View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3119R-Insertion-2 (Length: 1020)

Name: NF3119R-Insertion-2
Description: NF3119R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3119R-Insertion-2
NF3119R-Insertion-2
[»] scaffold0147 (1 HSPs)
scaffold0147 (9-1011)||(19502-20507)


Alignment Details
Target: scaffold0147 (Bit Score: 852; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0147
Description:

Target: scaffold0147; HSP #1
Raw Score: 852; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1011
Target Start/End: Original strand, 19502 - 20507
Alignment:
Q  9 agaaatacctatggtttgatcttcaatttatatttcttaatataactttttctttgttttggttattaagccatgcacacagaccaatattaatatttca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19502 agaaatacctatggtttgatcttcaatttatatttcttaatataactttttttttgttttggttattcagccatgcacacagaccaatattaatatttca 19601  T
Q  109 atgttgaacaagtaaaagccccaatactgaaggctcatcattatatatcctcctggcaaaaaagagtaaatgtagaaaccatgatcaaacggaaatatca 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19602 atgttgaacaagtaaaagcaccaatactgaaggttcatcattatatatcctcctggcaaaa-agagtaaatgtagaaaccatgatcaaatggaaatatca 19700  T
Q  209 agtgtctataaaatcttgagcacaatcttcttgttctaaatgaagacgcgcgcaaattcaactatttatgactattgacaaagtcaagcatgcatagttg 308  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19701 agcgtctataaaatcttgagcacaatcttcttgttctaaatgaagacgcgcgcaaattcaactatttatgactattgacaaagtcaagcatgcatagttg 19800  T
Q  309 tatcacaaatatccccagttaaaatgaagagaaggcattaagtcattttcaatattaaggttcagcgtgcttataccaaaagaacaataatagatccgta 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19801 tatcacaaatatccccagttaaaatgaagagaaggcattaagtcattttcaatattaaggttcagcgtgcttgtaccaaaagaacaataatagatccgta 19900  T
Q  409 gatccttagcccagtttaagccaccttctagtgtatgaaagcttctcagtcaaaagaagttaatagttctttcttccctaacaaaaatttgagtaagctt 508  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19901 gatccttagcccagtttaaaccaccttctagtgtatgaaagcttctcagtcaaaagaagctaatagttctttcttccctaacaaaaatttgagtaagctt 20000  T
Q  509 gtttatgttttaacagaagttaaacaaaagtgcttttgaaaaaagcaaggcaaaatacaagaagccattactttaaaagctcatatctattgcaatattc 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20001 gtttatgttttaacagaagttaaacaaaagtgcttttgaaaaaagcaaggcaaaatacaagaagccattactttaaaagctcatatctattgcaatattc 20100  T
Q  609 ttttaatatttctgttttcatgagtgtctaagaagttgttccaaaccaccacagtatatattctaaaatccaaactccacacaccttaacttttgtagca 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20101 ttttaatatttctgttttcatgagtgtctaagaagttgttccaaaccaccacagtctatattctaaaatccaaactccacacaccttaacttttgtagca 20200  T
Q  709 tcannnnnnnnnnnnnnnnggagttccaagcatctctcatttatgcgagacgagtttccaagtgcaagtacctctgtaacacaaacatttgtaacaacat 808  Q
    |||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20201 tcatttttctttttcttttggagttccaagcatctctcatttatgcgagacgagtttccaagtgcaagtacctctgtaacacaaacatttgtaacaacat 20300  T
Q  809 gatcataatcaagtaatcaaaaggaaaccaaaaaataactttccagattaagc-aagttccataccttgattaatacaaagatttttcctggaacct-aa 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  20301 gatcataatcaagtaatcaaaaggaaaccaaaaaataactttccagattaagcaaagttccataccttgattaatacaaagatttttcctggaacctaaa 20400  T
Q  907 ctcac-acacccatttcatcagcaaacactgtctttctcaactcctttac-aactgtgaaagctgcgaatgtgt-ctactacaaaaaataaaccttcaat 1003  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  20401 ctcacaacacccatttcatcagcaaacaccgttttcctcaactcctttacaaactgtgaaagctgcgaatgtgtcctactac-aaaaataaaccttcaat 20499  T
Q  1004 ttcttctc 1011  Q
    ||||||||    
T  20500 ttcttctc 20507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University