View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3110_low_3 (Length: 430)

Name: NF3110_low_3
Description: NF3110
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3110_low_3
NF3110_low_3
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (16-419)||(38398486-38398889)
chr5 (16-419)||(38380857-38381260)
chr5 (16-419)||(38389723-38390135)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-419)||(37841008-37841402)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 419
Target Start/End: Original strand, 38398486 - 38398889
Alignment:
Q  16 ataaagaaatcatgttcgttcacaatctcacgtagaaaagatgctgtttgtgatccattctcagtaaaaatttcttgatacctcacattttcagcatttt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38398486 ataaagaaatcatgttcgttcacaatctcacgtagaaaagatgctgtttgtgatccattctcagtaaaaacttcttgatacctcacattttcagcatttt 38398585  T
Q  116 tcaattcttccaacatttcatcgccaattaccgttaattcctccaattctactatgttttccttagcaacaagacggtaaacaactaggttgatcttagg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38398586 tcaattcttccaacatttcatcgccaattaccgttaattcctccaattctactatgttttccttagcaacaagacggtaaacaactaggttgatcttagg 38398685  T
Q  216 attattcatcgctcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatggctaattgagtcatggaacattctgatgtt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38398686 attattcatcgctcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatggctaattgagtcatggaacattctgatgtt 38398785  T
Q  316 attgatgttggtttctgcattgaattagcacgagctacaaggattccaacggaacatggagcaatttcaagtactctgcggttcaatgctcttagtattt 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38398786 attgatgttggtttctgcattgaattagcacgagctacaaggattccaacagaacatggagcaatttcaagtactctgcggttcaatgctcttagtattt 38398885  T
Q  416 tctt 419  Q
    ||||    
T  38398886 tctt 38398889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 16 - 419
Target Start/End: Original strand, 38380857 - 38381260
Alignment:
Q  16 ataaagaaatcatgttcgttcacaatctcacgtagaaaagatgctgtttgtgatccattctcagtaaaaatttcttgatacctcacattttcagcatttt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38380857 ataaagaaatcatgttcgttcacaatctcacgtagaaaagatgctgtttgtgatccattcttagtgaaaacttcttgatacctcacattttcagcatgtt 38380956  T
Q  116 tcaattcttccaacatttcatcgccaattaccgttaattcctccaattctactatgttttccttagcaacaagacggtaaacaactaggttgatcttagg 215  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38380957 taaattcttccaacatttcatcaccaattaccatgaactcctccaattcttctatgttttccttagcaataagacggtaaacaactaggttgatcttagg 38381056  T
Q  216 attattcatcgctcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatggctaattgagtcatggaacattctgatgtt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |     
T  38381057 attattcatcgctcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatggctaatcgagtagtggaatattctgattta 38381156  T
Q  316 attgatgttggtttctgcattgaattagcacgagctacaaggattccaacggaacatggagcaatttcaagtactctgcggttcaatgctcttagtattt 415  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  38381157 atagatgttggtttctgcattgaattagcacgagttacaaggattccaacggaacatggagcaatttcaagtactctccggttcaatgctcttagtactt 38381256  T
Q  416 tctt 419  Q
    ||||    
T  38381257 tctt 38381260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 16 - 419
Target Start/End: Original strand, 38389723 - 38390135
Alignment:
Q  16 ataaagaaatcatgttcgttcacaatctcacgtagaaaagatgctgtttgtgatccattctcagtaaaaatttcttgatacctcacattttcagcatttt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38389723 ataaagaaatcatgttcgttcacaatctcacgtagaaaagatgctgtttgtgatccattctcagtaaaaacttcttgatacctcacattttcagcatgtt 38389822  T
Q  116 tcaattcttccaacatttcatcgccaattaccgttaattcctccaattctactatgttttccttagcaacaagacggtaaacaactaggttgatcttagg 215  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  38389823 tcaattcttccaacatttcatcaccaattaccattaactcctccacttctgctatgtttttcctagaaacaagacagtaaacaactaggttgatcctagg 38389922  T
Q  216 attattcatcgctcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatggctaattgagtcatggaacattctgatgtt 315  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||| |||||    
T  38389923 attattcatcattcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatggctaatcgagtagtggaatattctaatgtt 38390022  T
Q  316 attga---------tgttggtttctgcattgaattagcacgagctacaaggattccaacggaacatggagcaatttcaagtactctgcggttcaatgctc 406  Q
    |||||         |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38390023 attgatgttgttagtgttggtttcggcattgaattagcacgagttacaaggattccaacggaacatggagcaatttcgagtactctgcggttcaatgctc 38390122  T
Q  407 ttagtattttctt 419  Q
    |||||| ||||||    
T  38390123 ttagtactttctt 38390135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 37841402 - 37841008
Alignment:
Q  16 ataaagaaatcatgttcgttcacaatctcacgtagaaaagatgctgtttgtgatccattctcagtaaaaatttcttgatacctcacattttcagcatttt 115  Q
    ||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||| |     
T  37841402 ataaaaaaatcatgttcattcattatctcacgtagaaaagatgccgtttctgatccattctcagtgaaaacttcttcatacttcacattttcagcatgtc 37841303  T
Q  116 tcaattcttccaacatttcatcgccaattaccgttaattcctccaattctactatgttttccttagcaacaagacggtaaacaactaggttgatcttagg 215  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| || |    
T  37841302 tcaattcttccaacatttcatctccaattaccattaactcctccaattcttcaatgttctccttagcaacaagacgataaacaaccaggttgatcctatg 37841203  T
Q  216 attattcatcgctcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatggctaattgagtcatggaacattctgatgtt 315  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | ||| |||||||        
T  37841202 attattcattgctctttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccgcctaaatatatgatggctaatcgagtattagaatattctga---- 37841107  T
Q  316 attgatgttggtttctgcattgaattagcacgagctacaaggattccaacggaacatggagcaatttcaagtactctgcggttcaatgctcttagtattt 415  Q
         |||||||||| | |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  37841106 -----tgttggtttcggtattgaattagcacgggttacaagtattccaacggaacatggagcaatttcaagtactttgcggttcaatgctcttagtactt 37841012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University