View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3135_low_4 (Length: 332)

Name: NF3135_low_4
Description: NF3135
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3135_low_4
NF3135_low_4
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (1-294)||(43034023-43034316)
chr4 (1-294)||(30537524-30537817)
chr4 (1-295)||(50150211-50150503)
chr4 (1-296)||(782799-783095)
chr4 (1-294)||(36187325-36187619)
chr4 (1-294)||(27627759-27628052)
chr4 (2-294)||(3067736-3068026)
chr4 (1-294)||(26877169-26877465)
chr4 (1-282)||(25934347-25934634)
chr4 (51-181)||(33313287-33313417)
chr4 (193-294)||(22651746-22651847)
chr4 (85-140)||(56551518-56551573)
chr4 (206-272)||(29989965-29990031)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (1-297)||(24989720-24990016)
chr7 (49-294)||(7568072-7568317)
chr7 (43-294)||(18674552-18674803)
chr7 (57-282)||(45062518-45062743)
chr7 (42-294)||(23319869-23320122)
chr7 (1-296)||(48390211-48390507)
chr7 (1-171)||(8417665-8417835)
chr7 (60-294)||(41850907-41851142)
chr7 (1-294)||(48394055-48394348)
chr7 (193-279)||(8417896-8417982)
chr7 (89-145)||(965166-965222)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-294)||(13882092-13882384)
chr8 (4-291)||(29226286-29226572)
chr8 (43-294)||(8669782-8670033)
chr8 (1-294)||(32305714-32306008)
chr8 (1-282)||(37533773-37534055)
chr8 (1-295)||(8106900-8107193)
chr8 (2-285)||(35634693-35634977)
chr8 (193-301)||(45177489-45177598)
chr8 (46-294)||(42569953-42570204)
chr8 (70-167)||(36741715-36741815)
chr8 (44-179)||(17855397-17855533)
chr8 (113-145)||(31598690-31598722)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (1-294)||(54747997-54748290)
chr3 (1-294)||(26848053-26848346)
chr3 (1-297)||(25095892-25096173)
chr3 (49-294)||(48905527-48905772)
chr3 (1-294)||(35612911-35613206)
chr3 (1-282)||(50834013-50834295)
chr3 (1-282)||(50841558-50841840)
chr3 (1-294)||(46320440-46320734)
chr3 (49-279)||(9663814-9664041)
chr3 (1-294)||(22515645-22515941)
chr3 (1-294)||(23026177-23026473)
chr3 (1-185)||(25313370-25313555)
chr3 (11-294)||(20922666-20922951)
chr3 (46-279)||(49794876-49795098)
chr3 (222-294)||(30363802-30363874)
chr3 (225-291)||(25313559-25313625)
chr3 (250-294)||(9663769-9663813)
chr3 (93-138)||(31612861-31612906)
chr3 (91-140)||(33280367-33280416)
chr3 (1-31)||(49795115-49795145)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (1-294)||(41435502-41435795)
chr2 (1-294)||(21344974-21345264)
chr2 (1-294)||(39778543-39778839)
chr2 (1-294)||(11964157-11964436)
chr2 (49-294)||(7105608-7105853)
chr2 (3-294)||(25186947-25187238)
chr2 (1-294)||(22066291-22066562)
chr2 (1-294)||(42993698-42993993)
chr2 (1-243)||(10448725-10448967)
chr2 (1-284)||(10728196-10728480)
chr2 (1-294)||(13693423-13693716)
chr2 (2-291)||(10700120-10700410)
chr2 (1-294)||(19926680-19926972)
chr2 (1-287)||(36191475-36191762)
chr2 (42-294)||(28831005-28831257)
chr2 (1-133)||(41462672-41462805)
chr2 (206-303)||(41462845-41462942)
chr2 (264-294)||(10448965-10448995)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-294)||(1365651-1365945)
chr6 (1-294)||(24337909-24338199)
chr6 (2-284)||(7243319-7243602)
chr6 (291-324)||(24178828-24178861)
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (1-294)||(16130405-16130701)
chr1 (9-284)||(35050208-35050483)
chr1 (1-294)||(30222699-30222992)
chr1 (1-294)||(45192467-45192759)
chr1 (1-294)||(1553723-1554022)
chr1 (7-294)||(5800331-5800617)
chr1 (1-294)||(16129851-16130151)
chr1 (1-294)||(27654612-27654904)
chr1 (1-227)||(27332899-27333125)
chr1 (1-294)||(40987961-40988255)
chr1 (77-294)||(27846418-27846636)
chr1 (6-296)||(34546661-34546951)
chr1 (1-175)||(9411734-9411909)
chr1 (113-299)||(35428419-35428609)
chr1 (46-259)||(36834287-36834495)
chr1 (61-294)||(4813646-4813878)
chr1 (11-269)||(23933236-23933496)
chr1 (1-173)||(13879068-13879229)
chr1 (42-117)||(35121218-35121293)
chr1 (88-289)||(11907972-11908172)
chr1 (222-303)||(9412284-9412365)
chr1 (206-294)||(35121359-35121446)
chr1 (231-294)||(13878946-13879009)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-294)||(33314335-33314628)
chr5 (1-294)||(40385127-40385424)
chr5 (1-185)||(21262900-21263084)
chr5 (1-294)||(41174553-41174847)
chr5 (7-294)||(24868479-24868767)
chr5 (1-294)||(3097441-3097738)
chr5 (193-294)||(21262495-21262596)
chr5 (60-181)||(4237918-4238039)
chr5 (7-170)||(2934905-2935070)
[»] scaffold0067 (1 HSPs)
scaffold0067 (2-294)||(6710-7005)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (2-294)||(258218-258502)
[»] scaffold0057 (2 HSPs)
scaffold0057 (61-294)||(30477-30710)
scaffold0057 (94-272)||(30741-30919)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 43034316 - 43034023
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43034316 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaatttcattt 43034217  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||    
T  43034216 gtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaattattttaaatgtag 43034117  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    || | ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43034116 aagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtaatttcttggtgttgatgttttatgttttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 43034023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 9e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 30537817 - 30537524
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| |         |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30537817 ctccgatcctttttgttagaaacaaaagtgagatttttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 30537718  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||       ||||||||    
T  30537717 gtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaaaatttttaaatgtag 30537618  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30537617 aaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggaggtagta 30537524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 50150503 - 50150211
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  50150503 ctccggtcctttttattagaaacaaaagggagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagttttaagtatgtttgaagctaaatttcattt 50150404  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |       ||||||||    
T  50150403 gtgtccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaaaagtaattaatttaagggtattcctag-agttttttaaatgtag 50150305  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaa 295  Q
    ||  |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| || || || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  50150304 aagcatattaaatgaagatgattattttcaatgtattttcttagttttaatatttta-gtcttttgtttcttgtataaaggagcggaggaagtaa 50150211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 296
Target Start/End: Original strand, 782799 - 783095
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |         ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  782799 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgatatttttttttgtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcttt 782898  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnnaaatgt 198  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||        ||||||    
T  782899 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggaatattttttaaatgt 782998  T
Q  199 agaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaat 296  Q
    ||| || |||||||| || ||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  782999 agagatgtattaaat-aagataactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaat 783095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 36187325 - 36187619
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36187325 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaatttttttttggtcctttttataagaaatattaaccaagtttcaagtatatttgaagctaaatttcatt 36187424  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnnaaatgt 198  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||        ||||||    
T  36187425 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggaatattttttaaatgt 36187524  T
Q  199 agaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||| || |||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36187525 agagatgtattaaat-aagataactattttcaatgtattttcttggtcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaagaccggagggagta 36187619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 27627759 - 27628052
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||       | |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27627759 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtggaaatttttttgatcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 27627858  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnnaaatgt 198  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||        ||||||    
T  27627859 tgtgcccttatttattat--gagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgtaattttttttaaatgt 27627956  T
Q  199 agaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  27627957 agaaatatattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttgatcctgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaagaaccgaagggagta 27628052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 294
Target Start/End: Original strand, 3067736 - 3068026
Alignment:
Q  2 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067736 tccggtcctttttattagaaa-aaaagtgagaattttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 3067834  T
Q  102 tgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtaga 201  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  | ||||| |||  ||||||||||  ||||||||| |||       |||||||||    
T  3067835 tgcccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtagaataaagaagaattaatttagaggtattcat-gaatttttctaaatgtaga 3067933  T
Q  202 aatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    | | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3067934 agtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatgtcttttgtttattgtataaaggaccggagggagta 3068026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 26877169 - 26877465
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26877169 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaaattttaagtatgtttgaagctaaatttcatt 26877268  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga---annnnnnnaaat 196  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||           ||||    
T  26877269 tgtgtccttatttattatgagatagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gatttttttttttaaat 26877367  T
Q  197 gtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||||  | |||||| |||| ||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26877368 gtagaggtgtattaactgaagataactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatatcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 26877465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 282
Target Start/End: Original strand, 25934347 - 25934634
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25934347 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagataaatttcattt 25934446  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga--------annnnnnn 192  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||  ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||                    
T  25934447 gtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaaataaataagttagtggaataaagaggaattaattt-agggtattcat-gattttttttttttttta 25934544  T
Q  193 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaagga 282  Q
    |||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25934545 aaatatagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttctttagtcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaagga 25934634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 181
Target Start/End: Original strand, 33313287 - 33313417
Alignment:
Q  51 tataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatgg 150  Q
    |||||||||||| | ||||||| || ||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||    
T  33313287 tataagaagattaaccaagttttaaatatgtttaaatataaattttatttgtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtgg 33313386  T
Q  151 aatagagagtaattaatttaagggtattcat 181  Q
    |||| |||  |||||||||| || |||||||    
T  33313387 aataaagatgaattaatttatggatattcat 33313417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 193 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 22651847 - 22651746
Alignment:
Q  193 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggag 292  Q
    |||| ||||| | ||||||| ||| |||  ||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22651847 aaatatagaagtgtattaaaagaagatgattattttcaatgtatttctttggtctcgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggactggagggag 22651748  T
Q  293 ta 294  Q
    ||    
T  22651747 ta 22651746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 56551573 - 56551518
Alignment:
Q  85 aagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagt 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  56551573 aagctaaatttcatttgtgcccttaattattattagagagaatactaaaagcaagt 56551518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 206 - 272
Target Start/End: Original strand, 29989965 - 29990031
Alignment:
Q  206 tattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttctt 272  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| | |||  ||||| |||||| ||||||| |||||||||||    
T  29989965 tattaaatgaaaatagctattttcaatatttttcattggtcttgatggtttatgtattttgtttctt 29990031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 24989720 - 24990016
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24989720 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttattagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 24989819  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||    
T  24989820 gtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaatttttttaaatgtag 24989919  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaata 297  Q
    || | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  24989920 aagtgtattaaatgaagatgactattttaaatgtattttcttggtattaatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaagaccggaaggagtaata 24990016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 49 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 7568317 - 7568072
Alignment:
Q  49 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgat 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  7568317 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgaaagagaatattaaaagtaagtaagttggt 7568218  T
Q  149 ggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgtt 248  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||       |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  7568217 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttggtctt 7568118  T
Q  249 gatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7568117 gatgttttatgtcttttgtttcttgtacaaaggaccggagggagta 7568072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 43 - 294
Target Start/End: Original strand, 18674552 - 18674803
Alignment:
Q  43 gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaa 142  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||    
T  18674552 gtcctttttataagaaaattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttatttattataagagagaatattgaaaataagtaa 18674651  T
Q  143 gttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttctt 242  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||       |||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||    
T  18674652 gttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactatattcaatgtatttcctt 18674751  T
Q  243 ggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18674752 ggtcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggaggtagta 18674803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 57 - 282
Target Start/End: Original strand, 45062518 - 45062743
Alignment:
Q  57 aagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataga 156  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45062518 aagattgatcaagtttcaaatatgtttaaagctaaatttcatctgtgcccttgttgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaa 45062617  T
Q  157 gagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgtttt 256  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| || | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45062618 aagtaattaatttaagggtattcatagaatttttttaaatgtaaaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgatgttgatgtttt 45062717  T
Q  257 atgtcttttgtttcttgtataaagga 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  45062718 atgtcttttgtttcttgtataaagga 45062743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 42 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 23320122 - 23319869
Alignment:
Q  42 ggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagt 140  Q
    |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23320122 ggtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagt 23320023  T
Q  141 aagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttc 240  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||       |||||||||  | ||||||| ||| ||  |||||||||||||| || |    
T  23320022 aagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatggaaattttttaaatgtagaggtgtattaaacgaagataactattttcaatgtaattcc 23319923  T
Q  241 ttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23319922 ttggtcctgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 23319869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 48390507 - 48390211
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48390507 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaattttttttttatcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 48390408  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnnaaatgt 198  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||| |||||||||| |||        ||||||    
T  48390407 tgtgtccttatttattatgagtgagaatattaaaagtaagtaagttgatgaaataaaaaataattaatttaggggtattcatggaatattttttaaatgt 48390308  T
Q  199 agaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaat 296  Q
    ||| || |||||||| || ||  ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48390307 agagatgtattaaat-aagataactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaat 48390211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 8417665 - 8417835
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8417665 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttgtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 8417764  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaa 171  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8417765 gtgcccttattaattatgagagataatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaa 8417835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 60 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 41851142 - 41850907
Alignment:
Q  60 attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagag 159  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  41851142 attgaccaagtttcaagtatgtttgaaactaaatttcatttgtacccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtgagttggtggaataaagag 41851043  T
Q  160 taattaatttaagggtattcat-agaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttat 258  Q
    ||||||||||| |||||||||| | ||       |||||||||  | ||||||||||| ||  | ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  41851042 taattaatttaggggtattcataaaaaaaaatttaaatgtagaggtgtattaaatgaagataacaattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttat 41850943  T
Q  259 gtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41850942 gtcttttgtttcttgtataaaggatcggagggagta 41850907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 48394348 - 48394055
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  48394348 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaattttttttttgtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaaactaaatttcatt 48394249  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcat--agaannnnnnnaaatg 197  Q
    |||||||||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |  ||||       ||| |    
T  48394248 tgtgcccttatttattatgaaaga--atattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcttgaagaagaagaaaaaa-g 48394152  T
Q  198 tagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||  | ||||||||||| ||   |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48394151 tagaggtgtattaaatgaagataaatattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttatggcttttgtttcttgtataaaggatcggagggagta 48394055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 193 - 279
Target Start/End: Original strand, 8417896 - 8417982
Alignment:
Q  193 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaa 279  Q
    |||||||||| | ||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8417896 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgaatatttttaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaa 8417982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 89 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 965222 - 965166
Alignment:
Q  89 taaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagtt 145  Q
    |||||||| ||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  965222 taaatttcgtttgtgttcttatttattatgagaaagaatattaaaagtaagtaagtt 965166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 13882092 - 13882384
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13882092 ctccggtcctttttattagaaataaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaatttcattt 13882191  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||    
T  13882192 gtgcccttattgattatgagagagaatatt-aaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaattattttaaatgtag 13882290  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    || | ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13882291 aagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtaatttcttggtgttgatgttttatgttttttgtttcttgtataaaagaccggagggagta 13882384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 4 - 291
Target Start/End: Original strand, 29226286 - 29226572
Alignment:
Q  4 cggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtg 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29226286 cggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttgttcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtg 29226385  T
Q  104 cccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaa 203  Q
    || ||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||||     
T  29226386 cc-ttattgattatgaatgaaaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattgatagaatttttttaaatgtagaag 29226484  T
Q  204 tatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggaggga 291  Q
    | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29226485 tgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttttttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccgtaggga 29226572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 43 - 294
Target Start/End: Original strand, 8669782 - 8670033
Alignment:
Q  43 gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaa 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8669782 gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagttaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaa 8669881  T
Q  143 gttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttctt 242  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |        |||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||    
T  8669882 gttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcataaattttttttaaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttttt 8669981  T
Q  243 ggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  8669982 ggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttttataaaggatcggaggtagta 8670033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 32305714 - 32306008
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32305714 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 32305813  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnnaaatgt 198  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||        ||||||    
T  32305814 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggaatattttttaaatgt 32305913  T
Q  199 agaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||| || |||||||| || ||  |||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32305914 agagatgtattaaat-aagataactattttcaatgtatttctttagtcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 32306008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 282
Target Start/End: Original strand, 37533773 - 37534055
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||       | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||    
T  37533773 ctccgatcctttttattataaacaaaagtgagaatttttttgatcctttttattagaagattgatcaagtttcaaatatatttgaagttaaatttcgttt 37533872  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnnaaatgta 199  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||        |||||||    
T  37533873 gtgcccttattgattatgagagagaatattaaaaataagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaaatgtattcatataattttttttaaatgta 37533972  T
Q  200 gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaagga 282  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37533973 gaaatgtattaaatgaagatgactatttttaatgtattttcttgatgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaagga 37534055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 295
Target Start/End: Original strand, 8106900 - 8107193
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||       | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8106900 ctccggtcctttttattagaaacaaaaatgagaatttttttgatcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaaactaaatttcattt 8106999  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||  |        ||||||||    
T  8107000 gtgtccttatttattatgagatagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatgaattttttttaaatgtag 8107099  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaa 295  Q
    || | ||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8107100 aagtgtattaaatgaagaggactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccgg-gggagtaa 8107193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 2 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 35634977 - 35634693
Alignment:
Q  2 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||        ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35634977 tccggtcatttttattataaacaaaagtgagaattttttttgtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 35634878  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||| || ||||||| ||        |||||||     
T  35634877 gtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtgcgataaagagtaattaatttagggttattcatggattttttttaaatgtaa 35634778  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccg 285  Q
    || | ||||||||||| ||  |||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35634777 aagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttctttggtactgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccg 35634693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 193 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 45177598 - 45177489
Alignment:
Q  193 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgt-attttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggaggga 291  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  45177598 aaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgttattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgttttttgtataaaggatcggaggga 45177499  T
Q  292 gtaataaata 301  Q
    ||||||||||    
T  45177498 gtaataaata 45177489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 46 - 294
Target Start/End: Original strand, 42569953 - 42570204
Alignment:
Q  46 ctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagt 144  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42569953 ctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatcattgaagctaaattttatttgtgcatttatttattatgagagagaatattaaaaataagtaagt 42570052  T
Q  145 tgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga--annnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttctt 242  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||| || ||||||||||          || |||| |  | ||||||||||| ||  |||||||||||||||||  ||    
T  42570053 tgatgaaataaatagtaattaatttagggatattcatagattttttttttaattgtaaaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttcttt 42570152  T
Q  243 ggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    | |  | |||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  42570153 gatcctaatgttttatgtcttttatttcttatataaaggatcggatggagta 42570204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 70 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 36741815 - 36741715
Alignment:
Q  70 tttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatga---gagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaa 166  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |   ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||    
T  36741815 tttcaaatgtgttagaagctaaatttcatttgtgtccttatttattattattagagagaatattaaaagtaagtaagttagtggaattaagagtaattaa 36741716  T
Q  167 t 167  Q
    |    
T  36741715 t 36741715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 179
Target Start/End: Original strand, 17855397 - 17855533
Alignment:
Q  44 tcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaa 142  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||| ||| |||| |||| ||| |||||||||||||||  ||||||| || |||||| | | |||||||||||| |||    
T  17855397 tcctttttataagaaatattgaacaatttttaagtgtgttggaaactaaatttcatttgtatccttatttatgatgagaaatagtattaaaagtaattaa 17855496  T
Q  143 gttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattc 179  Q
    ||| |||||    | ||||||||||||| ||||||||    
T  17855497 gttaatggaggcaatagtaattaatttaggggtattc 17855533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 113 - 145
Target Start/End: Original strand, 31598690 - 31598722
Alignment:
Q  113 attatgagagagaatattaaaagtaagtaagtt 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31598690 attatgagagagaatattaaaagtaattaagtt 31598722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 54747997 - 54748290
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54747997 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 54748096  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||    
T  54748097 gtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaaattgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatataatttttttaaatgtag 54748196  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    || | ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  54748197 aagtgtattaaatgaagataactattttcaacgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttattgtataaaggattggagggagta 54748290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 26848346 - 26848053
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26848346 ctccggtcctttttattataaacaaaagtgagaatttttttggtcatttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttctttt 26848247  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||       || |||||    
T  26848246 gtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtgttcatagaatttttttaactgtag 26848147  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    || | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  26848146 aagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttttttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaagatcggagggagta 26848053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 25096173 - 25095892
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25096173 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaaatttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 25096074  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||               |||    
T  25096073 gtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaaattgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcata---------------tag 25095989  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaata 297  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25095988 aaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggatcggagggagtaata 25095892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 49 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 48905772 - 48905527
Alignment:
Q  49 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgat 148  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48905772 tttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggt 48905673  T
Q  149 ggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgtt 248  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||       |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || ||    
T  48905672 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttagtctt 48905573  T
Q  249 gatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48905572 gatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 48905527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 35613206 - 35612911
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35613206 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 35613107  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnnaaatgt 198  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||        ||||||    
T  35613106 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaaataagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatggaattttttttaaatgt 35613007  T
Q  199 agaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35613006 agaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttatgtcttttatttcttgtataaaggactggagggagta 35612911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 282
Target Start/End: Original strand, 50834013 - 50834295
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50834013 ctccggtcctttttattaggaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 50834112  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgta 199  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||        |||||||    
T  50834113 tgtgcccttacttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggattttttttaaatgta 50834212  T
Q  200 gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaagga 282  Q
    || |||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50834213 gagatatattaaatgaagataactattttcaatatatttccttagtcctgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaagga 50834295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 50841840 - 50841558
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50841840 ctccggtcctttttattaggaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 50841741  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgta 199  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||        |||||||    
T  50841740 tgtgcccttacttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggattttttttaaatgta 50841641  T
Q  200 gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaagga 282  Q
    || |||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50841640 gagatatattaaatgaagataactattttcaatatatttccttagtcctgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaagga 50841558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 46320440 - 46320734
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  46320440 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttaggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaagttaaatttcatt 46320539  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgta 199  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||| || || |||       |||| ||    
T  46320540 tgtacccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtgaaataaagagtaattaatttaggggtgttaatggaagtttcttaaatata 46320639  T
Q  200 gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||  | ||||||||||| ||  |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46320640 gaggtgtattaaatgaatattactattttcaatgtatttctttggtcttgatgttttatgtctgttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 46320734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 49 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 9664041 - 9663814
Alignment:
Q  49 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgat 148  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  9664041 tttataagaagattgaccaagtttcaag-atgtttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgagaga--atattaaaagtaagtaagttggt 9663945  T
Q  149 ggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgtt 248  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||       |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  9663944 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttggtctt 9663845  T
Q  249 gatgttttatgtcttttgtttcttgtataaa 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9663844 gatgttttatgtcttttgtttcttgtataaa 9663814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 22515645 - 22515941
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||        |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22515645 ctccgatcctttttattagaaacaaaactgaaattctttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcatt 22515744  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgta 199  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||| || |||       |||||||    
T  22515745 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagaatatttatggaatttttttaaatgta 22515844  T
Q  200 --gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
      ||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  22515845 ttgaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttagtcctgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggatcagagggagta 22515941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 23026473 - 23026177
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||| ||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23026473 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcatttttataagaaatattgataaaatttcaagtatgtttgaagttaaatttcatt 23026374  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga---annnnnnnaaat 196  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||           ||||    
T  23026373 tgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggcattcat-gatttttttttttaaat 23026275  T
Q  197 gtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||| || ||||||||||| ||  |||||||||||||||||  ||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23026274 gtagagatgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttctttgatcctgatattttatgtcttttgtttcttgtataaaggatcggagggagta 23026177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 185
Target Start/End: Original strand, 25313370 - 25313555
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25313370 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttgggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 25313469  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa 185  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  25313470 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatagaa 25313555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 20922951 - 20922666
Alignment:
Q  11 ttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgccctta 109  Q
    |||||||||||||||||||||||        ||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20922951 ttttattagaaacaaaagtgaaattttttttggttctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtattcttgaagctaaatttcatttgtgctctta 20922852  T
Q  110 ttaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga-annnnnnnaaatgtagaaatatat 208  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||| || ||||||| ||         |||||||||  | |||    
T  20922851 tttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaaaaataattaatttagggatattcattgatttttttttaaatgtagaggtgtat 20922752  T
Q  209 taaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||||||| ||   |||||||||||||||| ||| ||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20922751 taaatgaagataaatattttcaatgtatttccttagtcctaatgttttatgtcttttgttttttgtataaaggaccggagggagta 20922666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 46 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 49795098 - 49794876
Alignment:
Q  46 ctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagt 144  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  49795098 ctttttataagaaatattgatcaagtttcaagtatgtt-gaagctaaatttcatttgtactcttatttattatgagagaaaatattaaaagtaagtaagt 49795000  T
Q  145 tgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttgg 244  Q
    || ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||  ||       |||||||||  | ||||||||||| ||  |||||||||           |||    
T  49794999 tggtggaataaagagtaattaattaaggggtattcatgaaaaaaaattaaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttca-----------tgg 49794911  T
Q  245 tgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaa 279  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49794910 tcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaa 49794876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 222 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 30363874 - 30363802
Alignment:
Q  222 ctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30363874 ctattttcaatgtattttcttggtcctgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagagagta 30363802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 225 - 291
Target Start/End: Original strand, 25313559 - 25313625
Alignment:
Q  225 ttttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggaggga 291  Q
    |||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  25313559 ttttaaatgtatttttttggtcctgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaagatcggaggga 25313625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 250 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 9663813 - 9663769
Alignment:
Q  250 atgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9663813 atgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggatcggagggagta 9663769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 93 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 31612906 - 31612861
Alignment:
Q  93 tttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaa 138  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31612906 tttcatctgtgtccttattcattatgagagagaatattaaaagtaa 31612861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 91 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 33280416 - 33280367
Alignment:
Q  91 aatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagt 140  Q
    |||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  33280416 aatttcatttgtgttcttatttattacgagagagaatattaaaagtaagt 33280367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 31
Target Start/End: Complemental strand, 49795145 - 49795115
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtga 31  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49795145 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtga 49795115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 41435795 - 41435502
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41435795 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataataagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 41435696  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||       ||||||||    
T  41435695 gtgcccttattgattatgagatagaatattaaaagtaaataagttgatgaaataaagagtaattaatttaagggtattcatgaaaaaaaattaaatgtag 41435596  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    || | ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41435595 aagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgcattttcttggtgttgatgttttatgttttttgtttcttatataaaggaccggagggagta 41435502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 21345264 - 21344974
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21345264 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttt-ggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 21345166  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||| ||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||    
T  21345165 gtgtccttattgattgtgagagaga--attaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaattgttttaaatgtag 21345068  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    || | || |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21345067 aagtgtaataaatgaagatgactattttcaatgtatttttttggtcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggactggagggagta 21344974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 39778839 - 39778543
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39778839 ctccggtcttttttattagaaacaaaagtgaaaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 39778740  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa--nnnnnnnaaatg 197  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||         |||||    
T  39778739 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggaatttttttttaaatg 39778640  T
Q  198 tagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39778639 tagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttatttcttgtataaaggaccggagggagta 39778543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 11964157 - 11964436
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11964157 ctccggtcctttctattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaatttcattt 11964256  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||    
T  11964257 gtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaa-ttttttaaatgtag 11964355  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    || | ||||||||||| ||| |           ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11964356 aagtgtattaaatgaagatgac-----------tattttcttggtgttgatgttt--tgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 11964436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 49 - 294
Target Start/End: Original strand, 7105608 - 7105853
Alignment:
Q  49 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgat 148  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  7105608 tttataagaagattgaccaagtttcaagtatgcttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagaaaatattaaaagtaagtaagttggt 7105707  T
Q  149 ggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgtt 248  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||       |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||| ||    
T  7105708 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaaaaaatttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttatttggtctt 7105807  T
Q  249 gatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7105808 gatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 7105853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 3 - 294
Target Start/End: Original strand, 25186947 - 25187238
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||        |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25186947 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaa-tttttttggtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcatttg 25187045  T
Q  102 tgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtaga 201  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||       |||||||||    
T  25187046 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaattaagagtaattaatttaaggatattcatggaatttttttaaatgtaga 25187145  T
Q  202 aatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
      | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25187146 ggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttggtcctaatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccagagggagta 25187238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 22066562 - 22066291
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22066562 ctccgatcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttaaagctaaatttcattt 22066463  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||                     
T  22066462 gtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagttagttgatggaataaaaagtaattaatttaagggtattcgtag----------------- 22066380  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
         ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22066379 -----tattaaatgaagatgactattttcaatgtattttattgatgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggacaggagggagta 22066291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 42993993 - 42993698
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnn-ggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||        ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42993993 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttggtcctttttataagaagattgaccaaatttcaagtatgtttgaagataaatttcatt 42993894  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgta 199  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||        |||| ||    
T  42993893 tgtgcccttatttgttatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatggattttatttaaatata 42993794  T
Q  200 gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtc-ttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42993793 gaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtctttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 42993698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Original strand, 10448725 - 10448967
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10448725 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctctttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagttaaatttcattt 10448824  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||    
T  10448825 gtgctcttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaatagtaattaatttaagggtattcatataacttttttaaatgtag 10448924  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttg 243  Q
    || | ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10448925 aagtgtattaaatgaagatgactattttcaatatattttcttg 10448967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10728480 - 10728196
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10728480 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgacaaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 10728381  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgta 199  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |        |||||||    
T  10728380 tatgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaattttttttaaatgta 10728281  T
Q  200 gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggacc 284  Q
    ||  | |||||| |||| ||  ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10728280 gaggtgtattaactgaagataactattttcaatgtatttccttagtcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggacc 10728196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 13693716 - 13693423
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13693716 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttaaagataaatttcattt 13693617  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
     || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||  |        |||| |||    
T  13693616 ctgtccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatgaatattttttaaatatag 13693517  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    || | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  13693516 aagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccgaagagagta 13693423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 10700410 - 10700120
Alignment:
Q  2 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||        ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10700410 tccgatcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttagtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcattt 10700311  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||       ||||||||    
T  10700310 gtgcccttacttattatgagagagaatattaaaagtaaataagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatggaatttttttaaatgtag 10700211  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggaggga 291  Q
    |  | ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| || ||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  10700210 aggtgtattaaatgaaaataactattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttacgttttttgtttcttatataaaagaccggaggga 10700120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 19926972 - 19926680
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  19926972 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaattttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaaactaaatttcatt 19926873  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgta 199  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |  |        ||| |||    
T  19926872 tgtgcccttatttattatgagaga--atattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcttgaagaagaaaaaaaagta 19926775  T
Q  200 gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||  | ||||||||||| ||   |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19926774 gaggtgtattaaatgaagataaatattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttatggcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 19926680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 36191762 - 36191475
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |        |||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36191762 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagattttttttggtcctttttataagaaatattgactaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 36191663  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga---annnnnnnaaat 196  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||           ||||    
T  36191662 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttg-tggaataaagagtaattaatttaggggtattaat-gattttttttttgaaat 36191565  T
Q  197 gtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccgga 287  Q
     ||||  | |||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36191564 atagaggtgtattaaataaagataactattttcaatgtattttcttggtcct-atgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccgga 36191475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 42 - 294
Target Start/End: Original strand, 28831005 - 28831257
Alignment:
Q  42 ggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagt 140  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28831005 ggtcctttttataagaaatattgaccaaattttaagtatgtttgaagttaaatttcatttgtgtccttatttattatgagagaaaatattaaaagtaagt 28831104  T
Q  141 aagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttc 240  Q
    || ||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||        ||| |||||  | ||||||||||| ||  |||||||||||||||||      
T  28831105 aaattggtgcaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gatttttttaaaacgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttct 28831203  T
Q  241 ttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28831204 ttggtcctgatgttttatatcttttgtgtcttgtataaaggaccggagggagta 28831257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Original strand, 41462672 - 41462805
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  41462672 ctccagtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttaggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaaatatgtttgaagttaaatttcatt 41462771  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaa 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41462772 tgtgcccttatttattatgagagagaataataaa 41462805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 206 - 303
Target Start/End: Original strand, 41462845 - 41462942
Alignment:
Q  206 tattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaataaataaa 303  Q
    ||||||||||| ||  | ||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  41462845 tattaaatgaagattaccattttcaatatatttccttgatcttgatgttttatgtctgttgtttcttgtataaaggaccggaaggagtattagataaa 41462942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 264 - 294
Target Start/End: Original strand, 10448965 - 10448995
Alignment:
Q  264 ttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10448965 ttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 10448995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 166; Significance: 8e-89; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 1365651 - 1365945
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1365651 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttgttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 1365750  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnnaaatgt 198  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||        ||||||    
T  1365751 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggaattttttgtaaatgt 1365850  T
Q  199 agaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||| || ||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1365851 agagatgtattaaatgaagataactattttcaatgta-tttcttggtcctgatgtttcatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagagagta 1365945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 24338199 - 24337909
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24338199 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 24338100  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgta 199  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||       |||||||    
T  24338099 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttagggttattcatggaatttttttaaatgta 24338000  T
Q  200 gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |    |  ||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24337999 g----aggttaaatgaagataactattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttatgtcttttatttcttgtataaaggaccggaaggagta 24337909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 7243602 - 7243319
Alignment:
Q  2 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||       |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7243602 tccggtcctttttattataaacaaaagtgagaacttttttggtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagttaaatttcattt 7243503  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||        ||||||||    
T  7243502 gtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggattttttttaaatgtag 7243403  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggacc 284  Q
    |  | ||||||||||| ||  |||||||||||||||||  |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7243402 aggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttctttggtcctgatattttatgtcttttgtttcttgtataaaggacc 7243319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 291 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 24178861 - 24178828
Alignment:
Q  291 agtaataaataaaccatccttttaaagaataata 324  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24178861 agtaataaataaaccatcctttcaaagaataata 24178828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 16130701 - 16130405
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16130701 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaaaaaatttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 16130602  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga--annnnnnnaaatg 197  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||          |||||    
T  16130601 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaaaagtaattaatttaagggtattcatggattttttttttaaatg 16130502  T
Q  198 tagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16130501 tagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatctcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 16130405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 9 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 35050483 - 35050208
Alignment:
Q  9 ctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgccctt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||       ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  35050483 ctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggttctttttataaaaagatcgatcaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcatttgtgtcctt 35050384  T
Q  109 attaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatat 208  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||          |||||||||| | |||    
T  35050383 attgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatgaaataaagagtaattaatttaagggtatacatattttttttttaaatgtagaagtgtat 35050284  T
Q  209 taaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggacc 284  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35050283 taaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgatgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggacc 35050208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 30222699 - 30222992
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||       | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  30222699 ctccggtcctttttattagaaacaaaaatgagaatttttttgatcatttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgatgctaaaattcattt 30222798  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    |||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| |        ||||||||    
T  30222799 gtgttcttattgattatgaaagagaatattaaaagtaagtaagttgatggattaaagagtaattaatttaaggatattcatatactttttttaaatgtag 30222898  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  30222899 aagtatattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttggtgttgatattttatgtcttttgttttttatataaagaaccggagggagta 30222992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 45192759 - 45192467
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       | |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||| | |||||| |||||||    
T  45192759 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttgatcctttttataagaagattgattaagtttctaatattttttatgctaaaattcattt 45192660  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    |||  |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||       ||||||||    
T  45192659 gtgttcttattaattatgagacagaatattaaaaataagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggaatttttttaaatgtag 45192560  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  45192559 aagtatattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgatgttgatg-tttatgtcttttgtttcttgtataaagaaccggaggaagta 45192467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 1553723 - 1554022
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||       |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1553723 ctccggtcctttttattagaaacaaaa-tgagaatttttgtggtcctttttataagaagtattgatcaaatttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 1553821  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgta 199  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||       |||||||    
T  1553822 tgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaatttttttaaatgta 1553921  T
Q  200 gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttc------ttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagt 293  Q
    ||| | |||||||||||  || |||||||||||||||||||      ||||||||| |||||||||| |||  ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  1553922 gaagtgtattaaatgaagttgactattttcaatgtattttcttggtgttggtgttggtgttttatgtttttgtttttttgtataaaggactggagggagt 1554021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 7 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 5800617 - 5800331
Alignment:
Q  7 tcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgccc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  5800617 tcctttttattagaaacaaaagtgggaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagataaatttcatttgtgtcc 5800518  T
Q  107 ttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatat 206  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||        ||| ||||| | |    
T  5800517 ttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagagaaattaatttaggggtattcat-gaattttttttaatatagaagtgt 5800419  T
Q  207 attaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5800418 attaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 5800331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 16130151 - 16129851
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16130151 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaaaaaatttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 16130052  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga------annnnnnna 193  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||              |    
T  16130051 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaaaagtaattaatttaggggtattcatggatttttttttttttta 16129952  T
Q  194 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagt 293  Q
    |||||| |  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16129951 aatgtaaaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttgattttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagt 16129852  T
Q  294 a 294  Q
    |    
T  16129851 a 16129851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 27654612 - 27654904
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||    
T  27654612 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgatcaagttttaagtatctttgaagttaaatttcatt 27654711  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgta 199  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| || || |||       |||| ||    
T  27654712 tgtgcccttatttattat--gagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggttttaatggaattttcttaaatata 27654809  T
Q  200 gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  27654810 gaggtgtattaaatgaagattactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttgtttcttatataaaggatcggagggagta 27654904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 27333125 - 27332899
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27333125 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagttttaagtatgtttgaagctaaatttcattt 27333026  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||       |||| |||    
T  27333025 gtacccttattgattatgagagaaaatattaaaagtaagtaagttaatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaatttttttaaatatag 27332926  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattt 227  Q
    || | ||||||||||| ||| ||||||    
T  27332925 aagtgtattaaatgaagatgactattt 27332899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 40988255 - 40987961
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnn-ggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcat 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  40988255 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaattttttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaaactaaatttcat 40988156  T
Q  99 ttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnnaaatg 197  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||        |||||    
T  40988155 ttgtgcccttatttattatga--gagaatattaaaagtaagtaagttggcggaataaagagtaattaatttaggggtattcattgaattttttttaaatg 40988058  T
Q  198 tagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40988057 tagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggaggaagta 40987961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 77 - 294
Target Start/End: Original strand, 27846418 - 27846636
Alignment:
Q  77 tatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggta 176  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  27846418 tatgtttgaagttaaatttcatttgtacccttatttattatgagagataatattaaaagtaagtaagttggtggaatagatagtaattaatttaaggata 27846517  T
Q  177 ttcatagaa-nnnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgta 275  Q
    ||||| |||        |||||||||| | ||||||||||| ||  |||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27846518 ttcatggaattgtttttaaatgtagaagtgtattaaatgaagataactattttcaaagtatttccttggtcctgatgttttatgtcttttgtttcttgta 27846617  T
Q  276 taaaggaccggagggagta 294  Q
    ||| ||||| |||||||||    
T  27846618 taagggaccagagggagta 27846636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 6 - 296
Target Start/End: Original strand, 34546661 - 34546951
Alignment:
Q  6 gtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgc 104  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||        ||| ||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  34546661 gtcctttttattagaaataaaagtgagaattttttttgtcttttttataaaaaatattgatcaagttttaagtatgtttgaagctaa-tttcatttctgc 34546759  T
Q  105 ccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa---nnnnnnnaaatgtaga 201  Q
    ||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||          ||||||| |    
T  34546760 ccttatttattatgagaaa--atattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gaattttttttttaaatgtaaa 34546856  T
Q  202 aatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaat 296  Q
      |  |||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34546857 ggtgcattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaat 34546951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 175
Target Start/End: Original strand, 9411734 - 9411909
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |    
T  9411734 ctccggtccattttattagaaacaaaagtgaaaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatatttgaagttaaatttcact 9411833  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggt 175  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  9411834 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggt 9411909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 113 - 299
Target Start/End: Original strand, 35428419 - 35428609
Alignment:
Q  113 attatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgat----ggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatat 208  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||       |||| |||||   | |    
T  35428419 attatgagagagaaaattaaaagtaagtaagttgattgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcataaaaatttttaaaatatagaagcgtgt 35428518  T
Q  209 taaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaataaa 299  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||    
T  35428519 taaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgatgttgatgttttatgtcttttgtttcttttataaatgaccggagatagtaataaa 35428609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 46 - 259
Target Start/End: Original strand, 36834287 - 36834495
Alignment:
Q  46 ctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagtt 145  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  36834287 ctttttataagaaaattgattaaatttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtacccttatttattat--aagagaatattaaaagtaagtaagtt 36834384  T
Q  146 gatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggt 245  Q
    | ||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |||       |||||||||| | |||||||| || ||| ||||||| |||||||||  |||||    
T  36834385 ggtggaataaagagtaattaattta--ggtattcat-gaaattttttaaatgtagaagtgtattaaataaagatgactatttttaatgtatttctttggt 36834481  T
Q  246 gttgatgttttatg 259  Q
     ||||| |||||||    
T  36834482 cttgatattttatg 36834495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 61 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 4813878 - 4813646
Alignment:
Q  61 ttgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagt 160  Q
    |||| ||| ||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||    
T  4813878 ttgaccaatttttaagtgtgcttgaaactaaatttcatttgtgcccttatttattatgagaaggaatattaaaagtaagtaagttggtggaatgaaaagt 4813779  T
Q  161 aattaatttaagggtattcatag-aannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatg 259  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||       ||||| |||  | ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||| |||||| ||  || ||||||    
T  4813778 aattaatttaaaggtattcatggaaaactatttaaatggagaggtgtattaaatgaagataactatttttaatgtatttccttggtctt--tgatttatg 4813681  T
Q  260 tcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4813680 tattttgtttcttatataaaggaccggagggagta 4813646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 11 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 23933496 - 23933236
Alignment:
Q  11 ttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgccctta 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||        |||| | |||||| ||  ||||| ||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23933496 ttttattagaaacaaaagtgaaaattttgttagtccatattataataaacattgaccaattttcaaatgtgtttgaagttaaatttcatttgtgccctta 23933397  T
Q  110 ttaattatgagagagaatatt-aaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatat 208  Q
    || |||||  ||||||||||| |||| |||| |||||| | ||||  ||||||||||||||| ||||||||||  ||       |||||||||  |||||    
T  23933396 tttattatatgagagaatattaaaaaataagaaagttggtagaatcaagagtaattaatttaggggtattcatgaaaaaaaattaaatgtagaggtatat 23933297  T
Q  209 taaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgttt 269  Q
    |||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  23933296 taaaagaaaataattattttcaatgtatttttttggtcttgatgatttatgtcttttgttt 23933236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 13879229 - 13879068
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||           |||||||||||||    
T  13879229 ctccgatcctttttattagaaacaaaagtgaaattttttttggtcctttttacaagaagattgatcaagtttaaag-----------ctaaatttcattt 13879141  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagg 173  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  13879140 gtgcccttatttattatgagatagaatattaatagtaaataagttggtggaagaaagagtaattaatttaagg 13879068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 117
Target Start/End: Original strand, 35121218 - 35121293
Alignment:
Q  42 ggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  35121218 ggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagcaaaatttcatttgtgcccttatttattat 35121293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 88 - 289
Target Start/End: Original strand, 11907972 - 11908172
Alignment:
Q  88 ctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaann 187  Q
    |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||| ||| ||||||| ||||||  |||||||||||| ||| ||||||||| |||      
T  11907972 ctaaatttcatttgtgtctttatttattatgagagag--tattaaaaataaataagttggtggaatcaagagtaattaatgtaaaggtattcatggaaga 11908069  T
Q  188 nnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatg-tcttttgtttcttgtataaaggaccgg 286  Q
         ||||||| | |  ||||||||||||||    |||||||||||||||||||| | || ||| |||||| | |||||||||||||| | |||| |||    
T  11908070 aatttaaatgtacagaagtattaaatgaaaatagtcattttcaatgtattttcttgatcttaatgatttatgtttttttgtttcttgtaaagaggatcgg 11908169  T
Q  287 agg 289  Q
    |||    
T  11908170 agg 11908172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 222 - 303
Target Start/End: Original strand, 9412284 - 9412365
Alignment:
Q  222 ctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagtaataaataaa 303  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||| |||||    
T  9412284 ctattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttatttcttgtataaggaatcggagggagtaatatataaa 9412365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 206 - 294
Target Start/End: Original strand, 35121359 - 35121446
Alignment:
Q  206 tattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  35121359 tattaaatgaagatgactatttccaatgtatttt-ttagtcttgatgttttatgtcttttgttttttgtataaaggatcggagggagta 35121446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 231 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 13879009 - 13878946
Alignment:
Q  231 atgtattttcttggtgtt-gatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  13879009 atgtatttccttggttttcgatgttttatgt-ttttgtttcttgtataaaagactcgagggagta 13878946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 33314335 - 33314628
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33314335 ctccagtcctttttattataaacaaaagtgagattatttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaatttcattt 33314434  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| |  |||||||  ||       || |||||    
T  33314435 gtgccctcatttattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttggtggaataaagagtaattaatttaggaatattcatgaaatttttttaagtgtag 33314534  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  33314535 aaatgtattaaatgaagatgaccattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtattttgtttcttgtataaaggatcggaggtagta 33314628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 40385424 - 40385127
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaaga---ttgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttca 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40385424 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttca 40385325  T
Q  98 tttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga-annnnnnnaaat 196  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||         ||||    
T  40385324 tttgtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatggattattttttaaat 40385225  T
Q  197 gtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40385224 gtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatatctttggtcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggatcggagggagta 40385127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 21263084 - 21262900
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21263084 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgataatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 21262985  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa 185  Q
    | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21262984 gcgcccatattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaa 21262900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 41174847 - 41174553
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  41174847 ctccggtcctttttaatagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatattttaagctaaatttcattt 41174748  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa--nnnnnnnaaatgt 198  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||  || |||| |||| |||||||| | |||||||||| |||         |||| |    
T  41174747 gtgcccttatttattatgagagagaaagttaaaagtaaataagttagtgaaataaagaggaattaattgaggggtattcat-gaattttttttaaaatat 41174649  T
Q  199 agaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  41174648 agaagtatattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatgtcttttgtttcttgcataaaggaccggaggaagta 41174553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 7 - 294
Target Start/End: Original strand, 24868479 - 24868767
Alignment:
Q  7 tcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcc 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||        ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  24868479 tcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttgtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagttaaatttcatttgtacc 24868578  T
Q  106 cttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaata 205  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| || || |||       || | ||||  |     
T  24868579 cttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtgttaatggaattttcttaattatagaggtg 24868678  T
Q  206 tattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  24868679 tattaaatgaagattactattttcaatgtattttcttagacttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggatcggatggagta 24868767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 3097738 - 3097441
Alignment:
Q  1 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnng-gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |          |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3097738 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagattttttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 3097639  T
Q  100 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga----annnnnnnaaa 195  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| | |||||||| |||||| ||| ||            |||    
T  3097638 tgtgcccttatttattatgagagtgaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggatttaatttaggggtatacatggattttttttttttaaa 3097539  T
Q  196 tgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3097538 tgtagaagtgtattaaatgaagattactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatgtc-tatgtttcttgtataaaggaccggagggagta 3097441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 193 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 21262596 - 21262495
Alignment:
Q  193 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggag 292  Q
    ||||||||||   ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  21262596 aaatgtagaagcgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttttataaaggaccggaggtag 21262497  T
Q  293 ta 294  Q
    ||    
T  21262496 ta 21262495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 60 - 181
Target Start/End: Original strand, 4237918 - 4238039
Alignment:
Q  60 attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagag 159  Q
    |||||| || ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||  |||||| ||| ||||||  ||||    
T  4237918 attgataaattttcatggatgtttgaagttaaatttcatttgtgccgttatttattatgagatagaataataaaatgaagtaaattggtggaatcaagag 4238017  T
Q  160 taattaatttaagggtattcat 181  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  4238018 taattaatttaggggtattcat 4238039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 2935070 - 2934905
Alignment:
Q  7 tcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaa-gattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcc 105  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||         |||||||||||||||| |||| | ||| ||| |||| | ||||||| |||||||||||| | ||    
T  2935070 tcctttttataagaaacaaaagtgaaattattttgagtcctttttataagaaagatttaccaatttttaagtgtatttgaagttaaatttcatttatacc 2934971  T
Q  106 cttattaattatgagagagaatatt-aaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaattta 170  Q
    |||||| ||||||||||||  |||| |||||||| ||| |||  |||||  | |||||||||||||    
T  2934970 cttatttattatgagagaggttattaaaaagtaaataaattgccggaatcaaaagtaattaattta 2934905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0067 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0067
Description:

Target: scaffold0067; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 2 - 294
Target Start/End: Original strand, 6710 - 7005
Alignment:
Q  2 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||       |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6710 tccggtcctttttattagaaacaaaagttaaaaaaaatttggtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 6809  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatag--aannnnnnnaaatgt 198  Q
    |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||  ||       ||||||    
T  6810 gtgcgcttatttattatgagaaagaatattaaaagtaagtaagttggtagaataaagagtaattaatttaaggatattcatagaaaaaaaaattaaatgt 6909  T
Q  199 agaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||| || ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||  | || |||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||||    
T  6910 agagatgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttaatcttaatgttttatgtcttttgtttcttgaataaagaatcggatggagta 7005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 124; Significance: 9e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 2 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 258502 - 258218
Alignment:
Q  2 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  258502 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttaggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaagttaaatttcattt 258403  T
Q  101 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 200  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||          ||||||||||||||| |||| || || |||       |||| |||    
T  258402 gtgcctttatttattatgagagagaatattaaaattaagtaagtt---------tagagtaattaatttaggggtgttgatggaattttcttaaatatag 258312  T
Q  201 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    |  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  258311 aggtgtattaaatgaagattactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 258218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 2)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 61 - 294
Target Start/End: Original strand, 30477 - 30710
Alignment:
Q  61 ttgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagt 160  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||  |||||    
T  30477 ttgaccaattttcaagtttgtttgaaattaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagacaatattaaaagtaagtaagttggcggaatcaagagt 30576  T
Q  161 aattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgt 260  Q
    |||||||||| ||||||| || |||       ||||| |||  | |||||||| |||||  ||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||    
T  30577 aattaatttaggggtatttatggaaaaaatttaaatgcagaggtgtattaaattaaaataactattttcaatgtatttcctcggtcttgatgatttatgt 30676  T
Q  261 cttttgtttcttgtataaaggaccggagggagta 294  Q
    ||||||||||||  | |||| || ||||||||||    
T  30677 cttttgtttcttagaaaaagcacaggagggagta 30710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 94 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 30919 - 30741
Alignment:
Q  94 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtatt-----catagaannn 188  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    || ||||||  ||||||||||||||| |||||||     ||| |||       
T  30919 ttcatgtgcgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtatgt----tggtggaatcaagagtaattaatttaggggtattgtattcatggaaaaa 30824  T
Q  189 nnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttctt 272  Q
        |||||| ||  |||||||| |||||||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  30823 atttaaatgttgaggtatattaa-tgaaaataactattttcaatttatttccttggtcttgatgatttatgtcttttgtttctt 30741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University