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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3125_low_3 (Length: 618)
Name: NF3125_low_3
Description: NF3125
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3125_low_3 |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 609
Target Start/End: Original strand, 17444676 - 17445269
Alignment:
| Q |
20 |
tgtcacacttttgcagaaaataataattacttgtctgcttattattttttgttttatgatactagaccatcgactcgtactccgcatgggtcttattaac |
119 |
Q |
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| T |
17444676 |
tgtcacacttttgcagaaaataataattacttgtctgcttattattttttgttttatgatagtagaccactgatcctaattccgcacgggtcttattaac |
17444775 |
T |
|
| Q |
120 |
cgtaatatacataaacaaagtatatatagcaaagnnnnnnnnttgatttaataacaaatagtacaattgtaataatattaacctgcttaatcataaatta |
219 |
Q |
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| T |
17444776 |
cgtaatatacatgaacaaagtatatataccaaagaaaaaaaattgatttaataataaatagtacaattgtaataatattaacctgcttaatcataaatta |
17444875 |
T |
|
| Q |
220 |
tgaaatacccatacaatgattcggtcgtacatgctatcgtaccaaaatttatgtatcatgcaatatattgttttaggaaagaacaacatttacaaaaaga |
319 |
Q |
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| T |
17444876 |
tgaaatacccatgcaatgattcggtcgtacatggtatcgtaccaaaatttatgtatcatgcaatatattgttttaggaaagaacaacatttacaaaaaga |
17444975 |
T |
|
| Q |
320 |
aaaatattagaacatattttataaggctataataccggaatatcttatc----aagtgccnnnnnnnncatgatgaaattatcaagtgcccttaatgaaa |
415 |
Q |
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| T |
17444976 |
aaaatattagaacatattttataaggctataataccgtaatatcttatctatcaagtgccctttttttcataatgaaattatcaagtgcccttaatgaaa |
17445075 |
T |
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| Q |
416 |
taatttcatatagatacaattatggcatcgagaactttaaaattgctttgtttttcttctctggagtagtgtccttcaattcaactttatattattaggt |
515 |
Q |
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| T |
17445076 |
taatttcatatagatacaattatggtatcgagaactttaaaattgctttgtttttcttctctggagtagtgtccttcaattccactttatattattaggt |
17445175 |
T |
|
| Q |
516 |
tgtgatctaggagaaagttgctttctgatgaagaacaaaatacatgcactctaacataagaaaatgcaaaaataaaatcattgagtaagaataa |
609 |
Q |
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| T |
17445176 |
tgtgatctaggagaaagttgctttatgataaagaacaaaatacatgcactctaacataagaaaatgcaaaaataaaatcattgagtaagaataa |
17445269 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 181 - 609
Target Start/End: Original strand, 22309019 - 22309451
Alignment:
| Q |
181 |
tacaattgtaataatattaacctgcttaatcataaattatgaaatacccatacaatgattcggtcgtacatgctatcgtaccaaaatttatgtatcatgc |
280 |
Q |
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| T |
22309019 |
tacaattgtaataatattaacctgcttaatcataaattatgaaatacccatgcaatgattcggtcgtacatgggatcttatcaaaatttatgtatcatgc |
22309118 |
T |
|
| Q |
281 |
aatatattgttttaggaaagaacaacatttacaaaaagaaaaatattagaacatattttataaggctataataccggaatatcttatcaagtgccnnnnn |
380 |
Q |
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| T |
22309119 |
aatatattgttttagtaaagaacaacatttacaaaaagaaaaagattagaacatattttataaggctataaaaccgtaatatcttatcaagtgcc-cttt |
22309217 |
T |
|
| Q |
381 |
nnncatgatgaaattatcaagtgcccttaatgaaataatttcatatagatacaattatggcatcgagaactttaaaattgctttgtttttcttctctgga |
480 |
Q |
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| T |
22309218 |
tttcatgatgaaatgatcaagtgtccttaatgaaataatttcatatagagacaattaaggcatcaagaactttgaaattgctttgttttgcttctatgga |
22309317 |
T |
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| Q |
481 |
gtagtgtccttcaattcaacttta----tattattaggttgtgatctaggagaaagttgctttctgatgaagaac-aaaatacatgcactctaacataag |
575 |
Q |
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| T |
22309318 |
gtagtgtccttcaattccacgttatatttattattaggttgtgatctaggagaaagttactttatgatacataacaaaaatatacgcactctaacataag |
22309417 |
T |
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| Q |
576 |
aaaatgcaaaaataaaatcattgagtaagaataa |
609 |
Q |
| |
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| T |
22309418 |
aaaatgcaaaaatataatcattgagtaagaataa |
22309451 |
T |
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