View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3116_low_12 (Length: 481)

Name: NF3116_low_12
Description: NF3116
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3116_low_12
NF3116_low_12
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (14-218)||(19881506-19881714)
chr3 (14-218)||(53972682-53972889)
chr3 (23-205)||(37982941-37983124)
chr3 (245-359)||(52127681-52127803)
[»] scaffold0596 (1 HSPs)
scaffold0596 (14-218)||(1172-1378)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (14-218)||(12742206-12742414)
chr2 (22-218)||(23348384-23348583)
chr2 (14-205)||(10328422-10328613)
chr2 (14-205)||(18354703-18354895)
chr2 (246-358)||(17467958-17468079)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (14-218)||(9044320-9044529)
chr5 (14-205)||(7472880-7473073)
chr5 (14-218)||(30441941-30442149)
chr5 (236-313)||(40163732-40163811)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (14-218)||(43070778-43070985)
chr7 (245-359)||(24760246-24760368)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (14-100)||(33688134-33688222)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 218
Target Start/End: Original strand, 19881506 - 19881714
Alignment:
Q  14 catcaatcgacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatgattttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatgatggtaaaatctat 113  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  19881506 catcaatggacatattggtgtgtttgaaaaaaaaaaaaacacatgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctat 19881605  T
Q  114 ttaaatatcatcaattcactaacaaacaaaccaaaattgtaatggaata--aaagttagggaaaagttaaaggaacaacgatttagg--atatatagtag 209  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  19881606 ttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaacgatttaggatatatatagtag 19881705  T
Q  210 catcttcaa 218  Q
    |||||||||    
T  19881706 catcttcaa 19881714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 218
Target Start/End: Original strand, 53972682 - 53972889
Alignment:
Q  14 catcaatcgacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatgattttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatgatggtaaaatctat 113  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  53972682 catcaatggacatattggtgtgtttgaaaa-aaaaaatacacatgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctat 53972780  T
Q  114 ttaaatatcatcaattcactaacaaacaaaccaaaattgtaatggaata--aaagttagggaaaagttaaaggaacaacgatttagg--atatatagtag 209  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  53972781 ttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaacgatttaggatatatatagtag 53972880  T
Q  210 catcttcaa 218  Q
    |||||||||    
T  53972881 catcttcaa 53972889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 23 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 37983124 - 37982941
Alignment:
Q  23 acatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatgattttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatgatggtaaaatctatttaaatatc 122  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37983124 acatattggtgtgtttgaaaa-aaaaaatacacatgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatc 37983026  T
Q  123 atcaattcactaacaaacaaaccaaaattgtaatggaata--aaagttagggaaaagttaaaggaacaacgatttaggatatata 205  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37983025 atcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaacgatttaggatatata 37982941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 245 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 52127803 - 52127681
Alignment:
Q  245 ttaaatcacataattaaaaagggctttaaaa-caattccttacatgtaaatcctttgggaactcaatga-------atttgcaatccacatagacgattg 336  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||       ||| | || |||||||||||||||    
T  52127803 ttaaatcacgtaattaaaaagggggttaaaaacaatttcttacatgtaaatcctttgagaacttaatgaacactatattcgtaacccacatagacgattg 52127704  T
Q  337 gtcttctacaacgaacaatcacc 359  Q
    | ||||| || ||||||||||||    
T  52127703 ggcttctgcatcgaacaatcacc 52127681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0596 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0596
Description:

Target: scaffold0596; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 1378 - 1172
Alignment:
Q  14 catcaatcgacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatgattttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatgatggtaaaatctat 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  1378 catcaatggacatattggtgtgtttgaaaa--aaaaatacacatgattttaaaatatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctat 1281  T
Q  114 ttaaatatcatcaattcactaacaaacaaaccaaaattgtaatggaata--aaagttagggaaaagttaaaggaacaacgatttagg--atatatagtag 209  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  1280 ttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaacgatttaggatatatatagtag 1181  T
Q  210 catcttcaa 218  Q
    |||||||||    
T  1180 catcttcaa 1172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 143; Significance: 6e-75; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 12742414 - 12742206
Alignment:
Q  14 catcaatcgacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatgattttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatgatggtaaaatctat 113  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  12742414 catcaatggacatattggtgtgtttgaaaaaaaaatacacatatgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctat 12742315  T
Q  114 ttaaatatcatcaattcactaacaaacaaaccaaaattgtaatggaata--aaagttagggaaaagttaaaggaacaacgatttagg--atatatagtag 209  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  12742314 ttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaacgatttaggatatatatagtag 12742215  T
Q  210 catcttcaa 218  Q
    |||||||||    
T  12742214 catcttcaa 12742206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 22 - 218
Target Start/End: Original strand, 23348384 - 23348583
Alignment:
Q  22 gacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatgattttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatgatggtaaaatctatttaaatat 121  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23348384 gacatattggtgtgtttaaaaa-aaaaaacacacatgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatat 23348482  T
Q  122 catcaattcactaacaaacaaaccaaaattgtaatggaata--aaagttagggaaaagttaaaggaacaacgatttagg--atatatagtagcatcttca 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23348483 catcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaacgatttaggatatatatagtagcatcttca 23348582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 205
Target Start/End: Original strand, 10328422 - 10328613
Alignment:
Q  14 catcaatcgacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatgattttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatgatggtaaaatctat 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  10328422 catcaatggacatattggtgtgtttgaaaa--aaaaatacacatgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctat 10328519  T
Q  114 ttaaatatcatcaattcactaacaaacaaaccaaaattgtaatggaata--aaagttagggaaaagttaaaggaacaacgatttaggatatata 205  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||    
T  10328520 ttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagatacatgaacaacgatttaggatatata 10328613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 14 - 205
Target Start/End: Original strand, 18354703 - 18354895
Alignment:
Q  14 catcaatcgacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatgattttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatgatggtaaaatctat 113  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||    
T  18354703 catcaatggacatattggtgtgtttgaaaa-aaaatacacatatgattttaaagtatcaatcaatttattaagagcataatacatgatggtaaaatctat 18354801  T
Q  114 ttaaatatcatcaattcactaacaaacaaaccaaaattgtaatggaata--aaagttagggaaaagttaaaggaacaacgatttaggatatata 205  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  18354802 ttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagctacaggaacaacgatttaggatatata 18354895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 246 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 17468079 - 17467958
Alignment:
Q  246 taaatcacataattaa--aaagggctttaaaacaattccttacatgtaaatcctttgggaactcaatga-------atttgcaatccacatagacgattg 336  Q
    ||||||||||||||||  |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||||       ||| |||  ||||||| |||||||    
T  17468079 taaatcacataattaagaaaaggggttaaaaacaactccttacatgtaaatcctttgagaaaacaatgaacgcagcattcgcagcccacataaacgattg 17467980  T
Q  337 gtcttctacaacgaacaatcac 358  Q
    || ||||||| |||||||||||    
T  17467979 gtattctacatcgaacaatcac 17467958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 14 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 9044529 - 9044320
Alignment:
Q  14 catcaatcgacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacat--gattttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatgatggtaaaatct 111  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  9044529 catcaatggacatattggtgtgtttgaaaa-aaaaaatacacatatgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatct 9044431  T
Q  112 atttaaatatcatcaattcactaacaaacaaaccaaaattgtaatggaata--aaagttagggaaaagttaaaggaacaacgatttagg--atatatagt 207  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  9044430 atttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaacgatttaggatatatatagt 9044331  T
Q  208 agcatcttcaa 218  Q
    |||||||||||    
T  9044330 agcatcttcaa 9044320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 14 - 205
Target Start/End: Original strand, 7472880 - 7473073
Alignment:
Q  14 catcaatcgacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatgattttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatgatggtaaaatctat 113  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  7472880 catcaatggacatattggtgtgtttgaaaaaaaaatacacatatgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctat 7472979  T
Q  114 ttaaatatcatcaattcactaacaaacaaaccaaaattgtaatggaata--aaagttagggaaaagttaaaggaacaacgatttaggatatata 205  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7472980 ttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaacgatttaggatatata 7473073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 14 - 218
Target Start/End: Original strand, 30441941 - 30442149
Alignment:
Q  14 catcaatcgacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatgattttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatgatggtaaaatctat 113  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  30441941 catcaatggacatattggtgtgtttgaaaaaaaaataaacatatgattttaaagtatcaatcaatttattaacaacataatacatgatggtaaaatctat 30442040  T
Q  114 ttaaatatcatcaattcactaacaaacaaaccaaaattgtaatggaata--aaagttagggaaaagttaaaggaacaacgatttagg--atatatagtag 209  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  30442041 ttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaacgatttaggatatatatagtag 30442140  T
Q  210 catcttcaa 218  Q
    |||||||||    
T  30442141 catcttcaa 30442149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 236 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 40163811 - 40163732
Alignment:
Q  236 acaaagtttttaaatcacataattaaaaagg--gctttaaaacaattccttacatgtaaatcctttgggaactcaatgaa 313  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||| ||  | |  || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40163811 acaatgttcttaaatcacataattaaaaggggaggtcaaacacaatttcttacatgtaaatcctttgagaactcaatgaa 40163732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 218
Target Start/End: Original strand, 43070778 - 43070985
Alignment:
Q  14 catcaatcgacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatgattttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatgatggtaaaatctat 113  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||    
T  43070778 catcaatggacatattggtgtgtttgaaaa-aaaatacacatatgattttaaagtatcaatcaatttattaagagcataatacatgatggtaaaatctat 43070876  T
Q  114 ttaaatatcatcaattcactaacaaacaaaccaaaattgtaatggaata--aaagttagggaaaagttaaaggaacaacgatttagg--atatatagtag 209  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  43070877 ttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaacgatttaggatatatatagtag 43070976  T
Q  210 catcttcaa 218  Q
    |||||||||    
T  43070977 catcttcaa 43070985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 245 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 24760368 - 24760246
Alignment:
Q  245 ttaaatcacataattaaaaagggctttaaaa-caattccttacatgtaaatcctttgggaactcaatga-------atttgcaatccacatagacgattg 336  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||       ||| | || |||||||||||||||    
T  24760368 ttaaatcacgtaattaaaaagggggttaaaaacaatttcttacatgtaaatcctttgagaacttaatgaacactatattcgtaacccacatagacgattg 24760269  T
Q  337 gtcttctacaacgaacaatcacc 359  Q
    | ||||| || ||||||||||||    
T  24760268 ggcttctgcatcgaacaatcacc 24760246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 14 - 100
Target Start/End: Original strand, 33688134 - 33688222
Alignment:
Q  14 catcaatcgacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatg--attttaaggtatcaatcaatttattaacagtacaatacatga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  33688134 catcaatcgacatattggtgtgtttgaaaagaaaaaatacacatgatattttaaagtatcaatcaatttattaacattataaaacatga 33688222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University