View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3116_low_20 (Length: 394)

Name: NF3116_low_20
Description: NF3116
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3116_low_20
NF3116_low_20
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (17-383)||(32581913-32582279)
chr1 (38-383)||(32631180-32631525)
chr1 (37-383)||(32600066-32600412)
chr1 (38-383)||(32657069-32657417)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (78-383)||(41146980-41147285)
chr8 (61-383)||(41171844-41172166)
chr8 (44-383)||(41163709-41164049)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (162-383)||(21394-21615)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (144-383)||(26404661-26404898)
chr6 (37-186)||(26398163-26398313)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (37-186)||(21016101-21016251)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 383
Target Start/End: Original strand, 32581913 - 32582279
Alignment:
Q  17 aggaggatgcagtaaacaacagcagcctctacaagttcttcctcaaatggcttatcacactgttttgtcaacttaaaatcaaagcattacttattctctg 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32581913 aggaggatgcagtaaacaacaggagcctctacaagttcttcctcaaatggcttatcacactgttttgtcaacttaaaatcaaagcattacttattctctg 32582012  T
Q  117 aacactccttgaattcaattgatggacgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaaagattcaaattcgatttcgtcatcatcactgtcaacagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32582013 aacactccttgaattcaattgatggacgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaaagattcaaattcgatttcgtcatcatcactgtaaacagt 32582112  T
Q  217 caccgaagtcactcgattctgatagcttcttagttgaataagatatacattgaagtaatatctcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactg 316  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32582113 ctccgaagtcactcgattctgatagcttcttagttgaataagatatacattgaagtaatatctcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactg 32582212  T
Q  317 gacggattgttccaaaaagacttgttttgggaggggatatttagactcattatatccttaaatctct 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32582213 gacggattgttccaaaaagacttgttttgggaggggatttttagactcattatatccttaaatctct 32582279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 38 - 383
Target Start/End: Original strand, 32631180 - 32631525
Alignment:
Q  38 gcagcctctacaagttcttcctcaaatggcttatcacactgttttgtcaacttaaaatcaaagcattacttattctctgaacactccttgaattcaattg 137  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32631180 gcagcttctacaatttcttcctcaaatggcttatcacactgttttgtctacttaaaatcaaagcattacttgttctctgaacactccttgaattcaattg 32631279  T
Q  138 atggacgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaaagattcaaattcgatttcgtcatcatcactgtcaacagtcaccgaagtcactcgattctg 237  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32631280 atggacgctggatagctttcctcccgaaaccatcaccaaaagattcaaattcgatttcgtcatcatcactgtcaacagtctccgaagtcactcgattctg 32631379  T
Q  238 atagcttcttagttgaataagatatacattgaagtaatatctcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactggacggattgttccaaaaagac 337  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32631380 ataacttcttagttgaataagatatacattgaagtaataactcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactggatggattgttccaaaaagac 32631479  T
Q  338 ttgttttgggaggggatatttagactcattatatccttaaatctct 383  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32631480 ttgttttgggaggggatttttagactcattatatccttaaatctct 32631525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 37 - 383
Target Start/End: Original strand, 32600066 - 32600412
Alignment:
Q  37 agcagcctctacaagttcttcctcaaatggcttatcacactgttttgtcaacttaaaatcaaagcattacttattctctgaacactccttgaattcaatt 136  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32600066 agcagcttctacaagttctttctcaaatggcttatcacactgtcttgtctacttaaaatcaaagtattacttgttctctgaacactccttgaattcaatt 32600165  T
Q  137 gatggacgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaaagattcaaattcgatttcgtcatcatcactgtcaacagtcaccgaagtcactcgattct 236  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32600166 gttggacgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaaagatccaaattcgatttcgtcatcatcactgtcaacagtctccgaagtcactcgattct 32600265  T
Q  237 gatagcttcttagttgaataagatatacattgaagtaatatctcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactggacggattgttccaaaaaga 336  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32600266 gataacttcttagttgaataagatatacattgaagtaataactcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactggatggattgttccaaaaaga 32600365  T
Q  337 cttgttttgggaggggatatttagactcattatatccttaaatctct 383  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32600366 attgttttgggaggggatttttagactcattatatccttaaatctct 32600412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 38 - 383
Target Start/End: Original strand, 32657069 - 32657417
Alignment:
Q  38 gcagcctctacaagttcttcctcaaatggc---ttatcacactgttttgtcaacttaaaatcaaagcattacttattctctgaacactccttgaattcaa 134  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||||||||||   |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  32657069 gcagcttctccaatttcttcctcaaatggcggcttatcagactgttttgtctacttaaaatcaaagcattacttgttctctgagcactccttgaattcaa 32657168  T
Q  135 ttgatggacgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaaagattcaaattcgatttcgtcatcatcactgtcaacagtcaccgaagtcactcgatt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32657169 ttgatggacgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaaagattcaaattcgatttcgtcatcatcactgtcaacagtctccgaagtcactcgatt 32657268  T
Q  235 ctgatagcttcttagttgaataagatatacattgaagtaatatctcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactggacggattgttccaaaaa 334  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32657269 ctgataacttcttagttgaataagatatacattgaagtaataactcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactggatggattgttccaaaaa 32657368  T
Q  335 gacttgttttgggaggggatatttagactcattatatccttaaatctct 383  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32657369 gacttgttttgggaggggatttttagactcattatatccttaaatctct 32657417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 78 - 383
Target Start/End: Original strand, 41146980 - 41147285
Alignment:
Q  78 gttttgtcaacttaaaatcaaagcattacttattctctgaacactccttgaattcaattgatggacgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaa 177  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  41146980 gttttgtctactcaaaatcaaagcattgcttgttctctgtacactccatgaattccatagatggatgcttgatagctttccttccgaaaccatcatcaaa 41147079  T
Q  178 agattcaaattcgatttcgtcatcatcactgtcaacagtcaccgaagtcactcgattctgatagcttcttagttgaataagatatacattgaagtaatat 277  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  41147080 agatccaaattccacttcgtcatcatcactgtcaacagcattcggagtcactcgattctgatagcttcttagttgaataaaatatacattgaagtaatag 41147179  T
Q  278 ctcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactggacggattgttccaaaaagacttgttttgggaggggatatttagactcattatatccttaa 377  Q
    ||||||| ||||||||||||| || || ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||  |||  ||||||||    
T  41147180 ctcaccaagtcttttcttgtcttccttcgaaagcatctggatggattgttccaaaaagacttgttttgagaggggatttttaaacctattgcatccttaa 41147279  T
Q  378 atctct 383  Q
    ||||||    
T  41147280 atctct 41147285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 61 - 383
Target Start/End: Original strand, 41171844 - 41172166
Alignment:
Q  61 aaatggcttatcacactgttttgtcaacttaaaatcaaagcattacttattctctgaacactccttgaattcaattgatggacgcttgatagctttcctc 160  Q
    |||||||||||| ||||  |||||| ||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||  | | || ||  ||||| |||| ||||||| ||||    
T  41171844 aaatggcttatcgcacttctttgtctactcaaagtcaaagcattgcttgttctctgaacactccaagtaatccatatatggatgcttcatagcttccctc 41171943  T
Q  161 ccgaaaccatcaccaaaagattcaaattcgatttcgtcatcatcactgtcaacagtcaccgaagtcactcgattctgatagcttcttagttgaataagat 260  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| || ||||||||||||  ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41171944 ccaaaaccatcaccaaaagatccaaattcaacttcgtcatcgtcgctgtcaacagtcttcggggtcactcgattctgataacttcttagttgaataagat 41172043  T
Q  261 atacattgaagtaatatctcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactggacggattgttccaaaaagacttgttttgggaggggatatttag 360  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||     
T  41172044 atacattgaagtaatagctcaccatgtcttttcttgtcttgtttcgaaagtatctggaaggattgttccaaaaagacttgttttgggaggggaattttaa 41172143  T
Q  361 actcattatatccttaaatctct 383  Q
     ||||||  ||||||||||||||    
T  41172144 cctcattgcatccttaaatctct 41172166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 44 - 383
Target Start/End: Original strand, 41163709 - 41164049
Alignment:
Q  44 tctacaagttcttcctcaaa-tggcttatcacactgttttgtcaacttaaaatcaaagcattacttattctctgaacactccttgaattcaattgatgga 142  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||   | ||||||||| ||||| ||||||| || ||||||    
T  41163709 tctacaagttcttcctcaaaatggcttatcacactgtcttgtctactcaaaatcaaagcattgtgtgttctctgaatactccatgaattccatagatgga 41163808  T
Q  143 cgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaaagattcaaattcgatttcgtcatcatcactgtcaacagtcaccgaagtcactcgattctgatagc 242  Q
     |||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||| ||||||| | ||| ||||  |  | ||||||||||  || | ||||||||||| ||||||    
T  41163809 tgcttgatagctttcatcccaaaaccataaccaaacgatccaaattcaacttcctcattgttgcagtcaacagtcttcggattcactcgattccgatagc 41163908  T
Q  243 ttcttagttgaataagatatacattgaagtaatatctcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactggacggattgttccaaaaagacttgtt 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  41163909 ttcttagttgaataagatatacattgaagcaatagctcaccatgtcttttcttgtcttccttcgaaagtatatggatggattgttccaaaaagacttgtt 41164008  T
Q  343 ttgggaggggatatttagactcattatatccttaaatctct 383  Q
    |||||| ||||| ||||  |||||   ||||||||||||||    
T  41164009 ttgggaagggatttttaacctcatcgcatccttaaatctct 41164049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 158; Significance: 6e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 162 - 383
Target Start/End: Original strand, 21394 - 21615
Alignment:
Q  162 cgaaaccatcaccaaaagattcaaattcgatttcgtcatcatcactgtcaacagtcaccgaagtcactcgattctgatagcttcttagttgaataagata 261  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21394 cgaaaccatcaccaaaagattcaaattcgatttcgtcatcatcactatcaacggtccttgaagtcacttgattctgatagcttcttagttgaataagata 21493  T
Q  262 tacattgaagtaatatctcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactggacggattgttccaaaaagacttgttttgggaggggatatttaga 361  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||    
T  21494 tacattgaagtaataactcagcatgtcttttcttgccctcttttgaaagtaacttgatggattgttgcaaaaagaattattttgggaggggatttttaga 21593  T
Q  362 ctcattatatccttaaatctct 383  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  21594 ctcattataaccttaaatctct 21615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 144 - 383
Target Start/End: Original strand, 26404661 - 26404898
Alignment:
Q  144 gcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaaagattcaaattcgatttcgtcatcatcactgtcaacagtcaccgaagtcactcgattctgatagct 243  Q
    |||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||   || |||||||||||| |||||| |    
T  26404661 gcttgatagctttcccttcaaaaccatcaccaaaagattcaaattccacttcgtcatcgtcattgtcaacagtgttcggagtcactcgattttgatagat 26404760  T
Q  244 tcttagttgaataagatatacattgaagtaatatctcaccatgtcttttcttgtcctcttttgaaagtaactggacggattgttccaaaaagacttgttt 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||   || |||||||| | || || ||||| |||||| | |||||| ||    
T  26404761 tcttagttgaataagatatacattgaagtaatagctcacc--gtcttttcttgcattcctttgaaagcatctagatggatttttccaatatgacttgctt 26404858  T
Q  344 tgggaggggatatttagactcattatatccttaaatctct 383  Q
    || ||||| || ||||   |||||  ||||||||||||||    
T  26404859 tgagagggaatttttaacttcattgcatccttaaatctct 26404898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 37 - 186
Target Start/End: Original strand, 26398163 - 26398313
Alignment:
Q  37 agcagcctctacaagttcttcctcaaa-tggcttatcacactgttttgtcaacttaaaatcaaagcattacttattctctgaacactccttgaattcaat 135  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||| |||| ||  |    
T  26398163 agcagcatctacgagtttttcctcaaaatggcttaccacactgttttgtctactcaaaatcaaagcattgcgtgttctctgaacactccatgaaatccgt 26398262  T
Q  136 tgatggacgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaaagattcaaa 186  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  26398263 agatggatgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaatgatccaaa 26398313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 21016251 - 21016101
Alignment:
Q  37 agcagcctctacaagttcttcctcaaa-tggcttatcacactgttttgtcaacttaaaatcaaagcattacttattctctgaacactccttgaattcaat 135  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||| |||| || ||    
T  21016251 agcagcttctacgagtttttcctcaaaatggcttaccacactgttttgtctactcaaaatcaaagcattgcgtgttctctgaacactccatgaaatccat 21016152  T
Q  136 tgatggacgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaaagattcaaa 186  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  21016151 agatggatgcttgatagctttcctcccgaaaccatcaccaaatgatccaaa 21016101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University