View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3112_low_2 (Length: 605)
Name: NF3112_low_2
Description: NF3112
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3112_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 489; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 590
Target Start/End: Original strand, 38643628 - 38644234
Alignment:
| Q |
1 |
tgtttagaccttttttggaacatatatcatgatataatcataacctatagtacatatttttgcattgaattacttcttatgacatgcatactctagtttc |
100 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
38643628 |
tgtttagaccttttttggaacatatatcatgatatattcataacctatagtacatatttttgcattgaattacttcttatgacatgcatactctagtttc |
38643727 |
T |
|
| Q |
101 |
a----------------tataatttacactcagttgtgtgtttaatcttcaatcaattataatcatcagattatagaaaaatttgactttgattataacc |
184 |
Q |
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| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
38643728 |
aatccattgatctgatctccaatttacactcagttgtgtgtttaatcttcaatcaattataatcatcagattatagaaaaatttgactttgattataacc |
38643827 |
T |
|
| Q |
185 |
atcataaaagttatacacatacacaattttttgggattgattgtttgatggtgtaaattatttgacaataatagtgtatcaaaatcaaacnnnnnnn-ag |
283 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |
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| T |
38643828 |
atcataaaagttatacacatacacaattttttgggattgattgtttgatggtgtaaattattttacaataatagtgtatcaaaatcaaacttttttttag |
38643927 |
T |
|
| Q |
284 |
aataaaaatgtaaacactagcaatattggatctactttctcttcacaagtagtttatgaaagtggcataaaatttgattagttaaaactttcaactatac |
383 |
Q |
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| T |
38643928 |
aataaaaatgtcaacactagcaatattggatctactttctcttcacaagtagtttatgaaagtggcataaaatttgattggttaaaactttcaactatac |
38644027 |
T |
|
| Q |
384 |
tatttattatgaattatgatcactatagtgtcacacctaagtggttgtgtttttatttccccactgtgatgtacttatatgctatttttgggctatgtgt |
483 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
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| T |
38644028 |
tatttattatgaattataatcactatagtgtcacacctaagtggttgtgtttttatttccccactgtgatgtacttatatgttatttttgggctatgtgt |
38644127 |
T |
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| Q |
484 |
ggcatttagtaaatttataaaagtcatgcttaaattggaagcactaagggaactatgtactattcttgttctaaaatctgtcacaaccaacattattccc |
583 |
Q |
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| T |
38644128 |
ggcatttagtaaatttataaaagtcatgcttaaattggaagcactaagggaactatgtactattcttgttctgaaatctgtcacaaccaacattattccc |
38644227 |
T |
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| Q |
584 |
aaaatag |
590 |
Q |
| |
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| T |
38644228 |
aaaatag |
38644234 |
T |
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