View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3112R-Insertion-5 (Length: 669)

Name: NF3112R-Insertion-5
Description: NF3112R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3112R-Insertion-5
NF3112R-Insertion-5
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-669)||(36512666-36513326)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 593; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 669
Target Start/End: Original strand, 36512666 - 36513326
Alignment:
Q  9 tctgtgactattacaaacctacacacagttgattggttcaacaaccatattttcgtagattcttttttgttcttttgttattattcaagaatattactta 108  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36512666 tctgtgactattaaaaaccaacacacagttgattggttcaacaaccatattttcgtagattcttttttgttcttttgttattattcaagaatattactta 36512765  T
Q  109 ggttatttgcactcgttacgctgctatatttctttgtgcgtttatttaattttgaaaagaagagtaataatacaaattcttccaggaagacaagaggcat 208  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  36512766 ggttatttgcactcgttacgctactatatttctttgtgcgtttatttaattttgaaaagaagagtaataatacaaattcttttaggaagacaagaggcat 36512865  T
Q  209 tgttccccccaataaaaaatgtaccacagcttgtttcattacgcaataggttatacgaggtgttccattgaagttaaatgttcttaacttacctaattgt 308  Q
    |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36512866 tgttccaccaaataaaaaatgtaacacagcttgtttcattaagcaataggttatacgaggtgttcaattgaagttaaatgttcttaacttacctaattgt 36512965  T
Q  309 atgtttggtggtcgggacatgatgttgagatggattaagatatcatattaagaattggatagaaagtggaagaattttctttggggagcatgtgataatg 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36512966 atgtttggtggtcgggacatgatgttgagatggattaagatatcatattaagaattggatagaaagtgcaagaattttctttggggagcatgtgataatg 36513065  T
Q  409 gtaagaaaatgtacttggaactgaataaatagttggttgccttaaggtgggtgtgaggcatgtgataatggtcatcttgacatctttaaccattagaacc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36513066 gtaagaaaatgtacttggaactgtataaatagttggttgccttaaggtgggtttgaggcatgtgataatggtcatcttgacatctttaaccattagaacc 36513165  T
Q  509 cttctttcacctactgaattgtggagtaacgcttccttgtctatttgatataagtctccctatcttcttcgtataaagctaactggtgatgaggatgtga 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36513166 cttctttcacctactgaattgtggagtaacgcttccttgtctatttgatataagcctccctatcttcttcgtataaagctaaatggtgatgaggatgtga 36513265  T
Q  609 ttaatcatgagaatttaacctgtggaggtgtggacctaagaccatagcaagatattattgt 669  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36513266 ttaatcatgagaatttaacttgtggaggtgtggtcctaagaccatagcaagatattattgt 36513326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University