View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3115_high_15 (Length: 404)

Name: NF3115_high_15
Description: NF3115
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3115_high_15
NF3115_high_15
[»] scaffold0155 (1 HSPs)
scaffold0155 (9-162)||(36167-36320)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (216-370)||(3887673-3887827)
chr8 (220-321)||(22835911-22836012)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (214-370)||(11430838-11430994)
chr6 (214-370)||(20528116-20528272)
chr6 (209-347)||(3005169-3005307)
chr6 (210-370)||(15572440-15572601)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (204-370)||(47241368-47241534)
chr7 (233-370)||(7108072-7108209)
chr7 (213-370)||(5780430-5780588)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (214-370)||(9734950-9735106)
chr3 (215-370)||(19340461-19340614)
chr3 (216-348)||(30058300-30058432)
chr3 (216-370)||(29401006-29401161)
chr3 (256-370)||(52000375-52000489)
chr3 (266-337)||(1995029-1995100)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (216-370)||(31776948-31777102)
chr1 (216-368)||(37136527-37136679)
chr1 (214-325)||(50358366-50358477)
chr1 (216-285)||(31500136-31500205)
chr1 (301-348)||(40971222-40971269)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (210-370)||(7981473-7981633)
chr5 (215-370)||(27625523-27625678)
chr5 (231-370)||(17816613-17816752)
chr5 (214-370)||(11399855-11400013)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (216-370)||(19315342-19315497)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (257-368)||(55957908-55958020)
chr4 (216-370)||(49863058-49863213)
chr4 (216-249)||(55957258-55957291)


Alignment Details
Target: scaffold0155 (Bit Score: 126; Significance: 7e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0155
Description:

Target: scaffold0155; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 162
Target Start/End: Original strand, 36167 - 36320
Alignment:
Q  9 gacatcatcaacttttggatctcatttagcaatctggatgatctcgccaacttcatttttgaattatttagttatatgatgagtaaaatttattctctat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| || |    
T  36167 gacatcatcaacttttggatctcatttagcaatctggatgatctcgccaacttcatttttgaattctttagttatctgatgagtaaaatctattccctgt 36266  T
Q  109 ttcagccaacttcgattgggtatgcatgattatcaagagaatctaggagaaaca 162  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36267 ttcatccaacttcgagtgggtatgcatgattatcaagagaatctaggagaaaca 36320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 216 - 370
Target Start/End: Original strand, 3887673 - 3887827
Alignment:
Q  216 gagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatca 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  3887673 gagtgcttatacatagacacacataggtggcatacatcccttaaacccccacatataaatgcaacatgtggcaatgtgggtccaaaataactacttatca 3887772  T
Q  316 tttgtttcacgttaccaaaataacctcccacatggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3887773 tttgtttcacattaccaaaataacctcccacatgggtgtatacaagagtggtatg 3887827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 220 - 321
Target Start/End: Original strand, 22835911 - 22836012
Alignment:
Q  220 gcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatcatttg 319  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  22835911 gcttacacatagacaaacataagtggcatacaccccttaaacctccacacataaatgcaacatgtggcaaagtgggtccaaaataactacatatcctttg 22836010  T
Q  320 tt 321  Q
    ||    
T  22836011 tt 22836012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 214 - 370
Target Start/End: Original strand, 11430838 - 11430994
Alignment:
Q  214 aagagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttat 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  11430838 aagagtgcttatacatagacacacataggtggcatacaccccttaaacccccacatataaatgcaacatatggcaatgtgggtccaaaataactacttat 11430937  T
Q  314 catttgtttcacgttaccaaaataacctcccacatggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  11430938 catttgtttcacattaccaaaataacctttcacatgggtgtatacaagagtggtatg 11430994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 214 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 20528272 - 20528116
Alignment:
Q  214 aagagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttat 313  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  20528272 aagagtgtttatacatagacacacataggtggcatacaccccttaaacccccacatataaatgtaacatgtggcaatgtgggtccaaaataactacttat 20528173  T
Q  314 catttgtttcacgttaccaaaataacctcccacatggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  20528172 cctttgtttcacattaccaaaataacctcccacatgagtgtatacaagagtggtatg 20528116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 209 - 347
Target Start/End: Original strand, 3005169 - 3005307
Alignment:
Q  209 taaataagagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataacta 308  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||    
T  3005169 taaatatgattgcttttacatagacacacataggtgacatacaccatttaaacccccacacataaatgcaacatgtggaaatgtgggtccaaaataacta 3005268  T
Q  309 cttatcatttgtttcacgttaccaaaataacctcccaca 347  Q
    | ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  3005269 catatcatttgttgcacattaccaaaataccctcccaca 3005307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 210 - 370
Target Start/End: Original strand, 15572440 - 15572601
Alignment:
Q  210 aaataagagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactac 309  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||| |||||| |||||    
T  15572440 aaataggagtgcttatacacagacacgtataggtggcatacaccccttaaacccccacacataaatgcaagatgtggcaatgtgggtccaaaatgactac 15572539  T
Q  310 ttatcatttgtttcacgttaccaaaataacctcccacat-ggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
     |||| ||| || ||| ||||||||||| |||||||||| |  ||| |||||||||||||||    
T  15572540 atatcctttattacacattaccaaaatatcctcccacatagtgtgtgtacaagagtggtatg 15572601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 111; Significance: 6e-56; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 204 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 47241534 - 47241368
Alignment:
Q  204 aaaaataaataagagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaat 303  Q
    ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  47241534 aaaaaaaaaaaaaagtgcttatacatagacacacataggtggcatacacttcttaaaccctcacatataaatgcaacatgtggcaatgtgggtccaaaat 47241435  T
Q  304 aactacttatcatttgtttcacgttaccaaaataacctcccacatggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  47241434 aactacttatcatttgtttcacattaccaaaataacctcccacatgagtgtatacaagagtggtatg 47241368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 233 - 370
Target Start/End: Original strand, 7108072 - 7108209
Alignment:
Q  233 cacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatcatttgtttcacgttacca 332  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  7108072 cacacataggtggcatacaccccttaaacccccacatataaatgcaacatgtggcaatgtgggtccaaaataactacttatcctttgtttcacattacca 7108171  T
Q  333 aaataacctcccacatggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||    
T  7108172 aaataacctcccacatgagtgtatacaagaatggtatg 7108209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 213 - 370
Target Start/End: Original strand, 5780430 - 5780588
Alignment:
Q  213 taagagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactactta 312  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | |  ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||  ||    
T  5780430 taagagtgcttacacatagacacacataggtgacatacatcccttaaacccccacacataaatgtaacatgtggcaatatgggtccaaaataactatata 5780529  T
Q  313 tcatttgtttcacgttaccaaaataacctcccacat-ggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    || |||||| ||| ||||| ||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||    
T  5780530 tcctttgttacacattaccgaaataccctcccatatagggtgtatacaagagtggtatg 5780588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 214 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 9735106 - 9734950
Alignment:
Q  214 aagagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttat 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  9735106 aagagtgcttatacatagacacacataggtggcatacaccccttaaacctccatatataaatgcaacatgtggcaatgtgggttcaaaataactacttat 9735007  T
Q  314 catttgtttcacgttaccaaaataacctcccacatggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  9735006 catttgtttcacattatcaaaataacctcccacttaggtgtatacaagagtggtatg 9734950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 215 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 19340614 - 19340461
Alignment:
Q  215 agagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatc 314  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||| |||||||||||  ||||    
T  19340614 agagtgcttatacatagacatacataggtggcatacaccccttaaacccccacatataaatgcaacacgtggtaatgtgggtccaaaataacta--tatc 19340517  T
Q  315 atttgtttcacgttaccaaaataacctcccacatggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19340516 atttgtttcacattaccaaaataacctcccacatgggtgtatacaagagtggtatg 19340461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 216 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 30058432 - 30058300
Alignment:
Q  216 gagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatca 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||     
T  30058432 gagtgcttatacatagacacacataggtcgcatacaccccttaaacccccacacataaatgcagcatgtggcaatgtgggtccaaaataactacatatcc 30058333  T
Q  316 tttgtttcacgttaccaaaataacctcccacat 348  Q
    |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  30058332 tttgttacacattaccaaaataccctcccacat 30058300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 216 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 29401161 - 29401006
Alignment:
Q  216 gagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatca 315  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||     
T  29401161 gagtgtttatacatagacacgcataggtgacatacaccctttaaaccctcacacataaatgcaacatgtggcaatctgggttcaaaataactacatatcc 29401062  T
Q  316 tttgtttcacgttaccaaaataacctcccacat-ggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    |||||| ||| ||||||||||| |||| |||||  | ||| |||||||||||||||    
T  29401061 tttgttacacattaccaaaataccctcacacatacggtgtgtacaagagtggtatg 29401006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 256 - 370
Target Start/End: Original strand, 52000375 - 52000489
Alignment:
Q  256 ttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatcatttgtttcacgttaccaaaataacctcccacatggatgta 355  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| |||||   ||||    
T  52000375 ttaaactcccacatataaatgcaacatgtggtaatgtgggtctaaaataactacttatcctttgtttcatattaccaaaataacctctcacataagtgta 52000474  T
Q  356 tacaagagtggtatg 370  Q
    |||||||||||||||    
T  52000475 tacaagagtggtatg 52000489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 266 - 337
Target Start/End: Original strand, 1995029 - 1995100
Alignment:
Q  266 acatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatcatttgtttcacgttaccaaaata 337  Q
    |||||||||| |||||||||  ||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  1995029 acatataaatacaacatgtggtaatgtgggtacaaaataactatatatcatttgttacacattatcaaaata 1995100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 216 - 370
Target Start/End: Original strand, 31776948 - 31777102
Alignment:
Q  216 gagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatca 315  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||     
T  31776948 gagtgcttatacatagacgcacataggtggcatacaccccttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatgtgggtctaaaataactacttatcc 31777047  T
Q  316 tttgtttcacgttaccaaaataacctcccacatggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||    
T  31777048 tttgtttcacattaccaaaataaccttccacatgagtgtatacaagagtggtatg 31777102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 216 - 368
Target Start/End: Original strand, 37136527 - 37136679
Alignment:
Q  216 gagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatca 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |  ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||     
T  37136527 gagtgcttatacatagacacacataggtagcatacatcccttaaacctccacatataaatgcaacatgtggcaatgtgggttcaaaataattacttatcc 37136626  T
Q  316 tttgtttcacgttaccaaaataacctcccacatggatgtatacaagagtggta 368  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  37136627 tttgtttcacattaccaaaataacctcccacataagtgtatacaagagtggta 37136679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 214 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 50358477 - 50358366
Alignment:
Q  214 aagagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttat 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||  |||||||||||||||    
T  50358477 aagagtgcttatacatagacacacataggtggcatacaccccttaaacccccgcatataaatgcaacatgtggtaatgtgggtctaaaataactacttat 50358378  T
Q  314 catttgtttcac 325  Q
    | ||||||||||    
T  50358377 cctttgtttcac 50358366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 216 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 31500205 - 31500136
Alignment:
Q  216 gagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtg 285  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31500205 gagtgtttatacatagacacacataggtggcatacgccccttaaacccccacacataaatgcaacatgtg 31500136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 301 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 40971269 - 40971222
Alignment:
Q  301 aataactacttatcatttgtttcacgttaccaaaataacctcccacat 348  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  40971269 aataactacatatcatttgttacacattaccaaaatatcctcccacat 40971222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 210 - 370
Target Start/End: Original strand, 7981473 - 7981633
Alignment:
Q  210 aaataagagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactac 309  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||    
T  7981473 aaataggagtgcttatacatagacacacataggtggcatacaccccttaaacctccacatataaatgcaacatgtgataatgtaggtccaaaataactac 7981572  T
Q  310 ttatcatttgtttcacgttaccaaaataacctcccacatggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  7981573 ttatcctttgtttcacattaccaaaataacctcccacataaatgtatacaaaagtggtatg 7981633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 215 - 370
Target Start/End: Original strand, 27625523 - 27625678
Alignment:
Q  215 agagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatc 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  27625523 agagtgcttatacatagacacacataggtggcatacaccccttaaaccctcacatataaatgcaacatgtggcaatgtgggttcaacataactacttatc 27625622  T
Q  315 atttgtttcacgttaccaaaataacctcccacatggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    ||||||||||| ||| || |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||    
T  27625623 atttgtttcacattatcagaataacctcccatatgagtgtatacaagagtggtatg 27625678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 231 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 17816752 - 17816613
Alignment:
Q  231 gacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatcatttgtttcacgttac 330  Q
    ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  17816752 gacacacataggtggcacacaccctttaaacccccacatataaatgcaacatgtggtaatgtgggtccaaaataactacttatcatttatttcacattac 17816653  T
Q  331 caaaataacctcccacatggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  17816652 caaaataacctcctacatgggtgtatacaaaagtggtatg 17816613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 214 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 11400013 - 11399855
Alignment:
Q  214 aagagtgcttataca--tagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactactt 311  Q
    |||||||||||||||  || | |||||| ||| |||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| |    
T  11400013 aagagtgcttatacacatatatacacattggttgcatataccccttaaacccc-acacataaatgcaacatatggcaatgtgggttcaaaataactacat 11399915  T
Q  312 atcatttgtttcacgttaccaaaataacctcccacat-ggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    ||| |||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||  ||||| ||||| |||||||||    
T  11399914 atcctttgttacacattatcaaaatatcctcccacataagatgtgtacaaaagtggtatg 11399855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 216 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 19315497 - 19315342
Alignment:
Q  216 gagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatca 315  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||| ||| |||      
T  19315497 gagtgcttatacatagacatacataggtgacatacaccccttaaacccccacacataaatgcaacatgtggtaatgtgggtccaaaataattacatattc 19315398  T
Q  316 tttgtttcacgttaccaaaataacctcccacat-ggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    |||||| ||| ||||||||||| |||| |||||  | |||||||||||||||||||    
T  19315397 tttgttacacattaccaaaataccctctcacataaggtgtatacaagagtggtatg 19315342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 257 - 368
Target Start/End: Original strand, 55957908 - 55958020
Alignment:
Q  257 taaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatcatttgtttcacgttaccaaaataacctcccaca-tggatgta 355  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||     
T  55957908 taaacccccacacataaatgcaacatgtggcaatgtgagttcaaaataactacatatcatttgttacacattaccaaaataccctcccacattgggtgtg 55958007  T
Q  356 tacaagagtggta 368  Q
    |||||||||||||    
T  55958008 tacaagagtggta 55958020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 216 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 49863213 - 49863058
Alignment:
Q  216 gagtgcttatacatagacacacataggtggcatataccgtttaaacccccacatataaatgcaacatgtgacaatatgggttcaaaataactacttatca 315  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||   ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||| ||| |||      
T  49863213 gagtgcttatacatagacatacataggtggcatacactccttaaacccccacacataaatgcaacatgtggtaatgtgggtctaaaataattacatattt 49863114  T
Q  316 tttgtttcacgttaccaaaataacctcccacat-ggatgtatacaagagtggtatg 370  Q
    |||||| ||| ||||||||||| |||| || || || ||| ||||||| |||||||    
T  49863113 tttgttacacattaccaaaataccctctcatatagggtgtgtacaagaatggtatg 49863058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 216 - 249
Target Start/End: Original strand, 55957258 - 55957291
Alignment:
Q  216 gagtgcttatacatagacacacataggtggcata 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55957258 gagtgcttatacatagacacacataggtggcata 55957291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University