View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3121_low_40 (Length: 235)

Name: NF3121_low_40
Description: NF3121
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3121_low_40
NF3121_low_40
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-221)||(17732316-17732536)
chr6 (1-221)||(30709898-30710118)
chr6 (1-221)||(15347830-15348047)
chr6 (1-227)||(6008929-6009149)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-221)||(14791075-14791292)
chr8 (1-221)||(20111789-20112006)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-221)||(5348121-5348338)
chr5 (1-224)||(36429687-36429910)
chr5 (1-216)||(26380097-26380321)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-221)||(54560431-54560648)
chr3 (4-221)||(47471101-47471318)
chr3 (1-221)||(50837758-50837979)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-221)||(27455325-27455545)
chr4 (1-221)||(49681558-49681784)
[»] scaffold0102 (1 HSPs)
scaffold0102 (1-221)||(32757-32977)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-221)||(10256102-10256322)
chr2 (1-221)||(4593023-4593234)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-221)||(36067720-36067940)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (4-221)||(47445282-47445499)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 17732536 - 17732316
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17732536 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacagcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 17732437  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17732436 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatgagattatcaacaacactgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 17732337  T
Q  201 tacgacccttttggataacaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  17732336 tacgacccttttggataacaa 17732316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 30709898 - 30710118
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30709898 atgatgaatagcatgaacaacaacatcaacagcaacggttcttctcattctcatgatgttactgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 30709997  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30709998 cactttttaaccctcattcaaatggatttcttttttggagcagcgatgagattaccaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 30710097  T
Q  201 tacgacccttttggataacaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  30710098 tacgacccttttggataacaa 30710118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 15347830 - 15348047
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15347830 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatattattgttccatcatcactcatgtctcctctttagaatcaat 15347929  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15347930 cactttttaaccctcattcaaatggatttccattttggagcagcgatgagattatcaacaacaatg---atcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 15348026  T
Q  201 tacgacccttttggataacaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  15348027 tacgacccttttggataacaa 15348047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 6009149 - 6008929
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6009149 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaatgtttcttctcattctcat------attgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 6009056  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6009055 cacttttgaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatgagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 6008956  T
Q  201 tacgacccttttggataacaatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||    
T  6008955 tacgacccttttggataacaataatga 6008929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 14791075 - 14791292
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14791075 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 14791174  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14791175 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatgagattatcaacaacaatg---atcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 14791271  T
Q  201 tacgacccttttggataacaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14791272 tacgacccttttggataacaa 14791292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 20112006 - 20111789
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  20112006 atgatgaatagcatgaacaacaacatcaacaacaacggttcttctcattctcatgatgttactgttccatcatcactcatgtctcatcttcaaaatcaat 20111907  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||     
T  20111906 cactttttaaccctcattcaaatggattttctttttggagcagcgatgagattaccaacaacaatgatcatc---atcaattgtctcttgatctttctgc 20111810  T
Q  201 tacgacccttttggataacaa 221  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  20111809 cacgacccttttggataacaa 20111789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 5348121 - 5348338
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5348121 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 5348220  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5348221 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatgagattatcaacaacaatg---atcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 5348317  T
Q  201 tacgacccttttggataacaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  5348318 tacgacccttttggataacaa 5348338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 36429687 - 36429910
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36429687 atgatgaatagcatggacaacaacatcaacagcaacggttcttctcattctcatgatgttactgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 36429786  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36429787 cactttttaaccctcattcaaatggatttcttttttggagcagcgatgagattaccaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 36429886  T
Q  201 tacgacccttttggataacaatga 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  36429887 tacgacccttttggataacaatga 36429910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Original strand, 26380097 - 26380321
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    |||||||||| ||| |||| || || || || ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26380097 atgatgaataacattaacaacagcaacagcaacaatggttcttctcattctcatgatgttactgttccatcatcactcatgtctcatcttcagaatcaat 26380196  T
Q  101 cactttttaaccctca------ttcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatg---atcatcatcatcaattgtctcttga 191  Q
    || | |||||||||||      ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  26380197 caatctttaaccctcaggctcattcaaatgggtttcctttttggagcagcgatgagattatcaataacaatgatcatcatcatcatcaattgtctcttga 26380296  T
Q  192 tctttctggtacgacccttttggat 216  Q
    ||| ||||  | |||||||||||||    
T  26380297 tctctctgcaatgacccttttggat 26380321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 54560431 - 54560648
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  54560431 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcataatcaat 54560530  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  54560531 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatgagattatcaacaacaatg---atcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 54560627  T
Q  201 tacgacccttttggataacaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  54560628 tacgacccttttggataacaa 54560648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Original strand, 47471101 - 47471318
Alignment:
Q  4 atgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaatcac 103  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47471101 atgaatagcatgaacaacaacatcaacatcaacggttcttctcattctcatgatgttactgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaatcac 47471200  T
Q  104 tttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctggtac 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  47471201 tttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatgagattaccaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgctac 47471300  T
Q  204 gacccttttggataacaa 221  Q
    ||||||||||||||||||    
T  47471301 gacccttttggataacaa 47471318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 50837979 - 50837758
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50837979 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacagcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 50837880  T
Q  101 cactttttaa-ccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctg 199  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50837879 cactttttaacccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatgaaattatcaacaacactgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctg 50837780  T
Q  200 gtacgacccttttggataacaa 221  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  50837779 ctacgacccttttggataacaa 50837758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 27455325 - 27455545
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27455325 atgatgaatagcatgaacaacaacatcaacaacaacggttcttctcattctcatgatgttactgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaataaat 27455424  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27455425 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatgagattaccaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 27455524  T
Q  201 tacgacccttttggataacaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  27455525 tacgacccttttggataacaa 27455545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 49681784 - 49681558
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcact------catgtctcc-tcttcag 93  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||      |||||||   |||| ||    
T  49681784 atgatgaatagcatgaacaacaacatcaacaacaacgattcttctcattctcatgatgttactgttccatcatcactgaatagcatgtcttaatctttag 49681685  T
Q  94 aatcaatcactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatc 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  49681684 aatcaatcactttttaaccctcattcaaatgggtttcctttttggagcagcgatgagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctctatatc 49681585  T
Q  194 tttctggtacgacccttttggataacaa 221  Q
    |||  | |||||||||||||||||||||    
T  49681584 ttt-agctacgacccttttggataacaa 49681558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0102 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: scaffold0102
Description:

Target: scaffold0102; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 32757 - 32977
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32757 atgatgaatagcatgaacaacaacatcaacagcaacggttcttctcattctcatgatgttactgttccatcatcactcatgtctccttttcagaatcaat 32856  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32857 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagtgatgagattaccaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 32956  T
Q  201 tacgacccttttggataacaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  32957 tacgacccttttggataacaa 32977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 10256102 - 10256322
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10256102 atgatgaatagcatgaacaacaacatcaacagcaacggttcttctcattctcatgatgttactgttccatcatcactcatgtctcctcttgagaatcaat 10256201  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10256202 cactttctaaccctcattcaaatggatttccattttggagcagcgatgagattaccaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 10256301  T
Q  201 tacgacccttttggataacaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  10256302 tacgacccttttggataacaa 10256322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 4593023 - 4593234
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4593023 atgatgaatagcatgaacaccaac------atcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcataatcaat 4593116  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4593117 cactttttaaccctcattcaaatgaatttcctttttggagcagcgatgagattatcaacaacaatg---atcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 4593213  T
Q  201 tacgacccttttggataacaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  4593214 tacgacccttttggataacaa 4593234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 36067720 - 36067940
Alignment:
Q  1 atgatgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaat 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||    
T  36067720 atgatgaatagcatgaacaacaacatcaacaataacggttcttctcattctcatgatgttactgttccatcgtaactcatgtctcctcttcaaaatcaat 36067819  T
Q  101 cactttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgg 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36067820 cactttttaactctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatgagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctgc 36067919  T
Q  201 tacgacccttttggataacaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  36067920 tacgacccttttggataacaa 36067940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 174; Significance: 9e-94; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 47445499 - 47445282
Alignment:
Q  4 atgaatagcatgaacaccaacatcaacatcaacgtttcttctcattctcatgatgttattgttccatcatcactcatgtctcctcttcagaatcaatcac 103  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47445499 atgaatagcatgaacaacaacatcaacagcaacggttcttctcattctcatgatgttactgttccatcaccactcatgtctcctcttcagaatcaatcac 47445400  T
Q  104 tttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcagcgatcagattatcaacaacaatgatcatcatcatcaattgtctcttgatctttctggtac 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  47445399 tttttaaccctcattcaaatggatttcctttttggagcaacgatgagattaccaacaacaatgatcatcatcataaattgtctcttgatctttctgctac 47445300  T
Q  204 gacccttttggataacaa 221  Q
    |||||||||| |||||||    
T  47445299 gacccttttgaataacaa 47445282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University