View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3125_low_14 (Length: 262)

Name: NF3125_low_14
Description: NF3125
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3125_low_14
NF3125_low_14
[»] scaffold0087 (6 HSPs)
scaffold0087 (42-256)||(32764-32978)
scaffold0087 (42-253)||(3920-4131)
scaffold0087 (18-253)||(28766-29001)
scaffold0087 (45-235)||(11402-11592)
scaffold0087 (108-234)||(38868-38994)
scaffold0087 (42-235)||(54042-54235)
[»] chr6 (27 HSPs)
chr6 (26-254)||(5851572-5851800)
chr6 (42-242)||(5828643-5828843)
chr6 (52-235)||(5754376-5754559)
chr6 (24-235)||(5763064-5763275)
chr6 (24-235)||(5766599-5766810)
chr6 (24-235)||(5770134-5770345)
chr6 (24-235)||(5773669-5773880)
chr6 (24-235)||(5777204-5777415)
chr6 (24-235)||(5780739-5780950)
chr6 (24-235)||(5784274-5784485)
chr6 (24-235)||(5787809-5788020)
chr6 (24-235)||(5791344-5791555)
chr6 (24-235)||(5794879-5795090)
chr6 (24-235)||(5798414-5798625)
chr6 (24-235)||(5801949-5802160)
chr6 (24-235)||(5805484-5805695)
chr6 (24-235)||(5809019-5809230)
chr6 (24-235)||(5812554-5812765)
chr6 (24-235)||(5816089-5816300)
chr6 (24-235)||(5819624-5819835)
chr6 (42-253)||(5891402-5891613)
chr6 (108-252)||(5825723-5825867)
chr6 (108-256)||(5878712-5878860)
chr6 (18-174)||(5878866-5879022)
chr6 (42-185)||(5825862-5826005)
chr6 (136-197)||(2715723-2715784)
chr6 (42-141)||(5751966-5752062)
[»] scaffold0127 (1 HSPs)
scaffold0127 (42-141)||(17780-17876)


Alignment Details
Target: scaffold0087 (Bit Score: 139; Significance: 8e-73; HSPs: 6)
Name: scaffold0087
Description:

Target: scaffold0087; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 42 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 32978 - 32764
Alignment:
42 aagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaactctatcaacttactaagtgaacca 141  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
32978 aagagtttgcaaattggaaaggttccctagactaggaggaatgacactaacaagtttgttaccaataagatttaactctatcaacttaccaagtgaacca 32879  T
142 atgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaatctaacttacctcgcaatc 241  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |  ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
32878 atgcactttggaatctttccttcaatgcgattattatcaagatttaaagaagtaagatgttgcagttcacatattgaagaatctaacttaccttgcaatc 32779  T
242 ttttagtataatcta 256  Q
     ||||||||||||||    
32778 ctttagtataatcta 32764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 42 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 4131 - 3920
Alignment:
42 aagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaactctatcaacttactaagtgaacca 141  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||| | |||| | ||||| |  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
4131 aagagtttgtaaattggaaaggttccctagactaggaggaatgacaccatcaaaatagttataaccaagattcaactctatcaacttatcaagtgaacca 4032  T
142 atgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaatctaacttacctcgcaatc 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |  ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
4031 atgcactttggaatctttccttctaagttgttacgataaagatttaaagaagtaagatgtttcagttcacatattgaagaatctaacttacctcgcaatt 3932  T
242 ttttagtataat 253  Q
     |||||||||||    
3931 ctttagtataat 3920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 29001 - 28766
Alignment:
18 catatcataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaac 117  Q
    ||||||||||||| ||| ||| | ||||||||| |||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| |||||| |  |||  |  ||||||||||    
29001 catatcataattagatgaaaggtcaagagtttgtaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaacaaaatgattaaaaccaagattcaac 28902  T
118 tctatcaacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattg 217  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||  |   |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||    
28901 tctatcaacttatcaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttcaaattgattaccattgagatttaaagaagtaagatgttgcaattcacatattg 28802  T
218 aagaatctaacttacctcgcaatcttttagtataat 253  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
28801 aagaatctaacttacctcgcaattctttagtataat 28766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 45 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 11592 - 11402
Alignment:
45 agtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaactctatcaacttactaagtgaaccaatg 144  Q
    |||||| |||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| |||||| |  |||  |  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
11592 agtttgtaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaacaaaataattaaaaccaagattcaactctatcaacttatcaagtgaaccaatg 11493  T
145 cactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaatctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||||||||| || | ||||  |   |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
11492 cactttggaatctttccttcaaattgattaccaaagagatttaaagaagtaagatgttgcaattcacatattgaagaatctaacttacctc 11402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 38994 - 38868
Alignment:
108 aagattcaactctatcaacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagt 207  Q
    ||||||||| |||||||| | || |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| || ||||| | |    
38994 aagattcaattctatcaattgaccaagtgagccaatgcactttggtatctttccttctaagagattataaccaagatttaaagaagtaaggtgttgcaat 38895  T
208 tcacatattgaagaatctaacttacct 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
38894 tcacatattgaagaatctaacttacct 38868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 42 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 54235 - 54042
Alignment:
42 aagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaactctatcaacttactaagtgaacca 141  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| |||||| |  ||| ||  |||||  ||||| ||||| |||| ||||||||||    
54235 aagagtttgtaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaacaaaataattaccaccaagatctaactcaatcaagttaccaagtgaacca 54136  T
142 atgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaatctaacttacctc 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | ||||| |   ||||||||| |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
54135 atgcactttggaatctttccttcaaattgattatcattgagatttaaataagtaagatgtttcagttcacatattgaagaatctaacttacctc 54042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 27)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 26 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 5851800 - 5851572
Alignment:
26 aattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaactctatcaa 125  Q
    |||||||| |||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||    
5851800 aattatatccaaggtcaagtgtttgcaaattggaaaggttccctagactaggaggaatgacactaacaagattgttatcatgaagattcagttctatcaa 5851701  T
126 cttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaatct 225  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||  |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5851700 cttatcaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttcaaattgattaccatggagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaatct 5851601  T
226 aacttacctcgcaatcttttagtataatc 254  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||    
5851600 aacttacctcgcaatgctttagtataatc 5851572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 42 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 5828843 - 5828643
Alignment:
42 aagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaactctatcaacttactaagtgaacca 141  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||||||| ||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
5828843 aagagtttgcaaattggaaaggttccctaaactaggaggaatgacactaacaagtttgttaccaataagatttaactctatcaacttactaagtgaacca 5828744  T
142 atgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaatctaacttacctcgcaatc 241  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
5828743 atgcactttggtatcttactttctaatttattataagcaagatttaaagaagtaagatgtttcagttcacatattgaagaatctaacttaccgctcaatc 5828644  T
242 t 242  Q
    |    
5828643 t 5828643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 52 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5754559 - 5754376
Alignment:
52 aaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaactctatcaacttactaagtgaaccaatgcactttg 151  Q
    |||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||| |||||| |  |||| |  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
5754559 aaattggaaaggttccctagactaggaggaatgacaccaacaaaataattataaccaagattcaactctatcaacttatcaagtgaaccaatgcactttg 5754460  T
152 gaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaatctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
5754459 gaatctttccttctaagtaattatgaccaagatttaaagaagtaggatgtttcagttcacatattgaagaatctaacttacctc 5754376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5763275 - 5763064
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5763275 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5763177  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5763176 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5763077  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5763076 tctaacttacctc 5763064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5766810 - 5766599
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5766810 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5766712  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5766711 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5766612  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5766611 tctaacttacctc 5766599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5770345 - 5770134
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5770345 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5770247  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5770246 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5770147  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5770146 tctaacttacctc 5770134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5773880 - 5773669
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5773880 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5773782  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5773781 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5773682  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5773681 tctaacttacctc 5773669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5777415 - 5777204
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5777415 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5777317  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5777316 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5777217  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5777216 tctaacttacctc 5777204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5780950 - 5780739
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5780950 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5780852  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5780851 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5780752  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5780751 tctaacttacctc 5780739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5784485 - 5784274
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5784485 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5784387  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5784386 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5784287  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5784286 tctaacttacctc 5784274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5788020 - 5787809
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5788020 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5787922  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5787921 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5787822  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5787821 tctaacttacctc 5787809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5791555 - 5791344
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5791555 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5791457  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5791456 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5791357  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5791356 tctaacttacctc 5791344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5795090 - 5794879
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5795090 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5794992  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5794991 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5794892  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5794891 tctaacttacctc 5794879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5798625 - 5798414
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5798625 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5798527  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5798526 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5798427  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5798426 tctaacttacctc 5798414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5802160 - 5801949
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5802160 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5802062  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5802061 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5801962  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5801961 tctaacttacctc 5801949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5805695 - 5805484
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5805695 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5805597  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5805596 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5805497  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5805496 tctaacttacctc 5805484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5809230 - 5809019
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5809230 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5809132  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5809131 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5809032  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5809031 tctaacttacctc 5809019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5812765 - 5812554
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5812765 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5812667  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5812666 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5812567  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5812566 tctaacttacctc 5812554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5816300 - 5816089
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5816300 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5816202  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5816201 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5816102  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5816101 tctaacttacctc 5816089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5819835 - 5819624
Alignment:
24 ataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttat-catgaagattcaactctat 122  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||| || ||| || || | ||| ||| || ||||||||    
5819835 ataattatgtgaaaggtcaagagtttgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacaccaaaaaaattattgtacat-aagctttaactctat 5819737  T
123 caacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaa 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
5819736 caacttaccaagtgaaccaatgcactttggtatctttccttctaagccaatattatcaagatttaaagaaataagatgttgaagttcacatattgaataa 5819637  T
223 tctaacttacctc 235  Q
    |||||||||||||    
5819636 tctaacttacctc 5819624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 42 - 253
Target Start/End: Original strand, 5891402 - 5891613
Alignment:
42 aagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaactctatcaacttactaagtgaacca 141  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||| ||| || || |||||| ||     
5891402 aagagtttgcaaactggaaaggttccttagactagaaggaatgacactaacaaatttgttaccactaagtttcaactctttcagctgaccaagtgagccc 5891501  T
142 atgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagttcacatattgaagaatctaacttacctcgcaatc 241  Q
    ||||| | ||| ||||||||||||| || || || || ||| | || | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
5891502 atgcagtgtgggatctttccttctaggtaatgataactaagttctagaaaaattagatgttgaagttcacatattgaagaatctaacttacctcgcaatg 5891601  T
242 ttttagtataat 253  Q
     |||||||||||    
5891602 ctttagtataat 5891613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 108 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 5825867 - 5825723
Alignment:
108 aagattcaactctatcaacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagt 207  Q
    |||||||||||||||||  | || ||||| ||||||||||||||| || ||||| | || ||||||| ||   ||||||| |||||| |||| ||| |||    
5825867 aagattcaactctatcagttgaccaagtgtaccaatgcactttgggatttttccatgtaggttattactattgagatttatagaagtaagatattgcagt 5825768  T
208 tcacatattgaagaatctaacttacctcgcaatcttttagtataa 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
5825767 tcacatattgaagaatctaacttaccttgcaatcctttagtataa 5825723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 108 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 5878860 - 5878712
Alignment:
108 aagattcaactctatcaacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttagatgttgaagt 207  Q
    |||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||||||| || ||||| | || ||||||  ||   ||||||| |||| | |||| ||| |||    
5878860 aagattcaactctatcagttgaccaagtgaaccaatgcactttgggatttttccatgtaggttatttctattgagatttatagaactaagatattgcagt 5878761  T
208 tcacatattgaagaatctaacttacctcgcaatcttttagtataatcta 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
5878760 tcacatattgaagaatctaacttaccttgcaatcctttagtataatcta 5878712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 5879022 - 5878866
Alignment:
18 catatcataattatatgcaagtttaagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaac 117  Q
    ||||||||||||| || |||| | ||||||| |||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||||||||| ||| ||| ||  |||||  |||    
5879022 catatcataattaaatccaaggtcaagagttcgcaaattggaaaggttccccaaactaggaggaatgacactaacaagtttattaccactaagatctaac 5878923  T
118 tctatcaacttactaagtgaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttatta 174  Q
    |||||||| |||| |||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||    
5878922 tctatcaagttaccaagtgacccaatgctttttggtatctttccttctaagtaatta 5878866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 42 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 5826005 - 5825862
Alignment:
42 aagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaactctatcaacttactaagtgaacca 141  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||  | ||||||| ||||||||| ||| ||| ||  |||||| ||||||||||| |||| |||||| |||    
5826005 aagagtttgcaaattggaaaggttccctaaaccaggaggaatgacactaacaagtttattaccactaagatttaactctatcaagttaccaagtgaccca 5825906  T
142 atgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatt 185  Q
    |  |  ||||| |||||||||||||||  ||||  |||||||||    
5825905 acactttttggtatctttccttctaagccattaaaaccaagatt 5825862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 136 - 197
Target Start/End: Original strand, 2715723 - 2715784
Alignment:
136 gaaccaatgcactttggaatctttccttctaagttattattaccaagatttaaagaagttag 197  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
2715723 gaaccaatacactttggtatctctccttctaagtaatgattaccaagatttaaagaagttag 2715784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 42 - 141
Target Start/End: Original strand, 5751966 - 5752062
Alignment:
42 aagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaactctatcaacttactaagtgaacca 141  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||   |||||||||| || ||| | | |||||||||||||||||||| || ||||||||||    
5751966 aagagtttgcaaattggaaaggttctccagactagaaggaa---cactaacaaaattattaccctcaagattcaactctatcaactgaccaagtgaacca 5752062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0127 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:

Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 42 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 17876 - 17780
Alignment:
42 aagagtttgcaaattggacaggttccctagactcgaaggaatggcactaacaaatttgttatcatgaagattcaactctatcaacttactaagtgaacca 141  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| | ||| |||||||   |||||||||| || ||| | | |||||||||||||||||||| || ||||||||||    
17876 aagagtttggaaattggaaaggttccccaaactagaaggaa---cactaacaaaattattaccctcaagattcaactctatcaactgaccaagtgaacca 17780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University