View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3090_low_34 (Length: 410)

Name: NF3090_low_34
Description: NF3090
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3090_low_34
NF3090_low_34
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (4-385)||(18309239-18309633)
chr2 (4-385)||(18158784-18159171)
chr2 (134-319)||(18302785-18302981)
chr2 (314-392)||(18158707-18158784)
chr2 (314-392)||(18309633-18309710)
chr2 (290-353)||(45497075-45497138)
chr2 (290-353)||(45504817-45504880)
chr2 (4-43)||(18160065-18160104)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (290-392)||(25936465-25936566)
[»] scaffold0202 (1 HSPs)
scaffold0202 (290-392)||(16055-16157)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 4 - 385
Target Start/End: Original strand, 18309239 - 18309633
Alignment:
Q  4 ggaggagcagagatggttgtgcagcaagatgcttacagaacaaggaagagttgcaagttgcaagcacatcgttaaaattgatggtggt----------gg 93  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||    
T  18309239 ggaggaacagaaatggttgtgcagcaagatgcttacagaacaaggaagagttgcaagttgcaagcacatcgttaaaattgatggtggtttttgattgtgg 18309338  T
Q  94 tc---ctcatagtgttgatggtcttgtaatgacggtggtaatgatgaaatttgcgctatagatagaaactttcttctttgtaaccaaagacttgatcgga 190  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  18309339 tcatcctcatagtgttgatggtcttgtaatgacggtggtagtgatgaaatttgcgctatagatagaaattttcttctttgtaaccaaagacttgataaga 18309438  T
Q  191 aaaatgcaaatgttgagcataaaagacacagcttaaaatcaaacttgatcattgtcaattctcttagcacaaaaataaaaccctgtttggagctaatata 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18309439 aaaatgcaaatgttgagcataaaagacacagcttaaaatcaaacttgatcattgtcaattctcttagcacaaaaataaaaccctgtttggagctaatata 18309538  T
Q  291 tgtacattggttctccacaaaacagcaatggctctgtggatacaaattcactgcatgtttataaaagtgagaacaaggtgaaatgctctacatga 385  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18309539 tgtacattggatctccacaaaacagcaatggctctgtggatacaaattcactgcatgtttataaaagtgagaacaaggtgaaatgctctacatga 18309633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 4 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18159171 - 18158784
Alignment:
Q  4 ggaggagcagagatggttgtgcagcaagatgcttacagaacaaggaagagttgcaagttgcaagcacatcgttaaaattgatggtggt------------ 91  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||                
T  18159171 ggaggaacagaaatggttgtgcagcaagatgcttacagaacaaggaagagttgcaag-------cacatcgttaaaattgatggtggtttttgattgtgg 18159079  T
Q  92 -ggtcctcatagtgttgatggtcttgtaatgacggtggtaatgatgaaatttgcgctatagatagaaactttcttctttgtaaccaaagacttgatcgga 190  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  18159078 tggtcctcatagtgttgatggtcttgtaatgacggtggtagtgatgaaatttgcgctatagatagaaactttcttctttgtaaccaaagacttgataaga 18158979  T
Q  191 aaaatgcaaatgttgagcataaaagacacagcttaaaatcaaacttgatcattgtcaattctcttagcacaaaaataaaaccctgtttggagctaatata 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18158978 aaaatgcaaatgttgagcataaaagacacagcttaaaatcaaacttgatcattgtcaattctcttagcacaaaaataaaaccctgtttggagctaatata 18158879  T
Q  291 tgtacattggttctccacaaaacagcaatggctctgtggatacaaattcactgcatgtttataaaagtgagaacaaggtgaaatgctctacatga 385  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18158878 tgtacattggatctccacaaaacagcaatggctctgtggatacaaattcactgcatgtttataaaagtgagaacaaggtgaaatgctctacatga 18158784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 134 - 319
Target Start/End: Original strand, 18302785 - 18302981
Alignment:
Q  134 atgaaatttgcgctatagatagaaactt------tcttctttgtaaccaaagacttgatcggaaaaatgcaaatgttgagcataaaagacac--agctta 225  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||| || |   ||||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||    
T  18302785 atgaaattcgcgctatagatagaaacttaaactttcttctt-gtaaccaaagattttacaagaaaaatgcaaatgttgagcatacaagacacgcaactta 18302883  T
Q  226 aaatcaaacttgatcattgtcaattctcttagcacaaaaataaaaccctgtttggagc----taatatatgtacattggttctccacaaaacagcaat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| |    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  18302884 aaatcaaacttgatcattgtcaattcttttagcacaaaaataaaactcggtttggaactaattaatatatgtacattggatctccacacaacagcaat 18302981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 314 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 18158784 - 18158707
Alignment:
Q  314 agcaatggctctgtggatacaaattcactgcatgtttataaaagtgagaacaaggtgaaatgctctacatgaacaaggt 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18158784 agcaatggctctgtggatacaaattcactg-atgtttataaaagtgagaacaaggtgaaatgctctacatgaacaaggt 18158707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 314 - 392
Target Start/End: Original strand, 18309633 - 18309710
Alignment:
Q  314 agcaatggctctgtggatacaaattcactgcatgtttataaaagtgagaacaaggtgaaatgctctacatgaacaaggt 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18309633 agcaatggctctgtggatacaaattcactg-atgtttataaaagtgagaacaaggtgaaatgctctacatgaacaaggt 18309710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 290 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 45497138 - 45497075
Alignment:
Q  290 atgtacattggttctccacaaaacagcaatggctctgtggatacaaattcactgcatgtttata 353  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45497138 atgtacattggatctccacacaacatcaatggttctgtggatacaaattcactacatgtttata 45497075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 290 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 45504880 - 45504817
Alignment:
Q  290 atgtacattggttctccacaaaacagcaatggctctgtggatacaaattcactgcatgtttata 353  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45504880 atgtacattggatctccacacaacatcaatggttctgtggatacaaattcactacatgtttata 45504817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 4 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 18160104 - 18160065
Alignment:
Q  4 ggaggagcagagatggttgtgcagcaagatgcttacagaa 43  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18160104 ggaggaacagaaatggttgtgcagcaagatgcttacagaa 18160065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 290 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 25936566 - 25936465
Alignment:
Q  290 atgtacattggttctccacaaaacagcaatggctctgtggatacaaattcactgcatgtttataaaagtgagaacaaggtgaaatgctctacatgaacaa 389  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||    
T  25936566 atgtacattggatctccacacaacaacaatggtt-tgtggatacaaattcactgcatgtttataaaagtgagaataaggtgaaatgctccacatgaataa 25936468  T
Q  390 ggt 392  Q
    |||    
T  25936467 ggt 25936465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0202 (Bit Score: 59; Significance: 7e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0202
Description:

Target: scaffold0202; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 290 - 392
Target Start/End: Original strand, 16055 - 16157
Alignment:
Q  290 atgtacattggttctccacaaaacagcaatggctctgtggatacaaattcactgcatgtttataaaagtgagaacaaggtgaaatgctctacatgaacaa 389  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||    
T  16055 atgtacattggatctccacacaacaacaatggttctataaatacaaattcactgcatgtttataaaagtgagaataaggttaaatgctccacatgaataa 16154  T
Q  390 ggt 392  Q
    |||    
T  16155 ggt 16157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University