View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3119_high_1 (Length: 1232)

Name: NF3119_high_1
Description: NF3119
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3119_high_1
NF3119_high_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-1109)||(15114077-15115185)
chr6 (1174-1222)||(15113964-15114012)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 1061; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 1061; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1109
Target Start/End: Complemental strand, 15115185 - 15114077
Alignment:
Q  1 actgccccccgccaccatctccgcactctcttctccggcacattcaccctcgtccgcgaccgcggcctcgaccacgccgtcgaacgcgaaaagaatctca 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15115185 actgcccaccgccaccatctccgcactctcttctccggcacattcaccctcgtccgcgaccgcggcctcgaccacgccgtcgaacgcgaaaagaatctca 15115086  T
Q  101 aacctctcctcactctcctctccctcatcaacaacgaacccaccaaatccctccccatctccatcatcaaacaatcccgatccctcaacctccctttccg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15115085 aacctctcctcactctcctctccctcatcaacaacgaacccaccaaatccctccccatctccatcatcaaacaatcccgatccctcaacctccctttccg 15114986  T
Q  201 ccccatcgaattcatccgtaaatacccttccgttttcgaagaattttacaacaatggttgcgcttttgaacctcatgttaaactcacagccaaagctatt 300  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15114985 ccccatcgaattcatccgcaaatacccttccgttttcgaagaattttacaacaatggttgcacttttgagcctcatgttaaactcacagcaaaagctatt 15114886  T
Q  301 gatcttaatgccgacgaaaagttcttggttgctagtgatgtttttaagaaagatgttgctgttagggttttgaaactgttgatgattgcgaaagggaata 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15114885 gatcttaatgccgacgaaaagttcttggttgctagtgatgtttttaagaaagatgttgctgttagggttttgaaattgttgatgattgcgaaagggaata 15114786  T
Q  401 agattcctttgagtgttgttgatggtttgaaatgggatcttggtcttcctgatgattatgttaagtctgttattccggagtttccggatcattttcgcgt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15114785 agattcctttgagtgttgttgatggtttgaaatgggatcttggtcttcctgatgattatgttaagtctgttattccagagtttccggatcattttcgcgt 15114686  T
Q  501 tgttggtgtcgataataatgctgttttggaattggtttgttggagtaaacaacacgcggtgtcgtttttggagaagaaatatggcgataaagcgaaaggg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15114685 tgttggtgtcgataataatgctgttttggaactggtttgttggagtaaaaaacactctgtgtcgtttttggagaagaaatatggcgataaagcgaaaggg 15114586  T
Q  601 caagggaaggaattgggttttccggtgcaattttcgacgggttttgagatggataagaagtatgagaaatgggtgaaggagtggaatggtttgaggtatg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15114585 caagggaaggaattgggttttccggtgcaattttcgacgggttttgagatggataagaagtatgagaaatgggtgaaggagtggaatggtttgaggtatg 15114486  T
Q  701 tgagtccgtatgagaatggtgtgaatttgagtggttcgagtgaggaatcggataagtgggttgttggggttttacatgagattttgaatcttttggtgag 800  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15114485 tgagtccgtatgagaatggggtgaatttgagtggttcgagtgaggaatcggataagtgggttgttggggttttacatgagattttgaatcttttggtgag 15114386  T
Q  801 taaaaagacggagaaagataatgttttgatgattggtgagtggttgggtttagcatcgaggtttaagagggtgattttgcagcatccggggatattttat 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15114385 taaaaagacggagaaagataatgttttgatgattggtgagtggttgggtttagcatcgaggtttaagagggtgattttgcagcatccggggatattttat 15114286  T
Q  901 gtgtcgagtaagaataggatgtataccgttgttttgagagatgggtataagaggggtttgcttgttgaggataatccggcgatggagtttaggaggaggt 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15114285 gtgtcgagtaagaataggatgtataccgttgttttgagagatgggtataagaggggtttgcttgttgaggataatccggcgatggagtttaggaggaggt 15114186  T
Q  1001 atattcatttgatgaatactgttaaggaagatagcaagaacgataagtctgagaaggggaaaacaagttcaaaagagggtagtttgaaagaggatgaagg 1100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15114185 atattcatttgatgaatactgttaaggaagatagcaagaacgataagtctgagaaggggaaaacaagttcaaaagagggtagtttgaaagaggatgaagg 15114086  T
Q  1101 taaggtaga 1109  Q
    |||||||||    
T  15114085 taaggtaga 15114077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1174 - 1222
Target Start/End: Complemental strand, 15114012 - 15113964
Alignment:
Q  1174 tgttctgatgatgaagatgaggatgctagtgaaaccgtcgatgatgatg 1222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15114012 tgttctgatgatgaagatgaggatgctagtgaaaccgtcgatgatgatg 15113964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University