View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3103_high_8 (Length: 597)

Name: NF3103_high_8
Description: NF3103
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3103_high_8
NF3103_high_8
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-580)||(17442544-17443112)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (12-580)||(3059088-3059656)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (12-580)||(4873731-4874299)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 557; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 557; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 17443112 - 17442544
Alignment:
Q  12 atgaaagttgtgaatcaaatcagattgttgggagaacaatttcttgatagcagaattgtagaaaaagtcttggtggttttacctgaaagattcgaatcaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17443112 atgaaagttgtgaatcaaatcagattgttgggagaacaatttcttgatagcagaattgtagaaaaagtcttggtggttttacctgaaagattcgaatcaa 17443013  T
Q  112 agatttctgcacttgaagaatcaaaagatctttccaagataaccttaacagagcttataaatgctcttcaagctcaagagcagagaagacttttgagaca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17443012 agatttctgcacttgaagaatcaaaagatctttccaagataaccttaacagagcttataaatgctcttcaagctcaagagcagagaagacttttgagaca 17442913  T
Q  212 agaagaagcatcagaaacagctttacaagtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttgttggagagcactctgggaaagat 311  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17442912 agaggaagcatcagaaacagctttacaagtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttgttggagagcactctgggaaagat 17442813  T
Q  312 acaaagaagaaggaaagatttccaaaatgtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaaaggaaaaacgccaccaccatttc 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17442812 acaaagaagaaggaaagatttccaaaatgtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaaaggaaaaacaccaccaccatttc 17442713  T
Q  412 aatgtagatactgcaataaaactgggcatattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaatcatacttctcaaaaggcaaatgt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17442712 aatgtagatactgcaataaaactgggcatattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaatcatacttctcaaaaggcaaatgt 17442613  T
Q  512 aattgaaattgaagatagtgaagaactcttgttcatggccaatactacaaggagttcggaggatggaga 580  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17442612 aactgaaattgaagatagtgaagaactcttgttcatggccaatactacaaggagttcggaggatggaga 17442544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 549; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 549; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 580
Target Start/End: Original strand, 3059088 - 3059656
Alignment:
Q  12 atgaaagttgtgaatcaaatcagattgttgggagaacaatttcttgatagcagaattgtagaaaaagtcttggtggttttacctgaaagattcgaatcaa 111  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059088 atgaaagttgtgaatcaaattagattgttgggagaacaatttcttgatagcagaattgtagaaaaagtcttggtggttttacctgaaagattcgaatcaa 3059187  T
Q  112 agatttctgcacttgaagaatcaaaagatctttccaagataaccttaacagagcttataaatgctcttcaagctcaagagcagagaagacttttgagaca 211  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059188 agatttttgcacttgaagaatcaaaagatctttccaagataaccttaacagagcttataaatgctcttcaagctcaagagcagagaagacttttgagaca 3059287  T
Q  212 agaagaagcatcagaaacagctttacaagtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttgttggagagcactctgggaaagat 311  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059288 agaggaagcatcagaaacagctttacaagtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttgttggagagcactctgggaaagat 3059387  T
Q  312 acaaagaagaaggaaagatttccaaaatgtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaaaggaaaaacgccaccaccatttc 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3059388 acaaagaagaaggaaagatttccaaaatgtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaaaggaaaaacaccaccaccatttc 3059487  T
Q  412 aatgtagatactgcaataaaactgggcatattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaatcatacttctcaaaaggcaaatgt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059488 aatgtagatactgcaataaaactgggcatattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaatcatacttctcaaaaggcaaatgt 3059587  T
Q  512 aattgaaattgaagatagtgaagaactcttgttcatggccaatactacaaggagttcggaggatggaga 580  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059588 aactgaaattgaagatagtgaagaactcttgttcatggccaatactacaaggagttcggaggatggaga 3059656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 545; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 580
Target Start/End: Original strand, 4873731 - 4874299
Alignment:
Q  12 atgaaagttgtgaatcaaatcagattgttgggagaacaatttcttgatagcagaattgtagaaaaagtcttggtggttttacctgaaagattcgaatcaa 111  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4873731 atgaaagttgtgaatcaaataagattgttgggagaacaatttcttgatagcagaattgtagaaaaagtcttggtggttttacctgaaagattcgaatcaa 4873830  T
Q  112 agatttctgcacttgaagaatcaaaagatctttccaagataaccttaacagagcttataaatgctcttcaagctcaagagcagagaagacttttgagaca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4873831 agatttctgcacttgaagaatcaaaagatctttccaagataaccttaacagagcttataaatgctcttcaagctcaagagcagagaagaattttgagaca 4873930  T
Q  212 agaagaagcatcagaaacagctttacaagtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttgttggagagcactctgggaaagat 311  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4873931 agaggaagcatcagaaacagctttacaagtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttgttggagagcactctgggaaagat 4874030  T
Q  312 acaaagaagaaggaaagatttccaaaatgtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaaaggaaaaacgccaccaccatttc 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  4874031 acaaagaagaaggaaagatttccaaaatgtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaaaggaaaaaaaccaccaccatttc 4874130  T
Q  412 aatgtagatactgcaataaaactgggcatattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaatcatacttctcaaaaggcaaatgt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4874131 aatgtagatactgcaataaaactgggcatattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaatcatacttctcaaaaggcaaatgt 4874230  T
Q  512 aattgaaattgaagatagtgaagaactcttgttcatggccaatactacaaggagttcggaggatggaga 580  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4874231 aactgaaattgaagatagtgaagaactcttgttcatggccaatactacaaggagttcggaggatggaga 4874299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University