View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3117_high_12 (Length: 540)

Name: NF3117_high_12
Description: NF3117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3117_high_12
NF3117_high_12
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (2-530)||(48066478-48067006)
chr1 (2-530)||(48099423-48099951)
chr1 (1-510)||(48062388-48062897)
chr1 (120-530)||(48106142-48106552)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (2-273)||(50231118-50231389)
[»] scaffold1463 (1 HSPs)
scaffold1463 (2-267)||(849-1096)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 513; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 530
Target Start/End: Original strand, 48066478 - 48067006
Alignment:
Q  2 ttcctgatataattgggtgggctggcaacttggtctggactgaattcaatggtgttaaactcattcataaacatgctggtgttcggatcaagatagtacg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48066478 ttcctgatataattgggtgggctggcaacttggtctggactgaattcaatggtgttaaattcattcataaacatgctggtgttcggatcaagatagtacg 48066577  T
Q  102 ctgttgaataatatactgcagaggcattttcgccgagtttgtcctcaaaaaagcggttatggacattctcgttcacaacgtcccatgcaatcaattgtcc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48066578 ctgttgaataatatactgcagaggcattttcgccgagtttgtcctcaaaaaagcggttatggacattctcgttcacaacgtcccatgcaattaattgtcc 48066677  T
Q  202 actatatcttgaaacaacagatttcattctttttgcagccgcttctcgtaattcttcaggagatagggacttcacccattggggctgaaatctttcatcg 301  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48066678 actatatcttgaaaccacagatttcattctttttgcagccgcttctcgtaattcttcaggagatagggacttcacccattggggctgaaatctttcatcg 48066777  T
Q  302 ttccacaaaatggcatgacctctgacagaaatgccattttctttggcaaatttcagcatggcatcaggaatagtatagttttcctggccttgaattttct 401  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48066778 tcccacaaaatggcatgacctctgacagaaatgccattttctttggcaaatttcagcatggcatcaggaatagtatagttttcctggccttgaattttct 48066877  T
Q  402 ctgtactataccacttcatctcattagtgaaagttgtgtacttgaatcttgacacaaaccatttctggtactcaatgtttgtgaggatgtgatagttcat 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48066878 ctgtactataccacttcatctcattagtgaaagttgtgtacttgaatcttgacacaaaccatttctggtactcaatgtttgtgaggatgtgatagttcat 48066977  T
Q  502 cccacatccgaatgggaaatctgcctttg 530  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48066978 cccacatccgaatgggaaatctgcctttg 48067006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 2 - 530
Target Start/End: Original strand, 48099423 - 48099951
Alignment:
Q  2 ttcctgatataattgggtgggctggcaacttggtctggactgaattcaatggtgttaaactcattcataaacatgctggtgttcggatcaagatagtacg 101  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | ||  | |||  |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||  || | |  |||||||||| ||| |    
T  48099423 ttcctgatataattaggtgggctgactacccgatctccacttgattcaatggtgttaaactcattcatgaacattttgatttctggatcaagatggtaag 48099522  T
Q  102 ctgttgaataatatactgcagaggcattttcgccgagtttgtcctcaaaaaagcggttatggacattctcgttcacaacgtcccatgcaatcaattgtcc 201  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  48099523 ctgttgaataatatattggcgaggcattttcgccgagtttgttctcaaaaaagtggtagtggacattctcattcacaacgtcccatgcaatcagttgtcc 48099622  T
Q  202 actatatcttgaaacaacagatttcattctttttgcagccgcttctcgtaattcttcaggagatagggacttcacccattggggctgaaatctttcatcg 301  Q
     ||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||  ||||||||    
T  48099623 tctataccttgaaaccacagatcttattctttttgcagccgcttttcgtaattcttcaggagataggaacttaacccatttaggctgaaaagtttcatcg 48099722  T
Q  302 ttccacaaaatggcatgacctctgacagaaatgccattttctttggcaaatttcagcatggcatcaggaatagtatagttttcctggccttgaattttct 401  Q
    | ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  48099723 tcccagaaaacggtatgacctctgacagaaatgccattttctttggcgaatttcatcatggcatctgggatagtatagttttcctggccttgaaatctct 48099822  T
Q  402 ctgtactataccacttcatctcattagtgaaagttgtgtacttgaatcttgacacaaaccatttctggtactcaatgtttgtgaggatgtgatagttcat 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||    
T  48099823 ctgtactataccacttcatctcattagtaaaagctgtgtacttgaatcttgacacaaaccatctctggtactcaaagtttgtaaggatgtaatggttcat 48099922  T
Q  502 cccacatccgaatgggaaatctgcctttg 530  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  48099923 cccacatccaagtgggaaatttgcctttg 48099951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 510
Target Start/End: Original strand, 48062388 - 48062897
Alignment:
Q  1 cttcctgatataattgggtgggctggcaacttggtctggactgaattcaatggtgttaaactcattcataaacatgctggtgttcggatcaagatagtac 100  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| | |  ||   |||| |||| || |||||| |||||||||| |||||| | ||  | |||||||||| |||     
T  48062388 cttccggatataattggttgggctggcatccttatcaccactgtattcgatagtgttatactcattcatgaacatgttcgttgtgggatcaagatggtaa 48062487  T
Q  101 gctgttgaataatatactgcagaggcattttcgccgagtttgtcctcaaaaaagcggttatggacattctcgttcacaacgtcccatgcaatcaattgtc 200  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||   ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  48062488 gctgctgaatagtatactgcagaggcatttttgccgaggttgtcctcaaaaaagtggaagtggacattctcatttaccacgtcccatgcaatcaattgtc 48062587  T
Q  201 cactatatcttgaaacaacagatttcattctttttgcagccgcttctcgtaattcttcaggagatagggacttcacccattggggctgaaatctttcatc 300  Q
    |  |||| ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    ||||||  || |||  |||||||      
T  48062588 ctttataccttgagaccacggatttcattctttttgcagctgcttctcgtaattcatcaggagacagggacaaatcccattcaggttgacgtctttcact 48062687  T
Q  301 gttccacaaaatggcatgacctctgacagaaatgccattttctttggcaaatttcagcatggcatcaggaatagtatagttttcctggccttgaattttc 400  Q
    || ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  48062688 gtcccacaaaatgttatgacctctgacagatatgccattttccttagcaaatttcagcatggcatctgggatagtatagttttcatggccttggattttc 48062787  T
Q  401 tctgtactataccacttcatctcattagtgaaagttgtgtacttgaatcttgacacaaaccatttctggtactcaatgtttgtgaggatgtgatagttca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||  |||||    
T  48062788 tctgtactataccacttcatctcgttagtgaaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccatttctggtagtcactgtttgtgaggatatgacggttca 48062887  T
Q  501 tcccacatcc 510  Q
    || |||||||    
T  48062888 tcgcacatcc 48062897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 120 - 530
Target Start/End: Original strand, 48106142 - 48106552
Alignment:
Q  120 cagaggcattttcgccgagtttgtcctcaaaaaagcggttatggacattctcgttcacaacgtcccatgcaatcaattgtccactatatcttgaaacaac 219  Q
    |||| |||||||| || |||||||||||| ||||| |   ||||||||| || ||||| || |||||||||||||||| |||  |||| |||  ||||||    
T  48106142 cagatgcattttcacctagtttgtcctcataaaagtgaaaatggacattttcattcaccacatcccatgcaatcaattctcctttataccttttaacaac 48106241  T
Q  220 agatttcattctttttgcagccgcttctcgtaattcttcaggagatagggacttcacccattggggctgaaatctttcatcgttccacaaaatggcatga 319  Q
    |||||  |||||||||   || ||||  || ||||| || || ||||   |||| |||||||  || ||| || ||||||||| ||| ||||||  ||||    
T  48106242 agattcgattctttttttcgcggctttgcgcaattcatcgggcgataaatacttaacccattcaggttgatatttttcatcgtcccagaaaatgttatga 48106341  T
Q  320 cctctgacagaaatgccattttctttggcaaatttcagcatggcatcaggaatagtatagttttcctggccttgaattttctctgtactataccacttca 419  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  | ||| ||||| |  ||||| |||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||| ||||    
T  48106342 cctctgacagaaattccattatctttagcaaattctaacattgcatctgagatagtgtagttttcttggcctggaattatttctgtactataccatttca 48106441  T
Q  420 tctcattagtgaaagttgtgtacttgaatcttgacacaaaccatttctggtactcaatgtttgtgaggatgtgatagttcatcccacatccgaatgggaa 519  Q
    | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  48106442 tttcattggtgaaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccattcctggtagtcaatgtttgtgagtatatgatggttcatcccacatccaaatgggaa 48106541  T
Q  520 atctgcctttg 530  Q
    |||||||||||    
T  48106542 atctgcctttg 48106552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 2 - 273
Target Start/End: Original strand, 50231118 - 50231389
Alignment:
Q  2 ttcctgatataattgggtgggctggcaacttggtctggactgaattcaatggtgttaaactcattcataaacatgctggtgttcggatcaagatagtacg 101  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  50231118 ttcctgatataattggctgggctggcaacttggtcttgactgaattcaatggtgttaaacacgttcataaacatgctggtgttcgaatcaagatagtaag 50231217  T
Q  102 ctgttgaataatatactgcagaggcattttcgccgagtttgtcctcaaaaaagcggttatggacattctcgttcacaacgtcccatgcaatcaattgtcc 201  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  50231218 ctgttaaataatatactgcagaggcatttttgccgagtttgtcctcaaaaaaccggttgtggacattctcgtttacaacgtcccatgcaatcaattgtcc 50231317  T
Q  202 actatatcttgaaacaacagatttcattctttttgcagccgcttctcgtaattcttcaggagatagggactt 273  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50231318 actatatcttgaaaccaaaaatttcattctttttgcagccgcttctcgtaattcttcaggagatagggactt 50231389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1463 (Bit Score: 158; Significance: 8e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold1463
Description:

Target: scaffold1463; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 1096 - 849
Alignment:
Q  2 ttcctgatataattgggtgggctggcaacttggtctggactgaattcaatggtgttaaactcattcataaacatgctggtgttcggatcaagatagtacg 101  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||                 ||||||      
T  1096 ttcctgatataat-ggctgggctggcaacttggtgtggactgaattcaatggtgttaaacacattcataaacatg-----------------atagtaaa 1015  T
Q  102 ctgttgaataatatactgcagaggcattttcgccgagtttgtcctcaaaaaagcggttatggacattctcgttcacaacgtcccatgcaatcaattgtcc 201  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1014 ctgttaaataatatactgcagaggcattttctccgagtttgtcctaaaaaaatcggttgtggacattctcgttcacaacgtcccatgcaatcaattgtcc 915  T
Q  202 actatatcttgaaacaacagatttcattctttttgcagccgcttctcgtaattcttcaggagatag 267  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  914 actatatcttgaaaccacagatttcattctttttgcagccgcttctcgtaattcttcaggagatag 849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University