View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3115-Insertion-1 (Length: 840)
Name: NF3115-Insertion-1
Description: NF3115
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3115-Insertion-1 |
 | |
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| [»] chr4 (3 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 744; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 744; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 840
Target Start/End: Original strand, 54778341 - 54779167
Alignment:
| Q |
7 |
agcaatagcatgtaatttaaatgaagaaaagaacattaatcaacaatatacagttgcatataattgaaaggaaaaaactaataataacggaacaaagggt |
106 |
Q |
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| T |
54778341 |
agcaatagcatgtaatttaaatgaagaaaagaacattaatcaacaatatacagttgcatataattgaaaggaaaaaactaataataacggaacaaaggtt |
54778440 |
T |
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| Q |
107 |
aaattttagaataactcagatgggatatttttgtttggtagtaaagggtggatggaatatgctagttaatttttaaaaaatagatatcgcattcccatct |
206 |
Q |
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| T |
54778441 |
aaattttagaataactcagatgggatatttttgtttggtagtaaagggtggatggaatatgctagttaatttttaaaaaatagatatcacattcccatct |
54778540 |
T |
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| Q |
207 |
ataacaccaatccacataccctaaaaaaggtcactttcacagaatatgaataggtgaaaataaataaagttggttgaaaaagaaaacagaacttgtgatc |
306 |
Q |
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| T |
54778541 |
ataacaccaatccacataccctaaaaaaggtcactttcacagaatatgaataggtgaaaataaataaagttggttgaaaaagaaaacagaacttgtgatc |
54778640 |
T |
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| Q |
307 |
gacagtttgatttctggaatggtgtgattctaaacaacaaattttaaattgcggaggaatttgtctcaaacatctgcagatgcccgatagagaacaaatt |
406 |
Q |
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| T |
54778641 |
gacagtttgatttctggaatg--gtgattctaaacaacaaattttaaattgcggaggaatttgtctcaaacatctgcagatgcccgatagagaacaaatt |
54778738 |
T |
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| Q |
407 |
caaagaagcacaccaaatacacgggtgacgggtatatagaagcatctctgggtaagagcataaa--atatgtttttcataaaagaaaacaacattacagt |
504 |
Q |
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| T |
54778739 |
caaagaagcacaccaaatac-------acgggtatatagaagcatctctggataagagcataaaatatatgtttttcataaaagaaaacaacattacagt |
54778831 |
T |
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| Q |
505 |
gagatagatggacatgagagatatatatgatgcaattagaaaaaagaataagatattccccaaagcgaaacaaactgcataagtgcataacatgcattgt |
604 |
Q |
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| T |
54778832 |
gagataaatggacatgagagatatatatgatgcaattagaaaaaagaataagatattccccaaagcaaaacaaactgcataagtgcataacatgcattgt |
54778931 |
T |
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| Q |
605 |
gcacagtttagaaatacaaattcagaacatataaggaaaactacagccatgcatgaagcagagttacatcaaaatgcactacttattaaaaatatagatt |
704 |
Q |
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| T |
54778932 |
gcacagtttacaaatacaaattcagaacatataaggaaaactacagccatgcatgaagcagagttacatcaaaatgcactacttattaaaaatatagatt |
54779031 |
T |
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| Q |
705 |
caataacatgcactctcccaaaagaaataccacacacaactaaataactaaaaattgttagaaaacagtctgctagtagttgaaagaaagctatgaaaca |
804 |
Q |
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| T |
54779032 |
caataacatgcactctcccaaaagaaataccacacacaactaaataactaaaaattgttagaaaacagtctgctagtaattgaaagaaagctatgaaaca |
54779131 |
T |
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| Q |
805 |
ctgacacaaacactgcggatgacatagacacatcat |
840 |
Q |
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| T |
54779132 |
ctgacactgacactgcacatgacatagacacatcat |
54779167 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 806
Target Start/End: Complemental strand, 54790804 - 54790012
Alignment:
| Q |
7 |
agcaatagcatgtaatttaaatgaagaaaagaacattaatcaacaatatacagttgcatataattgaaaggaaaaaactaataataacggaacaaagggt |
106 |
Q |
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| T |
54790804 |
agcaatagcatgtaatttaaatgaagaaaagaacattaatcaacaatatacagttgcatataattgaaaggaaaaaactaataataacggaacaaaggtt |
54790705 |
T |
|
| Q |
107 |
aaattttagaataactcagatgggatatttttgtttggtagtaaagggtggatggaatatgctagttaatttttaaaaaatagatatcgcattcccatct |
206 |
Q |
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| T |
54790704 |
aaattttagaataactcagatgggatatttttgtttggtagtaaagggtggatggaatatgctagttaatttttaaaaaatagatatcacattcccatct |
54790605 |
T |
|
| Q |
207 |
ataacaccaatccacataccctaaaaaaggtcactttcacagaatatgaataggtgaaaataaataaagttggttgaaaaagaaaacagaacttgtgatc |
306 |
Q |
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| T |
54790604 |
ataacaccaatccacataccctaaaaaaggtcactttcacagaatatgaataggtgaaaataaataaagttggttgaaaaggaaaacagaacttgtgatc |
54790505 |
T |
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| Q |
307 |
gacagtttgatttctggaatggtgtgattctaaacaacaaattttaaattgcggaggaatttgtctcaaacatctgcagatgcccgatagagaacaaatt |
406 |
Q |
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| T |
54790504 |
gacagtttgatttctggaatg--gtgattctaaacaacaaattttaaattgcggaggaatttgtctcaaacatctgcagatgcccgatagagaacaaatt |
54790407 |
T |
|
| Q |
407 |
caaagaagcacaccaaatacacgggtgacgggtatatagaagcatctctgggtaagagcataaa--atatgtttttcataaaagaaaacaacattacagt |
504 |
Q |
| |
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| T |
54790406 |
caaagaagcacaccaaatac-------acgggtatatagaagcatctctggataagagcataaaatatatgtttttcataaaagaaaacaacattacagt |
54790314 |
T |
|
| Q |
505 |
gagatagatggacatgagagatatatatgatgcaattagaaaaaagaataagatattccccaaagcgaaacaaactgcataagtgcataacatgcattgt |
604 |
Q |
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| T |
54790313 |
gagatagatggacatgagagatatatatgatgcaattagaaaaaagaataagatattccccaaagcaaaacaaactgcataagtgcataacatgcattgt |
54790214 |
T |
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| Q |
605 |
gcacagtttagaaatacaaattcagaacatataaggaaaactacagccatgcatgaagcagagttacatcaaaatgcactacttattaaaaatatagatt |
704 |
Q |
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| T |
54790213 |
gcacagtttacaaatacaaattcagaacatataaggaaaactacagccatgcatgaagcagagttacatcaaaatgcactacttattaaaaatatagatt |
54790114 |
T |
|
| Q |
705 |
caataacatgcactctcccaaaagaaataccacacacaactaaataactaaaaattgttagaaaacagtctgctagtagttgaaagaaagctatgaaaca |
804 |
Q |
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| T |
54790113 |
caatgacatgcactctcgcaaaagaaaaaccacacacaactaaataactaaaaattgttagaatacagtctgcaaataattgaaagaaagctatgaaaca |
54790014 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 510; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 52283457 - 52282635
Alignment:
| Q |
12 |
tagcatgtaatttaaatgaagaaaagaacattaatcaacaatatacagttgcatataattgaaaggaaaaaactaataataacggaacaaagggtaaatt |
111 |
Q |
| |
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| T |
52283457 |
tagcatgtaatttaaaagaagaaaagaacattaatcaacaatatacagttgcatataattgaaaggaaaaaactaataataacaaaacaaaggttaaatt |
52283358 |
T |
|
| Q |
112 |
ttagaataactcagatgggatatttttgtttggtagtaaagggtggatggaatatgctagttaatttttaaaaaatagatatcgcattcccatctataac |
211 |
Q |
| |
|
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| T |
52283357 |
ttcgaataactcagatgggatatttttgactggtagtaaaggg----tggaatatgcaggttaattttaaaaaaagagatatcccattccattctataac |
52283262 |
T |
|
| Q |
212 |
accaatccacataccctaaaaaaggtcactttcacagaatatgaataggtgaaaataaataaagttggttgaaaaagaaaacagaacttgtgatcgacag |
311 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |
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| T |
52283261 |
accaatccacataccctaaaaaaggacactttcacagaatatgaataggttaaaataaataaagttggttgaaaaagaaaacagaacttgtcattgacaa |
52283162 |
T |
|
| Q |
312 |
tttgatttctggaatggtgtgattctaaacaacaaattttaaattgcggaggaatttgtctcaaacatctgcagatgcccgatagagaacaaattcaaag |
411 |
Q |
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|
| T |
52283161 |
tttgacttttggaatg--gtgattctaaacaacaaattttaaattgcggaggaatttgtctcaaacatttgcagatgcccgatagagaacaaattcaaag |
52283064 |
T |
|
| Q |
412 |
aagcacaccaaatacacgggtgacgggtatatagaagcatctctgggtaagagcataaa--atatgtttttcataaaagaaaacaacattacagtgagat |
509 |
Q |
| |
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||||||||||||||| || |||||| |||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |
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| T |
52283063 |
aagcacaccaaatac-------acaggtataaagaagcatctctcgataagggcataaaatatatgttttacataaaagaaaacaacattatagtgagat |
52282971 |
T |
|
| Q |
510 |
agatggacatgagagatatatatgatgcaattagaaaaaagaataagatattccccaaagcgaaac-----aaactgcataagtgcataacatgcattgt |
604 |
Q |
| |
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| T |
52282970 |
agatagacatgagagatatacatgatgcaattaggaaaaagaataagatatcccccagagcaaaacaaactaaactgcataagtgcataacatgcattgt |
52282871 |
T |
|
| Q |
605 |
gcacagtttagaaatacaaattcagaacatataaggaaaactacagccatgcatgaagcagagttacatcaaaatgcactacttattaaaaatatagatt |
704 |
Q |
| |
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| T |
52282870 |
gcacaatatacaaatacaaattcagaacatataaggaaaactacagccatgcatgaagcagagatacatc---gtgcgctacttattaaaaatatagatt |
52282774 |
T |
|
| Q |
705 |
caataacatgcact---ctcccaaaagaaataccacacacaactaaataactaaaaattgttagaaaacagtctgctagtagttgaaagaaagctatgaa |
801 |
Q |
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| T |
52282773 |
cagtaacatgcactctcctcccaaaagaaaaaccacacacaactaaataactaaaaattgttaaaatacagtctgcttctaattgaaagaaagctatgaa |
52282674 |
T |
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| Q |
802 |
acactgacacaaacactgcggatgacatagacacatcat |
840 |
Q |
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||||||||| |||||||| | ||||||||||| |||| |
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| T |
52282673 |
acactgacataaacactggacacgacatagacacgtcat |
52282635 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 73; Significance: 7e-33; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 710 - 806
Target Start/End: Complemental strand, 19296149 - 19296053
Alignment:
| Q |
710 |
acatgcactctcccaaaagaaataccacacacaactaaataactaaaaattgttagaaaacagtctgctagtagttgaaagaaagctatgaaacact |
806 |
Q |
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| T |
19296149 |
acatgcactctcgcaaaagaaaaaccacacacaactaaataactaaaaattgttagaatacagtctgcaaataattgaaagaaagctatgaaacact |
19296053 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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