View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3120-Insertion-2 (Length: 786)

Name: NF3120-Insertion-2
Description: NF3120
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3120-Insertion-2
NF3120-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-786)||(28526028-28526806)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 771; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 771; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 786
Target Start/End: Original strand, 28526028 - 28526806
Alignment:
Q  8 caaacatttttggacttgctagaggctcagctagtggaatgaggtatacttcaagaattgcagcgtataaagtatgctggctttctggttgcgcgaattc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526028 caaacatttttggacttgctagaggctcagctagtggaatgaggtatacttcaagaattgcagcgtataaagtatgctggctttctggttgcgcgaattc 28526127  T
Q  108 agacgtgttagcagctatggatcaagcagtttctgatggtgttgatgtactatcactatctttaggaagtattccaaaaccattttataatgatagtatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526128 agacgtgttagcagctatggatcaagcagtttctgatggtgttgatgtactatcactatctttaggaagtattccaaaaccattttataatgatagtatt 28526227  T
Q  208 gctatagcttcatttggagcaacgaaaaacggtgtttttgtttcttgctcagcaggcaactcaggcccttttgcatcaacggtgggaaacggcgcaccat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28526228 gctatagcttcatttggagcaacgaaaaacggtgtttttgtttcttgctcagcaggcaactcaggcccttttgcatcaactgtgggaaacggcgcaccat 28526327  T
Q  308 ggatcatgacagttgctgctagctacattgacagaacttttccaacaaaagtaaaacttggaaactcaaaaaattttgaaggcacatctttgtaccaagg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526328 ggatcatgacagttgctgctagctacattgacagaacttttccaacaaaagtaaaacttggaaactcaaaaaattttgaaggcacatctttgtaccaagg 28526427  T
Q  408 aaaaaacgaaccaaaccaacaattcccacttgtttatggaaaaacagcaggtaaaaagagagaagcagtattctgcacaaaaaactcacttgataaaaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526428 aaaaaacgaaccaaaccaacaattcccacttgtttatggaaaaacagcaggtaaaaagagagaagcagtattctgcacaaaaaactcacttgataaaaaa 28526527  T
Q  508 cttgtttttggaaaaatagttgtttgtgaaagaggaatcgatggtagaaccgaaaaaggagcggaagttaaaaattcaggtggatatggaatgatactac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526528 cttgtttttggaaaaatagttgtttgtgaaagaggaatcaatggtagaaccgaaaaaggagcggaagttaaaaattcaggtggatatggaatgatactac 28526627  T
Q  608 tcaactctgcaaatcaaggcgaagagcttctttctgatcctcacattttgccagctacttccttaggtgcttcagcaggtaaagctattagaatctacct 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526628 tcaactctgcaaatcaaggcgaagagcttctttctgatcctcacattttgccagctacttccttaggtgcttcagcaggtaaagctattagaatctacct 28526727  T
Q  708 taacactactaaaaaaccaacagcttcaatttcctttctaggaacaaggtatggtaacattgcaccaatagtggcagca 786  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526728 taacactactaaaaaaccaacagcttcaatttcctttctaggaacaaggtatggtaacattgcaccaatagtggcagca 28526806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University