View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3121_high_5 (Length: 578)

Name: NF3121_high_5
Description: NF3121
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3121_high_5
NF3121_high_5
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (13-562)||(626386-626936)
chr7 (11-562)||(29867860-29868412)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (50-562)||(33721438-33721950)
chr3 (309-385)||(26712297-26712373)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (11-562)||(20785937-20786489)
chr1 (11-562)||(29469572-29470124)
chr1 (309-405)||(45998411-45998507)
chr1 (309-385)||(9795058-9795134)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (11-562)||(19965326-19965878)
chr8 (11-562)||(21027118-21027670)
chr8 (201-350)||(6367789-6367938)
chr8 (13-122)||(6367935-6368044)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (14-562)||(28698651-28699188)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 562
Target Start/End: Original strand, 626386 - 626936
Alignment:
Q  13 ctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaaggatggaggcgtatttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  626386 ctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaaggatggaggcgtatttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaagt 626485  T
Q  113 tcttcctttgtcagacaatccaacaatagctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagggctactttgtttgctgctgtc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  626486 tcttcctttgtcagacaatccaacaatggctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagggctactttgtttgctattgtc 626585  T
Q  213 tcagaagaaatcttcaccagaattatgatcatcaaatcagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattaggggga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  626586 tcagaagaaatcttcaccagaattatgatcatcaaatcagcatttgaaatatggaatatcttcaaaattgaatatgaaggagatgaaagaattaggggga 626685  T
Q  313 tgcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaacaa 412  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  626686 tgcaagcacttaatttgattggagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaacaa 626785  T
Q  413 agtaagattgcttggttctgaattatctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaactataacttccctgg-a 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  626786 agtaagattgcttggttctgaattatctgattcaagaataggtcagaaaatacttgtgactgtccctgaaagatttgaagcaactataacttccttggaa 626885  T
Q  512 aataccaaggacatgttaaagcttaccgtggcagagcttgtaaatgctatg 562  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  626886 aatacaaaggacatgttaaagcttaccgtgggagagcttgtaaatgctatg 626936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 562
Target Start/End: Original strand, 29867860 - 29868412
Alignment:
Q  11 acctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaaggatggaggcgtatttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29867860 acctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaagaatagaggcatacttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaa 29867959  T
Q  111 gttcttcctttgtcagacaatccaacaatagctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagggctactttgtttgctgctg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29867960 gttcttcctttgtcagacaatccaacaatggctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagagctactttgtttgctgctg 29868059  T
Q  211 tctcagaagaaatcttcaccagaattatgatcatcaaatcagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29868060 tctcagaagaaatcttcaccagaattatgaccatcaaatcagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggg 29868159  T
Q  311 gatgcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaac 410  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29868160 aatgcaagcgcttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaac 29868259  T
Q  411 aaagtaagattgcttggttctgaattatctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaactataacttccctgg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||    
T  29868260 aaagtaagattgcttggttctgaattgtctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaaccatcacttccttgg 29868359  T
Q  511 -aaataccaaggacatgttaaagcttaccgtggcagagcttgtaaatgctatg 562  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29868360 aaaataccaaggacatgtcaaagcttaccgtggcggagcttgtaaatgctatg 29868412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 50 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 33721950 - 33721438
Alignment:
Q  50 aaggatggaggcgtatttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaagttcttcctttgtcagacaatccaacaatagctcagata 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33721950 aaggatggaggcgtatttagaggcaaatgacctctgggaagctattgaggaggactacgaagttcttcctttgtcagacaatccaacaatggctcagata 33721851  T
Q  150 aaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagggctactttgtttgctgctgtctcagaagaaatcttcaccagaattatgatcatcaaat 249  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33721850 acaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagggctactttgtttgctgctgtctcagaagaaatcttcaccagaattatgaccatcaaat 33721751  T
Q  250 cagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggggatgcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgca 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33721750 cagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggggatgcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgca 33721651  T
Q  350 aaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaacaaagtaagattgcttggttctgaattatctgattcaaga 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33721650 aaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaacaaagtaagattgcatggttctgaattatctgattcaaga 33721551  T
Q  450 atagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaactataacttccctggaaataccaaggacatgttaaagcttaccgtggcagagct 549  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33721550 atagttcagaaaatactcgtgactatccctgaaagatttgaagcaactataacttccttggaaataccaaggacatgttaaagcttaccgtggcagagct 33721451  T
Q  550 tgtaaatgctatg 562  Q
    |||||||||||||    
T  33721450 tgtaaatgctatg 33721438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 309 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 26712373 - 26712297
Alignment:
Q  309 gggatgcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgc 385  Q
    ||||||||||  || ||||||||  | || |||||||||||   |||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  26712373 gggatgcaagtgctgaatttgatcagggagtttgagatgcagcggatgaaggagtcagaaacaatcaaagagtatgc 26712297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 20786489 - 20785937
Alignment:
Q  11 acctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaaggatggaggcgtatttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20786489 acctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaagaatagaggcatacttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaa 20786390  T
Q  111 gttcttcctttgtcagacaatccaacaatagctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagggctactttgtttgctgctg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20786389 gttcttcctttgtcagacaatccaacaatggctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagagctactttgtttgctgctg 20786290  T
Q  211 tctcagaagaaatcttcaccagaattatgatcatcaaatcagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20786289 tctcagaagaaatcttcaccagaattatgaccatcaaatcagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggg 20786190  T
Q  311 gatgcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaac 410  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20786189 aatgcaagcgcttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaac 20786090  T
Q  411 aaagtaagattgcttggttctgaattatctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaactataacttccctgg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||    
T  20786089 aaagtaagattgcttggttctgaattgtctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaaccatcacttccttgg 20785990  T
Q  511 -aaataccaaggacatgttaaagcttaccgtggcagagcttgtaaatgctatg 562  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20785989 aaaataccaaggacatgtcaaagcttaccgtggcggagcttgtaaatgctatg 20785937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 562
Target Start/End: Original strand, 29469572 - 29470124
Alignment:
Q  11 acctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaaggatggaggcgtatttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29469572 acctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaagaatagaggcatacttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaa 29469671  T
Q  111 gttcttcctttgtcagacaatccaacaatagctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagggctactttgtttgctgctg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  29469672 gttcttcctttgtcagacaatccaacaatggctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagagctactttgtttgctgttg 29469771  T
Q  211 tctcagaagaaatcttcaccagaattatgatcatcaaatcagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29469772 tctcagaagaaatcttcaccagaattatgaccatcaaatcagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggg 29469871  T
Q  311 gatgcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaac 410  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29469872 aatgcaagcgcttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattaacattgctaac 29469971  T
Q  411 aaagtaagattgcttggttctgaattatctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaactataacttccctgg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||    
T  29469972 aaagtaagattgcttggttctgaattgtctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaaccatcacttccttgg 29470071  T
Q  511 -aaataccaaggacatgttaaagcttaccgtggcagagcttgtaaatgctatg 562  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29470072 aaaataccaaggacatgtcaaagcttaccgtggcggagcttgtaaatgctatg 29470124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 309 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 45998507 - 45998411
Alignment:
Q  309 gggatgcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattg 405  Q
    ||||||||||  || ||||||||  | || |||||||||||   |||||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||| | |||||||    
T  45998507 gggatgcaagtgctgaatttgatcagggagtttgagatgcagcggatgaaggagtcagaaacaatcaaagagtatgcagacaaacttctaagcattg 45998411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 309 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 9795134 - 9795058
Alignment:
Q  309 gggatgcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgc 385  Q
    ||||||||||  || ||||||||  | || |||||||||||   |||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  9795134 gggatgcaagtgctgaatttgatcagggagtttgagatgcagcggatgaaggagtcagaaacaatcaaagagtatgc 9795058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 477; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 562
Target Start/End: Original strand, 19965326 - 19965878
Alignment:
Q  11 acctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaaggatggaggcgtatttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19965326 acctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaagaatagaggcatacttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaa 19965425  T
Q  111 gttcttcctttgtcagacaatccaacaatagctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagggctactttgtttgctgctg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19965426 gttcttcctttgtcagacaatccaacaatggctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagagctactttgtttgctgctg 19965525  T
Q  211 tctcagaagaaatcttcaccagaattatgatcatcaaatcagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19965526 tctcagaagaaatcttcaccagaattatgaccatcaaatcagcatttgaaatatggaatttccttaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggg 19965625  T
Q  311 gatgcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaac 410  Q
     |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19965626 aatgcaagcgcttaatttgattagagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaac 19965725  T
Q  411 aaagtaagattgcttggttctgaattatctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaactataacttccctgg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||    
T  19965726 aaagtaagattgcttggttctgaattgtctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaaccatcacttccttgg 19965825  T
Q  511 -aaataccaaggacatgttaaagcttaccgtggcagagcttgtaaatgctatg 562  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19965826 aaaataccaaggacatgtcaaagcttaccgtggcggagcttgtaaatgctatg 19965878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 21027670 - 21027118
Alignment:
Q  11 acctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaaggatggaggcgtatttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21027670 acctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaagaatagaggcatacttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaa 21027571  T
Q  111 gttcttcctttgtcagacaatccaacaatagctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagggctactttgtttgctgctg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21027570 gttcttcctttgtcagacaatccaacaatggctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagagctactttgtttgctgctg 21027471  T
Q  211 tctcagaagaaatcttcaccagaattatgatcatcaaatcagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21027470 tctcagaagaaatcttcaccagaattatgaccatcaaatcagcatttgaaatatggaatttccttaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggg 21027371  T
Q  311 gatgcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaac 410  Q
     |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21027370 aatgcaagcgcttaatttgatttgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaac 21027271  T
Q  411 aaagtaagattgcttggttctgaattatctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaactataacttccctgg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||    
T  21027270 aaagtaagattgcttggttctgaattgtctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaaccatcacttccttgg 21027171  T
Q  511 -aaataccaaggacatgttaaagcttaccgtggcagagcttgtaaatgctatg 562  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21027170 aaaataccaaggacatgtcaaagcttaccgtggcggagcttgtaaatgctatg 21027118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 201 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 6367938 - 6367789
Alignment:
Q  201 tttgctgctgtctcagaagaaatcttcaccagaattatgatcatcaaatcagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaa 300  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6367938 tttgctgatgactcagaagaaatcttaaccaaaattatgaccatcaaaccagcatttgaaatatgaaatttcctcaaaactgaatacgaaggagatgaaa 6367839  T
Q  301 gaattagggggatgcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgcaa 350  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6367838 gaattaggggaatgcaagcgcttaatttcattcgagaatttgagatgcaa 6367789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 6368044 - 6367935
Alignment:
Q  13 ctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaaggatggaggcgtatttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaagt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  6368044 ctgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaggaatggaggcgtatttagaggcaaatgacctctgcgaagctcttgaggaggactacgaagt 6367945  T
Q  113 tcttcctttg 122  Q
    ||||||||||    
T  6367944 tcttcctttg 6367935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 28699188 - 28698651
Alignment:
Q  14 tgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaaggatggaggcgtatttagaggcaaatgacctctgggaagctgttgaggaggactacgaagtt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||            ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28699188 tgtgtttgatggtgaaaactatcatatatgggcagcaagaat------------agaggcaaatgacctttgggaagctgttgaggaggactacaaagtt 28699101  T
Q  114 cttcctttgtcagacaatccaacaatagctcagataaaaaatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagggctactttgtttgctgctgtct 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28699100 cttcctttgtcagacaatccaacaatggctcagataaataatcacaaggaaaggaaaacaagaaagtcaaaagcaagggctactttgtttgctgctgtct 28699001  T
Q  214 cagaagaaatcttcaccagaattatgatcatcaaatcagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggggat 313  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28699000 cagaagaaatcttcaccataattataaccatcaaatcagcatttgaaatatggaatttcctcaaaactgaatatgaaggagatgaaagaattagggggat 28698901  T
Q  314 gcaagcacttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaacaaa 413  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28698900 gcaaacacttaatttgattcgagaatttgagatgcaaaagatgaaggagtctgaaacaattaaagagtatgcaaataaacttattagcattgctaacaaa 28698801  T
Q  414 gtaagattgcttggttctgaattatctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactgtccctgaaagatttgaagcaactataacttccctgg-aa 512  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  28698800 gtaagattgtttggttctgaattatctgattcaagaatagttcagaaaatactcgtgactatccctaaaagatttgaagcaactataacttccttggaaa 28698701  T
Q  513 ataccaaggacatgttaaagcttaccgtggcagagcttgtaaatgctatg 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  28698700 ataccaaggacatgttaaagcttacgttgggagagcttgtaaatgctatg 28698651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University