View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3103_high_6 (Length: 631)

Name: NF3103_high_6
Description: NF3103
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3103_high_6
NF3103_high_6
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (6-613)||(7629381-7629988)
chr1 (32-613)||(7636190-7636771)
chr1 (46-613)||(7623112-7623679)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 572; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 613
Target Start/End: Original strand, 7629381 - 7629988
Alignment:
Q  6 agaagcaaaggtgaagatttcaatgaaataaggacgagtccataccataagcacagctttgatgtggtcgagagtgagatcaaaagagagtgaatgatca 105  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629381 agaatcaaaggtgaagatttcaataaaataaggacgagtccataccataagcacagctttgatgtggtcgagagtgagatcaaaagagagtgaatgatca 7629480  T
Q  106 ttcatcatttgtaataagatatcaataatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaataatccatgtggtcatcaataactctttggt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629481 ttcatcatttgtaataagatatcaataatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaataatccatgtggtcatcaataactctttggt 7629580  T
Q  206 atatcaaatccaactccttgaacgttttatcaagcctcccaagtgttcctttgattctatcaatccaaccaaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaa 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629581 atatcaaatccaactccttgaacgttttatcaagcctcccaagtgttcctttgactctatcaatccaaccaaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaa 7629680  T
Q  306 ttcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgcaatctacttctcctttgtccacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatat 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  7629681 ttcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgcaatctacttctcctttgtccacttcccaattcaactccttcttcataatcacaaacatat 7629780  T
Q  406 tttttcccaaaagctatcttacatataattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcacacctttttcatcaccaccatattgcgacaact 505  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629781 gttttcccaaaagctatcttacatataattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcgcacctttttcatcaccaccatattgcgacaact 7629880  T
Q  506 tttgaatcaactgggccacttcattttctctaacgggcctaaaagaatgggcacgttgagagctaaagaggtgatgaacacaaagttttctcatctctct 605  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629881 tttgaatcaattgggccacttcattttctctaacgggcctaaaagaatgggcacgttgagagctaaagaggtgatgaacacaaagttttctcatctctct 7629980  T
Q  606 ccaataag 613  Q
    ||||||||    
T  7629981 ccaataag 7629988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 613
Target Start/End: Original strand, 7636190 - 7636771
Alignment:
Q  32 aataaggacgagtccataccataagcacagctttgatgtggtcgagagtgagatcaaaagagagtgaatgatcattcatcatttgtaataagatatcaat 131  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  7636190 aataaggatgagtcaataccataagcacagctttgatgtggtcaagagtgagatcaaaagagagtgagtgatcattcatcatctgcaataagatatcaat 7636289  T
Q  132 aatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaataatccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaacgtt 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7636290 aatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaattatccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaatgtt 7636389  T
Q  232 ttatcaagcctcccaagtgttcctttgattctatcaatccaaccaaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcat 331  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7636390 ttatcaagcctcccaagagttcctttgactctatcaatccaacccaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcat 7636489  T
Q  332 taagcaaaacttgcaatctacttctcctttgtccacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaagctatcttacatat 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  7636490 taagcaaaacttgcaatctacttctcttttgtccacttcccaattcaacttcttcttcataatcacaaacatatgtttttccaaaagctatcttacatat 7636589  T
Q  432 aattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcacacctttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaactgggccacttcattt 531  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7636590 aattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcgcacctttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaattgggccacttcattt 7636689  T
Q  532 tctctaacgggcctaaaagaatgggcacgttgagagctaaagaggtgatgaacacaaagttttctcatctctctccaataag 613  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7636690 tctctaacgggcctaaaagaatggacacgttgagagctaaagagatgttgaacacaaagttttctcatctctctccaataag 7636771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 613
Target Start/End: Original strand, 7623112 - 7623679
Alignment:
Q  46 cataccataagcacagctttgatgtggtcgagagtgagatcaaaagagagtgaatgatcattcatcatttgtaataagatatcaataatatcatctactt 145  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| || || || |||||||| |||||  | ||||    
T  7623112 cataccataagcacagctttgacgtggtcaagagtaagatcaaaagagagtgagttatcattcatcatctgcaaaaatatatcaatgatatctgcaactt 7623211  T
Q  146 cttgttccttagttttaggccttgctgaataatccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaacgttttatcaagcctccc 245  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7623212 cttgctccttggttttaggctttgttgaattatccatgtggtcatcaatgacttgttggtatatcaaatccaactccttgaactttttatcaagcctccc 7623311  T
Q  246 aagtgttcctttgattctatcaatccaaccaaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgc 345  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  7623312 aagagttcctttgattctatcaacccaacctaacaatggaaaatgatcagaaaagtaaaactcagttaacaaagcctgtgcttcattaagcaaaacttgc 7623411  T
Q  346 aatctacttctcctttgtccacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaagctatcttacatataattgtatttgtga 445  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7623412 aatctacttcttctttctccacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaagctatcttacatataattgcatttgtga 7623511  T
Q  446 gagacatcaatatttcactcaagttcacacctttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaactgggccacttcattttctctaacgggcct 545  Q
     ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||  |||||    
T  7623512 aagatatcaatatttcactcaagtttacacctttttcatcaccatcatactgtgacagcttttgaatcaattcagccacttcattttctctaataggcct 7623611  T
Q  546 aaaagaatgggcacgttgagagctaaagaggtgatgaacacaaagttttctcatctctctccaataag 613  Q
    |||||||||   || || || ||||||||||||| || ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  7623612 aaaagaatgtagacttttagggctaaagaggtgaagagcacaaagctttttcatatctctccaataag 7623679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University