View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3117_low_49 (Length: 260)

Name: NF3117_low_49
Description: NF3117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3117_low_49
NF3117_low_49
[»] chr6 (47 HSPs)
chr6 (13-260)||(26885071-26885318)
chr6 (17-247)||(26656970-26657200)
chr6 (17-247)||(26762941-26763171)
chr6 (17-257)||(26647484-26647727)
chr6 (17-257)||(26753452-26753695)
chr6 (17-257)||(27337029-27337272)
chr6 (17-257)||(27397769-27398012)
chr6 (31-257)||(27717433-27717662)
chr6 (17-190)||(26862585-26862758)
chr6 (16-247)||(26803450-26803684)
chr6 (17-237)||(25484064-25484287)
chr6 (17-237)||(26143873-26144096)
chr6 (17-257)||(27591955-27592198)
chr6 (31-257)||(31285578-31285807)
chr6 (17-237)||(25580727-25580950)
chr6 (17-257)||(27676554-27676797)
chr6 (31-257)||(27610054-27610283)
chr6 (31-257)||(27679969-27680198)
chr6 (17-237)||(25511897-25512119)
chr6 (31-257)||(26624290-26624519)
chr6 (31-257)||(26730267-26730496)
chr6 (47-257)||(27705188-27705401)
chr6 (31-257)||(28787257-28787486)
chr6 (31-257)||(28793378-28793607)
chr6 (19-237)||(25539550-25539771)
chr6 (17-105)||(26056927-26057015)
chr6 (17-105)||(26076897-26076985)
chr6 (17-257)||(27530238-27530478)
chr6 (31-257)||(27426546-27426775)
chr6 (16-247)||(27603648-27603882)
chr6 (17-257)||(26824824-26825067)
chr6 (17-257)||(27697520-27697763)
chr6 (17-107)||(25492406-25492496)
chr6 (19-89)||(27215459-27215529)
chr6 (16-106)||(28782105-28782195)
chr6 (33-89)||(28227973-28228029)
chr6 (28-71)||(29477188-29477231)
chr6 (51-98)||(26950782-26950829)
chr6 (33-88)||(28296846-28296901)
chr6 (33-88)||(28515172-28515227)
chr6 (35-89)||(29827009-29827063)
chr6 (33-98)||(28326499-28326564)
chr6 (33-98)||(28504135-28504200)
chr6 (193-237)||(26057106-26057150)
chr6 (193-237)||(26077076-26077120)
chr6 (33-89)||(28182139-28182195)
chr6 (33-89)||(28240375-28240431)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (31-257)||(2473-2702)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (17-257)||(28163310-28163553)
chr1 (17-257)||(28126609-28126852)
chr1 (31-190)||(267344-267503)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (16-257)||(3646-3890)
scaffold0277 (31-257)||(12609-12838)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (31-257)||(29272772-29273001)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (31-257)||(8506-8735)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (31-257)||(60588-60817)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (31-257)||(18074780-18075009)
chr4 (31-257)||(18654407-18654636)
chr4 (31-107)||(18698483-18698559)
chr4 (31-106)||(18678644-18678719)
chr4 (31-257)||(18723015-18723244)
chr4 (31-107)||(18730587-18730663)
chr4 (33-140)||(5090004-5090111)
chr4 (164-237)||(18678510-18678586)
chr4 (164-236)||(18688577-18688652)
chr4 (164-237)||(18698350-18698426)
chr4 (164-237)||(18730454-18730530)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (49-107)||(16691904-16691962)
[»] scaffold0038 (2 HSPs)
scaffold0038 (33-89)||(28471-28527)
scaffold0038 (33-89)||(40537-40593)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (33-180)||(57308-57455)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (37-101)||(3280684-3280748)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 47)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 260
Target Start/End: Original strand, 26885071 - 26885318
Alignment:
Q  13 aaaatggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgcc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26885071 aaaatggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgcc 26885170  T
Q  113 atagggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttagagacaaagttcctttaggtta 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26885171 atagggtagatagaacatatgaagtagaagggatatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaaagacaaagttcctttaggtta 26885270  T
Q  213 tgaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttccttt 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26885271 tgaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttccttt 26885318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 247
Target Start/End: Original strand, 26656970 - 26657200
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||  || ||  |    
T  26656970 tggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggttcggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacgg 26657069  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttagagacaaagttcctttaggttatgaa 216  Q
    | |||| | ||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  26657070 gatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttagagacaatgttccttcaggttatgaa 26657169  T
Q  217 gagattttaaaccgtgcagtttcatatgctt 247  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26657170 gaaattttaagccgtgcagtttcatatgctt 26657200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 247
Target Start/End: Original strand, 26762941 - 26763171
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||  || ||  |    
T  26762941 tggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggttcggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacgg 26763040  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttagagacaaagttcctttaggttatgaa 216  Q
    | |||| | ||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  26763041 gatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttagagacaatgttccttcaggttatgaa 26763140  T
Q  217 gagattttaaaccgtgcagtttcatatgctt 247  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26763141 gaaattttaagccgtgcagtttcatatgctt 26763171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 257
Target Start/End: Original strand, 26647484 - 26647727
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||| |    
T  26647484 tggatcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactaacctgtcatgg 26647583  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt-aga--gacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | |||| |||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||   ||||||| ||   | |||||    
T  26647584 gatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcgtttaagaataacaaagtaccgccaagttat 26647683  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  26647684 gaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcaggccttcc 26647727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 257
Target Start/End: Original strand, 26753452 - 26753695
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||| |    
T  26753452 tggatcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactaacctgtcatgg 26753551  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt-aga--gacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | |||| |||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||   ||||||| ||   | |||||    
T  26753552 gatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcgtttaagaataacaaagtaccgccaagttat 26753651  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  26753652 gaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcaggccttcc 26753695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27337272 - 27337029
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||| |    
T  27337272 tggatcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactaacctgtcatgg 27337173  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt-aga--gacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | |||| |||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||| ||| |||   ||||||| ||   | |||||    
T  27337172 gatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggaaggaagctcttgaattgttgaggtggacggcttttaagaataacaaagtaccgccaagttat 27337073  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  27337072 gaagatgttttaaaccgtgcagtttcatatggttcgggcattcc 27337029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27398012 - 27397769
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||| |    
T  27398012 tggatcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactaacctgtcatgg 27397913  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt-aga--gacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | |||| |||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||| ||| |||   ||||||| ||   | |||||    
T  27397912 gatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggaaggaagctcttgaattgttgaggtggacggcttttaagaataacaaagtaccgccaagttat 27397813  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  27397812 gaagatgttttaaaccgtgcagtttcatatggttcgggcattcc 27397769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27717662 - 27717433
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||| || || | || |       
T  27717662 gctttggctggaggacctgattggttcggccgtggaagcaaagtcatcattaccactcgagacaaacacttactaacctgtcatgggataaaaagtatgc 27717563  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |   ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  27717562 atgaagtagaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttccttcaggttacgaagagattttaaa 27717463  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  27717462 ccgtgcagttgcatatgcttctggccttcc 27717433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 190
Target Start/End: Original strand, 26862585 - 26862758
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |    
T  26862585 tggaacagctagaggcattagctggaggacttgattggtttggtcatggaagtagagtcatcattaccactcgagataaacacttactaacatgccatgg 26862684  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttta 190  Q
    | |||| ||||||||||  ||| | |||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  26862685 gatagaaagaacatatgcggtaaacgggctacatgagacagaagcttttgaattgttgaggtggatggctttta 26862758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 247
Target Start/End: Original strand, 26803450 - 26803684
Alignment:
Q  16 atggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccata 115  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||  | |||     
T  26803450 atggagcaactacatgctttggctggaggacctgattggtttggccatggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacatttactgaccagtcatg 26803549  T
Q  116 gggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggtta 212  Q
       |||| |||||||||| |||||| ||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |    ||||||| |||| | ||||    
T  26803550 atatagaaagaacatatgcagtagaggggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaataacaaagtaccttcaagtta 26803649  T
Q  213 tgaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctt 247  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  26803650 tgaagacattttaaatcgtgcagtttcatatgctt 26803684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 237
Target Start/End: Original strand, 25484064 - 25484287
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| |    
T  25484064 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaacacttactagcctgtcatgg 25484163  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | |    || ||| ||| ||||||||   |  ||| || ||||||| |||||||||||||| |  |||| |||| |   ||||||||||||| | |||||    
T  25484164 gattacaagtacacatgcagtagaagaattgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttat 25484263  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtt 237  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  25484264 gaagagattttaaaccgtgtagtt 25484287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 237
Target Start/End: Original strand, 26143873 - 26144096
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| |    
T  26143873 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcatggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactagcctgtcatgg 26143972  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | |    || ||| ||| ||||||||   |  ||| || ||||||| |||||||||||||| |  |||| |||| |   ||||||||||||| | |||||    
T  26143973 gattacaagtacacatgcagtagaagaattgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttat 26144072  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtt 237  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||    
T  26144073 gaagaaattttaaaccgtgtagtt 26144096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27592198 - 27591955
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||   || ||| |    
T  27592198 tggatcagctagatgctttggctggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagactgtcatgg 27592099  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | |||| | |||||||| |||||||| | |  |||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||| |||| |   || |||||||||| | |||||    
T  27592098 gatagaaaaaacatatgcagtagaagagttgaatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggaaggcttttaaaaatgagaaagttccttcaagttat 27591999  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    ||||| |||||||| |||||||||  ||||||||  ||||||||    
T  27591998 gaagacattttaaagcgtgcagttgtatatgcttctggccttcc 27591955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Original strand, 31285578 - 31285807
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||   | ||| || || | || |||     
T  31285578 gctttggctggaggacttgattggttcggccgtggaagcagagtcatcattaccactcgagacaaacacttactaagtagtcatgggataaaaagtacac 31285677  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt---agagacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    ||| |||||||||| |  ||||||  |||||| |||||||||| |||||| |||| |||   || ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  31285678 atgcagtagaagggttgaatgggactgaagctcttgaattgttaaggtggatggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttacgaagacattttaaa 31285777  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||||||| ||||| |||  ||||||||    
T  31285778 ccgtgcagttgcatattcttctggccttcc 31285807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 237
Target Start/End: Original strand, 25580727 - 25580950
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| |    
T  25580727 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcatggaagcagtgtcatcattaccactcgtgataaacacttactagcctgtcatgg 25580826  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | |    || ||| ||| ||||||||   |  ||| || ||||||| |||||||||||||| |  |||| |||| |   ||||||||||||| |  ||||    
T  25580827 gattacaagtacacatgcagtagaagaattgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaatttat 25580926  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtt 237  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  25580927 gaagagattttaaaccgtgtagtt 25580950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27676797 - 27676554
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||   || ||| |    
T  27676797 tggatcagctagaggctttggctggaagactcgattggtttggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagactgtcatgg 27676698  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | |||| | |||||||| |||||||| | |  ||| || ||||||| |||||||||||||||||  ||| |||| |   || |||||||||| | |||||    
T  27676697 gatagaaaaaacatatgcagtagaagagttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggtggaaggcttttaaaaatgagaaagttccttcaagttat 27676598  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    ||||| |||||||| |||||||||  ||||||||  ||||||||    
T  27676597 gaagacattttaaagcgtgcagttgtatatgcttctggccttcc 27676554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27610283 - 27610054
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||  ||||||||| ||||||| || |||||||| ||||| || ||| || || | || |       
T  27610283 gctttggctggaggacctgattggttcggccgtggaagcaaagtcatcattgccactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgc 27610184  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    || |||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |   ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  27610183 ataaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttccttcaggttacgaagagattttaaa 27610084  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||| ||| |||||||||  ||||||||    
T  27610083 ccgtgctgttgcatatgcttctggccttcc 27610054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Original strand, 27679969 - 27680198
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||  | ||| |||||||||   | ||| |  |||| || |||     
T  27679969 gctttggctggaggacttgattggttcggatgtggaagcagagtcatcattaccactcgaaacaaagacttactaagcagtcatggcatagaaagtacac 27680068  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    ||| |||||||||| |  ||| || ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |   || |||||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  27680069 atgcagtagaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgataaagttccttcaggttacgaagacattttaaa 27680168  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  27680169 ccgtgcagttgcatatgcttttggccttcc 27680198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 237
Target Start/End: Original strand, 25511897 - 25512119
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| |    
T  25511897 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgactggttcggtcctggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaacacttactagcctgtcatgg 25511996  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttat 213  Q
      || | || ||| ||| |||||||||| |  ||| || ||||||| ||   ||||||||| |  |||| |||| |   ||||||||||||| | |||||    
T  25511997 attaca-agtacacatgcagtagaagggttgaatgagatagaagctcttattttgttgaggcgaatggcttttaaacatgacaaagttccttcaagttat 25512095  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtt 237  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  25512096 gaagagattttaaaccgtgtagtt 25512119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Original strand, 26624290 - 26624519
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||| ||||||     ||| || || | || |||     
T  26624290 gctttggctggagggcttgattggttcggacgtggaagcagggtcataattaccactcgaaacaaacacctactaagcactcatgggataaaaagcacac 26624389  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    ||| |||||||||| | ||||||| ||| | |  |||||||||||||||| |||| |||| |   ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  26624390 atgcagtagaagggttgtatgggacagacggtcatgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttatgaagacattttaaa 26624489  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  26624490 ccgtgcagttgcatatgcttctggccttcc 26624519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Original strand, 26730267 - 26730496
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||| ||||||     ||| || || | || |||     
T  26730267 gctttggctggagggcttgattggttcggacgtggaagcagggtcataattaccactcgaaacaaacacctactaagcactcatgggataaaaagcacac 26730366  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    ||| |||||||||| | ||||||| ||| | |  |||||||||||||||| |||| |||| |   ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  26730367 atgcagtagaagggttgtatgggacagacggtcatgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttatgaagacattttaaa 26730466  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  26730467 ccgtgcagttgcatatgcttctggccttcc 26730496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 47 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27705401 - 27705188
Alignment:
Q  47 ttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacatatgaagtagaagggct 146  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| || ||||| ||||||||  |||||||||||||| | |  |||||| |||| | |||||||  |||||||||| |    
T  27705401 ttgattggtttggccctggaagcagagttatcatcaccactcgaaataaacacttactagcctctcataggatagaaaaaacatatccagtagaagggtt 27705302  T
Q  147 atatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaaccgtgcagtttcatat 243  Q
      |||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||| |   ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  27705301 gaatgggatagatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaacgttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcagttgcatat 27705202  T
Q  244 gctttgggccttcc 257  Q
    ||||  ||||||||    
T  27705201 gcttctggccttcc 27705188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Original strand, 28787257 - 28787486
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||   | ||| || |||| || |||     
T  28787257 gctttggcaggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattacgactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacac 28787356  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt-aga--gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    |||||||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||| ||| |||| ||| |||   ||||||| |||| | ||||||||||  |||||||    
T  28787357 atgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaa 28787456  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
     ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  28787457 tcgtgcagtttcttatgcttcgggccttcc 28787486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Original strand, 28793378 - 28793607
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||   | ||| || |||| || |||     
T  28793378 gctttggcaggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattacgactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacac 28793477  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt-aga--gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    |||||||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||| ||| |||| ||| |||   ||||||| |||| | ||||||||||  |||||||    
T  28793478 atgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaa 28793577  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
     ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  28793578 tcgtgcagtttcgtatgcttcgggccttcc 28793607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 237
Target Start/End: Original strand, 25539550 - 25539771
Alignment:
Q  19 gagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccataggg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| || | || ||| ||     
T  25539550 gagcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcattaccactcgtgatacacatttattagcctgtcatggga 25539649  T
Q  119 tagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatga 215  Q
    |    || ||| ||| |||| ||||| |  ||| || ||||||| |||||||||||||| |  |||| |||| |   |||||||||||||   |||||||    
T  25539650 ttacaagtacacatgtagtaaaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcgtttaaaaatgacaaagttccttcgagttatga 25539749  T
Q  216 agagattttaaaccgtgcagtt 237  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  25539750 agagattttaaaccgtgtagtt 25539771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Original strand, 26056927 - 26057015
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttacta 105  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26056927 tggagcagctagacgctttggctggaggacttgattggttcggtcttggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaacgcttacta 26057015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Original strand, 26076897 - 26076985
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttacta 105  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26076897 tggagcagctagacgctttggctggaggacttgattggttcggtcttggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaacgcttacta 26076985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27530478 - 27530238
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| || || ||||||||||| |||||  | ||||||||||||| |   ||| |    
T  27530478 tggatcagctagaggccttggctggaggacttgattggttcggtcctgggagtagagtcatcattactactcgaaacaaacacttactaaagattcatgg 27530379  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttagagacaaagttcctttaggttatgaa 216  Q
    | |||| || ||| ||| |||||||||| |  ||| || ||||||| | ||||||||||||||| |||| || | ||| || ||||||| | || |||||    
T  27530378 gatagaaagtacacatgcagtagaagggttgaatgcgacagaagctctcgaattgttgaggtggatggctttcaaagaaaatgttccttcaagtcatgaa 27530279  T
Q  217 gagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    || ||||||||||||||| || | |||||||  ||||||||    
T  27530278 gacattttaaaccgtgcacttacttatgcttctggccttcc 27530238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27426775 - 27426546
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| | |||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||  | |||| | |||||    
T  27426775 gctttggctggaggagttgattggttcggtcctggaagccgagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacat 27426676  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    ||| |||| ||||| |  ||| || ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |   ||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||    
T  27426675 atgcagtaaaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaa 27426576  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
     |||| |||| | |||||||  ||||||||    
T  27426575 tcgtgtagttgcttatgcttctggccttcc 27426546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 27603882 - 27603648
Alignment:
Q  16 atggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccata 115  Q
    |||| ||| ||| |||||||||| |||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||  | |||     
T  27603882 atggggcaactacaggctttggcaggagaacctgattggtttgggcttggaagcagggtcatcattaccactcgagacagacacttactaaccagtcatg 27603783  T
Q  116 gggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt-aga--gacaaagttcctttaggtta 212  Q
       |||| ||||  |||| | |||||||| | | | ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||   ||||||| |||| || |||    
T  27603782 atatagaaagaaagtatgcattagaagggttgtgtaggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaagaataacaaagtaccttcagttta 27603683  T
Q  213 tgaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctt 247  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  27603682 tgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgctt 27603648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 257
Target Start/End: Original strand, 26824824 - 26825067
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||  ||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||    |||      
T  26824824 tggagcaactagatgctttggctggaggatttgattggttcggtaatggcagcagagtcatcattacaactcgagacaaacaattacttaccaatcatga 26824923  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | ||||   ||  ||||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||| |||| |    ||||||| || | | |||||    
T  26824924 gatagaattaatgtatgaagtagaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttaaggtggatggcttttaaaaataacaaagtaccgtcaagttat 26825023  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26825024 gaacacattttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcc 26825067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27697763 - 27697520
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||      ||| |    
T  27697763 tggatcagctacaggctttggctggaggactcgattggtttggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagaccatcatgg 27697664  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt---agagacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | |||| | ||| |||| |||| ||||| |  |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||   || ||||| ||||| | | | ||     
T  27697663 gatagaaaaaacgtatgcagtaaaagggttgaatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttccatcaaggtac 27697564  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
     ||||||||||||  |||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  27697563 aaagagattttaagtcgtgcagtttcatatgtttctggccttcc 27697520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 25492496 - 25492406
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaac 107  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  25492496 tggagcagctagaggatttggctgaaggacttgattggttcggtcgtggaagcggagttatcattaccactcgagacaaacacatactaac 25492406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 89
Target Start/End: Original strand, 27215459 - 27215529
Alignment:
Q  19 gagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcg 89  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||    
T  27215459 gagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtggtggaagtagagtcatcattacgactcg 27215529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 106
Target Start/End: Original strand, 28782105 - 28782195
Alignment:
Q  16 atggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaa 106  Q
    |||||||| ||| | |||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  28782105 atggagcaactacatgctttggcaggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttactaa 28782195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 89
Target Start/End: Original strand, 28227973 - 28228029
Alignment:
Q  33 tttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcg 89  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||||||    
T  28227973 tttggctggaggacttgattggtttggtcctggaagtaaagtgatcattaccactcg 28228029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 29477231 - 29477188
Alignment:
Q  28 gaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcag 71  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  29477231 gaggctttggctggaggacttgattggtttggtcctggtagcag 29477188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 51 - 98
Target Start/End: Original strand, 26950782 - 26950829
Alignment:
Q  51 ttggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaaca 98  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  26950782 ttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattaccactcgtgacaaaca 26950829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 28296901 - 28296846
Alignment:
Q  33 tttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactc 88  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |  || |||||||||||||    
T  28296901 tttggctggacgacttgattggtttggtcttggaagtaaagtgatcattaccactc 28296846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 88
Target Start/End: Original strand, 28515172 - 28515227
Alignment:
Q  33 tttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactc 88  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |  || |||||||||||||    
T  28515172 tttggctggacgacttgattggtttggtcttggaagtaaagtgatcattaccactc 28515227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 89
Target Start/End: Original strand, 29827009 - 29827063
Alignment:
Q  35 tggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcg 89  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||  || ||||||||||||||    
T  29827009 tggcgggaggacttgattggtttggtcctggcagcatagtgatcattaccactcg 29827063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 33 - 98
Target Start/End: Original strand, 28326499 - 28326564
Alignment:
Q  33 tttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaaca 98  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| || || || ||| |||||||||| || |||||    
T  28326499 tttggctggaggacttgattggttcggtcctggcagtagagtgatcgttaccactcgagacaaaca 28326564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 33 - 98
Target Start/End: Original strand, 28504135 - 28504200
Alignment:
Q  33 tttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaaca 98  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| || || || ||| |||||||||| || |||||    
T  28504135 tttggctggaggacttgattggttcggtcctggcagtagagtgatcgttaccactcgagacaaaca 28504200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 237
Target Start/End: Original strand, 26057106 - 26057150
Alignment:
Q  193 gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaaccgtgcagtt 237  Q
    ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  26057106 gacaaagttccttcaagttatgaagatattttaaaccgtgtagtt 26057150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 237
Target Start/End: Original strand, 26077076 - 26077120
Alignment:
Q  193 gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaaccgtgcagtt 237  Q
    ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  26077076 gacaaagttccttcaagttatgaagatattttaaaccgtgtagtt 26077120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 89
Target Start/End: Original strand, 28182139 - 28182195
Alignment:
Q  33 tttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcg 89  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || |  || ||||||||||||||    
T  28182139 tttggctggaggaattgattggtttggtcctggtagtaaagtgatcattaccactcg 28182195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 89
Target Start/End: Original strand, 28240375 - 28240431
Alignment:
Q  33 tttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcg 89  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||| ||  ||||| |||||||||||||||||    
T  28240375 tttggctggagggcttgattggttcagtcctgacagcagagtcatcattaccactcg 28240431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 2702 - 2473
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||| || || | || |       
T  2702 gctttggctggaggacctgattggttcggccgtggaagcaaagtcatcattaccactcgagacaaacacttactaacctgtcatgggataaaaagtatgc 2603  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |   ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  2602 atgaagtagaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttccttcaggttacgaagagattttaaa 2503  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  2502 ccgtgcagttgcatatgcttctggccttcc 2473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 28163553 - 28163310
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||| |    
T  28163553 tggagcagctggaggctttggctggaggactcgattggttcggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttactaacctgtcatgg 28163454  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | |||| || |   ||   ||||||||| | |||||||  |||||  |||||||||||| |||| |||| |||| |    |||||||||||| | |||||    
T  28163453 gatagaaagtatgcattcggtagaagggttgtatgggacggaagcgcttgaattgttgacgtggatggcttttaaaaataacaaagttccttcaagttat 28163354  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||  ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  28163353 gaagatgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcaggccttcc 28163310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 28126852 - 28126609
Alignment:
Q  17 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||| |    
T  28126852 tggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcgtggaagcaaagtcatcattaccactcgagagaaacacttactaacctgtcatgg 28126753  T
Q  117 ggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttat 213  Q
    | |||| || ||  |||  ||| ||||| | ||||  | | ||||  ||||||||||||||||| |||| |||| |    |||||||||||| | |||||    
T  28126752 gatagaaagtacgcatgcggtaaaagggttgtatgtaacaaaagcacttgaattgttgaggtggatggcttttaaacataacaaagttccttcaagttat 28126653  T
Q  214 gaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    || ||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  28126652 gatgatgttttaaaccgggcagtttcatatgcttcaggccttcc 28126609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 267503 - 267344
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||| ||| || |||||||||| || || || |||||||| || ||| || |||| || ||      
T  267503 gctttggctggaggacttgattggttcggctatggaagcagagtcgtcgttaccactcgagacaagcaattactaacctgtcatgggatagaaagtacgc 267404  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttta 190  Q
    |||||||||||||| | |||||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  267403 atgaagtagaagggttgtatgggaccgaagctcttgaattgttgagttggatggctttta 267344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 3890 - 3646
Alignment:
Q  16 atggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccata 115  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||   | |||     
T  3890 atggagcaactacaggctttggcaggagaacctgattggtttggccttggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttgctaagaagtcatg 3791  T
Q  116 gggtagatagaacatatgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt-aga--gacaaagttcctttaggtta 212  Q
    || |||| || ||  |||||||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||| ||| |||| ||| |||   ||||||| |||| | ||||    
T  3790 ggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagtta 3691  T
Q  213 tgaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3690 tgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcc 3646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 12838 - 12609
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||   | ||| || || | || ||      
T  12838 gctttggcaggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggataaaaagtacgc 12739  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt-aga--gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    |||||||  ||||||| ||||| | ||||||| |||| |||||||| ||| |||| ||| |||   ||||||| |||| | ||||||||||  |||||||    
T  12738 atgaagtgaaagggctgtatggaacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaa 12639  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12638 tcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcc 12609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 29273001 - 29272772
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||  ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||| || || | || |       
T  29273001 gctttggctggaggacatgattggttcggccgtggaagcaaagtcatcattactactcgagacaaacacttgctaacttgtcatgggataaaaagtatgc 29272902  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt-aga--gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||   ||||||| |||| |  |||||||||  |||||||    
T  29272901 atgaagtagaagggctgtatgggacaaaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaa 29272802  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29272801 tcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcc 29272772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Original strand, 8506 - 8735
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||   | ||| || || | || ||      
T  8506 gctttggcaggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggataaaaagtacgc 8605  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggccttt-aga--gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    |||||||  ||||||| ||||| | ||||||| |||| |||||||| ||| |||| ||| |||   ||||||| |||| | ||||||||||  |||||||    
T  8606 atgaagtgaaagggctgtatggaacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaa 8705  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8706 tcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcc 8735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Original strand, 60588 - 60817
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| | |||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||  | |||| | |||||    
T  60588 gctttggctggaggagttgattggttcggtcctggaagccgagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacat 60687  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    ||| |||| ||||| |  ||| || ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |   ||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||    
T  60688 atgcagtaaaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaa 60787  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
     |||| |||| | |||||||  ||||||||    
T  60788 tcgtgtagttgcttatgcttctggccttcc 60817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Original strand, 18074780 - 18075009
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| | |||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||  | |||| | |||||    
T  18074780 gctttggctggaggagttgattggttcggtcctggaagccgagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacat 18074879  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    ||| |||| ||||| |  ||| || ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |   ||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||    
T  18074880 atgcagtaaaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaa 18074979  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
     |||| |||| | |||||||  ||||||||    
T  18074980 tcgtgtagttgcttatgcttctggccttcc 18075009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 18654636 - 18654407
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||     |||  | |||| |  |       
T  18654636 gctttggctggaggacgtgattggttcggttgtggaagcagagttatcattaccactcgtaacaaacacttactaagcaatcatgagatagaaattatgc 18654537  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    |||||||| ||||| | | |  | || | ||| ||||||||||||||||| |||| |||| |    |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  18654536 atgaagtaaaagggatgtctacggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaatttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaa 18654437  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    |||||||||| | |||||||  ||||||||    
T  18654436 ccgtgcagttgcgtatgcttctggccttcc 18654407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 31 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 18698559 - 18698483
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaac 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  18698559 gctttggctggaggacgtgattggttcggctgtggaagcagagttatcattaccactcgtaacaaacacttactaac 18698483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 31 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 18678719 - 18678644
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaa 106  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  18678719 gctttggccggaggacgtgattggttcggttgtggaagcagagttatcattaccactcgtaacaaacacttactaa 18678644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 31 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 18723244 - 18723015
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacat 130  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||   ||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||||    |||  |||||| |  |       
T  18723244 gctttggctggaggacctgattggttcggctctggaagcagagttatcattaccactcgtaacaaacaattactaaccaatcatgaggtagaaattatgc 18723145  T
Q  131 atgaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttagag---acaaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 227  Q
    |||||||| ||||| | | |  | || | ||| ||||||||||||||||| |||| |||| |    |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  18723144 atgaagtaaaagggatgtctacggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaa 18723045  T
Q  228 ccgtgcagtttcatatgctttgggccttcc 257  Q
    ||| |||||| | |||||||  ||||||||    
T  18723044 ccgagcagttgcgtatgcttctggccttcc 18723015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 18730663 - 18730587
Alignment:
Q  31 gctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaac 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||  || ||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  18730663 gctttggctggaggacgtgattggttcggctgtggaagcatagttatcattaccactcgtaacaaacacttactaac 18730587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 5090111 - 5090004
Alignment:
Q  33 tttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacatat 132  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||  || ||| || | |||| ||||||     
T  5090111 tttggccggagaacctgattggtttggtcttggcagcagagtcatcattaccactcgagacaaacacttgctaaaatgtcatgggattgatataacatac 5090012  T
Q  133 gaagtaga 140  Q
    ||||||||    
T  5090011 gaagtaga 5090004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 164 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 18678586 - 18678510
Alignment:
Q  164 ttgaattgttgaggtggctggcctttagag---acaaagttcctttaggttatgaagagattttaaaccgtgcagtt 237  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| |    |||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18678586 ttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaacgtgcagtt 18678510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 164 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 18688652 - 18688577
Alignment:
Q  164 ttgaattgttgaggtggctggcctttagag---acaaagttcctttaggttatgaagagattttaaaccgtgcagt 236  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| |    | |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18688652 ttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagttataaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgcagt 18688577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 164 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 18698426 - 18698350
Alignment:
Q  164 ttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaaccgtgcagtt 237  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| |    |||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  18698426 ttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaattacaaagttccttcaagttatgaagagatttttaaccatgcagtt 18698350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 164 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 18730530 - 18730454
Alignment:
Q  164 ttgaattgttgaggtggctggcctttaga---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaaccgtgcagtt 237  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| |    |||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  18730530 ttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaattacaaagttccttcaagttatgaagagatttttaaccatgcagtt 18730454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 49 - 107
Target Start/End: Original strand, 16691904 - 16691962
Alignment:
Q  49 gattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaac 107  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  16691904 gattggtttggtcctggaagtagagtcatcattaccactcgagacaaacacttactaac 16691962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 2)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 89
Target Start/End: Original strand, 28471 - 28527
Alignment:
Q  33 tttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcg 89  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||||||    
T  28471 tttggctggaggacttgattggtttggtcctggaagtaaagtgatcattaccactcg 28527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 89
Target Start/End: Original strand, 40537 - 40593
Alignment:
Q  33 tttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcg 89  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||| ||  ||||| |||||||||||||||||    
T  40537 tttggctggagggcttgattggttcagtcctgacagcagagtcatcattaccactcg 40593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 33 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 57455 - 57308
Alignment:
Q  33 tttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacatat 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |  || |||||||||||||| ||  |||| || ||| |  | ||| || | || ||| |||||    
T  57455 tttggctggaggacttgattggtttggtcctggtagtaaagtgatcattaccactcgagacgaacaattgctagcaggtcatgggattgaaagagcatat 57356  T
Q  133 gaagtagaagggctatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtgg 180  Q
    ||| ||||   | || ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  57355 gaaatagataagttaaatgagaaagaagctcttgaattgttgaggtgg 57308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 37 - 101
Target Start/End: Original strand, 3280684 - 3280748
Alignment:
Q  37 gctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacactt 101  Q
    |||||||| |||||||||||| ||  ||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  3280684 gctggagggcttgattggtttagtgttggtagtagggtgatcattaccactcgagacaaacactt 3280748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University