 agagatatctagagttaccaaccttgtaagctgagaaatctctaaaggaatctgccccacaaagttagcatatgacaaattcagataactcaacatcacc 5538609  T
Q  112 aacttgttgaatgctgatggaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaagactacttgattcgtcaa 211  Q
    |||||||||||| ||| |||||| | |||| | ||||  ||| |||||||||||| |||||  |||| | | ||| | |||||||||||||  |  ||||    
T  5538608 aacttgttgaatcctggtggaatagcagaactgaaattgttagcagccaagttcaatttctgaagattttgaagactaaaaagactacttgtattatcaa 5538509  T
Q  212 ttccaccagaaatagattctccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaag 274  Q
     ||||||||  || |||||| ||||||| ||||| ||||||| | |||||   ||||||||||    
T  5538508 atccaccagtgattgattcttcactcagatcaagaccaataacaaatcccctattgtcacaag 5538446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 357 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 6030798 - 6030677
Alignment:
Q  357 gttttttaattgaagcaacaaagttcgttgatcctcaagacatttggcagaggaaagagaagtttggaaagtgnnnnnnntgcagtagtggcagaaaagg 456  Q
    ||||||||||||||||||||| |   |||||||  |||||||||||||||||| || |||   || |||| ||       ||||||||| ||| | ||||    
T  6030798 gttttttaattgaagcaacaatgagggttgatcgccaagacatttggcagaggtaacagagaatttgaaactgatgtaaatgcagtagtagcatagaagg 6030699  T
Q  457 aaggaaaacaatgaaagtaatg 478  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  6030698 aaggaaaacaatgaaagtaatg 6030677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 235 - 315
Target Start/End: Original strand, 5565545 - 5565625
Alignment:
Q  235 ctcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaattgcagcaagcagtgcttttattccac 315  Q
    |||||||||||||| ||||  |  |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||| | |||||| |||||||    
T  5565545 ctcaggtcaaggcctataacttgcccctcgttatcacaggttacaccactccaattgcagcaaggaatgctttgattccac 5565625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 5847595 - 5847557
Alignment:
Q  12 agagagatcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaat 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  5847595 agagagatcaagagtaaccaacctcgtgagttgtgaaat 5847557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 290 - 480
Target Start/End: Original strand, 23268459 - 23268649
Alignment:
Q  290 tgcagcaagcagtgcttttattccacaatattagttttgtggaattttcaggatgaaatgtgagattgttttttaattgaagcaacaaagttcgttgatc 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23268459 tgcagcaagcagtgcttttattccacaatattagttttgtggaattttcaggatgaaatgtgagattgttttttaattgaagcaacagagttcgttgatc 23268558  T
Q  390 ctcaagacatttggcagaggaaagagaagtttggaaagtgnnnnnnntgcagtagtggcagaaaaggaaggaaaacaatgaaagtaatgta 480  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23268559 ctcaagacatttagcagaggaaagagaagtttggaaaaagaaaaaaatgcagtagtggcagaaaaggaaggaaaacaatgaaagtaatgta 23268649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 11 - 403
Target Start/End: Original strand, 1486007 - 1486399
Alignment:
Q  11 cagagagatcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaatctctattggaatctgccccacaaattcattatatgacaaatcaagataagttaacttcac 110  Q
    |||||| |||||||||||||||  | || || || ||||||||||| ||||||| ||| |||||   |  || ||||||||  | |||| | ||| ||||    
T  1486007 cagagaaatcaagagtaaccaaatttgtaagttgtgaaatctctataggaatctcccctacaaagctagcatgtgacaaattcaaataattcaacatcac 1486106  T
Q  111 caacttgttgaatgctgatggaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaagactacttgattcgtca 210  Q
    ||| ||||||||| ||||||| |||  |||||| ||    || ||||| ||||| ||| ||| ||||||| ||||| | |||||||||||||| | || |    
T  1486107 caatttgttgaatcctgatgggatgagagaattgaatctgttttcagctaagttgagtctctcgagatgttggagactaaaaagactacttgaattgtta 1486206  T
Q  211 attccaccagaaatagattctccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaattgcagcaagcagtgcttttat 310  Q
    | ||||||||  || |||||| |||| ||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  1486207 aatccaccagtgattgattcttcactaaggtcaaggtcaataacatgtccctcattgtcacaagtaacaccactccaattgcagcaagtagtgtttttat 1486306  T
Q  311 tccacaatattagttttgtggaattttcaggatgaaatgtgagattgttttttaattgaagcaacaaagttcgttgatcctcaagacatttgg 403  Q
    |||| ||| ||||||| ||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| |   |||||||||||||||||||||    
T  1486307 tccataattttagtttggtggaaaattcatgatcaaatgtgagattgttttttaactggagcaacaatgagtgttgatcctcaagacatttgg 1486399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 11 - 403
Target Start/End: Original strand, 1190 - 1586
Alignment:
Q  11 cagagagatcaagagtaaccaacctcgtgagctgggaaatctctattggaatctgccccacaaattcattatatgacaaatcaagataagtt-aacttca 109  Q
    |||||| |||||||||||||||  | || || || ||||||||||| ||||||| ||| |||||   |  || ||||||||  | |||| || ||| |||    
T  1190 cagagaaatcaagagtaaccaaatttgtaagttgtgaaatctctataggaatctcccctacaaagctagcatgtgacaaattcaaataaattcaacatca 1289  T
Q  110 ccaacttgttgaatgctgatggaatggaagaatttaaataattatcagccaagttcagtttcttgagatgtaggagattgaaaa-gactacttgattcgt 208  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||  |||||| ||    || ||||| ||||| ||| ||| ||||||| ||||| | |||| |||||||||| | ||    
T  1290 ccaatttgttgaatcctgatgggatgagagaattgaatctgttttcagctaagttgagtctctcgagatgttggagactaaaaaagactacttgaattgt 1389  T
Q  209 caattccaccagaaatagattctccactcaggtcaaggccaataatatatccctcgttgtcacaagtaacgccactccaattgcagcaagcag-tgcttt 307  Q
     || ||||||||  || |||||| |||| ||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||    
T  1390 taaatccaccagtgattgattcttcactaaggtcaaggtcaataacatgtccctcattgtcacaagtaacaccactccaattgcagcaagtagttgtttt 1489  T
Q  308 tattccacaatattagttttgtggaattttcaggatgaaatgtgagattg-ttttttaattgaagcaacaaagttcgttgatcctcaagacatttgg 403  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||  |||| ||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||| |   |||||||||||||||||||||    
T  1490 tattccataattttagtttggtggaaaattcatgatcaaatgtgagattgtttttttaactggagcaacaatgagtgttgatcctcaagacatttgg 1586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University