View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3123_low_1 (Length: 1610)

Name: NF3123_low_1
Description: NF3123
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3123_low_1
NF3123_low_1
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (18-1593)||(37677417-37678990)
chr8 (768-823)||(37682914-37682969)
chr8 (1211-1295)||(37681929-37682013)
chr8 (1209-1255)||(37679669-37679715)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 1537; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 1537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1593
Target Start/End: Complemental strand, 37678990 - 37677417
Alignment:
Q  18 aaagtgatgtgcatataccagcaagaaagcaatcaaggctttgaaagcgctcctacagtagaaaaaataagatgcttgaatgcaaattcatgaagaaaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37678990 aaagtgatgtgcatataccagcaagaaagcaatcaaggctttgaaagcgctcctacagtagaaaaaataagatgcttgaatgcaaattcatgaagaaaac 37678891  T
Q  118 tcctactcccaatagagacaacaagtattagagtatgcttacaattccaataaggttttcaagacaaagaataactgaacttttagttgcagcagagcaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37678890 tcctactcccaatagagacaacaagtattagagtatgcttacaattccaataaggttttcaagacaaagaataactgaacttttagttgcagcagagcaa 37678791  T
Q  218 acagctagctttttcccctgcatcagcaattgagcaaaaaatgataagttccgaaccaaaccaatcaagtataacggtaaacaaggttatacttcgtgca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37678790 acagctagctttttcccctgcatcagcaattgagcaaaaaatgataagttccgaaccaaaccaatcaagtataacggtaaacaaggttatacttcgtgca 37678691  T
Q  318 acaaaacaaaaaatatagatcaaaacattacaaaagtatataaccggtaaataatcgtacagcgtctctggcgtcatccatcaatttcaaaactcctggt 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37678690 acaaaacaaaaaatatagatcaaaacattacaaaagtatataaccggtaaataatcgtacagcgtctctggcttcatccatcaatttcaaaactcctggt 37678591  T
Q  418 ctaggttttacctgtgccaaaatgcgaaggtaatttaattaatatgtgttagcttatcaacaaaaataccaccttcacaattcaggaatgtggaatatta 517  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37678590 ctaggttttacctgtgccagaatgcgaaggtaatttaattattatgtgttagcttatcaacaaaaataccaccttcacaattcaggaatgtggaatatta 37678491  T
Q  518 ggagaggaaatatacgtacagagccagacttgattatatctttgtatctctctgtcttccaatcctacatgaccaatgaaattcaccatactctaagtga 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37678490 ggagaggaaatatacgtacagagccagacttgattatatctttgtatctctctgtcttccaatcctacatgaccaatgaaattcaccatactctaagtga 37678391  T
Q  618 ggcaataattgacagggtcttcattgtttaagaaaccaaaataagtgatttatgcatgcaacaaaagcatacaagtatttgaactttcataggtgcataa 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37678390 ggcaataattgacagggtcttcattgtttaagaaaccaaaataagtgatttatgcatgcaacaaaagcatacaagtatttgaactttcataggtgcataa 37678291  T
Q  718 acttgattttctcactcaaaataactttgactctagaatcacttagttgtatccttcatgtcatatggaatcaactagatccatattgtaacatgattaa 817  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37678290 acttgattttctcactcaaaataactttgactctagaatcacttagatgtatccttcatgtcatatggaatcaactaggtccatattgtaacatgattaa 37678191  T
Q  818 atgcaatttagagagataaagaacaaaatgaatatttgtaatctgaaatttcttatgcttaagcagactactatatatcaaacaacaaatcgagacttct 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  37678190 atgcaatttagagagataaagaacaaaatgaatatttgtaatctgaaatttcttatgcttaagcagactact--atatcaaacaacaaatcgagacttct 37678093  T
Q  918 ttctcatgtagattcacttgatatatttcttggagagtgaaataaatatttaatatatttaagaaacgtattaaaatgatgggattcaaattgttggtct 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37678092 ttctcatgtagattcacttgatatatttcttggagagtgaaataaatatttaatatatttaagaaacgtattaaaatgatgggattcaaattgttggtct 37677993  T
Q  1018 aggataaattcttgaagacatccattaaaatagatggttcatttgagtgtgaaagtaggtttacaatttctaaccaggtctacagttattcaaaagcaaa 1117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37677992 aggataaattcttgaagacatccattaaaatagatggttcatttgagtgtgaaagtaggtttacaatttctaaccaggtctacagttattcaaaagcaaa 37677893  T
Q  1118 gagccaagtccagctttttagaagtaacactataatacaagagtccgaagttcaaatttttcatgcagtccaaataatctcatcccagccccagtacttg 1217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37677892 gagccaagtccagctttttagaagtaacactataatacaagagtcccaagttcaaatttttcatgcagtccaaataatctcatcccagccccagtacttg 37677793  T
Q  1218 ttgtttcatccaaccaatgtgggacatagaactcatgaagtataatctatttctttctttctaaattccagtgcagctgccatttgacttaagtctcaaa 1317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37677792 ttgtttcatccaaccaatgtgggacatagaactcatgaagtataatctatttctttctttctaaattccagtgcagctgccatttgacttaagtctcaaa 37677693  T
Q  1318 ttcatttttcaatgtgacaccatactctaagtgaggcaacaattgacagggtcatcataagcatacaagtcttgatacttcgataagcacaaaaactcga 1417  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37677692 ttcattcttcaatgtgacaccatactctaagtgaggcaacaattgacagggtcatcataagcatacaagtcttgatacttcgataagcacaaaaactcga 37677593  T
Q  1418 tttactcaatcaaaataagttgaaaaaggatcaagaaacatctctagttcacaatcttttgtaatcttgaatttgcaaattaaatagccaaacaaggaaa 1517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37677592 tttactcaatcaaaataagttgaaaaaggatcaagaaacatctctagttcacaatcttttgtaatcttgaatttgcaaattaaatagccaaacaaggaaa 37677493  T
Q  1518 ttataatcgtaatgaatgtcagtttcattctaaaggggcagaacaatttcatgtccaagttttcccctctaaataa 1593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37677492 ttataatcgtaatgaatgtcagtttcattctaaaggggcagaacaatttcatgtccaagttttcccctctaaataa 37677417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 768 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 37682969 - 37682914
Alignment:
Q  768 atccttcatgtcatatggaatcaactagatccatattgtaacatgattaaatgcaa 823  Q
    |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  37682969 atccatcatgtcaaatggaatcaaatagatccatatcataacatgattaaatgcaa 37682914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1211 - 1295
Target Start/End: Complemental strand, 37682013 - 37681929
Alignment:
Q  1211 gtacttgttgtttcatccaaccaatgtgggacatagaactcatgaagta-taatctatttctttctttctaaattccagtgcagct 1295  Q
    ||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||| |||| ||  |||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  37682013 gtacttgttgtttcaactaagcaatgtggcacatagaactcatg-agtactatgctatttttttctttctaaagtccaatgcagct 37681929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1209 - 1255
Target Start/End: Complemental strand, 37679715 - 37679669
Alignment:
Q  1209 cagtacttgttgtttcatccaaccaatgtgggacatagaactcatga 1255  Q
    ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  37679715 cagtacttgttatttcttctaaccaatgtgggacataaaactcatga 37679669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University