View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3104-Insertion-2 (Length: 738)

Name: NF3104-Insertion-2
Description: NF3104
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3104-Insertion-2
NF3104-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-738)||(55396072-55396801)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 692; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 738
Target Start/End: Original strand, 55396072 - 55396801
Alignment:
Q  8 cttccgcttccaaaacttgctattccctctgctacttctacttccacttctaccggtaattaattaaccttccttccttcgtattaattgttattcttat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55396072 cttccgcttccaaaacttgctattccctctgctacttctacttccacttctaccggtaattaattaaccttccttccttcgtattaattgttattcttat 55396171  T
Q  108 tgtcatcatgatacgaatatgaatgttacattagcagcagcagcaggaggaggatttatctctttcaaacaactacatctacgtcgtcgtcttcttcttt 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  55396172 tgtcatcataatacgaatatgaatgttacattagcagcagcagcagcaggaggatttatctctttcaaacaactacatctacgtcgtcgtcttcttcttc 55396271  T
Q  208 ccttctgtacatcatcgtcgttgtcatcaccgaactcgcaagacaatgatagtaattgtgtgagtggagattccatacgggaaagatttcttagttttta 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55396272 ccttctgtacatcatcgtcgttgtcatcaccgaactcgcaagacaatgatagtaattgtgtgagtggagattccatacgggaaagatttcttagttttta 55396371  T
Q  308 tgcttcccgtggtcacaaggtccttcccagtgcttctcttgttccagatgaccctactgttctcctcaccattgctggtatgcttcaattcaaacctatc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55396372 tgcttcccgtggtcacaaggtccttcccagtgcttctctcgttccagatgaccctactgttctcctcaccattgctggtatgcttcaattcaaacctatc 55396471  T
Q  408 tttcttggaaaacttcctagacaagtccctcgtgctactacttcacaacgctgcatccgtactaatgatatcaacaatgttggtcatacctcacgacatc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55396472 tttcttggaaaacttcctagacaagtccctcgtgctactacttcacaacgctgcatccgtactaatgatatcaacaatgttggtcatacctcacgacatc 55396571  T
Q  508 ataccttctttgagatgcttggtaacttcagctttggtgattatttcaaaaaacaagctattcaatgggcatgggacttatctaccattgagtttggctt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  55396572 ataccttctttgagatgcttggtaacttcagctttggtgattatttcaaaaaacaagctattcaatgggcatgggacttatctaccattgagtttgg-tt 55396670  T
Q  608 tgcctccagaaagattatggattagtgtttaccaagacgatcatgagactttccagttatggtctcaacaggtaattacatcacatttccttttaaatta 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  55396671 tgcctccagaaagattatggattagtgtttaccaagacgatcatgagactttccagttatggtctcaacaggtaattacatcacatttcctttt-aatta 55396769  T
Q  708 cccctctcctc-tccgttcctgtcatcacatc 738  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  55396770 cccctctcctcttccgttcctgtcatcacatc 55396801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University