View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3119_low_29 (Length: 233)

Name: NF3119_low_29
Description: NF3119
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3119_low_29
NF3119_low_29
[»] scaffold0543 (1 HSPs)
scaffold0543 (16-218)||(476-678)
[»] scaffold0754 (1 HSPs)
scaffold0754 (16-219)||(3208-3411)
[»] scaffold0563 (7 HSPs)
scaffold0563 (16-219)||(59-262)
scaffold0563 (16-219)||(9741-9944)
scaffold0563 (16-218)||(5619-5821)
scaffold0563 (16-218)||(8703-8905)
scaffold0563 (16-218)||(6876-7078)
scaffold0563 (16-218)||(3856-4058)
scaffold0563 (16-218)||(2022-2231)
[»] scaffold0492 (2 HSPs)
scaffold0492 (16-219)||(101-304)
scaffold0492 (16-218)||(2022-2224)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (16-219)||(15830511-15830714)
chr1 (16-219)||(15833966-15834169)
chr1 (16-219)||(15832239-15832442)
chr1 (26-215)||(15829430-15829616)


Alignment Details
Target: scaffold0543 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0543
Description:

Target: scaffold0543; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 16 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 678 - 476
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  678 atgaatttactattcaattgatttcattaactatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 579  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  578 tgctttccatgtcttacacacacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 479  T
Q  216 agt 218  Q
    |||    
T  478 agt 476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0754 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0754
Description:

Target: scaffold0754; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Original strand, 3208 - 3411
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3208 atgaatttactattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtacctgtttttcctttggtagatggcat 3307  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3308 tgctttccatgtcttacacacacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagatttgttatggtttatcttatgaaactaaattaaggtatgatgatgga 3407  T
Q  216 agtg 219  Q
    ||||    
T  3408 agtg 3411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0563 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 7)
Name: scaffold0563
Description:

Target: scaffold0563; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Original strand, 59 - 262
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  59 atgaatttactattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtacctgtttttcctttggtagatggcat 158  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  159 tgctttccatgtcttacacacacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagatttgttatggtttatcttatgaaactaaattaaggtatgatgatgga 258  T
Q  216 agtg 219  Q
    ||||    
T  259 agtg 262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0563; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Original strand, 9741 - 9944
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9741 atgaatttactattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtacctgtttttcctttggtagatggcat 9840  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9841 tgctttccatgtcttacacacacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagatttgttatggtttatcttatgaaactaaattaaggtatgatgatgga 9940  T
Q  216 agtg 219  Q
    ||||    
T  9941 agtg 9944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0563; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 16 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 5821 - 5619
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||    
T  5821 atgaatttactattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtaccagtttttcctttgggagatggtat 5722  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5721 tcctttccatgtcttacacacacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 5622  T
Q  216 agt 218  Q
    |||    
T  5621 agt 5619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0563; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 16 - 218
Target Start/End: Original strand, 8703 - 8905
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||    
T  8703 atgaatttactattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtaccagtttttcctttgggagatggtat 8802  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8803 tcctttccatgtcttacacacacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 8902  T
Q  216 agt 218  Q
    |||    
T  8903 agt 8905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0563; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 16 - 218
Target Start/End: Original strand, 6876 - 7078
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||    
T  6876 atgaatttactattcaattgatttcaataacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtaccagtttttcctttgggagatggtat 6975  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6976 tcctttccatgtcttacacacacttagctctggaacattgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattatggtatgatgatgga 7075  T
Q  216 agt 218  Q
    |||    
T  7076 agt 7078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0563; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 16 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 4058 - 3856
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||    
T  4058 atgaatttactattcaattgatttcaataacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtaccagtttttcctttgggagatggtat 3959  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  3958 tcctttccatgtcttacacacacttagctctggaacattgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattatggtatgatgatgaa 3859  T
Q  216 agt 218  Q
    |||    
T  3858 agt 3856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0563; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 16 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 2231 - 2022
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttccttt-------ggcag 108  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||       || ||    
T  2231 atgaatttactattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtaccagtttttcctttttcctttgggag 2132  T
Q  109 atggcattgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatga 208  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2131 atggtattcctttccatgtcttacacacacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatga 2032  T
Q  209 tgatggaagt 218  Q
    ||||||||||    
T  2031 tgatggaagt 2022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0492 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 2)
Name: scaffold0492
Description:

Target: scaffold0492; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Original strand, 101 - 304
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  101 atgaatttactattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtacctgtttttcctttggtagatggcat 200  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  201 tgctttccatgtcttacacacacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagatttgttatggtttatcttatgaaactaaattaaggtatgatgatgga 300  T
Q  216 agtg 219  Q
    ||||    
T  301 agtg 304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0492; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 16 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 2224 - 2022
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||    
T  2224 atgaatttactattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtaccagtttttcctttgggagatggtat 2125  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2124 tcctttccatgtcttacacacacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 2025  T
Q  216 agt 218  Q
    |||    
T  2024 agt 2022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 15830714 - 15830511
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15830714 atgaatttactattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtacctgtttttcctttggtagatggcat 15830615  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15830614 tgctttccatgtcttacacacacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagatttgttatggtttatcttatgaaactaaattaaggtatgatgatgga 15830515  T
Q  216 agtg 219  Q
    ||||    
T  15830514 agtg 15830511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 15834169 - 15833966
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15834169 atgaatttactattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtacctgtttttcctttggtagatggcat 15834070  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15834069 tgctttccatgtcttacacacacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagatttgttatggtttatcttatgaaactaaattaaggtatgatgatgga 15833970  T
Q  216 agtg 219  Q
    ||||    
T  15833969 agtg 15833966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 15832442 - 15832239
Alignment:
Q  16 atgaatttagtattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcat 115  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15832442 atgaatttactattcacttgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttcttctatttttgatgtacctgtttttcctttggtagatggcat 15832343  T
Q  116 tgctttccatgtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15832342 tgctttccatgtcttacacacacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagatttgttatggtttatcttatgaaactaaattaaggtatgatgatgga 15832243  T
Q  216 agtg 219  Q
    ||||    
T  15832242 agtg 15832239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 26 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 15829616 - 15829430
Alignment:
Q  26 tattcaattgatttcattaacaatgtatttatgtatcataaagatttattctatttttgatgtacctgtttttcctttggcagatggcattgctttccat 125  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15829616 tattcaattgattccattaacaatgtatttatgtatcaaaaacatttcttctatttttgatgtacctgtctttcctttggcagatggcattgcttgccat 15829517  T
Q  126 gtcttacacaaacttagctctggaacgttgtcaaagaatgagagttgttatggtttatcttatgaaactcaattaaggtatgatgatgga 215  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15829516 gtcttacataaacttagctctggaactttgtcaaagaatgag---tgttatgttttatcttatgaaactcaattatggtatgatgatgga 15829430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University