View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3121_low_4 (Length: 578)
Name: NF3121_low_4
Description: NF3121
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3121_low_4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 11592952 - 11592414
Alignment:
| Q |
20 |
atgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaagcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatat |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592952 |
atgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtgatggagaaagcaaaggataaagcctcagaaacaattgataagaagagagatat |
11592853 |
T |
|
| Q |
120 |
tgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtt |
219 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592852 |
tgttaattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtt |
11592753 |
T |
|
| Q |
220 |
tatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagggaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaacgaagcga |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
11592752 |
tatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatgggacaaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcga |
11592653 |
T |
|
| Q |
320 |
aagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaa |
419 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592652 |
aagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaa |
11592553 |
T |
|
| Q |
420 |
tgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagg |
519 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592552 |
tgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagg |
11592453 |
T |
|
| Q |
520 |
gctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcat |
558 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592452 |
gctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcat |
11592414 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 558
Target Start/End: Original strand, 11645167 - 11645705
Alignment:
| Q |
20 |
atgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaagcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatat |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11645167 |
atgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtgatggagaaagcaaaggataaagcctcagaaacaattgataagaagagagatat |
11645266 |
T |
|
| Q |
120 |
tgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtt |
219 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11645267 |
tgttaattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtt |
11645366 |
T |
|
| Q |
220 |
tatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagggaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaacgaagcga |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
11645367 |
tatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatgggacaaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcga |
11645466 |
T |
|
| Q |
320 |
aagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaa |
419 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11645467 |
aagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaa |
11645566 |
T |
|
| Q |
420 |
tgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagg |
519 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11645567 |
tgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagg |
11645666 |
T |
|
| Q |
520 |
gctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcat |
558 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11645667 |
gctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcat |
11645705 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 25 - 416
Target Start/End: Original strand, 37180666 - 37181056
Alignment:
| Q |
25 |
aaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaagcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgttt |
124 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37180666 |
aaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacacgcaatggagaaagcaaaggataaagcctcataaacaattgataagaagagagatattgttt |
37180765 |
T |
|
| Q |
125 |
attcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatga |
224 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
37180766 |
atgcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgttaaagagaaagtttatgataaagctaatgatgtttatga |
37180865 |
T |
|
| Q |
225 |
taatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagg-gaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaacgaagcgaaaga |
323 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||| ||| | |||| |
|
|
| T |
37180866 |
taatgttcaagattccacaaaagggtcattggaaaaaggaaaaaaaaatgggacaaacattgaaggaacatgttggt---aacgtgaccgagacataaga |
37180962 |
T |
|
| Q |
324 |
cggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttatt-gggattttcaagtggttatggaat |
416 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
37180963 |
cggtgtaaagaagtttgtgtcattatctatggagagagttgaatcattgacgaaagagttgaatttgttagggatttgcaagtggttatggaat |
37181056 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University