View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3117_low_75 (Length: 226)

Name: NF3117_low_75
Description: NF3117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3117_low_75
NF3117_low_75
[»] chr4 (27 HSPs)
chr4 (1-226)||(33458274-33458499)
chr4 (5-226)||(6257216-6257437)
chr4 (5-226)||(24287914-24288135)
chr4 (1-226)||(10739346-10739571)
chr4 (1-226)||(10953115-10953340)
chr4 (1-226)||(10733253-10733478)
chr4 (1-226)||(10947022-10947247)
chr4 (19-226)||(33461418-33461624)
chr4 (35-223)||(48160890-48161077)
chr4 (35-223)||(48167109-48167296)
chr4 (1-173)||(26963348-26963518)
chr4 (4-159)||(50168588-50168742)
chr4 (1-187)||(49976557-49976739)
chr4 (40-187)||(44831658-44831805)
chr4 (62-152)||(4632393-4632482)
chr4 (10-135)||(3769586-3769710)
chr4 (7-135)||(19686341-19686469)
chr4 (1-94)||(26956836-26956929)
chr4 (1-71)||(4632869-4632939)
chr4 (39-163)||(50427358-50427489)
chr4 (154-226)||(10733512-10733584)
chr4 (154-226)||(10947281-10947353)
chr4 (17-106)||(9237410-9237499)
chr4 (1-67)||(34308078-34308144)
chr4 (27-77)||(55473175-55473225)
chr4 (45-105)||(28704559-28704619)
chr4 (64-120)||(50155990-50156046)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (1-226)||(36750342-36750567)
chr2 (1-223)||(30965258-30965480)
chr2 (1-223)||(31002307-31002529)
chr2 (1-223)||(31008285-31008507)
chr2 (1-226)||(13149693-13149916)
chr2 (5-226)||(13456027-13456248)
chr2 (5-226)||(13461968-13462189)
chr2 (1-226)||(28682952-28683177)
chr2 (1-226)||(44716811-44717037)
chr2 (1-163)||(35090656-35090818)
chr2 (1-163)||(35084683-35084845)
chr2 (7-163)||(11048566-11048722)
chr2 (5-140)||(23343574-23343709)
chr2 (1-159)||(35438716-35438865)
chr2 (5-106)||(29833255-29833356)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (1-226)||(3817318-3817543)
chr7 (1-226)||(3811176-3811401)
chr7 (1-226)||(20238878-20239103)
chr7 (1-226)||(28420966-28421191)
chr7 (1-226)||(351714-351938)
chr7 (1-223)||(5979181-5979403)
chr7 (1-201)||(42767302-42767502)
chr7 (1-162)||(35148011-35148173)
chr7 (5-226)||(339307-339519)
chr7 (1-163)||(12803988-12804152)
chr7 (5-174)||(26383605-26383774)
chr7 (1-187)||(43539951-43540137)
chr7 (112-226)||(15843874-15843988)
chr7 (112-226)||(15860983-15861097)
chr7 (15-152)||(30219267-30219404)
chr7 (35-174)||(5849504-5849643)
chr7 (2-147)||(22741926-22742076)
chr7 (45-121)||(18666547-18666622)
chr7 (5-174)||(26381058-26381217)
chr7 (123-208)||(7608390-7608475)
[»] chr3 (27 HSPs)
chr3 (1-226)||(17055800-17056025)
chr3 (1-223)||(10760657-10760879)
chr3 (1-226)||(11839732-11839957)
chr3 (1-226)||(11846070-11846295)
chr3 (1-226)||(10244341-10244566)
chr3 (5-226)||(38455561-38455782)
chr3 (1-226)||(10238219-10238444)
chr3 (5-226)||(38449074-38449295)
chr3 (1-226)||(49151539-49151764)
chr3 (1-226)||(49157606-49157831)
chr3 (1-226)||(55003419-55003644)
chr3 (5-226)||(8331714-8331935)
chr3 (1-226)||(30051109-30051334)
chr3 (5-226)||(42191231-42191452)
chr3 (5-226)||(42197173-42197394)
chr3 (1-161)||(10766878-10767038)
chr3 (7-187)||(17593295-17593475)
chr3 (1-152)||(53069061-53069213)
chr3 (41-163)||(34300487-34300609)
chr3 (1-158)||(48128054-48128211)
chr3 (1-105)||(28964916-28965017)
chr3 (17-144)||(13445070-13445187)
chr3 (1-174)||(46656663-46656836)
chr3 (43-147)||(12108716-12108820)
chr3 (155-226)||(10769130-10769201)
chr3 (12-77)||(24643570-24643635)
chr3 (80-120)||(43774832-43774872)
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (1-226)||(8650810-8651035)
chr6 (1-226)||(25354139-25354363)
chr6 (1-226)||(4580328-4580553)
chr6 (1-226)||(21190873-21191098)
chr6 (1-182)||(21782760-21782941)
chr6 (1-196)||(32035293-32035488)
chr6 (1-226)||(25343552-25343780)
chr6 (1-135)||(8662788-8662922)
chr6 (1-163)||(31756222-31756384)
chr6 (1-173)||(21197028-21197198)
chr6 (1-173)||(21770565-21770735)
chr6 (22-173)||(21783337-21783486)
chr6 (22-173)||(21789560-21789709)
chr6 (1-172)||(18778564-18778736)
chr6 (9-173)||(17581615-17581770)
chr6 (1-135)||(6097999-6098133)
chr6 (1-121)||(34603338-34603457)
chr6 (1-121)||(34724615-34724734)
chr6 (73-137)||(1106229-1106294)
chr6 (1-68)||(6102708-6102779)
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (1-226)||(12686186-12686411)
chr5 (1-226)||(12692288-12692513)
chr5 (1-226)||(28525393-28525618)
chr5 (1-226)||(28531489-28531714)
chr5 (1-223)||(7389555-7389776)
chr5 (1-174)||(32094167-32094339)
chr5 (1-172)||(32096968-32097138)
chr5 (5-226)||(41297210-41297425)
chr5 (1-152)||(24054335-24054487)
chr5 (1-150)||(30384385-30384533)
chr5 (1-129)||(16215181-16215309)
chr5 (7-172)||(30772264-30772430)
chr5 (1-136)||(19066114-19066249)
chr5 (1-118)||(14610184-14610301)
chr5 (1-140)||(19059771-19059910)
chr5 (137-226)||(32097165-32097254)
chr5 (60-163)||(20500128-20500231)
chr5 (137-226)||(32094364-32094453)
chr5 (1-124)||(26316799-26316922)
chr5 (55-122)||(28542269-28542336)
chr5 (1-134)||(26509871-26509999)
chr5 (7-119)||(37896311-37896423)
chr5 (104-152)||(8706532-8706580)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (1-226)||(9935206-9935431)
chr8 (1-226)||(32890816-32891041)
chr8 (1-226)||(32896940-32897165)
chr8 (5-226)||(5542171-5542392)
chr8 (1-226)||(14417868-14418090)
chr8 (1-226)||(42993011-42993235)
chr8 (1-226)||(36818899-36819123)
chr8 (1-226)||(10705765-10705995)
chr8 (1-184)||(7771202-7771384)
chr8 (1-143)||(14799423-14799564)
chr8 (55-226)||(10699957-10700127)
chr8 (1-174)||(1882759-1882935)
chr8 (5-178)||(39735563-39735735)
chr8 (5-173)||(22219727-22219897)
chr8 (5-178)||(39727331-39727495)
chr8 (1-85)||(24250171-24250255)
chr8 (4-76)||(31399047-31399119)
chr8 (84-188)||(1171312-1171414)
chr8 (2-74)||(31379430-31379502)
chr8 (1-62)||(1171414-1171475)
[»] scaffold0236 (1 HSPs)
scaffold0236 (1-223)||(5465-5687)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (1-226)||(25387511-25387736)
chr1 (1-226)||(25381542-25381767)
chr1 (1-226)||(34739913-34740138)
chr1 (1-226)||(50306117-50306341)
chr1 (1-223)||(31057975-31058196)
chr1 (10-226)||(31051472-31051687)
chr1 (10-226)||(8092862-8093078)
chr1 (1-163)||(1078214-1078376)
chr1 (1-173)||(44409992-44410162)
chr1 (1-138)||(24963709-24963846)
chr1 (35-156)||(12183625-12183745)
chr1 (9-138)||(24926769-24926898)
chr1 (1-152)||(27955168-27955312)
chr1 (5-138)||(38151986-38152113)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (1-226)||(629-851)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (1-223)||(1201-1423)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (1-226)||(172897-173122)
[»] scaffold0208 (2 HSPs)
scaffold0208 (7-226)||(6450-6670)
scaffold0208 (7-226)||(12323-12543)
[»] scaffold0085 (1 HSPs)
scaffold0085 (4-149)||(38434-38577)
[»] scaffold1114 (1 HSPs)
scaffold1114 (1-163)||(1078-1237)
[»] scaffold0185 (1 HSPs)
scaffold0185 (17-105)||(5971-6059)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 27)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 33458274 - 33458499
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33458274 aaacagatttcataatatatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 33458373  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||    
T  33458374 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcttagcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagatgagatgatctga 33458473  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  33458474 aacacacaatagagttagcggcggct 33458499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 6257216 - 6257437
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  6257216 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacaacatgtttgatttatca 6257315  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagaca 204  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||  ||||||| ||| |||    
T  6257316 aggatgttaagaattaggatattaggaatacctggataaagctttcgtagcagccctctcatcaacaacgataaccaaagtgaggagatgatctgaaaca 6257415  T
Q  205 cacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  6257416 cacaatagagttagcggcggct 6257437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 24288135 - 24287914
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  24288135 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgtatctacgacatgtttgatttatca 24288036  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagaca 204  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||| |||    
T  24288035 aggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcatagcagccctctaatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctgaaaca 24287936  T
Q  205 cacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  24287935 cacaatagagttagcggcggct 24287914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 10739346 - 10739571
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10739346 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 10739445  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  10739446 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatttga 10739545  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  10739546 aacacacaatagagttagcggcggct 10739571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 10953115 - 10953340
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10953115 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 10953214  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  10953215 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatttga 10953314  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  10953315 aacacacaatagagttagcggcggct 10953340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 10733253 - 10733478
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10733253 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 10733352  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  10733353 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatttga 10733452  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     ||||||||||||||||||| |||||    
T  10733453 aacacacaatagagttagcgacggct 10733478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 10947022 - 10947247
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10947022 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 10947121  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  10947122 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatttga 10947221  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     ||||||||||||||||||| |||||    
T  10947222 aacacacaatagagttagcgacggct 10947247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 226
Target Start/End: Original strand, 33461418 - 33461624
Alignment:
Q  19 atgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaat 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  33461418 atgttcaacaatcgtaaatcaatagtggaagcaaacaaaacattgaacatgattatggtcggatttacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaat 33461516  T
Q  119 tagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaatagagttag 218  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  33461517 tagggtattaggaatatctggataaagcttttgcagcagccctctcatcaacaacgataatcaaagagatgagatgatctgaaacacacaatagagttag 33461616  T
Q  219 cggcggct 226  Q
    ||||||||    
T  33461617 cggcggct 33461624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 35 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 48161077 - 48160890
Alignment:
Q  35 aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaata 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  48161077 aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggaata 48160979  T
Q  135 cctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaatagagttagcggcg 223  Q
    |||| ||||||||||  || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  48160978 cctgaataaagcttttgtaacagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcg 48160890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 35 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 48167296 - 48167109
Alignment:
Q  35 aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaata 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  48167296 aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggaata 48167198  T
Q  135 cctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaatagagttagcggcg 223  Q
    |||| ||||||||||  || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  48167197 cctgaataaagcttttgtaacagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcg 48167109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 26963348 - 26963518
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  26963348 aaacaaatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataagtatgaacggatctacgacatgtttgattt 26963447  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaac 173  Q
    ||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| | |||||||    
T  26963448 atcaaggatatcaagaatta--gtattaggaatacctggataaagcttttatggtagccctctcaacaacaac 26963518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 50168742 - 50168588
Alignment:
Q  4 cagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatc 103  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  50168742 cagattacataaaacacgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgaatatacgacatgtttgatttatc 50168643  T
Q  104 aaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagcc 159  Q
    ||| || |||| ||||| ||||| |||||||||||| | | |||||||| ||||||    
T  50168642 aagaatattaacaatta-ggtataaggaatacctggttgaggctttcatggcagcc 50168588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 49976739 - 49976557
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| ||||||||| |||| ||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49976739 aaacaaatttcataaaacatattcaacaattatgaatcgatagcgaaagcaaacaaaacattgaatatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 49976640  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagaga 187  Q
    ||||||||   ||| |||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| ||| ||  ||||| | |||||||| ||| ||||||||    
T  49976639 atcaagga---taataattagagtattaggaatacc-agatgaagctttgataacactcctctcaacaacaacgataaacaaagaga 49976557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 40 - 187
Target Start/End: Original strand, 44831658 - 44831805
Alignment:
Q  40 atagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctgg 139  Q
    ||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| |    
T  44831658 atagcggaagcaaattaatcattgaacatgaatatgatcgaatctacgacatgtttaatttatcaaggatattaagaactagggtattaagaatacctag 44831757  T
Q  140 ataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagaga 187  Q
    || ||||||| ||| || |||||| | |||||||| ||| || |||||    
T  44831758 atgaagctttgataacaaccctctcaacaacaacgataaacagagaga 44831805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 62 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 4632482 - 4632393
Alignment:
Q  62 tgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcat 152  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  4632482 tgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtatcagaaatacttggataaagctttcat 4632393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 3769710 - 3769586
Alignment:
Q  10 tcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggat 109  Q
    |||||| | |||||||| ||| || ||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  3769710 tcataaaatatgttcaataattatgaatcaataatttaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttcattaatcaaggat 3769611  T
Q  110 gttaagaattagggtattaggaatac 135  Q
     |||| ||||| ||||||||||||||    
T  3769610 attaataatta-ggtattaggaatac 3769586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 7 - 135
Target Start/End: Original strand, 19686341 - 19686469
Alignment:
Q  7 atttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaag 106  Q
    ||||||||| |||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||| ||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  19686341 atttcataaaacatgttcaataactataaatcaataacggaagcaaacaaaatattgaacgtaattatcatcggatctacaacatgcttgattaatcaag 19686440  T
Q  107 gatgttaagaattagggtattaggaatac 135  Q
     || ||||||||| |||||||| ||||||    
T  19686441 catattaagaattcgggtattatgaatac 19686469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 94
Target Start/End: Original strand, 26956836 - 26956929
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtt 94  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||    
T  26956836 aaacagatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacataagtatgaacggatctacgacatgtt 26956929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 4632939 - 4632869
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgat 71  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4632939 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattattaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgat 4632869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 39 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 50427489 - 50427358
Alignment:
Q  39 aatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgttt--------gatttatcaaggatgttaagaattagggtattagg 130  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||        ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  50427489 aatagtggaagcaatcaaaacattgaa-atgattatgatcggatgtacgacatgtttaatttattgatttatcaagaagattaagaattagggtattagg 50427391  T
Q  131 aatacctggataaagctttcatagcagccctct 163  Q
    |||||||||||| ||| ||||| | ||||||||    
T  50427390 aatacctggatatagcgttcatggaagccctct 50427358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 226
Target Start/End: Original strand, 10733512 - 10733584
Alignment:
Q  154 gcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  10733512 gcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatttgaaacacacaatagagttagcgacggct 10733584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 226
Target Start/End: Original strand, 10947281 - 10947353
Alignment:
Q  154 gcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  10947281 gcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatttgaaacacacaatagagttagcgacggct 10947353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 17 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 9237499 - 9237410
Alignment:
Q  17 acatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaag 106  Q
    ||||||||||  || || ||| |||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||    
T  9237499 acatgttcaatgattatgaatgaatagtcgaagcaaacagaacattgaatatgattatgctcggatttacgacatgtttgatttatcaag 9237410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 34308078 - 34308144
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaaca 67  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| ||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  34308078 aaacagattttataaaacatgttcaataattatgaatcaatagcggaagcatacaaaatattgaaca 34308144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 27 - 77
Target Start/End: Original strand, 55473175 - 55473225
Alignment:
Q  27 caatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgat 77  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||    
T  55473175 caataataaatcaatagcggaagcaaataaaatattgaatatgattatgat 55473225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 28704619 - 28704559
Alignment:
Q  45 ggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaa 105  Q
    |||| |||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  28704619 ggaaacaaataaaatattgagcatgaatatgatcagatctacaacatgtttgatgtatcaa 28704559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 64 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 50156046 - 50155990
Alignment:
Q  64 aacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaatta 120  Q
    ||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||    
T  50156046 aacataattaagatcggatatacgacatgtttgatttatcaagaatattaacaatta 50155990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 36750567 - 36750342
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36750567 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 36750468  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  36750467 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcatagcagccctctaatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 36750368  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  36750367 aacacacaatagagttagcggcggct 36750342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 30965480 - 30965258
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30965480 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 30965381  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    |||||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||    
T  30965380 atcaattattttaagaattagggtattaggaatacctgtataaatcttttgtagcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagatgagatgatctga 30965281  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcg 223  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  30965280 aacacacaatagagttagcggcg 30965258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 31002529 - 31002307
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31002529 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 31002430  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    |||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  ||||||| |||    
T  31002429 atcaagaatatcaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtagcagccctctcatcaacaacgataaccaaaaagaggagatgatctga 31002330  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcg 223  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  31002329 aacacacaatagagttagcggcg 31002307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 31008507 - 31008285
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31008507 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 31008408  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    |||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  ||||||| |||    
T  31008407 atcaagaatatcaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtagcagccctctcatcaacaacgataaccaaaaagaggagatgatctga 31008308  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcg 223  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  31008307 aacacacaatagagttagcggcg 31008285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 13149693 - 13149916
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13149693 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 13149792  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  13149793 atcaa-gatattaagaattagggtattaagaatacct-gataaaacttttgtagcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 13149890  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  13149891 aacacacaatagagttagcggcggct 13149916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 13456248 - 13456027
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13456248 agatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 13456149  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagaca 204  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||| |||    
T  13456148 agggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaactataaccaaagagaggagatgatctgaaaca 13456049  T
Q  205 cacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  13456048 cacaatagagttagcggtggct 13456027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 13462189 - 13461968
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13462189 agatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 13462090  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagaca 204  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||| |||    
T  13462089 agggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaactataaccaaagagaggagatgatctgaaaca 13461990  T
Q  205 cacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  13461989 cacaatagagttagcggtggct 13461968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 28682952 - 28683177
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28682952 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 28683051  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||| |||||||||| ||||||| ||||   |||||| |||    
T  28683052 atcaaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaagacaaccctctcatcaacaacgataaccaaggagagtggatgatctga 28683151  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||| | ||||||    
T  28683152 aacacacaatagagttaacagcggct 28683177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 44716811 - 44717037
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaac-aaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatt 99  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||  | || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44716811 aaacagatatcataaaacatgttcaacggttatcaatcaatagcggaagcaaaagaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatt 44716910  T
Q  100 tatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatg 199  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||    
T  44716911 taccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagcagctctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctg 44717010  T
Q  200 agacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
    | |||||||||||||||||||||||||    
T  44717011 aaacacacaatagagttagcggcggct 44717037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 163
Target Start/End: Original strand, 35090656 - 35090818
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35090656 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 35090755  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctct 163  Q
    |||||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35090756 atcaagaatattaacaattagtgtattaggaatacctggataaagctttcatggcagccctct 35090818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 163
Target Start/End: Original strand, 35084683 - 35084845
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35084683 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaaaatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 35084782  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctct 163  Q
    |||||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35084783 atcaagaatattaacaattagtgtattaggaatacctggataaagctttcatggcagccctct 35084845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 7 - 163
Target Start/End: Original strand, 11048566 - 11048722
Alignment:
Q  7 atttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaag 106  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||| || ||||    
T  11048566 atttcataaaacatgtccaacaattatgaatcaatagctgaagcaaacaaaacattgaacatgattatgattggatatacgtcatgtttgatgtaccaag 11048665  T
Q  107 gatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctct 163  Q
    ||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||    
T  11048666 gatattaagaattagggcactaggaatacttggataaagcttttatgacagccctct 11048722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 5 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 23343709 - 23343574
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  23343709 agatttcataaaacatgttcaacgattacgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgaatatgaacgaatctacgacatgtttgatttatca 23343610  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctgga 140  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  23343609 aggatattaagagttggggtattaggaatacatgga 23343574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Original strand, 35438716 - 35438865
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35438716 aaacaaatttcataaaacatgttcaacagttatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 35438815  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagcc 159  Q
    |          || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  35438816 a---------ctaggaaatagggtattaggaatacctgtataaagctttcatggcagcc 35438865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 29833356 - 29833255
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||||||||||| || |||  | |||||||| ||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||    
T  29833356 agatttcataatacatgtttaataattgtgaatcaataacggaaacaaataaaatattgaacataattatgatcggatcgacaacatgtttgatttatca 29833257  T
Q  105 ag 106  Q
    ||    
T  29833256 ag 29833255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 3817318 - 3817543
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3817318 aaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 3817417  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  3817418 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcaaccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctga 3817517  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  3817518 aacacacaatagagttagcggcggct 3817543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 3811176 - 3811401
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3811176 aaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 3811275  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||    
T  3811276 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcaaccctctcatcaacaacgataacaaaagagagaagatgatctga 3811375  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  3811376 aacacacaatagagttagcggcggct 3811401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 20239103 - 20238878
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20239103 aaacaaatttcataaaacatgttcaacaatcatacatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 20239004  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||    
T  20239003 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacaataaccaaagagatgagatgatctga 20238904  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  20238903 aacacacaatagagttagcggcggct 20238878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 28420966 - 28421191
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28420966 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 28421065  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  28421066 atcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 28421165  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  28421166 aacacacaatagagttagcggcggct 28421191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 351938 - 351714
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  351938 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 351839  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||| |||  ||||||| |||    
T  351838 atcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaa-agaggagatgatctga 351740  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  351739 aacacacaatagagttagcggcggct 351714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 5979181 - 5979403
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  5979181 aaacagatttcataatacatgttgaacaatcgtaaatcaatagcgaaagcaaacaaactattgaacatgattatgattggatctacgacatgtttgattt 5979280  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  5979281 attaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagcagctctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 5979380  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcg 223  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  5979381 aacacacaatagagttagcggcg 5979403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Original strand, 42767302 - 42767502
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  42767302 aaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcggatctacgacatatttgattt 42767401  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||    
T  42767402 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggataaagcttttgtagcagccctctcatcaacaacgataatcaaagagagaagatgatctga 42767501  T
Q  201 g 201  Q
    |    
T  42767502 g 42767502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 162
Target Start/End: Original strand, 35148011 - 35148173
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  35148011 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattataaatcgatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacacgtttgattt 35148110  T
Q  101 atcaaggatgttaagaatta-gggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctc 162  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  35148111 atcaaggatattaagaattaggggtattaggaatacctggataaagctttcatggtagccctc 35148173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 339519 - 339307
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  339519 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 339420  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagaca 204  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |         | | |||||| | ||||||||||||  ||||||| ||| |||    
T  339419 aggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctctctca---------tcaacaacaatgataaccaaagagaggagatgatctgaaaca 339329  T
Q  205 cacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  339328 cacaatagagttagcggcggct 339307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 12804152 - 12803988
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||    
T  12804152 aaacagatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaagcaaaacattgaacatgaacatgaacggatctacgacatgtttgattt 12804053  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacct--ggataaagctttcatagcagccctct 163  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||  ||||||||||||    
T  12804052 atcaagaatattaagaattagggtattaagaatacctggggatgaagctttggtagcagccctct 12803988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 26383774 - 26383605
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | | ||| ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26383774 agatttcataagacatgttcaacaattatgaatcaacaacagaaacaaacaaaatattgaacatgatcatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 26383675  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacg 174  Q
    || ||  |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||| | ||||||||    
T  26383674 agcatactaagaattagggtattaggaataccttgatgaagctttgatggcagccctctcaacaacaacg 26383605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 43540137 - 43539951
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||| || ||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  43540137 aaacagatttcatagaacatgttcaataattatgaatcaatagcggaattaaataaaatattgaacatgattatgatcggatctacaacatgtttgattt 43540038  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagaga 187  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||  ||||| | |||||||| ||| ||||||||    
T  43540037 atcaagaatattaaaaattagggtattatgaatacctggatgaagctttgataacaatcctctcaacaacaacgataaacaaagaga 43539951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 112 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 15843988 - 15843874
Alignment:
Q  112 taagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaata 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||  || ||||||||||    
T  15843988 taagaattagggtattaggaatacctggatcaagctttcatagcagccctctaatcaacaacaataaccaaagagaggagatgatcggaaacacacaata 15843889  T
Q  212 gagttagcggcggct 226  Q
    |||||||||||||||    
T  15843888 gagttagcggcggct 15843874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 112 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 15861097 - 15860983
Alignment:
Q  112 taagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaata 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||  || ||||||||||    
T  15861097 taagaattagggtattaggaatacctggatcaagctttcatagcagccctctaatcaacaacaataaccaaagagaggagatgatcggaaacacacaata 15860998  T
Q  212 gagttagcggcggct 226  Q
    |||||||||||||||    
T  15860997 gagttagcggcggct 15860983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 152
Target Start/End: Original strand, 30219267 - 30219404
Alignment:
Q  15 atacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaa 114  Q
    |||||||||||| ||| || ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  30219267 atacatgttcaataattatgaatcattagcggaatcaaacaaaacgttgaacatgaatatgaacggatctacgacatgtttgatttattaaagatattaa 30219366  T
Q  115 gaattagggtattaggaatacctggataaagctttcat 152  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30219367 gaattatggtattaggaatatctggataaagctttcat 30219404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 35 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 5849643 - 5849504
Alignment:
Q  35 aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaata 134  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||    
T  5849643 aatcaatagcggaagcaaccaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaattaggatattaggaata 5849544  T
Q  135 cctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacg 174  Q
    ||||||| ||||||| ||  |||| |||| | ||||||||    
T  5849543 cctggatgaagctttaatgacagctctctcaacaacaacg 5849504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 147
Target Start/End: Original strand, 22741926 - 22742076
Alignment:
Q  2 aacagatttcataatacatgttcaacaatcataaat-------caatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtt 94  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| || |||       |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22741926 aacaggtttcataaaacatgttcaacaattatgaatgaatcaacaatagcggaagcaaactgaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtt 22742025  T
Q  95 tgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagct 147  Q
    ||||||||||| ||| || || |||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  22742026 tgatttatcaa-gatattgaggatta-ggtattaggaatacctggatgaagct 22742076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 45 - 121
Target Start/End: Original strand, 18666547 - 18666622
Alignment:
Q  45 ggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattag 121  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||    
T  18666547 ggaagcaaacaaaacattgaacttgattatgatcagat-tacgacatgtttgatttagcaatgatattaataattag 18666622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 26381217 - 26381058
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||  | | || |||||| || |||||||||||| |||||| |||||||          ||||||||    
T  26381217 agatttcataagacatgttcaacaattatgaatcaagggggaaaacaaacacaatattgaacatgatcatgatcagatctac---------tatttatca 26381127  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacg 174  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||  || |||||| | ||||||||    
T  26381126 agcatgctaagaattagggtattaggagta-ctggatgaagctttgatgacaaccctctcaacaacaacg 26381058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 123 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 7608475 - 7608390
Alignment:
Q  123 gtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacaca 208  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||| ||  ||| | ||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  7608475 gtattagaaatatctgaataaagctttgatgacagtcatctcatcaacaatgataaccaaagagatgagatgatctgaaacacaca 7608390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 27)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 17055800 - 17056025
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17055800 aaacagttttcataaaatatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 17055899  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||    
T  17055900 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagataggagatgatctga 17055999  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  17056000 aacacacaatagagttagcggcggct 17056025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 10760657 - 10760879
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10760657 aaacagatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 10760756  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  10760757 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 10760856  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcg 223  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  10760857 aacacacaatagagttagcggcg 10760879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 11839732 - 11839957
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11839732 aaacagatttcatgatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 11839831  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  11839832 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 11839931  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  11839932 aacacacaatagagttagcggcggct 11839957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 11846070 - 11846295
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11846070 aaacagattttataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 11846169  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  11846170 atcaagtatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtaacagccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctga 11846269  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  11846270 aacacacaatagagttagcggcggct 11846295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 10244341 - 10244566
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10244341 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 10244440  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  10244441 atcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaagacagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatatga 10244540  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  10244541 aacacacaatagagttagcggcggct 10244566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 38455561 - 38455782
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  38455561 agatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacaacatgtttgatttatca 38455660  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagaca 204  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||| |||    
T  38455661 aggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcgaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctgaaaca 38455760  T
Q  205 cacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  38455761 cacaatagagttagcggcggct 38455782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 10238219 - 10238444
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10238219 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcagatctacgacatgtttgattt 10238318  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||| ||||||||||||  | |||||||||    
T  10238319 atcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaagacagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggatatgatatga 10238418  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  10238419 aacacacaatagagttagcggcggct 10238444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 38449074 - 38449295
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  38449074 agatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacaacatgtttgatttatca 38449173  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagaca 204  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||| |||    
T  38449174 aggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcgaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctgaaaca 38449273  T
Q  205 cacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  38449274 cacaatagagttagcggcggct 38449295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 49151764 - 49151539
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49151764 aaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 49151665  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  49151664 attaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 49151565  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||| ||||    
T  49151564 aacacacaatagagttagcggtggct 49151539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 49157831 - 49157606
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49157831 aaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 49157732  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  49157731 attaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 49157632  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||| ||||    
T  49157631 aacacacaatagagttagcggtggct 49157606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 55003419 - 55003644
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  55003419 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttaattt 55003518  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  55003519 atcaagtatattaagaattagggtattagaaatatctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacgataaccaaagagaaaagatgatctga 55003618  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     | |||||||||||||||||||||||    
T  55003619 aatacacaatagagttagcggcggct 55003644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 8331935 - 8331714
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8331935 agattttataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 8331836  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagaca 204  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||  ||||||| | | |||    
T  8331835 aggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcgtcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctaaaaca 8331736  T
Q  205 cacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  8331735 cacaatagagttagcggcggct 8331714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 30051109 - 30051334
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  30051109 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattataatcagatctacgacatgtttgattt 30051208  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||  ||||||||||||  ||||||| |||    
T  30051209 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcattacagccctctaatcgacaacaataaccaaagagaggagatgatctga 30051308  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     ||||||||||||||||||| |||||    
T  30051309 aacacacaatagagttagcgacggct 30051334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 42191231 - 42191452
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42191231 agatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 42191330  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagaca 204  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||| |||    
T  42191331 agggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaactataaccaaagagaggagatgatctgaaaca 42191430  T
Q  205 cacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  42191431 cacaatagagttagcggtggct 42191452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 42197173 - 42197394
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42197173 agatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 42197272  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagaca 204  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||| |||    
T  42197273 agggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaactataaccaaagagaggagatgatctgaaaca 42197372  T
Q  205 cacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  42197373 cacaatagagttagcggtggct 42197394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 161
Target Start/End: Original strand, 10766878 - 10767038
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  10766878 aaacaaatttcataatacatgttcaacaattataaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgaccggatctacgacatgtttgattt 10766977  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccct 161  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  10766978 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccct 10767038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 187
Target Start/End: Original strand, 17593295 - 17593475
Alignment:
Q  7 atttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaag 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  17593295 atttcataatagatgttcaacaatcgtaaatcaatcgcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttaatttatcaag 17593394  T
Q  107 gatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagaga 187  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  17593395 aatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcgaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagaga 17593475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 53069061 - 53069213
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  53069061 aaacagattttataaaacatgttcaacaattataaatcgatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctatgacatgtttgattt 53069160  T
Q  101 atcaaggatgttaagaatta-gggtattaggaatacctggataaagctttcat 152  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  53069161 atcaaggatattaagaatcaggggtattaagaatacctggataaaactttcat 53069213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 41 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 34300609 - 34300487
Alignment:
Q  41 tagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctgga 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  34300609 tagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatatttgatttataaaggatattaagaattagggtattaggaatacctgaa 34300510  T
Q  141 taaagctttcatagcagccctct 163  Q
    | |||||||||| ||| ||||||    
T  34300509 ttaagctttcatggcaaccctct 34300487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 158
Target Start/End: Original strand, 48128054 - 48128211
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  48128054 aaacagatttcatgaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaaacaaacaaaacattgaacatgattatgatcggttctacgacatgtttgattt 48128153  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggta-ttaggaatacctggataaagctttcatagcagc 158  Q
    || ||| || ||||||||||||||| || ||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  48128154 attaagaatattaagaattagggtattttggaatacct-gataaaactttcatggcagc 48128211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 28965017 - 28964916
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28965017 aaacagatttcataaaacatgttcaacaatga---atcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 28964921  T
Q  101 atcaa 105  Q
    |||||    
T  28964920 atcaa 28964916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 17 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 13445187 - 13445070
Alignment:
Q  17 acatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaaga 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||          |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13445187 acatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaataaaacatt----------atgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaaga 13445098  T
Q  117 attagggtattaggaatacctggataaa 144  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13445097 attagggtattaggaatacctagataaa 13445070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 46656836 - 46656663
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| ||  || ||| |||||| |||| ||| |||||||| || || ||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  46656836 aaacatatttcataaaacatgttcaataaatatgaattaatagctgaagtaaataaaacattcaatataattatgatcggatctacgatatgtttgattt 46656737  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacg 174  Q
    ||||| ||| || ||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||  || |||||| | ||||||||    
T  46656736 atcaatgatattgagaatgagggtattagaaatacctgaatgaagctttcatgacaaccctctcaacaacaacg 46656663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 43 - 147
Target Start/End: Original strand, 12108716 - 12108820
Alignment:
Q  43 gcggaagcaaa-caaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggat 141  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  12108716 gcggaagcaaatcaaaacattgaatatgattatgatttgatctaagacatgtttgatttatcaaggatattaacaatta-ggtattaagaatacctgaat 12108814  T
Q  142 aaagct 147  Q
     |||||    
T  12108815 gaagct 12108820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 155 - 226
Target Start/End: Original strand, 10769130 - 10769201
Alignment:
Q  155 cagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  10769130 cagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctgaaatacacaatagagttagcggcggct 10769201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 12 - 77
Target Start/End: Original strand, 24643570 - 24643635
Alignment:
Q  12 ataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgat 77  Q
    |||| |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  24643570 ataaaacatgttcaacatttatgaatcaatagcggaagtaaataaaacattgaacatgattatgat 24643635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 80 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 43774872 - 43774832
Alignment:
Q  80 gatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaatta 120  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43774872 gatctactacaagtttgatttatcaaggatgttaggaatta 43774832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 174; Significance: 9e-94; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 8650810 - 8651035
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8650810 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 8650909  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  8650910 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 8651009  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  8651010 aacacacaatagagttagcggcggct 8651035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 25354363 - 25354139
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25354363 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaagcattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 25354264  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  25354263 atcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 25354165  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  25354164 aacacacaatagagttagcggcggct 25354139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 4580328 - 4580553
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4580328 aaacagatttcataatacatgttcaacaactatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 4580427  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || |||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  4580428 accaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtaacaaccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 4580527  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||| ||||||||||||||||||||    
T  4580528 aacacgcaatagagttagcggcggct 4580553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 21190873 - 21191098
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||    
T  21190873 aaacagatttcataaaatatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgatatatttgattt 21190972  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  21190973 atcaaagatattaagaattagggtattagaaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatatga 21191072  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  21191073 aacacacaatagagttagcggcggct 21191098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 182
Target Start/End: Original strand, 21782760 - 21782941
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21782760 aaacagatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 21782859  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaa 182  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  21782860 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatagctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaa 21782941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 32035293 - 32035488
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32035293 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 32035392  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgat 196  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  32035393 atcaaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgat 32035488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 25343780 - 25343552
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataata----catgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttg 96  Q
    ||||| |||||||||||    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  25343780 aaacaaatttcataatacatgcatgttcaacaatcgtaaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatttttg 25343681  T
Q  97 atttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgat 196  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| | |||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  25343680 atttatcaa-gatattaagaattagagtattaggaatacctagataaagcttttgtagcagccctttcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgat 25343582  T
Q  197 atgagacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25343581 ctgaaacacacaatagagttagcggcggct 25343552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Original strand, 8662788 - 8662922
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8662788 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 8662887  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatac 135  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  8662888 atcaaggatattaagaattaggctattaggaatac 8662922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 163
Target Start/End: Original strand, 31756222 - 31756384
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||    
T  31756222 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaacaacggaagcaaataaaacattgaacatgattataatcggatctacgacatgtttgaatt 31756321  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctct 163  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||  |||||||||    
T  31756322 atcaaggatattaagaattagggtattatgaatatctggatagagctttcatgacagccctct 31756384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 21197028 - 21197198
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||| |||||||||||||    
T  21197028 aaacagatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataagtatgaacggatctacaacatgtttgattt 21197127  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaac 173  Q
    ||||||||| | ||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||| | |||||||    
T  21197128 atcaaggatatcaagaatta--gtattatgaatacctggataaatcttttatggcagccctctcaacaacaac 21197198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 21770565 - 21770735
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  21770565 aaacagatttcataatacatgatcaacaatcgtaaattaatagaggaagtaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgattt 21770664  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaac 173  Q
    ||||||||| | ||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||| | |||||||    
T  21770665 atcaaggatatcaagaatta--gtattaggaatatctgaataaagcttttatggcagccctctcaacaacaac 21770735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 22 - 173
Target Start/End: Original strand, 21783337 - 21783486
Alignment:
Q  22 ttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattag 121  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||     
T  21783337 ttcaacaatagtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta- 21783435  T
Q  122 ggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaac 173  Q
     |||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||||| | |||||||    
T  21783436 -gtattaggaatacctgaataaagcttttatggcacccctctcaacaacaac 21783486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 22 - 173
Target Start/End: Original strand, 21789560 - 21789709
Alignment:
Q  22 ttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattag 121  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||     
T  21789560 ttcaacaatagtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta- 21789658  T
Q  122 ggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaac 173  Q
     |||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||||| | |||||||    
T  21789659 -gtattaggaatacctgaataaagcttttatggcacccctctcaacaacaac 21789709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 18778736 - 18778564
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataata-catgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatt 99  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  18778736 aaacaaatttcataaaaacatgttcaataattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacgttgaacataattatgatcggatctacgacgtatttgatt 18778637  T
Q  100 tatcaaggatgttaagaatta-gggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaa 172  Q
    ||||||  || |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||    
T  18778636 tatcaa-tatattaagaattaggggttttaggaatacctggataaaactttcatggcagccctcttaacaacaa 18778564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 9 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 17581770 - 17581615
Alignment:
Q  9 ttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaagga 108  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |         
T  17581770 ttcataaaacatgttcaactattatgaatcgatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattattataggatctacgacatgtttgatttacc----- 17581676  T
Q  109 tgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaac 173  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||    
T  17581675 ----aagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatgacagccctctcaacaacaac 17581615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 6098133 - 6097999
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaa---tcataaatcaa-tagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttg 96  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||   | || |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    || | |||||||||| ||||||    
T  6098133 aaacaaatttcataaaacatgttcaacaacaattatgaatcaaatagcggaagtagacaaaacattgaacatgaa---gaacggatctacgacgtgtttg 6098037  T
Q  97 atttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatac 135  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6098036 atttatcaag-atgttaagaattagggtattaggaatac 6097999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 121
Target Start/End: Original strand, 34603338 - 34603457
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| |||| |||| ||||||  |||||| || ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  34603338 aaacatatttaataaaacatgtgtaacaattatgaataaatagcg-aagcaaacaaagcattgaacataattatgatcggatctatggcatgtttgattt 34603436  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattag 121  Q
    ||||||||| |||| ||||||    
T  34603437 atcaaggatattaacaattag 34603457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 121
Target Start/End: Original strand, 34724615 - 34724734
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| |||| |||| ||||||  |||||| || ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  34724615 aaacatatttaataaaacatgtgtaacaattatgaataaatagcg-aagcaaacaaagcattgaacataattatgatcggatctatggcatgtttgattt 34724713  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattag 121  Q
    ||||||||| |||| ||||||    
T  34724714 atcaaggatattaacaattag 34724734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 73 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 1106294 - 1106229
Alignment:
Q  73 atgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaatt-agggtattaggaatacct 137  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| |||||| || |||| |||| | ||||||||||||||||    
T  1106294 atgatcggatctacaacatgtttgattcatcaagaatattaataattcaaggtattaggaatacct 1106229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 6102779 - 6102708
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttca---acaatcataaatc-aatagcggaagcaaacaaaacattgaacat 68  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||   |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6102779 aaacatatttcataaaatatgttcaacaacaatcatgaatcaaatagcggaagcagacaaaacattgaacat 6102708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 174; Significance: 9e-94; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 12686186 - 12686411
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12686186 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 12686285  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  12686286 atcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 12686385  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  12686386 aacacacaatagagttagcggcggct 12686411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 12692288 - 12692513
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12692288 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 12692387  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  12692388 atcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 12692487  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  12692488 aacacacaatagagttagcggcggct 12692513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 28525393 - 28525618
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28525393 aaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 28525492  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  28525493 attaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 28525592  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||| ||||| ||||    
T  28525593 aacacacaatagagtcagcggtggct 28525618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 28531489 - 28531714
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28531489 aaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 28531588  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  28531589 attaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 28531688  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||| ||||| ||||    
T  28531689 aacacacaatagagtcagcggtggct 28531714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 7389555 - 7389776
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  7389555 aaacaaatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatccacgacatgtttgattt 7389654  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  7389655 atcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagccgctctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 7389753  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcg 223  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  7389754 aacacacaatagagttagcggcg 7389776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 32094167 - 32094339
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  32094167 aaacagattttataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgataggatctacgacatgtttgattt 32094266  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacg 174  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  32094267 atcaaggatattaagaatta-ggtattaggaatacctgaataaagctttcatagcagccctctcaacaacaacg 32094339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 172
Target Start/End: Original strand, 32096968 - 32097138
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  32096968 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgataggatctacgacatgtttgattt 32097067  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaa 172  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  32097068 atcaaggatattaagaatta-ggtattaggattacctgaataaagctttcatagcagtcctctcaacaacaa 32097138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 41297425 - 41297210
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41297425 agatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacataattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 41297326  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagaca 204  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||      |||||||  ||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||  || |||| ||| |||    
T  41297325 aggatataaagaattagggtattaggaatacctg------gctttcaaggcaaccctctcatcaacaacgataaccaaggagaggaggtgatctgaaaca 41297232  T
Q  205 cacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  41297231 cacaatagagttagcggcggct 41297210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 24054487 - 24054335
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24054487 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattataaatctatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 24054388  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattaggg-tattaggaatacctggataaagctttcat 152  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24054387 atcaaggatattaagaatttgggatattaggaatacctggataaagctttcat 24054335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 150
Target Start/End: Original strand, 30384385 - 30384533
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  30384385 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacacgattatgatcggatcta-gacatgtctgattt 30384483  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttc 150  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  30384484 atcaaggatattaagaataagggtattaagaatacctggatgaagctttc 30384533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 16215181 - 16215309
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  16215181 aaacagatttcataacacatattcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacatttaacatgattatgattggatctacgaaatgtttgattt 16215280  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattag 129  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  16215281 atcaaggatattaaaaattagggtattag 16215309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 7 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 30772430 - 30772264
Alignment:
Q  7 atttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaa-cattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaa 105  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| || ||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  30772430 atttcataaaacatgttcaataattatgaataaacagtggaagcaaacaaaaacaatgaacatgattatgatcggatcgacaacatgtttgatttatcaa 30772331  T
Q  106 ggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaa 172  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||| | ||||||    
T  30772330 ggatattaagaattagggtattaggattacctggataaagtttttatggcagccctctcaacaacaa 30772264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 136
Target Start/End: Original strand, 19066114 - 19066249
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| |||||||||  |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  19066114 aaacatatttcataaaccatgttcaacgattataaatcattagcggaagcaaacaaaacattaagcatgaatatgaacggatctacgacatgtttgattt 19066213  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacc 136  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  19066214 atcaaggatattaagaattatggtattaggaatacc 19066249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 14610301 - 14610184
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  14610301 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaattaatagcggaagcaaataaaccattgaacatgattatgatcggatttacgacatgtttgattt 14610202  T
Q  101 atcaaggatgttaagaat 118  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  14610201 atcaaggatattaagaat 14610184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 140
Target Start/End: Original strand, 19059771 - 19059910
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| ||||||||| || | |||||| || |||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||    
T  19059771 aaacatatttcataaaacgtattcaacgattataaatcattaggggaagcaaacaaaatattaaacatgaatataaacggatctacgacatgtttgattt 19059870  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctgga 140  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19059871 atcaaggatattaagaattagggtattagaaatacctgga 19059910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 137 - 226
Target Start/End: Original strand, 32097165 - 32097254
Alignment:
Q  137 tggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32097165 tggataaagctttcatagcagccctttaatcaacaacgataaccaaagagatgagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggct 32097254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 60 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 20500231 - 20500128
Alignment:
Q  60 attgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagcc 159  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||| || ||||||    
T  20500231 attgaacatgattatgatcggatctacgacatacttgatttatcaaggatactaagaattagagtattagaaatacctggataaaacttttatggcagcc 20500132  T
Q  160 ctct 163  Q
    ||||    
T  20500131 ctct 20500128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 137 - 226
Target Start/End: Original strand, 32094364 - 32094453
Alignment:
Q  137 tggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32094364 tggataaaggtttcatagcagccctttaatcaacaacaataaccaaagagagaagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggct 32094453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Original strand, 26316799 - 26316922
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| |||  ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  26316799 aaacatatttcataaaacatgttcaataattttaaattaatagtggaagcaaaaaaaacattgaacattaatatgattggatctaggacatgtttgattt 26316898  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggt 124  Q
    ||| | | | |||| |||||||||    
T  26316899 atctacggtattaataattagggt 26316922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 55 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 28542336 - 28542269
Alignment:
Q  55 aaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagg 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28542336 aaaacattgaacatgattatgatcgaaactacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagg 28542269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 26509999 - 26509871
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  || || ||   |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||   | ||||||||| |||||||     
T  26509999 aaacagatttcataaaacatgttcaatcattatgaa---atagtggaagcaaacaaaacattgaacataattatgatataaactacgacatatttgattc 26509903  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaata 134  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  26509902 atcaa-gatattaagaatta-ggtattaggaata 26509871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 7 - 119
Target Start/End: Original strand, 37896311 - 37896423
Alignment:
Q  7 atttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaag 106  Q
    |||||||||  ||| || || |||||| |||||| ||| |||| ||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  37896311 atttcataaatcatatttaataatcatgaatcaacagcagaagtaaataaaatgttgaacatgattatgatcggatctacgacatgattgatttatcaag 37896410  T
Q  107 gatgttaagaatt 119  Q
     || |||| ||||    
T  37896411 aatattaataatt 37896423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 152
Target Start/End: Original strand, 8706532 - 8706580
Alignment:
Q  104 aaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcat 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  8706532 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctgaattatgctttcat 8706580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 170; Significance: 2e-91; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 9935431 - 9935206
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9935431 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaatatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 9935332  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||| |||    
T  9935331 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaatctttcatagcagccctctaatcaacaacgttaaccaaagataggagatgatctga 9935232  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||| ||||||||||||    
T  9935231 aacacacaatagatttagcggcggct 9935206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 32891041 - 32890816
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32891041 aaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 32890942  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||    
T  32890941 accaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcaaccctctcatcaacaacaataaccaaagagatgagatgatctga 32890842  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  32890841 aacacacaatagagttagcggcggct 32890816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 32897165 - 32896940
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32897165 aaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 32897066  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||    
T  32897065 accaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaagacaaccctctcatcaacaacaataaccaaagagatgagatgatctga 32896966  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  32896965 aacacacaatagagttagcggcggct 32896940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 5542171 - 5542392
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5542171 agattttataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 5542270  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagaca 204  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||||||   ||||||| ||| |||    
T  5542271 aggatattaagaattagggtattaggaatacctagataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagaggggagatgatctgaaaca 5542370  T
Q  205 cacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  5542371 cacaatagagttagcggcggct 5542392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 14418090 - 14417868
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| || |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14418090 aaacagatttcataaaacatgtttaactatga---atcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 14417994  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  14417993 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacgacgataaccaaagagagaagatgatctga 14417894  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||  ||||||||||||    
T  14417893 aacacacaatagttttagcggcggct 14417868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 42993011 - 42993235
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42993011 aaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 42993110  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  42993111 atcaa-gatattaagaattagggtattaggaataccttgataaagcttttgtagccaccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 42993209  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  42993210 aacacacaatagagttagcggcggct 42993235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 36819123 - 36818899
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36819123 aaacaaatctcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagtggaagcaaacaaaacattgaatatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 36819024  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  36819023 atcaag-atattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagccgccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 36818925  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  36818924 aacacacaatagagttagcggcggct 36818899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 10705995 - 10705765
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgat------ccgatctacgacatgtt 94  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||      | |||||||||||||||    
T  10705995 aaacagatttcataatacatgtttaacaatcgtaaatcaatagcgtaagcaaacaaaacattgaacatgattatgattatgatcggatctacgacatgtt 10705896  T
Q  95 tgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatg 194  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||    
T  10705895 tgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggattacctggataaagcttttgtagcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatg 10705797  T
Q  195 atatgagacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10705796 atctgaaacacacaatagagttagcggcggct 10705765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 7771384 - 7771202
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7771384 aaacagatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 7771285  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaag 184  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||| |||||| |||||||||| |||||||||    
T  7771284 accaaggatattaagaattagggtattaagaatacctggat-aagcttttgtagcaaccctctcatcaacaacgataaccaaag 7771202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Original strand, 14799423 - 14799564
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14799423 aaacaaatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 14799522  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataa 143  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14799523 atcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctggataa 14799564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 55 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 10700127 - 10699957
Alignment:
Q  55 aaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatag 154  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||    
T  10700127 aaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggaatatctggataaaacttttgtag 10700029  T
Q  155 cagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||  | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10700028 cagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggaaatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggct 10699957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 1882759 - 1882935
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctac-gacatgtttgatt 99  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||  |||||||||||||    
T  1882759 aaacagatttcatagaacatgttcaacaattaagaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgaatatgaacggatctaatgacatgtttgatt 1882858  T
Q  100 tatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctg--gataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacg 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  1882859 tatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggagatgaagctttcatggcagccctctcaacaacaacg 1882935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 178
Target Start/End: Original strand, 39735563 - 39735735
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  39735563 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagtaaataaaatattgaacatgattatgattgtatctacgacatgtttgatttatca 39735662  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaa 178  Q
    | ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||| ||| |||||| | ||||||||||||    
T  39735663 aagatattaagaactagggtataaggaatacctggataaa-atttcatggcaaccctctcaacaacaacggtaa 39735735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 5 - 173
Target Start/End: Original strand, 22219727 - 22219897
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaac-aaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatc 103  Q
    ||||||||||| |||||||||| | | || |||||||||| |||| |||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22219727 agatttcataaaacatgttcaatagttatgaatcaatagcagaagaaaaagaaaactttgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 22219826  T
Q  104 aaggatgttaagaattagggtattaggaatacctgga-taaagctttcatagcagccctctaatcaacaac 173  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||||||||| | |||||||    
T  22219827 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggattgaagctttgatggcagccctctcaacaacaac 22219897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 178
Target Start/End: Original strand, 39727331 - 39727495
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||    
T  39727331 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaataacggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatc---------acatgtttgatttatca 39727421  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaa 178  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||| | ||| |||||| | ||||||||||||    
T  39727422 aggatattaagaattagggtataagaaatacctggaaaaaactttcttggcaaccctctcaacaacaacggtaa 39727495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 24250255 - 24250171
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatcta 85  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| |||||  || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  24250255 aaacatatttcataaaacatgttgaacaaatatgaatcaatagcggaaacaaacaaaatattgaacattattatgatcggatcta 24250171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 4 - 76
Target Start/End: Original strand, 31399047 - 31399119
Alignment:
Q  4 cagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 76  Q
    ||||||| |||| | |||||||| ||| || ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  31399047 cagatttaataacatatgttcaataattatgaatcaatagtggaggcaaacaatacattgaacatgattatga 31399119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 1171414 - 1171312
Alignment:
Q  84 tacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaa 183  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||   |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||| | || |||| |||| || |    
T  1171414 tacgacatatttgatttatcaag-ataacaagaattagg-tattaggaatacctggttaaagcttttatggcagctctctcaacagcaacagtaaacaga 1171317  T
Q  184 gagat 188  Q
    |||||    
T  1171316 gagat 1171312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 74
Target Start/End: Original strand, 31379430 - 31379502
Alignment:
Q  2 aacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 74  Q
    |||| ||||||||| ||||||| || ||| || |||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  31379430 aacaaatttcataacacatgtttaataattatgaatcaatgacggaggcaaataaaacattgaacatgattat 31379502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 1171475 - 1171414
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacatt 62  Q
    ||||||||||||| | |||| ||||||||| || | ||||  ||||||||||||||||||||    
T  1171475 aaacagatttcatgaaacatattcaacaattatgattcaaccgcggaagcaaacaaaacatt 1171414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0236 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0236
Description:

Target: scaffold0236; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 5687 - 5465
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5687 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 5588  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  5587 atcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 5488  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcg 223  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  5487 aacacacaatagagttagcggcg 5465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 166; Significance: 5e-89; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 25387511 - 25387736
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25387511 aaacagatttcataaaacatgttcaacaaatatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 25387610  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  25387611 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttaaaaacagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 25387710  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  25387711 aacacacaatagagttagcggcggct 25387736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 25381542 - 25381767
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  25381542 aaacagatttcataatacatgttcaacaactatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgaaatgtttgattt 25381641  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  25381642 accaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtaacagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 25381741  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  25381742 aacacacaatagagttagcggcggct 25381767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 34740138 - 34739913
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34740138 aaacagatttcataaaacatgttcatcaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 34740039  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||| |||    
T  34740038 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctgaataaacctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaaaatgatctga 34739939  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  34739938 aacacacaatagagttagcggcggct 34739913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 50306341 - 50306117
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  50306341 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattataatcggatctacgacatgtttgattt 50306242  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  50306241 atcaa-gatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 50306143  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  50306142 aacacacaatagagttagcggcggct 50306117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 31058196 - 31057975
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31058196 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 31058097  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| | |    
T  31058096 atcaa-gatattaagaattagggtattaagaatacttggataaaacttttgtagcaaccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctaa 31057998  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcg 223  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  31057997 aacacacaatagagttagcggcg 31057975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 10 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 31051687 - 31051472
Alignment:
Q  10 tcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggat 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31051687 tcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgattggatctacgacatgtttgatttatcaa-gat 31051589  T
Q  110 gttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaa 209  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||| |||| | |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||    
T  31051588 attaagaattagggtattaagaatacctggataaaacttttgtagcaaccctttcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaa 31051489  T
Q  210 tagagttagcggcggct 226  Q
    |||||||||||||||||    
T  31051488 tagagttagcggcggct 31051472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 226
Target Start/End: Original strand, 8092862 - 8093078
Alignment:
Q  10 tcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggat 109  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8092862 tcataatacatattcaacaatcgtaaatcaatagcagaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctatgacatgtttgatttatcaaggat 8092961  T
Q  110 gttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacacacaa 209  Q
     ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||    
T  8092962 attaagaatttgggtatgaggaatacctggataaagcttttgtagcagtcctctcatcaacaacgataaccaaagagatgagatgatctgaaacaaacaa 8093061  T
Q  210 -tagagttagcggcggct 226  Q
     ||| |||||||||||||    
T  8093062 ctag-gttagcggcggct 8093078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 1078376 - 1078214
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1078376 aaacagatttcataatacatgttcaacaattattaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 1078277  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctct 163  Q
    | |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||    
T  1078276 accaagaatattaagaattagggtattaagaatacctggataaagcttttgtaacagccctct 1078214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 44410162 - 44409992
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  44410162 aaacagatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgattt 44410063  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaac 173  Q
    ||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||    
T  44410062 atcaaggatatcaagaatta--gtattaggaatacctggataaagcttttatggcagccctctcaacaacaac 44409992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 138
Target Start/End: Original strand, 24963709 - 24963846
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  24963709 aaacagatttcataaaacatgttcaacgaatatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgaatatgaacggatctacgccatgtttgattt 24963808  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctg 138  Q
    |||||| ||  |||||||||  ||||||||||||||||    
T  24963809 atcaagaatagtaagaattaaagtattaggaatacctg 24963846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 35 - 156
Target Start/End: Original strand, 12183625 - 12183745
Alignment:
Q  35 aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaata 134  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  12183625 aatcaatagtggaagcaaacaaaatattgaacataattatgattggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaatttgagtattaggaata 12183723  T
Q  135 cctggataaagctttcatagca 156  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  12183724 cctgaataaagctttcatagca 12183745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 9 - 138
Target Start/End: Original strand, 24926769 - 24926898
Alignment:
Q  9 ttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaagga 108  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24926769 ttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaccaaaacattgaacattaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaagaa 24926868  T
Q  109 tgttaagaattagggtattaggaatacctg 138  Q
    | ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  24926869 tattaagaattaacgtattaggaatacctg 24926898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 27955312 - 27955168
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||      
T  27955312 aaacagatttcataaaacatgtttaataatcataa-tcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacaacatgtttgat-- 27955216  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcat 152  Q
       |||||| | || || || ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27955215 ---aaggatataaataa-taaggtattaggaagacctggataaagctttcat 27955168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 5 - 138
Target Start/End: Original strand, 38151986 - 38152113
Alignment:
Q  5 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatca 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |      |||||||||||||||||||||||||    
T  38151986 agatttcataaaacatgttcaacaattattaatcaacagcggaagcaaacaaaatattgaacatgatca------gatctacgacatgtttgatttatca 38152079  T
Q  105 aggatgttaagaattagggtattaggaatacctg 138  Q
    |  || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38152080 aacatattaagaattagggtattaggaatacctg 38152113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 629 - 851
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| || |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  629 aaacagatttcataaaacatgtttaactatga---atcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattt 725  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  726 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacgacgataaccaaagagagaagatgatctga 825  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||  ||||||||||||    
T  826 aacacacaatagttttagcggcggct 851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 1201 - 1423
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  1201 aaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaaaggcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgatatgtttgattt 1300  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  1301 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcatccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctga 1400  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcg 223  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  1401 aacacacaatagagttagcggcg 1423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 172897 - 173122
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  172897 aaacaggtttcataaaacatgttctacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaaaatgattatgatcggatctacgacatgtttaattt 172996  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatga 200  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  172997 atcaaggatattaagaattaggatattaggaatacatggataaagctttcaagatagccctcttatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctga 173096  T
Q  201 gacacacaatagagttagcggcggct 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  173097 aacacacaatagagttagcggcggct 173122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 2)
Name: scaffold0208
Description:

Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 7 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 6670 - 6450
Alignment:
Q  7 atttcataatacatgttcaacaatc-ataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaa 105  Q
    |||||||||  |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||||||||||    
T  6670 atttcataaaccatgttcaacaatttatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgactgaatctacaacatgtttgatttatcaa 6571  T
Q  106 ggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacac 205  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||| ||||    
T  6570 ggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacac 6471  T
Q  206 acaatagagttagcggcggct 226  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  6470 acaatagagttagcggcggct 6450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 12543 - 12323
Alignment:
Q  7 atttcataatacatgttcaacaatc-ataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaa 105  Q
    |||||||||  ||| |||||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  12543 atttcataaaccatattcaacaatttatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacataattatgatcgaatctacgacatgtttgatttatcaa 12444  T
Q  106 ggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaacaacggtaaccaaagagataagatgatatgagacac 205  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||| ||||    
T  12443 ggatattaagaattaggctattaggaatatctggataaagctttcaaggcagtcctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacac 12344  T
Q  206 acaatagagttagcggcggct 226  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  12343 acaatagagttagcggcggct 12323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0085 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0085
Description:

Target: scaffold0085; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 4 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 38577 - 38434
Alignment:
Q  4 cagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatc 103  Q
    |||||||||||| ||||||||||  || | ||||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  38577 cagatttcataagacatgttcaatcattagaaatcaacagtggaagcaaacaaaacattgaacatagttatgatcggatctacaacatgtttg-tttatc 38479  T
Q  104 aaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 149  Q
    ||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  38478 aagaatattaataatta-ggtattaggaatacctggatgaagcttt 38434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1114 (Bit Score: 57; Significance: 6e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold1114
Description:

Target: scaffold1114; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 1237 - 1078
Alignment:
Q  1 aaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgattt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||    ||  | |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||    
T  1237 aaacagatttcataaaacatgttcaaccattatgaatcaatatcgaaagcaaacaat---ttagatatgattatgatcggatcaacgacatgtttgactt 1141  T
Q  101 atcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctct 163  Q
    |||| | || |||| |||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  1140 atcatgcatattaacaattagagtattagaaatatctggataaaactttcatggcagctctct 1078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0185 (Bit Score: 57; Significance: 6e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0185
Description:

Target: scaffold0185; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 6059 - 5971
Alignment:
Q  17 acatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatccgatctacgacatgtttgatttatcaa 105  Q
    |||||||||| ||| || |||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6059 acatgttcaataattattaatcaatagcggcattaaacaaaacattgaacatgaatatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa 5971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University