View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3119R-Insertion-4 (Length: 895)

Name: NF3119R-Insertion-4
Description: NF3119R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3119R-Insertion-4
NF3119R-Insertion-4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-895)||(45745771-45746661)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 808; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 808; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 895
Target Start/End: Complemental strand, 45746661 - 45745771
Alignment:
Q  9 gcctaagctgcttttgtttgtgattctccataatatcaaagattacaaatttgatttaaaaacttgttaaacacaacagttattgcatttgtattaatat 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746661 gcctaagccgcttttgtttgtgattctccataatatcaaagattacaaatgtgatttaaaaacttgttaaacacaacagttattgcatttgtattaatat 45746562  T
Q  109 agatactgtaatttgtaacaattaactgactttgtttttgttgaatcggactcaactggaaaggcatgagaacataatgcttaggcaggaaaatgacaag 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746561 agatactgtaatttgtaacaattaactgactttgtttttgttgaatcagactcaactggaaaggcatgagaacataatgcttaggcaggaaaatgacaag 45746462  T
Q  209 ctaagaggggagaatagcatgatgaaagaagcaatggtgaatccagtatgtaacaactgtggtggaccagcaattcctggccaaatattgtttgaagagc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746461 ctaagaggggagaatagcatgatgaaagaagcaatggtgaatccaatatgtaacaactgtggtggaccagcaattcctggccaaatattgtttgaagagc 45746362  T
Q  309 accagattagaattgaaaacgctcgtctaaaggacgaattgaaccgtatatgtgccttaacaaacaagctccttggcaaaccaatatcatcattggctaa 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746361 accagattagaattgaaaacgctcgtctaaaggatgaattgaaccgtatatgcgccttaacaaacaagttccttggcaaaccaatatcatcattggctaa 45746262  T
Q  409 tcccatggctctaccaacctcaaattctggtctggaacttggtattggaaggaacggttttggtggtggttcaagctccctcggcaatcctttgccaatg 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746261 tcccatggctctaccaacctcaaattctggtctggaacttggtattggaaggaatggttttggtggtggttcaagctccctcggcaatcctttgccaatg 45746162  T
Q  509 ggacttgatcttggagatggtcgctcaatgcctggtattagttcaccaatgggattaatgggaggtagtagtgatgttcagcttgagagatcggctctaa 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746161 ggacttgatcttggagatggtcgctcaatgcctggtattagttcaccaatgggattgatgggaagtagtagtgatgttcagcttgagagatcggctctaa 45746062  T
Q  609 tagatcttgcattggctgctatggatgaattattaaagatggctcagacagatagtcctgtttggattaagggtttggatggaga--gagacatgttgaa 706  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  45746061 tagatctagcattggctgctatggatgaattattaaagatggctcagacagatagtcctgtttggattaagggtttggatggagagagagacatgttgaa 45745962  T
Q  707 tcaagaagagtatgcacggttgatttcttcttgtattggtcctaaacccgctggctttgtcactgaagctacgagagatactgggatagtaataatcaac 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45745961 tcaagaagagtatgcacggttgatttcttcttgtattggtcctaaacccgctggctttgtcactgaagctacgagagatactgggatagtaataatcaac 45745862  T
Q  807 agtttagcacttgtggaaactttgatggatgcggtatgattatc-aatactctacctcat-gtgttctttgtaatttatccgattatgata 895  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  45745861 agtttagcacttgtggaaactttgatggatgcggtatgattatcaaatattctacctcatggtgttctttgtaatttaaccgattttgata 45745771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University