View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3112R-Insertion-3 (Length: 907)

Name: NF3112R-Insertion-3
Description: NF3112R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3112R-Insertion-3
NF3112R-Insertion-3
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (292-863)||(44312189-44312753)
chr8 (8-863)||(44301290-44302165)
chr8 (8-806)||(43896006-43896813)
chr8 (19-806)||(44306459-44307256)
chr8 (8-297)||(44317160-44317449)
chr8 (615-795)||(43895493-43895668)
chr8 (615-795)||(44305917-44306092)
chr8 (803-863)||(43895906-43895966)
chr8 (812-863)||(44306357-44306408)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (70-863)||(4084062-4084860)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-795)||(18701618-18702415)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (8-845)||(8158558-8159399)
chr6 (481-546)||(409886-409951)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (301-770)||(35856591-35857052)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (619-659)||(15040308-15040348)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (450-506)||(10541388-10541444)
chr2 (66-162)||(10545633-10545729)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 292 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 44312753 - 44312189
Alignment:
Q  292 gtaattaggtatttgccaagcccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaatgttgaattgtctggaagtgttgatgagc 391  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312753 gtaattaggtatttgccaagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaaagttgaattgtctggaagtgttgatgagc 44312654  T
Q  392 catttgtagcaaaggttttcacaaatatgtataggattaggtacttattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttattac 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312653 catttgtagcaaaggttttcacaaatatgtataggattaggtacttattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttattac 44312554  T
Q  492 aaatgttaacactggtgagaagattaagattccttgtttgggtaagagacattatgatatgattaaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtt 591  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312553 aaacgttaacactggtaagaagattaagattccttgtttgggtaagagacattatggtaagattaaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtt 44312454  T
Q  592 tttgtatttggtgctattcttagatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgacctctgccgatgttcctgcttaatcggtctcaa 691  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        || |||||||    
T  44312453 tttgtgtttggtgctattcttagatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgacttctgccgatgttc--------tccgtctcaa 44312362  T
Q  692 aagtttctggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattcaagagaattgatcctacttcgccagttggtttggcttgttaactttgctttggtt 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44312361 aagtttctggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattcaagagaattgatcctacttcgccagttggtttggcttgttaactatgctttggtt 44312262  T
Q  792 tgttgcttatttataactta-ttttttatggtgaatttgttgcttaattattgatctctgattagttagtagt 863  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312261 tgttgcttatttataacttatttttttatggtgaatttgttgcttaattattgatctctgattagttagtagt 44312189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 471; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 44302165 - 44301290
Alignment:
Q  8 agttaaaggcttacttttttccctctgaaacacctgattataaggatgtacaagcaggagaagtacccgaagatatgcaagcatttgtgttgaagaaaag 107  Q
    |||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44302165 agttaaaggcctacttttttcgctttgaaaaacctgattataacgatgtagaagtaggagaagtacccaaagatatgcaagcctttgtgttgaagaaaag 44302066  T
Q  108 acacgaactcattcaaattgtatcagaggttgatgataaactttctgaagcttttcatggtggaagccaaattctagagtctgttctcgatgatgcaatt 207  Q
    || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  44302065 acgcgaactcattgaaattgtatcggaggttgatgataaactttctgaagcttttcatggtggaagccaaattctagagtcttatctcgatgatgcaatt 44301966  T
Q  208 cgtagggcaactatatcaatgaaatttgtaccaatt---------atctttagtgatgagagaaatgaggggtta----gaactatttatggagggtgta 294  Q
    ||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||         ||  | |||| ||||||| |||||||||||    |||||| ||||||||| ||||    
T  44301965 cgtggggcaaccatagcaaggaaatttgtaccaatttttatgggtattatcagtggtgagagatatgaggggttaattagaactacttatggaggatgta 44301866  T
Q  295 attaggtatttgccaagcccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaatgttgaattgtctggaagtgttgatgagccat 394  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44301865 attaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaaagttgaattgtctggaagtgttgatgcgccat 44301766  T
Q  395 ttgtagcaaaggttttcacaaatatgtataggatt-aggtact-tattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttattaca 492  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | | | | | | ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44301765 ttgtagcaaaggttttcacaaatttgtattggagtgatggattcttttaacttgtctaagaatctatcagggtgttatcaagaagggtgattttattaca 44301666  T
Q  493 aatgttaacactggtgagaagattaagattccttgtttgggtaagagacattatgatatgattaaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgttt 592  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  | | |||  |||||||||| ||||| ||||| ||   ||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  44301665 aatgttaacactggtgagaagattcagatttatagcttgtctaagagacatgatgatgtgattgagtttgttgatgaagctcatgccggagaaattgtta 44301566  T
Q  593 ttgtatttggtgctattcttagatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgacctctgccgatgttcctgcttaatcggtctcaaa 692  Q
    |||| || | |  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  44301565 ttgtgttagctattgttcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgtcttctgccgatgttcctacttattcggtgtcaaa 44301466  T
Q  693 agtttctggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattcaa-----gagaattgatcctacttcgccagttggtttggcttgttaactttgcttt 787  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |     | ||| |||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||| |    
T  44301465 agattctggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattccattccagtgaaatgatcctacttacccagtttgtttggcttgttagctttgctat 44301366  T
Q  788 ggtttgttgcttatttataacttattttttatggtgaatttgttgcttaattattgatctctgattagttagtagt 863  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44301365 gttttgttgcttatttataacttattttttatggtaaatctgctgcttaattattgatctctgattagttagtagt 44301290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 460; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 806
Target Start/End: Complemental strand, 43896813 - 43896006
Alignment:
Q  8 agttaaaggcttacttttttccctctgaaacacctgattataaggatgtacaagcaggagaagtacccgaagatatgcaagcatttgtgttgaagaaaag 107  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| | | |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43896813 agttaaaggcctacttttttcgctctgaaacaccttattataagcatgtagaagtaagtgaagtacctgaagatatgcaagcctttgtgttgaagaaaag 43896714  T
Q  108 acacgaactcattcaaattgtatcagaggttgatgataaactttctgaagcttttcatggtggaagccaaattctagagtctgttctcgatgatgcaatt 207  Q
    |  |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  43896713 aagcgaactcattgaaatcgtctcagaggttgatgataaactttctgaagcttttcacggtggcagccaaatttcagaatctgttctcgatgatgcaatt 43896614  T
Q  208 cgtagggcaactatatcaatgaaatttgtaccaattatctt------ta---gtgatgagagaaatgaggggttagaactatttatggagggtgtaatta 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |      ||   ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43896613 cgtagggcaactatatcaatgaaatttgtaccaattttcatgggtgttatctgtgatgagagacatgatgggttagaactacttatggagggtgtaatta 43896514  T
Q  299 ggtatttgccaagcccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaatgttgaattgtctggaagtgttgatgagccatttgt 398  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||||||||    
T  43896513 ggtatttgccgggtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggtgagaaagttgaattgtctggaagcattgatgcgccatttgt 43896414  T
Q  399 agcaaaggttttcacaaatatgtataggatt-aggtacttattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttattacaaatgt 497  Q
     |||||||||||||||||| ||  ||||| | | | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43896413 tgcaaaggttttcacaaatgtgattaggaatgatgga-ttagtaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttattacaaatgt 43896315  T
Q  498 taacactggtgagaagattaagattccttgtttgggtaagagacattatgatatgattaaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgta 597  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| |||||  |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||     
T  43896314 taacactggtaagaagattcagattcctcgtttgtttaagagacatgatgataagattgaggaagttgatgaagctcatgctggagagattattattgtg 43896215  T
Q  598 tttggtgctattcttagatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgacctctgccgatgttcctgcttaatcggtctcaaaagttt 697  Q
    || | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||  ||||| ||| ||    
T  43896214 ttagatgctattcttaaatctggagatactttcactgatgggtctgttagatatacaatgacttctgccgatgttcctgattattctatctcataagatt 43896115  T
Q  698 ctggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattcaagagaattgatcctacttcgccagttggtttggcttgttaactttgctttggtttgttgc 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  43896114 ctggagagaaattttcaaatggtgtggatggattcattctagggaagtgatcctacttacccagttgctttggcttgttagctttgctatggtttgttgc 43896015  T
Q  798 ttatttata 806  Q
    |||||||||    
T  43896014 ttatttata 43896006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 806
Target Start/End: Complemental strand, 44307256 - 44306459
Alignment:
Q  19 tacttttttccctctgaaacacctgattataaggatgtacaagcaggagaagtacccgaagatatgcaagcatttgtgttgaagaaaagacacgaactca 118  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||  | |||||| ||| || ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||    
T  44307256 tactttttttgctctcaaacacctgattaagacgatgtagaagtagaagaagtagccaaagatatgcaagcctttgtgttgaaaaaaagacgtgaactca 44307157  T
Q  119 ttcaaattgtatcagaggttgatgataaactttctgaagcttttcatggtggaagccaaattctagagtctgttctcgatgatgcaattcgtagggcaac 218  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44307156 ttgaaattgtatcagaggttgatgataaactttctgaagattttcatggtggcagccaaatttcagagtctgttctcgatgatgcaattcgtagggcaac 44307057  T
Q  219 tatatcaatgaaatttgtaccaattatc---------tttagtgatgagagaaatgaggggttagaactatttatggagggtgtaattaggtatttgcca 309  Q
     ||| ||  |||||||||||||||| ||         || ||||| |||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44307056 catagcacggaaatttgtaccaattttcatgggtactttcagtgacgagagatacgaggggttagaactacttagggagggtgtaattaggtatttgcca 44306957  T
Q  310 agcccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaatgttgaattgtctggaagtgttgatgagccatttgtagcaaaggttt 409  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||    
T  44306956 agtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatctaaataagaatggtgagaaaattgaattgtctggaagtattgatgcgccatttgttgcaaaggctt 44306857  T
Q  410 tcacaaatatgtataggattaggtacttattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtga 509  Q
    |||||||||    ||  |  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44306856 tcacaaataatcttaacaggagtgacttattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtga 44306757  T
Q  510 gaagattaagattccttgtttgggtaagagacattatgatatgattaaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtatttggtgctatt 609  Q
    ||||||| |||||| |   ||| ||||||||||| |||||  |||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| |  | || | |||| ||    
T  44306756 gaagattcagattcttaccttgtgtaagagacatgatgatgagattgagtatgttgatgaagctcatgctggagaaattgttatgttgttcgatgctctt 44306657  T
Q  610 cttagatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgacctctgccgatgttcctgcttaatcggtctcaaaagtttctggagaga-aa 708  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| || |||||| ||| |||||||||||       
T  44306656 cttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgacttctgccgatgttcctacttattctgtctcataagattctggagagagtt 44306557  T
Q  709 ttttcaaatggtgtgaatggattcattcaagagaattgatcctacttcgccagttggtttggcttgttaactttgctttggtttgttgcttatttata 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44306556 ttttcaaatggtgtgaatggattcattctagggaaatgatcctacttacccagttgctttggcttgttagctttgctatggtttgttgcttatttata 44306459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 8 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 44317449 - 44317160
Alignment:
Q  8 agttaaaggcttacttttttccctctgaaacacctgattataaggatgtacaagcaggagaagtacccgaagatatgcaagcatttgtgttgaagaaaag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44317449 agttaaaggcttacttttttccctctgaaacaccttattataaggatgtacaagtaggagaagtacccgaagatatgcaagcctttgtgttgaagaaaag 44317350  T
Q  108 acacgaactcattcaaattgtatcagaggttgatgataaactttctgaagcttttcatggtggaagccaaattctagagtctgttctcgatgatgcaatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44317349 acacgaactcattcaaattgtatcagaggttgatgataaactttctgaagcttttcatggtggaagccaaattctagagtctgttctcgatgatgcaatt 44317250  T
Q  208 cgtagggcaactatatcaatgaaatttgtaccaattatctttagtgatgagagaaatgaggggttagaactatttatggagggtgtaatt 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44317249 cgtagggcaactatatcaatgaaatttgtaccaattatctttagtgatgagagaaatgaggggttagaactatttatggagggtgtaatt 44317160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 615 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 43895668 - 43895493
Alignment:
Q  615 atctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgacctctgccgatgttcctgcttaatcggtctcaaaagtttctggagagaaattttca 714  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| | || ||| | |||  ||||||||||||| |||||||| | ||||||||    
T  43895668 atctggagatacttttgctgatgggtctgttagatattcaatgacctctgtcaatattcttacttgttcggtctcaaaagattctggagggcaattttca 43895569  T
Q  715 aatggtgtgaatggattcattcaagagaattgatcctacttcgccagttggtttggcttgttaactttgctttggtttgtt 795  Q
    | || | ||||||| |   ||||| ||||  ||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||    
T  43895568 actgctttgaatggtt---ttcaa-agaaaggatcctactttcccagttggtttggcttattagcttt-ctttggattgtt 43895493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 615 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 44306092 - 44305917
Alignment:
Q  615 atctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgacctctgccgatgttcctgcttaatcggtctcaaaagtttctggagagaaattttca 714  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  ||||||||||| | || ||| | |||  ||||||||||||| |||||||| | ||||||||    
T  44306092 atctggagatacttttgctgatgggtccgttagatattcaatgacctctgtcaatattcttacttgttcggtctcaaaagattctggagggcaattttca 44305993  T
Q  715 aatggtgtgaatggattcattcaagagaattgatcctacttcgccagttggtttggcttgttaactttgctttggtttgtt 795  Q
    | || | ||||||| |   ||||| ||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  44305992 agtgctttgaatggtt---ttcaa-agaaaggatcctactttcccagttggtttggcttgttagcttt-ctttggattgtt 44305917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 803 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 43895966 - 43895906
Alignment:
Q  803 tataacttattttttatggtgaatttgttgcttaattattgatctctgattagttagtagt 863  Q
    ||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43895966 tataatttactttttctggggaatttgttgcttaattattgatctctgattatttagtagt 43895906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 812 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 44306408 - 44306357
Alignment:
Q  812 ttttttatggtgaatttgttgcttaattattgatctctgattagttagtagt 863  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44306408 ttttttctggggaatttgttgcttaattattgatctctgattatttagtagt 44306357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 70 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 4084860 - 4084062
Alignment:
Q  70 gtacccgaagatatgcaagcatttgtgttgaagaaaagacacgaactcattcaaattgtatcagaggttgatgataaactttctgaagcttttcatggtg 169  Q
    ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  4084860 gtacctgaagaaatgaaagcctttgtgttgaaaaaaagacgcgaactcattgaaattgtatcagaggttgatgataaaatttatgaagctcttcatggtg 4084761  T
Q  170 gaagccaaattctagagtctgttctcgatgatgcaattcgtagggcaactatatcaatgaaatttgtaccaattatctttagtgatgagagaaatgaggg 269  Q
    | |||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||    
T  4084760 gcagccaaattccagagtcttatctcgatggtgcaattcgtagggcaactatagcaaggaaatttgtaccaattatcatcagtgatgagagatatgaggg 4084661  T
Q  270 gttagaactatttatggagggtgtaattaggtatttgccaagcccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaatgttgaa 369  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  4084660 gttaaaactatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcatgatcaaaataggaatggtgagaaagttgaa 4084561  T
Q  370 ttgtctggaagtgttgatgagccatttgtagcaaaggttttcacaaatatgtataggattaggtacttattaacttatctaagaatctatcagggtgtta 469  Q
    |||| ||||||| ||||||  |||||||| | ||||| ||||||| ||  | |||||      |    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4084560 ttgtttggaagtattgatgcaccatttgttggaaaggctttcacatattggcataggccgtttttaaaattaacttatctaagaatctatcagggtgtta 4084461  T
Q  470 ttaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattaagattccttgtttgggtaagagacattatgatatgattaaggaagttgatga 569  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| || ||| |||||||| |||||||||    
T  4084460 tcaagaagggtgattttattacaaatgttaacaccggtaagaagattaagattcctcgtttgtttaagagacatgataatacgattaaggcagttgatga 4084361  T
Q  570 agctcatgctggagaaattgtttttgt------atttggtgctattcttagatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgacctct 663  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||       |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||    
T  4084360 agctcatgctggagaacttgttattgtgttaaagtttgatgctattcttaaatctggagatacttttactgacgggtctattagatatacaatgacttct 4084261  T
Q  664 gccgatgttcctgcttaatcggtctcaaaagtttctggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattcaagagaattgatcctacttcgccagtt 763  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||    
T  4084260 gccgatgttcctgcttattcggtctcaaaggattcaggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattccagagaaatgatcctactt-accagtt 4084162  T
Q  764 ggtttggcttgttaactttgctttggtttgttgcttatttataacttattttttatggtgaatttgttgcttaattattgatctctgattagttagtagt 863  Q
    |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4084161 ggtttggcttgttagctttactatggtttgttgcttatttataacttattttttatggtgaatttgttgcttaattattgatctctgattagttagtagt 4084062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 411; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 18702415 - 18701618
Alignment:
Q  8 agttaaaggcttacttttttccctctgaaacacctgattataag---gatgtacaagcaggagaagtacccgaagatatgcaagcatttgtgttgaagaa 104  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18702415 agttaaaggcctacttttttcgctctgaaacacctgattataattatgatgtagaagtaggagaaatacccgaagatatgcaagcctttgtgttgaagaa 18702316  T
Q  105 aagacacgaactcattcaaattgtatcagaggttgatgataaactttctgaagcttttcatggtggaagccaaattctagagtctgttctcgatgatgca 204  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18702315 aagacgcgaactcattgaaattgtgtcagaggttgatgataaactttctaaagcttttcatggtggcagcaaaattccagagtctgttctcgatgatgca 18702216  T
Q  205 attcgtagggcaactatatcaatgaaatttgtaccaattatctttagtgatgagagaaatgaggggttagaactatttatggagggtgtaattaggtatt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18702215 attcgtagggcaactatatcaatgaaatttgtaccaattatcattggtgatgagagctatgagacgttaaaactattaatggagggtgtaattaggtatt 18702116  T
Q  305 tgccaagcccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaatgttgaattgtctggaagtgttgatgagccatttgtagcaaa 404  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||    
T  18702115 tgccaagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatctaaataagaatggtgagaaagttgaattgtctggaagtattgatgcaccatttgttgcaaa 18702016  T
Q  405 ggttttcacaaatatgtataggattaggtactt---attaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttattacaaatgttaac 501  Q
    || |||  |||||  | ||  |   ||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18702015 ggcttttgcaaattggcatgag---aggtatttcaaattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttattacaaatgttaac 18701919  T
Q  502 actggtgagaagattaagattccttgtttgggtaagagac-attatgatatgattaaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtattt 600  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |   | |||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18701918 actggtaagaagattcagattcctcgtttgggcaagagacgaagttaataaaatcgaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgttttt 18701819  T
Q  601 ggtgctattcttagatctggagatacttttactg---atgggtctgttagatatataatgacctctgccgatgttcctgcttaatcggtctcaaaagttt 697  Q
    | ||||  ||||  |||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  18701818 gatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgccaatgggtctgttagatatacaatgacttctgctgatgttcctgcttattcggtctcaaaagatt 18701719  T
Q  698 ctggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattcaagaga---attgatcctacttcgccagttggtttggcttgttaactttgctttggtttgt 794  Q
    | ||  | | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||   | |||||||||||  || |||||||||| || ||| ||||||  ||||||||    
T  18701718 ccgggcatacattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaataatgatcctacttaccctgttggtttggtttattagctttgcaatggtttgt 18701619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 845
Target Start/End: Original strand, 8158558 - 8159399
Alignment:
Q  8 agttaaaggcttacttttttccctctgaaacacctgattataaggatgtacaagcaggagaagtacccgaagatatgcaagcatttgtgttgaagaaaag 107  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| | ||||      || ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  8158558 agttaaaggcctacttttttcgctctgaaatacctgattatgacgatg------caagagaagtacccaaagatatgcaagcctttgtgttgaaaaaaag 8158651  T
Q  108 acacgaactcattcaaattgtatcagaggttgatgataaactttctgaagcttttcatggtggaagccaaattctagagtctgttctcgatgatgcaatt 207  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||    
T  8158652 acacgaactcattgaaattgtatcagagattgatgataaaatttctgaagctcttcatggtggcagccaaattccagagtcttatctggatgatgcaatt 8158751  T
Q  208 cgtagggcaactatatcaatgaaatttgtaccaattatctttagtgatgagagaaatgaggggttagaactatttatggagggtgtaattaggtatttgc 307  Q
    || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8158752 cggagggcaactatagcaaggaaatttgtaccaattatcataagtgatgagagatatgaggggatagaagtatttatggagggtgtaattaggtatttgc 8158851  T
Q  308 caagcccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaatgttgaattgtctggaagtgttgatgagccatttgtagcaaaggt 407  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||     
T  8158852 cgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggcgagaaagttgaattgtctggaagtattgatgctccatttgttgcaaaggc 8158951  T
Q  408 tttcacaaatatgtataggattaggtactt---attaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttattacaaatgttaacact 504  Q
    ||||  || |  |||||||||   ||| ||   ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8158952 tttcgtaacttggtataggat---gtatttaaaattaacttacctaagaatttatcagggtgttattaagaagggtgattttattacaaatgttaacact 8159048  T
Q  505 ggtgagaagattaagattccttgtttgggtaagagac---attatgatatgattaaggaagttgat------------------gaagctcatgctggag 583  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||   |  |||||  || | |||||||||||                  ||||||||||||||||    
T  8159049 ggtaagaagattgagattcctcgtttgggtaagagacgtgaacatgatgagagtgaggaagttgataaaatcaaggaagttgatgaagctcatgctggag 8159148  T
Q  584 aaattgtttttgtatttggtgctattcttagatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgacct---ctgccgatgttcctgctta 680  Q
    ||||||||||||| |||| ||||  ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |   |||| ||||||||||||||    
T  8159149 aaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgatgggtctgttagatatataatgacttctgctgctgatgttcctgctta 8159248  T
Q  681 atcggtctcaaaagtttctggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattcaagagaattgatcctacttcgccagttggtttggcttgttaact 780  Q
     ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |              | ||||||||| || ||| ||    
T  8159249 ttcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaat--------------aattggtttggtttattagct 8159334  T
Q  781 ttgctttggtttgttgcttatttataacttattttttatggtgaatttgttgcttaattattgat 845  Q
    ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  8159335 ttgcaatggtttgtttcttatttataacttattttttatgctgaatctgttgcttaattattgat 8159399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 481 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 409951 - 409886
Alignment:
Q  481 gattttattacaaatgttaacactggtgagaagattaagattccttgtttgggtaagagacattat 546  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||  |||||||| ||||    
T  409951 gattttattactaatgttaacactggtaagaagattaaggttcctcgtatgtttaagagacgttat 409886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 301 - 770
Target Start/End: Original strand, 35856591 - 35857052
Alignment:
Q  301 tatttgccaagcccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaatgttgaattgtctggaagtgttgatgagccatttgtag 400  Q
    |||||||| || ||||| ||| | |||||||||||||||||||||  || |||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||| ||| ||||| |    
T  35856591 tatttgccgagtccaattgatttgagtaattatgctcttgatcaagctaggaatggagagaaagtagaattgtctggaagtattgatgggccgtttgtcg 35856690  T
Q  401 caaaggttttcacaaatatgtataggattaggtacttattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttattacaaatgttaa 500  Q
    ||  || |||||| |    | |||||||    |    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || || ||||||||||| ||||||||    
T  35856691 cattggctttcacga----gcataggatgctttgtaaattaacatatctaagaatctatcagggcgttattagaaaaggggattttattactaatgttaa 35856786  T
Q  501 cactggtgagaagattaagattccttgtttgggtaagagacattatgatatgattaaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtattt 600  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |  ||||  |||||||  || ||||   ||| | |||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||| |    
T  35856787 cactggtgagaagattaaggttaatcatttgtttaagagaagttgtgatggtattgatgaagttaatgaggctcatgctggacaaattgttgttgtatgt 35856886  T
Q  601 ggtgctattcttagatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgacctctgccgatgttcctgcttaatcggtctcaaaagtttctg 700  Q
    | || |  |  |  | | ||||| || ||||||||||||||||||||||     ||||| |||||| |||||| || ||| ||||||||||||| ||||     
T  35856887 gatgttgattgtgcaccaggagaaacatttactgatgggtctgttagatgggctatgacttctgccaatgttcttgattattcggtctcaaaagattcta 35856986  T
Q  701 gagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattcaagagaattgatcctacttcgccagttggtttgg 770  Q
    | ||| ||| |||||||| |||||||||    |||  |||||| |||||||||||  |||||||||||||    
T  35856987 gcgagcaatcttcaaatgttgtgaatgg----attacagagaaatgatcctacttacccagttggtttgg 35857052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 619 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 15040348 - 15040308
Alignment:
Q  619 ggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgac 659  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15040348 ggagatacttttactgatgggtctgttaaatatacaatgac 15040308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 450 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 10541444 - 10541388
Alignment:
Q  450 aagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttattacaaatgttaacactgg 506  Q
    |||||||||| ||||||| |||  |||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  10541444 aagaatctatgagggtgtcattcggaagggagattttattacaaatgataacactgg 10541388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 66 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 10545729 - 10545633
Alignment:
Q  66 agaagtacccgaagatatgcaagcatttgtgttgaagaaaagacacgaactcattcaaattgtatcagaggttgatgataaactttctgaagctttt 162  Q
    |||||| |||||||||||| |||| || ||||   | ||||| || ||||||||  ||| |||||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  10545729 agaagttcccgaagatatggaagccttggtgtcagaaaaaaggcatgaactcataaaaactgtatcagaggtagacgataaacttgctgaagctttt 10545633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University