View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3112-Insertion-5 (Length: 797)

Name: NF3112-Insertion-5
Description: NF3112
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3112-Insertion-5
NF3112-Insertion-5
[»] chr5 (27 HSPs)
chr5 (8-797)||(30060191-30060980)
chr5 (10-797)||(30749467-30750254)
chr5 (8-797)||(30399899-30400685)
chr5 (8-797)||(30241876-30242653)
chr5 (238-797)||(29853363-29853922)
chr5 (8-797)||(29872008-29872785)
chr5 (167-759)||(30435797-30436389)
chr5 (11-797)||(30206350-30207133)
chr5 (167-759)||(30712958-30713550)
chr5 (167-759)||(30338058-30338647)
chr5 (167-797)||(30483385-30484012)
chr5 (8-482)||(30676978-30677449)
chr5 (251-668)||(17982972-17983389)
chr5 (283-756)||(30475472-30475945)
chr5 (174-487)||(30330936-30331249)
chr5 (316-755)||(30521162-30521601)
chr5 (316-755)||(30561502-30561941)
chr5 (625-759)||(30676821-30676955)
chr5 (164-305)||(17418150-17418291)
chr5 (10-66)||(30338748-30338804)
chr5 (10-66)||(30483228-30483284)
chr5 (10-66)||(30435646-30435702)
chr5 (8-66)||(30713645-30713703)
chr5 (11-66)||(29853136-29853191)
chr5 (317-354)||(15347065-15347102)
chr5 (322-355)||(16396737-16396770)
chr5 (317-354)||(17927655-17927692)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (238-797)||(26707387-26707943)
chr7 (14-73)||(26707172-26707231)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (8-797)||(20296077-20296872)
chr4 (277-759)||(52352049-52352532)
chr4 (239-758)||(13616650-13617168)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (239-797)||(7581214-7581772)
chr1 (239-797)||(7099474-7100032)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (388-593)||(25293623-25293828)
chr3 (8-140)||(25294018-25294150)
chr3 (317-354)||(8187165-8187202)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 718; Significance: 0; HSPs: 27)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 718; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 797
Target Start/End: Original strand, 30060191 - 30060980
Alignment:
Q  8 tcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaaccc 107  Q
    ||||||||||||| ||| | |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060191 tcaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaaccc 30060290  T
Q  108 gaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060291 gaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaaaaagtactacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatc 30060390  T
Q  208 cttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060391 cttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgc 30060490  T
Q  308 cccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgattttt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30060491 cccattactgattgagcaagatcatggacaaggtcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttctatcttgaaagaatgattttt 30060590  T
Q  408 ggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttc 507  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060591 ggtacaattcatcccacaccatgatgccaacatcttcaacctccgtagtacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttc 30060690  T
Q  508 ctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060691 ctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaa 30060790  T
Q  608 atgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttg 707  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060791 atggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttg 30060890  T
Q  708 ctgcaagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgccacgagattagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 797  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30060891 ctgcaagaggcaatccattgcatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttctttgtgatgtccaaatgcat 30060980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 797
Target Start/End: Original strand, 30749467 - 30750254
Alignment:
Q  10 aggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggc-tctcggataaaggttatgcataaaacccg 108  Q
    ||||||||||| ||| | |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||| | ||| |||||||||    
T  30749467 aggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactccctagtgatggcatct-ggataaaggatgtgcgtaaaacccg 30749565  T
Q  109 aagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749566 aagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaaatactacacaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatcc 30749665  T
Q  209 ttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgcc 308  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749666 ttgtcgaaggataacgagtcgttattgtcaaaactaatatggtgtgtgcttttcgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgcc 30749765  T
Q  309 ccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30749766 ccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgaatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttctatcttgaaagaatgatttttg 30749865  T
Q  409 gtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcc 508  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30749866 atacaattcatcccaaaccatgatgccaacatcttcaacctccatattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaatttttcc 30749965  T
Q  509 tttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaa 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749966 tttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaa 30750065  T
Q  609 tgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgc 708  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30750066 tggaattttcatctgataaatcccaaagttcactatctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgcttttgc 30750165  T
Q  709 tgcaagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgccacgagattagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30750166 tgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 30750254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 797
Target Start/End: Original strand, 30399899 - 30400685
Alignment:
Q  8 tcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaaccc 107  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  30399899 tcaggcaactcttgtatgtcaagataaagaagctccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggcccccggataaaggttgtgcataaaaccc 30399998  T
Q  108 gaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatc 207  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |    
T  30399999 gaagagaagggtctgttgggaagtaatcctgttcttcttttggaaaagt---agaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaacttttctgaaggcacc 30400095  T
Q  208 cttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgc 307  Q
    ||  ||||| |||||| | |  | |  || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30400096 ctcatcgaatgataacaaattatcagagttaaaacttatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcatgtttgcattctccaaatatatacattcttgc 30400195  T
Q  308 cccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgattttt 407  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  30400196 cccattactgacttagcgagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgttgccagaaaattcatccatttttttgtcttgaaagaatgattttt 30400295  T
Q  408 ggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  30400296 ggtacaattcatcccaaaccatgatgccaacatcttcaacctccgtattaccccaagatgaaatcaatccattagccatccaaagctgaatcaattcttc 30400395  T
Q  508 ctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaa 607  Q
     || | ||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |  | |||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  30400396 tttcaagatttccctatccttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgctttagggtcggtgttaaataaaagtaactcaacctcaaagaacgcaaa 30400495  T
Q  608 atgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttg 707  Q
    ||  ||||||| |||| |||| ||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||  | ||||||||| |||| |||| |||||||| |||||    
T  30400496 atataattttcttctggtaaagcccaaagctcagtgtctttaatatcaagccattccttttctccattccttgagctcatcaaacctcccaatgcttttg 30400595  T
Q  708 ctgcaagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgccacgagattagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |  |||||||||||| | |||||||| |||||||    
T  30400596 ctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgctacaagttctgcacgctcttctctataatgtcccaatgcat 30400685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 30242653 - 30241876
Alignment:
Q  8 tcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaaccc 107  Q
    |||||||| ||||  |||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||   |||||||||| | ||||||||||||    
T  30242653 tcaggcaaatttttgatgtcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactccctagtgatggcatccggataaaggatgtgcataaaaccc 30242554  T
Q  108 gaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatc 207  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || | |   ||  |||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||     
T  30242553 gaagagaaaggtatgttgggaagttatcatgttttt-ttttggcataata--actcaactgaaacaatgttctcaaggattcaacttttttgaaagcatt 30242457  T
Q  208 cttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgc 307  Q
    ||| || ||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   ||||||||||||||||||||| ||    
T  30242456 cttatcaaaggataacaagtctttgtagtcaaaaccaatgtggtgtgtgctttttgacaaactggtcatgtttttgttctccaaatacatacattctggc 30242357  T
Q  308 cccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgattttt 407  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||  | |||||||| ||||||||||    
T  30242356 cccattactgattgagcgagatcatggacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctccagaatattcatccattttgctgtcttgaaaaaatgattttt 30242257  T
Q  408 ggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttc 507  Q
    |||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||||| |  ||| || ||   || ||| |||||||||||||| || |||  ||||||||||||    
T  30242256 ggtacaattccttccaaaccatgtttccaacatcttcaacct-ctaatttcctct--ttgcaataaatccattagccattcagagctgaatcaattcttc 30242160  T
Q  508 ctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaa 607  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30242159 cttcaggatttctccatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagagttggtgttaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaa 30242060  T
Q  608 atgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttg 707  Q
    |      |||| | ||  ||  ||||||| || || |||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |    
T  30242059 a------tttcttgtggcaaggcccaaagctcgctatctttaatttcaagccattcctcttcttcattccttgagctcattaaacctcccaatgctttcg 30241966  T
Q  708 ctgcaagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgccacgagattagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||| || || | || ||||||| | ||||||||||||||||    
T  30241965 ctgcaagaggcaatccattacatttctttacaatctcctttcctattttcacaagctttgtactctcttctctataatgtccaaatgcat 30241876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 238 - 797
Target Start/End: Original strand, 29853363 - 29853922
Alignment:
Q  238 aaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggaca 337  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29853363 aaaacttatgtggtgtgtgctttttgtcaaactagtcatgtttgcattctccaaatacacacattcttgccccattactgattgagcgagatcatggaca 29853462  T
Q  338 agatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccga 437  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||  |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||  | || |    
T  29853463 agatcatgcatcttgaaaaaaatgtctccagagtattcatccatcttgatatcttgaaagaatgacttttggtacaattccttccaaaccatatttccaa 29853562  T
Q  438 catcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatat 537  Q
    |||||||||| |||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||    
T  29853563 catcttcaacgtccaaattacccttagatgaaataaatccattagccatccaaagttgaatcaattcttctttcaggatttctccatccttgggaaatat 29853662  T
Q  538 agcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagt 637  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| | || |||| |||||||     
T  29853663 agcgcaaaaggagaaacattgttttagggttggtgttaaataaaagtaactcaacctcaaagcaagcaaaatagaattttcttgtggtaaagcccaaagc 29853762  T
Q  638 tcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttcttta 737  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29853763 tcactgtctttaatatcaagccattccttttcttcattccttgagctcatcaaacctcccaatgtttttgctgcaagaggcaatccattacatttcttta 29853862  T
Q  738 ctatttcctttcctattgccacgagattagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 797  Q
    | || |||||||||||| |||| || || | | |||||||| || ||| |||||||||||    
T  29853863 caatctcctttcctatttccacaagctttgtatgctcttctctgaaatatccaaatgcat 29853922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 8 - 797
Target Start/End: Original strand, 29872008 - 29872785
Alignment:
Q  8 tcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaaccc 107  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||   |||||||||| |  |||||||||||    
T  29872008 tcaggcaacttttttatgtcaagaaaacgaagtcccaaataccttaaatgaattaaactccccagtgatggcatccggataaaggatgcgcataaaaccc 29872107  T
Q  108 gaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatc 207  Q
    | |||||||| | || |||||||| |||||||||||  ||||  ||   |      ||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||||||     
T  29872108 ggagagaaagatatgctgggaagttatcatgttttt--tttggtaagaat------aactcaa-caatgttctcaaggattcaacttttttgaaagcatt 29872198  T
Q  208 cttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgc 307  Q
     |  || |||||||||    |||| | ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   |||||||||| |||||||||||||    
T  29872199 ttcatcaaaggataaca---ctttgtagtcaacaacaatgtggtgtgtgctttttgacaaactggtcatgtttttgttctccaaatgcatacattcttgc 29872295  T
Q  308 cccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgattttt 407  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||   ||||||||||||||||||||    
T  29872296 cccattattgattgagcgagatcatggacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctccagaatattcatccatcttgccatcttgaaagaatgattttt 29872395  T
Q  408 ggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttc 507  Q
    |||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||| |||  ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  29872396 ggtacaattccttccaaaccatgtttccaacatcttcaacgtccaaattacccatagatgaaataaattcattagccatccaaagttgaatcaattcttc 29872495  T
Q  508 ctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaa 607  Q
     || ||||||| |  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29872496 tttcaggatttttctatccttgggaaatatagcgcaaaaagagaaacattgctttagggttggtgttaaataaaagtaactcaacctcaaagcaagcaaa 29872595  T
Q  608 atgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttg 707  Q
    ||  ||||||| |  |||||| ||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||| |||||||| |||||    
T  29872596 atagaattttcttgcgataaagcccaaagctcactgtccttaatatcaagccattccttttcttcattccttgagctcatcaaacctcccaatgcttttg 29872695  T
Q  708 ctgcaagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgccacgagattagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||  || || | | |||||||| |||||| |||||||||||    
T  29872696 ctgcaagaggcaatccattacatttctttacaatctcctttcctatttccataagctttgtatgctcttctctgtaatatccaaatgcat 29872785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 167 - 759
Target Start/End: Original strand, 30435797 - 30436389
Alignment:
Q  167 tcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgaca 266  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||  ||||| |||||| | | || |  || |||||| |||||||||||| |||||| ||    
T  30435797 tcaaacaatgttcgtaaggattcaacttttttgaaggcaccctcatcgaatgataacaaattttcagagttaaaacttatgtggtgtgtgttttttgtca 30435896  T
Q  267 aactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgcc 366  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  30435897 aattagtcatgtttgcattctccaaatacatacattctttccccgttactgattgagcgagatcatggacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctcc 30435996  T
Q  367 agaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagat 466  Q
    | || |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  | || ||||||||||| |||  ||||||| |||||    
T  30435997 aaaatattcatccatcttgctatcttgaaagaatgatttttggtacaattccttccaaaccatttttccaacatcttcaacgtccaaattacccatagat 30436096  T
Q  467 gaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttaggg 566  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30436097 gaaataaattcattagccatccaaagtcgaatcaattcttcttttaggatttctctatccttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgctttaggg 30436196  T
Q  567 ctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattcctt 666  Q
     ||  | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||| | || |||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  30436197 ttggtgttaaataaaagtaactcaatctcaaagcgggcaaaatagaattttcttgtggtaaagcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattcctt 30436296  T
Q  667 ttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgccac 759  Q
    ||| || ||||||||| |||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||    
T  30436297 ttcttcattccttgagctcatcaaaccccccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttccaatttccac 30436389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 11 - 797
Target Start/End: Original strand, 30206350 - 30207133
Alignment:
Q  11 ggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaacccgaa 110  Q
    |||||| ||| ||| | |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |  ||||||||| | |||||||||||||||    
T  30206350 ggcaacatttttatttcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactccctagtgatggtacctggataaaggatgtgcataaaacccgaa 30206449  T
Q  111 gagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatcctt 210  Q
    | ||| ||||||||||  ||||||||||||||  ||| |   || |  | |||  || |||| |||||| ||||||||||||| |  |||| ||| |||     
T  30206450 gggaacggtttgttggcgagtaatcatgttttgttttggtgtaa-tgattcaa--ctgaaacaatgttctcaaggattcaactttcctgaaggcaccctc 30206546  T
Q  211 gtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgcccc 310  Q
    |||||| ||||||  ||| | || || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  30206547 gtcgaatgataacacgtcatcatagtgaaaacttatgtggtgtgtgctttttgacaaagtagtcatgtttgaattctccaaatacatacattcttgaccc 30206646  T
Q  311 attactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||   |  ||||| || || ||||||||||| |||||||||     
T  30206647 attactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctccagaaccgttgtccatcttgatgtcttgaaagaaagatttttggc 30206746  T
Q  411 acaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctt 510  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||  |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||   ||||||||||||| |    
T  30206747 acaattcattccaaaccatgctgccaacatcttcaacctccatattttccctagataaaataaattcattagccatccaaagatgaatcaattcttccct 30206846  T
Q  511 taggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatg 610  Q
     | || ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||  | |||| || ||  | ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  30206847 cacgaattctgtatctttgggaaacatagcacaaaaagcgaaacaccgctttaaggttggagttaaatgaaagtagctcaacctcaaagcaggtaaaata 30206946  T
Q  611 aaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctg 710  Q
     |||| |||| || |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||  |||||| || |||||||| || |||||    
T  30206947 taattctcatgtggtaaagcccaaagttcactctctttaatttcaagccattctttttcttcattccttgaactcattagacctcccaatgcttgtgctg 30207046  T
Q  711 caagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgccacgagattagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 797  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |  |||||||||||| | |  |||||||||||||    
T  30207047 caagaggcaatccatcacatttctttactatctcctttcctatttccacaagctctgcacgctcttctctattttgtccaaatgcat 30207133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 167 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 30713550 - 30712958
Alignment:
Q  167 tcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgaca 266  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||  ||||| |||||| | | || |  || |||||| |||||||||||| |||||| ||    
T  30713550 tcaaacaatgttcgtaaggattcaacttttttgaaggcaccctcatcgaatgataacaatttttcagagtgaaaacttatgtggtgtgtgttttttgtca 30713451  T
Q  267 aactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgcc 366  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||  ||    
T  30713450 aattagtcatgtttgcattctccaaatacacacattctttccccgttactgattgagcgagatcatggacaagatcatgcattttaaaagaaatgtttcc 30713351  T
Q  367 agaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagat 466  Q
    |||| |||||||||| ||   |||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||| |||  ||||||| |||||    
T  30713350 agaatattcatccatcttgcaatcttggaagaatgatttttggtacaattccttccaaaccatgtttccaacatcttcaacgtccaaattacccatagat 30713251  T
Q  467 gaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttaggg 566  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30713250 gaaataaatccattagccatccaaagtcgaatcaattcttcttttaggatttctctatccttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgctttaggg 30713151  T
Q  567 ctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattcctt 666  Q
     ||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | || |||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||    
T  30713150 ttggtgataaataaaagtaactcagcctcaaagcaggcaaaatagaattttcttgtggtaaagcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattcatt 30713051  T
Q  667 ttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgccac 759  Q
    ||| || ||||||||| |||| ||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  30713050 ttcttcattccttgagctcatcaaaccccccaatgcttttgctgcaagtggcaatccattacatttctttgctatctcctttcctatttccac 30712958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 167 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 30338647 - 30338058
Alignment:
Q  167 tcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgaca 266  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||  |  |||||||||||  |||  ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30338647 tcaaacaaagttcgcaaggattcaacttttttgaaagcattttcatcgaaggataaaaagttgttgctgtcaaaaccaatgtggtgtgtgctttttgaca 30338548  T
Q  267 aactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgcc 366  Q
    || |||||  ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  30338547 aattagtcgtgtttttattctccaaacacatacattcttgccccattactgattgagcgagatcatggacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctcc 30338448  T
Q  367 agaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagat 466  Q
    |||| |||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||||||   ||| | | |   |    
T  30338447 agaatattcatccatcttgctatcttgaaagaacgattttttgtacaattccttccaaaccatgtttccaacatcttcaacctctaaattcctctt---t 30338351  T
Q  467 gaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttaggg 566  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  30338350 gcaataaatccattagccatccaaagttgaatcaattcttccttcaggatttctctatctttgggaaatatagcacaaaaggagaaacattgctttaggg 30338251  T
Q  567 ctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattcctt 666  Q
     ||  | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  | ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  30338250 ttggtgttaaataaaagtaactcaaactcaaagcaggtaaaatagatttttcatgtggtaaatcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattcctt 30338151  T
Q  667 ttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgccac 759  Q
    ||| || ||| |||||  ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||    
T  30338150 ttcttcattcattgagaccattaaaccccccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttccaatttccac 30338058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 167 - 797
Target Start/End: Original strand, 30483385 - 30484012
Alignment:
Q  167 tcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgaca 266  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |  |||||||||||  | |  ||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30483385 tcaaacaatgttcgcaaggattcaacttttttgaaagcattttcatcgaaggataaaaatttcttgctgttaaaaccaatgtggtgtgtgctttttgaca 30483484  T
Q  267 aactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgcc 366  Q
    || |||||  ||||  |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  30483485 aattagtcgtgtttttattctccaaacacgtacattcttgccccattactgattgagcgagatcatggacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctcc 30483584  T
Q  367 agaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagat 466  Q
    |||| |||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||  ||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||||||   ||| | | |   |    
T  30483585 agaatattcatccatcttgctatcttgaaagaacgattttctgtacaattccttccaaaccatgtttccaacatcttcaacctctaaattcctctt---t 30483681  T
Q  467 gaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttaggg 566  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  30483682 gcaataaatccattagccatccaaagctgaatcaattcttccttcaggatttctctatctttgggaaatatagcacaaaaggagaaacattgctttaggg 30483781  T
Q  567 ctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattcctt 666  Q
     ||  | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  30483782 ttggtgttaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggtaaaatagatttttcatgtggtaaatcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattcctt 30483881  T
Q  667 ttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgccacgagatta 766  Q
    ||| || ||| |||||  ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||| || ||     
T  30483882 ttcttcattcattgagaccattaaaccccccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttccaatctccacaagcttt 30483981  T
Q  767 gcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 797  Q
    | | |||||||||||| | ||| ||||||||    
T  30483982 gtatgctcttctttgttacgtctaaatgcat 30484012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 8 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 30677449 - 30676978
Alignment:
Q  8 tcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaaccc 107  Q
    ||||||||| | | ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||   |||||||||| | ||||||||||||    
T  30677449 tcaggcaacatatttatgtcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactccctagtgatggcatccggataaaggatgtgcataaaaccc 30677350  T
Q  108 gaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatc 207  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||  ||   ||    |||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||     
T  30677349 gaagagaaaggtatgttgggaagaaatcatgtttttttttggaataataactc---aactgaaacaatgttctcaaggattcaacttttttgaaagcatt 30677253  T
Q  208 cttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgc 307  Q
    ||| || ||||||||| |||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   ||||||||||||||||||||| ||    
T  30677252 cttatcaaaggataacaagtctttgaggtcaaaaccaatgtggtgtgtgctttttgacaaactggtcatgttttttttctccaaatacatacattctggc 30677153  T
Q  308 cccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgattttt 407  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  30677152 cccattactaattgagcgagatcatggacaagatcatgcatcttaaaagaaatgtctccagaatattcatccatctttctatcttgaaagaatgattttt 30677053  T
Q  408 ggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattag 482  Q
    |||||||||| | ||||||| || | || ||||| ||||| |||  ||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  30677052 ggtacaattccttccaaaccgtgtttccaacatcatcaacgtccaaattacccatagatgaaataaatccattag 30676978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 251 - 668
Target Start/End: Original strand, 17982972 - 17983389
Alignment:
Q  251 tgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatct 350  Q
    ||||| |||||||||||  ||||||    ||||||||| |||  || |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  17982972 tgtgtactttttgacaagttagtcacagatgcattctctaaaaccacacattcatgccccgctactgattgagcaagatcatggacgagatcgtgcattt 17983071  T
Q  351 tgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctc 450  Q
    |||| |||||  | |  ||| | ||||| || |  || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  17983072 tgaaagaaatcacacttgaataatcatcaatatggatgtcttgaaagaaagatttttggtacaattcattccaaatcatgttgccaacatcttcaacctc 17983171  T
Q  451 cgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagag 550  Q
    |  |||    |||||||| || |||  |||||||||||||||   ||| | |||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  17983172 caaattttttctagatgagataaatttattagccatccaaagatgaattagttcttctttcatgatttctgcttctttgggaaatatagcacaaaaagcg 17983271  T
Q  551 aaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaa 650  Q
    ||||||||||||| || ||  | ||||| |||||| |||||||| | ||| || |||||  |||| ||||  | |||| |||| || || || |||||||    
T  17983272 aaacattgttttaaggttggtgataaatgaaagtagctcaaccttagagctgggaaaatagaattctcatgcggtaaagcccagagctcgctctctttaa 17983371  T
Q  651 ttttaagccattcctttt 668  Q
    ||| || |||||||||||    
T  17983372 tttcaaaccattcctttt 17983389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 283 - 756
Target Start/End: Original strand, 30475472 - 30475945
Alignment:
Q  283 attctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatt 382  Q
    ||||||||||  |||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| | |||||| || ||| | ||||| ||     
T  30475472 attctccaaaatcatacactctgaccccataactgattgagcaagatcatgcactaggtcatgcatcttgaaagtaatgtctcctgaataatcatctatc 30475571  T
Q  383 tttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattag 482  Q
    || || ||||| ||||||||||||||| ||| ||| | ||||| |||  |||| | |  ||| || |||  |||| || | ||  |||| ||||||||      
T  30475572 ttgatgtcttggaagaatgatttttggcacagttccttccaaatcatattgccaaaaaattctacatccaaattagcctttgagaaaataaatccattgc 30475671  T
Q  483 ccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaa 582  Q
    ||||||| ||   |||||| ||||||||||  |||||   ||||||||||||||| ||||||||||  |||||  | |||| ||  |  | ||||| |||    
T  30475672 ccatccatagatgaatcaaatcttcctttacaatttccatatctttgggaaatatcgcacaaaaagcaaaacaccgctttaaggtcggtgttaaatgaaa 30475771  T
Q  583 gtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgag 682  Q
    ||| || |||||||| || ||||||||| |||| |||| || |||   ||| || | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  30475772 gtagcttaacctcaaggctggcaaaatggaattctcatatggtaaggtccagagattactgtctttaatttcaagccattcattttcatcactccttgag 30475871  T
Q  683 ttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgc 756  Q
      ||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||   ||| |||||||||||  |||| ||||||||    
T  30475872 cgcattagacctcccaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttctttactatcgccttacctattgc 30475945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 174 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 30331249 - 30330936
Alignment:
Q  174 atgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagt 273  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |  ||||  |||||| | |  ||   ||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||    
T  30331249 atgttcgcaaggattcaacttttttgaaggcaccgtcatcgattgataacaaattattggagtcaaaacttatgtgatgggtgctttttgtcaaactagt 30331150  T
Q  274 caagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaat 373  Q
    || |||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||| || ||||||||||||||||| || ||||||| || |||| || ||||||||   |||| ||    
T  30331149 catgtttgcattctccagatacatatattgttgctccagtattgattgagcaagatcattgaaaagatcacgcgtctttaaagaaatgtctttagaatat 30331050  T
Q  374 tcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatca 473  Q
    ||||  || || || |||| |||||||| ||||||| ||||| ||| |||| ||||| |  | ||||||   ||||||  ||||| |||||||||||| |    
T  30331049 tcatagatcttgatgtcttcaaagaatggtttttggcacaatccattccaagccatgctagcaacatctaggacctccaaattacgcctagatgaaataa 30330950  T
Q  474 atccattagccatc 487  Q
    |||||| |||||||    
T  30330949 atccatcagccatc 30330936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 316 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 30521601 - 30521162
Alignment:
Q  316 tgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaat 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | || |||   ||  |||| || || ||||| || ||||| |||||| |||||    
T  30521601 tgattgagcaagatcatggacaagatcatgcaacttgaaagaaatgcctcctgaatcatcgaccatcttgatttcttggaaaaatgacttttggcacaat 30521502  T
Q  416 tcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttagga 515  Q
    |||| ||||| |||  | || |||||||| |||||   |||  |||| ||||| || ||||| || || ||||| ||   ||| || ||| |||| | ||    
T  30521501 tcattccaaatcatatttccaacatcttctacctctaaattttcccttgatgatataaatccgttggcgatccagagatgaattaaatctcccttcatga 30521402  T
Q  516 tttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaatt 615  Q
    |||||  |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| || ||    ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||    
T  30521401 tttctatatctttgggaaacatggcacaaaaagtgaaacattgttttaaggttgggtttaaatgaaagtagctcaaccttaaagcaggcaaaatagaatt 30521302  T
Q  616 ttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaaga 715  Q
     ||||  | ||||  |||||     || |||||||||| ||||||||| |||||  |  ||||||||  |||||  | |||||||| || ||||||||||    
T  30521301 ctcattcggtaaagaccaaatcctgctatctttaatttcaagccattctttttctccactccttgagcacattaggcctcccaatgcttgtgctgcaaga 30521202  T
Q  716 ggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattg 755  Q
    ||||||||   ||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  30521201 ggcaatcccccacacttctttactatctcttttcctattg 30521162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 316 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 30561941 - 30561502
Alignment:
Q  316 tgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaat 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | || |||   ||  |||| || || ||||| || ||||| |||||| |||||    
T  30561941 tgattgagcaagatcatggacaagatcatgcaacttgaaagaaatgcctcctgaatcatcgaccatcttgatttcttggaaaaatgacttttggcacaat 30561842  T
Q  416 tcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttagga 515  Q
    |||| ||||| |||  | || |||||||| |||||   |||  |||| ||||| || ||||| || || ||||| ||   ||| || ||| |||| | ||    
T  30561841 tcattccaaatcatatttccaacatcttctacctctaaattttcccttgatgatataaatccgttggcgatccagagatgaattaaatctcccttcatga 30561742  T
Q  516 tttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaatt 615  Q
    |||||  |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| || ||    ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||    
T  30561741 tttctatatctttgggaaacatggcacaaaaagtgaaacattgttttaaggttgggtttaaatgaaagtagctcaaccttaaagcaggcaaaatagaatt 30561642  T
Q  616 ttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaaga 715  Q
     ||||  | ||||  |||||     || |||||||||| ||||||||| |||||  |  ||||||||  |||||  | |||||||| || ||||||||||    
T  30561641 ctcattcggtaaagaccaaatcctgctatctttaatttcaagccattctttttctccactccttgagcacattaggcctcccaatgcttgtgctgcaaga 30561542  T
Q  716 ggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattg 755  Q
    ||||||||   ||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  30561541 ggcaatcccccacacttctttactatctcttttcctattg 30561502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 625 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 30676955 - 30676821
Alignment:
Q  625 taaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatcca 724  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| || || ||||||||| |||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30676955 taaagcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttctcttcattccttgagctcatcaaaccccccaatgcttttgctgcaagaggcaatcca 30676856  T
Q  725 ttacatttctttactatttcctttcctattgccac 759  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||    
T  30676855 ttacatttctttactatctcctttccaatttccac 30676821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 164 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 17418291 - 17418150
Alignment:
Q  164 aactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttg 263  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  | ||  |||| |||||| | |  || |||||  |||||||||||||||||||    
T  17418291 aactgaaacaatgttcgcaaggattcaacttttttgaaggcatcctcattgagtgatagcgagtcatcagagtgaaaacatatgtggtgtgtgctttttg 17418192  T
Q  264 acaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattctt 305  Q
    ||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17418191 acaaaataatcatgtttgcattctctaaatacatacattctt 17418150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 10 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 30338804 - 30338748
Alignment:
Q  10 aggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaact 66  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  30338804 aggcaacttttctatgtcaagataagtaagttccaaataccttaaatgaattaaact 30338748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 10 - 66
Target Start/End: Original strand, 30483228 - 30483284
Alignment:
Q  10 aggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaact 66  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  30483228 aggcaacttttctatgtcaagataaataagttccaaataccttaaatgaattaaact 30483284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 66
Target Start/End: Original strand, 30435646 - 30435702
Alignment:
Q  10 aggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaact 66  Q
    ||||||||||| ||| | |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30435646 aggcaacttttttatatcaagagaacaaagttccaaataccttaaatgaattaaact 30435702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 30713703 - 30713645
Alignment:
Q  8 tcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaact 66  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30713703 tcaggcaacttttttatgccaagagaatgaatttccaaataccttaaatgaattaaact 30713645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 66
Target Start/End: Original strand, 29853136 - 29853191
Alignment:
Q  11 ggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaact 66  Q
    |||||| ||| ||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  29853136 ggcaacatttttatgtcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaact 29853191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 317 - 354
Target Start/End: Original strand, 15347065 - 15347102
Alignment:
Q  317 gattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaa 354  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  15347065 gattgagcaagatcatgaacaagatcatgcatcgtgaa 15347102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 322 - 355
Target Start/End: Original strand, 16396737 - 16396770
Alignment:
Q  322 agcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaat 355  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16396737 agcaagatcatgaacaagatcatgcatcttgaat 16396770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 317 - 354
Target Start/End: Original strand, 17927655 - 17927692
Alignment:
Q  317 gattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaa 354  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  17927655 gattgagcaagatcatgaacaagatcatgcattttgaa 17927692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 238 - 797
Target Start/End: Original strand, 26707387 - 26707943
Alignment:
Q  238 aaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggaca 337  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  26707387 aaaacttatgtggtgtgtgctttttgtcaaactactcatgtttgcattctccaaatacatgcattcttgtcccattactgattgagcgagatcatggata 26707486  T
Q  338 agatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccga 437  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||| ||    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | || |    
T  26707487 agatcatgcatcttgaaagaaatgtctccagaatattcacccatcttacagtcttgaaagaatgatttttggtacaattccttccaaaccatgtttccaa 26707586  T
Q  438 catcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatat 537  Q
    |||||||||||||   ||| | | |   || ||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||    
T  26707587 catcttcaacctctaaattcctctt---tgcaataaatccattagccatccaaagttgaatcaattcttccttcaagatttctctatctttgggaaatat 26707683  T
Q  538 agcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagt 637  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| | || ||||||||||||     
T  26707684 agcacaaaaagagaaacattgctttagggttggtgttaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatagatttttcttgtggtaaatcccaaagc 26707783  T
Q  638 tcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttcttta 737  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||| |||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  26707784 tcactgtctttaatatcaagccattccttttcttcattcattgagaacattaaacctcccaatgcttttgctgcaagaggtaatccattacattttttta 26707883  T
Q  738 ctatttcctttcctattgccacgagattagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 797  Q
    |||| |||||||||||| |||| || || | | |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  26707884 ctatctcctttcctatttccacaagctttgtatgctcttctctgtaatgtctaaatgcat 26707943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 73
Target Start/End: Original strand, 26707172 - 26707231
Alignment:
Q  14 aacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagt 73  Q
    ||||||| ||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  26707172 aacttttttatatcaagataacgaagttccaaataccttaaatgaattaagctccctagt 26707231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 8 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 20296872 - 20296077
Alignment:
Q  8 tcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaaccc 107  Q
    |||||||||| || ||||  ||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||| || || |  || |||||| | |||  |||||||    
T  20296872 tcaggcaactcttttatgacaagattacgaagctccaaataccttaaatgaattaaactctctagtgatcgcacatgggtaaaggatgtgcgcaaaaccc 20296773  T
Q  108 gaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaa------aactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaa 201  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| | |  ||| ||  ||     | ||      |||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||    
T  20296772 gaagagaaaggtttgttgggatgtaatcatgatctattttggaataatgatgataatcactcaactgaaacaatgttcgcaaggattcaacttctttgaa 20296673  T
Q  202 agcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacat 301  Q
     ||| |||||| || ||||||| ||||| | | |||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||| | ||||  || ||||||||||||||||    
T  20296672 ggcacccttgttgatggataacaagtctgtgtagtcaaaaccaatgtggtgtgtgcttcgtgacaaattagtaacgtttttatcctccaaatacatacat 20296573  T
Q  302 tcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatg 401  Q
    |||| ||||| |||||| |||   |||||||  ||||||||||||||||||||  |||| || | |||| ||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  20296572 tctttccccactactgaatgaaggagatcataaacaagatcatgcatcttgaaataaatatctctagaatattcatctattttgatttcttgaaagaatg 20296473  T
Q  402 atttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaa 501  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||| |||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||    
T  20296472 atttttggtacaattccttccaaaccatgtttccaacatcttcaacgtccaaattacccatagatgaaattaatccattagccatccaaagctgaatcaa 20296373  T
Q  502 ttcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagca 601  Q
    |||||| || | |||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||  | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20296372 ttcttctttcaagatttctctatccttaggaaatatagcacaaaaagagaaacattgctttagagttggtgttaaataaaagtaactcagcctcaaagca 20296273  T
Q  602 ggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatg 701  Q
    ||||||||  | ||||| | || |||| ||||||| ||| |||||||||| | | ||||||||||||| || ||| |||||  |||||||| ||||||||    
T  20296272 ggcaaaatagatttttcttgtggtaaagcccaaaggtcattgtctttaatatcacgccattccttttcttcattcattgagaccattaaacctcccaatg 20296173  T
Q  702 attttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgccacgagattagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 797  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || || | | |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  20296172 cttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctatttccacaagctttgtatgctcttctctgtaatgtctaaatgcat 20296077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 277 - 759
Target Start/End: Original strand, 52352049 - 52352532
Alignment:
Q  277 gtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattca 376  Q
    ||||| |||||||| |  |||||| ||| ||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||  || | |||    
T  52352049 gtttgtattctccataatcatacactctggccccacaattgattgagcaagatcatgtacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctcctaaataatca 52352148  T
Q  377 tccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatctt-caacctccgtattacccctagatgaaatcaat 475  Q
    |  || || || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||  |||| || |||| | ||||||  |||  || |||| ||||| |||    
T  52352149 ttgatcttgatgtcttgaaagaatgacttttggtacaattcattccaaatcatattgccaacttctttctacctccaaattttccttagacgaaataaat 52352248  T
Q  476 ccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggta 575  Q
    ||||| |||||||| ||   |||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || || || ||    
T  52352249 ccattggccatccagagatgaatcaaatcgtcttttaggatttccgtatctttgggaaatatggcacagaaagagaaacattgttttaaggttgacgtta 52352348  T
Q  576 aataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatcttt 675  Q
    |||  || |||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||  |||||| |  || |||||||||| || ||||||||||||  | ||    
T  52352349 aatggaaataactcaacctcaaggcaggcaaaatagaattctcatctgataaagaccaaagcttgctctctttaatttcaacccattccttttctccatt 52352448  T
Q  676 ccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatttcctttcctattgccac 759  Q
     ||||||  ||||| || ||| |||| || ||| ||||||||||||||   ||| |||||||||||  | || |||||||||||    
T  52352449 tcttgagcgcattagacctcctaatgcttgtgcagcaagaggcaatcccccacacttctttactatcgctttgcctattgccac 52352532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 239 - 758
Target Start/End: Original strand, 13616650 - 13617168
Alignment:
Q  239 aaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatgg-aca 337  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||  ||| || |  ||||||||| |||  ||||||||||||||||   ||| ||||||| ||||||||| ||     
T  13616650 aaactaatatgatgtgtgctttttgataagttaggcacggatgcattctctaaaaccatacattcttgcccccc-actcattgagcgagatcatgggacg 13616748  T
Q  338 agatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccga 437  Q
    ||||  ||||  |||||||||||  | |  ||| | |||| ||| |  || |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||| | || |    
T  13616749 agattgtgcactttgaatgaaatcactcttgaataatcattcatatggatgtcttgaaaaaaagatttttggtacaattcattccaaatcatgtttccaa 13616848  T
Q  438 catcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatat 537  Q
    ||||||||||||||   ||     || ||||||| ||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||  ||||| || |||||| |||||||     
T  13616849 catcttcaacctccaatttttttttacatgaaataaattcattagccatccaaagatgaatcaattcttcctttgtgatttttgtatctttaggaaatac 13616948  T
Q  538 agcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagt 637  Q
    | |||| |||| ||| |||||||| | || || || |||||  |||||||||| ||||||| |||| |||||  |||| ||||    ||||||||||||     
T  13616949 aacacagaaagcgaatcattgtttaaaggttggcgataaat-gaagtaactcagcctcaaatcaggaaaaatagaattctcataccgtaaatcccaaagc 13617047  T
Q  638 tcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttcttta 737  Q
    || || ||| |||||| |  ||||||||||||  |  |||| ||||  |||| |   ||||||| || | ||||||||||||||||   ||| || || |    
T  13617048 tcgctctctctaatttcacaccattccttttctccactcctcgagtgtattagagaccccaatgcttgtcctgcaagaggcaatcctccacactttttaa 13617147  T
Q  738 ctatttcctttcctattgcca 758  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  13617148 ctatctcctttcctattgcca 13617168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 163; Significance: 1e-86; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 239 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 7581772 - 7581214
Alignment:
Q  239 aaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaa 338  Q
    |||||||| || || ||||||||||||| | | |||||   | ||||||| |||  ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||  |    
T  7581772 aaactaatatgatgggtgctttttgacatatttgtcaaacattcattctctaaaaccatacattcttgcaccactactgatcgagcaagatcatggatga 7581673  T
Q  339 gatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccgac 438  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |  |||   |||||||| |  || ||||||||||| || |||||| ||||||||| ||||| |||| |||| ||    
T  7581672 gatcatgcattttgaaagaaatgtctcttgaatcatcatccatatgaatgtcttgaaagaaagacttttggcacaattcattccaaatcatgttgccaac 7581573  T
Q  439 atcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatata 538  Q
    |||||||||||||  |||    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||| | ||||| || |||||| |||||||||    
T  7581572 atcttcaacctccaaattttttctagatgaaataaattcattagccatccaaagatgaatcaattcttccttcatgatttttgtatctttaggaaatata 7581473  T
Q  539 gcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagtt 638  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || ||  | ||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||| |  |||| ||||  | |||||||||||| |    
T  7581472 gcacaaaaagcgaaacattgttttaaggttggtgataaatgaaagtagctcaatctcagagctggcaaagtagaattctcatgcggtaaatcccaaagct 7581373  T
Q  639 cactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttac 738  Q
    | || |||||||||| || |||||||||||| ||  ||||||||| ||||| ||  ||||||| || ||||||||||||||||||   |||||| |||||    
T  7581372 cgctctctttaatttcaaaccattccttttcttcactccttgagtgcattagacaccccaatgcttgtgctgcaagaggcaatcccgcacatttttttac 7581273  T
Q  739 tatttcctttcctattgccacgagattagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 797  Q
    ||| ||||| ||||||||||| || |  |||| ||||||| | | ||||||||||||||    
T  7581272 tatctccttgcctattgccacaagctctgcactctcttctctatcatgtccaaatgcat 7581214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 239 - 797
Target Start/End: Original strand, 7099474 - 7100032
Alignment:
Q  239 aaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaa 338  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||  ||||||  | |||||| || |||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  7099474 aaactaatatgatgtgtgctttttgacaagttagtcacatatgcattatctaaaaccatacattcttgcccccctactgattgagcaagatcatggacga 7099573  T
Q  339 gatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttttatatcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccgac 438  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | |  ||| | |||||||| |  || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| | || ||    
T  7099574 gatcatgcattttgaaagaaatcactcttgaataatcatccatatggatgtcttgaaagaaagatttttggtacaattcattccaaatcatgtttccaac 7099673  T
Q  439 atcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatata 538  Q
    |||||||||||||  |||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| | ||||| || ||||||| ||||||||    
T  7099674 atcttcaacctccaaattttttctagatgaaataaatccattagccatccaaagatgaatcaattcttccttcatgatttttgtatctttgcgaaatata 7099773  T
Q  539 gcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatgaaattttcatctgataaatcccaaagtt 638  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || ||  | |||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||| || |  | |||| |||| |  |    
T  7099774 gcacaaaaagcgaaacattgttttaaggttggtgataaatggaagtagctcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatct 7099873  T
Q  639 cactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttac 738  Q
    |||| ||||||||||  | |||| | ||||| ||  | ||||| | ||||| ||  || |||| || ||||||||||||||||||   ||| || |||||    
T  7099874 cactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcattagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttac 7099973  T
Q  739 tatttcctttcctattgccacgagattagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcat 797  Q
    ||| ||||| ||||||  ||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7099974 tatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgtccaaatgcat 7100032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 82; Significance: 3e-38; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 388 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 25293828 - 25293623
Alignment:
Q  388 atcttgaaagaatgatttttggtacaattcatcccaaaccatgatgccgacatcttcaacctccgtattacccctagatgaaatcaatccattagccatc 487  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||  |||  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25293828 atcttgaaagaatgatttttggcacaattcattccaaaccatgctgccaacatcttcaacctccaaattttccctagatgaaataaatccattagccatc 25293729  T
Q  488 caaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaac 587  Q
    |||||   | |||||||||||||   ||||| || |||||| ||||| |||||||||||||  |||||| | |||| ||  |  | |||||||||||| |    
T  25293728 caaagatgagtcaattcttccttatcgatttttgtatcttttggaaacatagcacaaaaagcaaaacatcgctttaaggtcggagttaaataaaagtagc 25293629  T
Q  588 tcaacc 593  Q
    ||||||    
T  25293628 tcaacc 25293623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 8 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 25294150 - 25294018
Alignment:
Q  8 tcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaaccc 107  Q
    |||| |||| ||| ||||| |||| || ||| | |||||||||||||||||||||| || |||| | ||||  || ||||||||| | |||||||||| |    
T  25294150 tcagacaacatttttatgtcaagagaataaagtgccaaataccttaaatgaattaagcttcctattgatggtacttggataaaggatgtgcataaaactc 25294051  T
Q  108 gaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtt 140  Q
    ||||| || ||||||||| ||||| ||||||||    
T  25294050 gaagacaacggtttgttgagaagtgatcatgtt 25294018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 317 - 354
Target Start/End: Original strand, 8187165 - 8187202
Alignment:
Q  317 gattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaa 354  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8187165 gattgagcaagatcatgtacaagatcatgcatcttgaa 8187202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University