View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3120-Insertion-1 (Length: 1062)

Name: NF3120-Insertion-1
Description: NF3120
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3120-Insertion-1
NF3120-Insertion-1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (8-863)||(46267673-46268547)
chr3 (902-1060)||(46268589-46268750)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 710; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 710; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 863
Target Start/End: Original strand, 46267673 - 46268547
Alignment:
Q  8 gataagtagctaggtgttgaagggcgtagaggaaaggatgggaagctaaagacacgattgaagaa---ccaacttgttaactttcttacaataacctctc 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  46267673 gataagtagctaggtgttgaagggcgtagaggaaaggatgggaagctaaagacacgattgaagaagaaccaagttgttaactttcttacaataacctctc 46267772  T
Q  105 taggccagagaattaacttgagacattttgggatgcaataatcgtacttttaattagaaatcaagtttagtttttgtgtgtaact--------------- 189  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
T  46267773 taggccatagaattaactagagacattttgggatgcaataatcgtacttttaattagaaatcaagtttagtttttgtgtgtaactaaacaccaggtaact 46267872  T
Q  190 tagactttgtgtcattagttatgaatgtgtcgcttaggcaccatttcaccttgtgttagacaaagttaaatttttatcaagaagtgatcttaaaattccc 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  46267873 tagactttgtgtcattagttatgaatgtgtcgcttaggcaccatttcaccttgtgttagaaaaagttaaatttt-atcaagaagtgatcttaaaattccc 46267971  T
Q  290 ctgtggggtgtggtgatttctatcatttccttcttcaagtatgcaggaggcgtttctatcctgttctgcaacaatattgaaattctagttgtgagtggct 389  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46267972 ctgtggggtgtggtaatttctatcatttccttcttcaagtatgcaggaggcgtttctatcctgttctgcaacaatgttgaaattctagttgtgagtggct 46268071  T
Q  390 acttgatgggagttcatttgtagtcagtatctggttttgttggcttagaggagaattgtgatcaggatcgattcatgatttcttagctaactttcatacc 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46268072 acttgatgggagttcatttgtagtcagtatctggttttgttggcttagaggagaattgtgatcaggatcgattcatgatttcttagctaactttcatacc 46268171  T
Q  490 ttgcaatttttatagatttgaatagttgctttgtaatttgatatgtgtcaggttctttgtgacgaggatatgttttttctttagatttaatgataggata 589  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46268172 ttgcaattttaatagatttgagtagttgctttgtaatttgatatgtgtcaggttctttgtgacgaggatatgttttttctttagatttagtgataggata 46268271  T
Q  590 ctttgtactccgatatgctgttgttttgcaaaccttttcgcaccttgtcattgtgtttgcattccttagatttttc-nnnnnnnnnncatttttatatgc 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||    
T  46268272 ctttgtactccgatatgctgttgttttgcaaaccttttcgcaccttgtcattgtgtttgcattccttagatttttcaaaaaaaaaaacatttttatatgc 46268371  T
Q  689 taatgttgaggagtatgcagtagagtccatatcatgccttaatgagcatactgcctgaaattgtctgtaaattttgtcttagcagaggtt-actctactc 787  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||    
T  46268372 taatgttgaggagtatgcagtagagtccatatcatgccttaatgagcatactgcctgaaattgtctgtaaattttgtcttagcagaggttgaggttactc 46268471  T
Q  788 agtcatgctgcaaagtgcaaagcaagacaaagttttagcactagataatcattaaactattaggggcctgtcacag 863  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46268472 agtcatgctgcaaagtgcaaagcaagacaaagttttagcactagataatcattaaactattaggggcctgtcacag 46268547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 902 - 1060
Target Start/End: Original strand, 46268589 - 46268750
Alignment:
Q  902 cacttttagaaggattccgagtaacttttgtatggaatcctgcttaaggcggaggatgataccatgagggtttagcgtaaatgg-tggtacgtaatggtg 1000  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  46268589 cacttttagaaggattccgagtaacttttgtatggaatcctgcttaaggcggaggatgataccatgagggtttagcgtaaatggttggtacgtaat-gtg 46268687  T
Q  1001 tagtggcaaaccaaat-acgacattta-tca--tttttactagtagtatttgtagctagctatt 1060  Q
    |||| ||||||||||| |||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46268688 tagt-gcaaaccaaataacgatatttattcatttttttactagtagtatttgtagctagctatt 46268750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University