View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3134_low_1 (Length: 873)

Name: NF3134_low_1
Description: NF3134
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3134_low_1
NF3134_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-858)||(36413146-36413993)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 700; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 700; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 858
Target Start/End: Complemental strand, 36413993 - 36413146
Alignment:
Q  11 cacagatagaagatgatctttttggaccatggcctagtgcaacaaccaatgatccaacgtctaacgtgtcatcaatgcaagatcaaactttgttgcaatt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36413993 cacagatagaagatgatctttttggaccatggcctagtgcaacaaccaatgatccaacgtctaacgtgtcatcaatgcaagatcaaactttgttgcaatt 36413894  T
Q  111 tcaacaattgtggttggaacaacaaaacaagattatagcaaagcatatgacttgaaaaaatgtaaatgtttaagcatttaaattttgtatagtagatgtt 210  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36413893 tcaacaactgtggttggaacaacaaaacaagattatagcaaagcatatgacttgaaaaaatgtaaatgtttaagcatttaaattttgtatagtagatgtt 36413794  T
Q  211 taagcattgaaataaacnnnnnnnnnnctctccacatttttcattttcccaatttcttatgttattattgtcactttcctaattattttatgaactcttc 310  Q
    |||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  36413793 taagcattgaaataaacttttttttttctctccacatttttcattttcccaatttcttatgttattattgtcactttcatagttattttatgaactcttc 36413694  T
Q  311 caaaaaacgctcgaatctgtataataatccaatctccattacatgttttcttttatgataagttagtaag-accttgtatagttgttatttctaaagcta 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  36413693 caaaaaacgctcgaatctgtataataatctaatctccattacatgttttctttcatgataagttaataaggaccttatataattgttatttctaaagcta 36413594  T
Q  410 taataataatgcacaagtgnnnnnnnnnaacaaaataattatgcaaagttaaacaacaattttttgaaaacatcaaatcaaccaacactagtctaactat 509  Q
    |||||||||||||||||||         | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36413593 taataataatgcacaagtgttttttttta-caaaataattatgcaaagttaaacaacaattttttgaaaacatcaaatcaaccaacactagtctaactat 36413495  T
Q  510 agtgatcaataacaaatgatgatagagtctagcaaaataagttagtctctacaataaggcgaacaatttttctagaaaacagatgcataaatatttagtg 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36413494 agtgatcaataacaaatgatgatagagtctagcaaaataagttagtctctacaataagacgaacaattcttctagaaaacagatgcataaatatttagtg 36413395  T
Q  610 tctggcaactctttgaacataatttttgatctgagctggatctcaagagatgataggaatatttgcattgcagttgacgatgttggtgaaggttctgtaa 709  Q
    |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36413394 tctgacaactcattgaacataattcttgatctgagctgaatctcaagagatgataggaatatttgcattgcagttgacgatgttggtgaaggttctgtaa 36413295  T
Q  710 cagggtggtatacatgcaaataatctgaaccataagttgagttgtggttgagtgatgcataatgaatgtacattgtgattttagagagaaattctcttat 809  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36413294 cagggtggtatacatgcaaataatctgaaccataagttgagttgtggttgagtgatgcataatgaatgtacattgtgattttggagagaaattctcttat 36413195  T
Q  810 atagcaaatgtcttgggacaatattaacacactacaaacttgattcttt 858  Q
    ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36413194 ataacaaatgtcttgggatgatattaacacactacgaacttgattcttt 36413146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University