View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3146_high_10 (Length: 362)

Name: NF3146_high_10
Description: NF3146
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3146_high_10
NF3146_high_10
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (39-217)||(36890377-36890556)
chr5 (39-217)||(13988247-13988427)
chr5 (39-217)||(11247192-11247372)
chr5 (134-217)||(15285329-15285412)
chr5 (67-215)||(12248275-12248425)
chr5 (66-217)||(20151384-20151527)
chr5 (135-217)||(35905994-35906076)
chr5 (137-215)||(43100310-43100388)
chr5 (161-217)||(8378344-8378400)
chr5 (140-215)||(33687649-33687724)
chr5 (152-214)||(1447864-1447926)
[»] chr1 (26 HSPs)
chr1 (39-217)||(1994953-1995132)
chr1 (39-217)||(44797469-44797648)
chr1 (39-217)||(27325629-27325810)
chr1 (66-217)||(1673369-1673522)
chr1 (39-217)||(2402927-2403107)
chr1 (39-213)||(29637212-29637388)
chr1 (39-217)||(32267467-32267647)
chr1 (134-217)||(526998-527081)
chr1 (134-217)||(39858347-39858430)
chr1 (134-217)||(46845755-46845838)
chr1 (134-217)||(6487728-6487811)
chr1 (116-215)||(7178193-7178291)
chr1 (121-215)||(26040972-26041065)
chr1 (138-216)||(13276567-13276645)
chr1 (165-217)||(40030838-40030890)
chr1 (67-211)||(29731194-29731340)
chr1 (39-118)||(40030887-40030966)
chr1 (66-210)||(19989246-19989390)
chr1 (114-214)||(40314095-40314196)
chr1 (95-214)||(15225048-15225170)
chr1 (145-217)||(49430574-49430646)
chr1 (152-217)||(40294848-40294913)
chr1 (135-215)||(47571663-47571743)
chr1 (152-215)||(33502641-33502704)
chr1 (135-211)||(48489455-48489531)
chr1 (152-194)||(34311338-34311380)
[»] chr4 (26 HSPs)
chr4 (39-217)||(17044003-17044182)
chr4 (39-216)||(25164473-25164652)
chr4 (39-217)||(37605693-37605873)
chr4 (39-217)||(45995897-45996076)
chr4 (39-217)||(55281208-55281388)
chr4 (39-217)||(43749092-43749274)
chr4 (66-217)||(5817409-5817562)
chr4 (66-214)||(3287087-3287232)
chr4 (106-214)||(51579323-51579432)
chr4 (66-217)||(51579581-51579733)
chr4 (39-217)||(24059137-24059315)
chr4 (69-211)||(26719936-26720077)
chr4 (138-217)||(20107110-20107190)
chr4 (116-217)||(42179217-42179319)
chr4 (66-217)||(32525051-32525204)
chr4 (114-217)||(50498210-50498314)
chr4 (95-217)||(25783967-25784090)
chr4 (168-217)||(39631271-39631320)
chr4 (152-216)||(32290215-32290279)
chr4 (134-212)||(41277220-41277298)
chr4 (39-127)||(39631012-39631100)
chr4 (116-217)||(22364541-22364643)
chr4 (136-213)||(36851231-36851308)
chr4 (147-215)||(48525328-48525396)
chr4 (170-217)||(9118622-9118669)
chr4 (183-217)||(14786853-14786887)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (39-216)||(13696967-13697146)
chr2 (39-217)||(32599250-32599430)
chr2 (39-214)||(36272663-36272840)
chr2 (39-217)||(17823579-17823759)
chr2 (39-217)||(33555364-33555545)
chr2 (39-217)||(36709194-36709373)
chr2 (96-216)||(42061289-42061412)
chr2 (39-217)||(14242526-14242697)
chr2 (66-217)||(40095263-40095416)
chr2 (107-217)||(23860234-23860346)
chr2 (160-217)||(14945861-14945918)
chr2 (134-217)||(3121610-3121693)
chr2 (134-217)||(24475800-24475883)
chr2 (134-217)||(33299979-33300062)
chr2 (140-217)||(4434695-4434772)
chr2 (135-215)||(40216411-40216491)
chr2 (147-217)||(25333144-25333214)
chr2 (137-217)||(5562936-5563016)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (39-217)||(46576244-46576424)
chr7 (39-217)||(30922712-30922892)
chr7 (39-217)||(33496499-33496679)
chr7 (69-217)||(48460659-48460802)
chr7 (66-217)||(38754926-38755077)
chr7 (39-217)||(51938-52117)
chr7 (66-217)||(47480043-47480194)
chr7 (115-215)||(42974457-42974558)
chr7 (146-217)||(31741043-31741114)
chr7 (135-215)||(28713679-28713759)
chr7 (95-210)||(11752604-11752720)
chr7 (135-215)||(38349559-38349639)
chr7 (135-215)||(37536415-37536495)
chr7 (147-213)||(43068765-43068831)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (39-217)||(34792653-34792833)
chr6 (39-217)||(9045833-9046012)
chr6 (39-217)||(14313989-14314168)
chr6 (39-214)||(1244558-1244735)
chr6 (134-217)||(23915972-23916055)
chr6 (66-217)||(9521841-9521999)
chr6 (145-211)||(29429590-29429656)
chr6 (163-216)||(16717991-16718044)
chr6 (138-211)||(12748217-12748290)
[»] chr8 (21 HSPs)
chr8 (39-217)||(14342189-14342371)
chr8 (66-216)||(43065934-43066085)
chr8 (39-217)||(1993641-1993822)
chr8 (231-343)||(32748905-32749016)
chr8 (90-209)||(8368425-8368545)
chr8 (134-217)||(4077060-4077143)
chr8 (134-217)||(2599531-2599614)
chr8 (134-217)||(28897995-28898078)
chr8 (66-212)||(41075624-41075774)
chr8 (86-216)||(27497174-27497304)
chr8 (134-217)||(45413637-45413720)
chr8 (135-215)||(11904855-11904935)
chr8 (134-212)||(31774729-31774807)
chr8 (134-217)||(10391404-10391487)
chr8 (39-126)||(4076771-4076858)
chr8 (67-214)||(35200559-35200708)
chr8 (146-212)||(16465723-16465789)
chr8 (152-215)||(12142083-12142146)
chr8 (66-170)||(5749058-5749162)
chr8 (95-216)||(44081068-44081188)
chr8 (137-209)||(45502670-45502742)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (39-214)||(38247801-38247977)
chr3 (67-217)||(50989203-50989355)
chr3 (67-217)||(51092335-51092487)
chr3 (39-216)||(12224006-12224184)
chr3 (39-217)||(9271110-9271292)
chr3 (39-217)||(48034810-48034991)
chr3 (39-217)||(8496706-8496887)
chr3 (67-217)||(8330623-8330774)
chr3 (114-216)||(23004757-23004859)
chr3 (99-213)||(33288136-33288252)
chr3 (73-209)||(54713532-54713670)
chr3 (166-217)||(29915090-29915141)
chr3 (166-217)||(29964243-29964294)
chr3 (140-215)||(36674624-36674699)
chr3 (140-211)||(39947262-39947333)
chr3 (145-213)||(46135531-46135599)
chr3 (163-217)||(44092518-44092572)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (66-217)||(10260-10413)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (39-212)||(3058-3231)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (183-217)||(52843-52877)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 36890556 - 36890377
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  36890556 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcgatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggg 36890457  T
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36890456 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 36890377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 13988427 - 13988247
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  13988427 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 13988328  T
Q  138 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13988327 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 13988247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 11247372 - 11247192
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  11247372 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtagggg 11247273  T
Q  138 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
     | ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  11247272 gatcacaaagacatttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactactc 11247192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 15285412 - 15285329
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15285412 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 15285329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 67 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 12248425 - 12248275
Alignment:
Q  67 atacacacattgtatcact-ccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgta--tgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 163  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| ||||||| |||||||||  | |  ||||||| ||||   ||||||| |||||| |||||| ||||| |||| |    
T  12248425 atacacacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgcgtgtaggg-accacatggacacatgtcacaattat 12248327  T
Q  164 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
     ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  12248326 atgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactac 12248275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 66 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 20151527 - 20151384
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 164  Q
    |||||| ||||| || ||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||        ||||| |||| ||    
T  20151527 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttttgtatgt-ggggatcaca--------tgtcataattatg 20151437  T
Q  165 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  20151436 tgtgggtgttcaagtggtatatgctacctaaagtggtctatgtatcattactc 20151384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 35906076 - 35905994
Alignment:
Q  135 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||| ||| |||||| ||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35906076 gggactacatggacacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 35905994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 137 - 215
Target Start/End: Original strand, 43100310 - 43100388
Alignment:
Q  137 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  43100310 gaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactac 43100388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 161 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 8378400 - 8378344
Alignment:
Q  161 tgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  8378400 tgtgtgtggatgtacaaatggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcaccactc 8378344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 140 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 33687724 - 33687649
Alignment:
Q  140 cacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    |||| |||||| ||||| |||| | | ||| ||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  33687724 cacatggacacatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 33687649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 214
Target Start/End: Original strand, 1447864 - 1447926
Alignment:
Q  152 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 214  Q
    ||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||    
T  1447864 tgtcacaattgtgcgtggatgtataagtggtacatgccacctaaagttgtctatatataacta 1447926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 26)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 1995132 - 1994953
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||    
T  1995132 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggagg 1995033  T
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1995032 accacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 1994953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 44797469 - 44797648
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||        |||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||    
T  44797469 ataatgtttcatgtacacacttttttctatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtttggggg 44797568  T
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44797569 accacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 44797648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 27325629 - 27325810
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgt-aatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtaggg 136  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||    
T  27325629 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgggg 27325728  T
Q  137 ga-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27325729 gaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 27325810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 66 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 1673522 - 1673369
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggga-ccacaaggacacttgtcaaaattgt 163  Q
    ||||||||||||||| || | ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  1673522 catacacacattgtaccatttcatgtaagagtgtatgagagacaatacatatgagtttttttgtatgtaggggaaccacaaggacacttatcaaaattgt 1673423  T
Q  164 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1673422 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 1673369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 2402927 - 2403107
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgta-tgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| || ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||    
T  2402927 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccattccatgtgagagtgtgcgagagacaatacatgtgagtttttttttgtgtggggg 2403026  T
Q  138 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
     |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2403027 gaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactactc 2403107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 39 - 213
Target Start/End: Original strand, 29637212 - 29637388
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagg-g 136  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||  ||| | | |||||| |||||||||||||| |||||||||| || ||| || |    
T  29637212 ataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccaccacatatgagagtgtgagagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtgggag 29637311  T
Q  137 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29637312 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 32267467 - 32267647
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagg-g 136  Q
    ||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |  |    
T  32267467 ataatatttcatgtacacacttttttccatacacacattgtactactccatgtgagagtgtgtgagagccaatacatgtgagtttttttgtatgtggaag 32267566  T
Q  137 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  32267567 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactactc 32267647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Original strand, 526998 - 527081
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  526998 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 527081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 39858430 - 39858347
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39858430 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39858347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Original strand, 46845755 - 46845838
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46845755 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 46845838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 6487811 - 6487728
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6487811 ggggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactactc 6487728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 116 - 215
Target Start/End: Original strand, 7178193 - 7178291
Alignment:
Q  116 gtgagttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    ||||||||||||| ||| | | ||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7178193 gtgagttttttgtgtgtcgag-accacatagacacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcactac 7178291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 121 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 26041065 - 26040972
Alignment:
Q  121 ttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    |||||||| ||| |||||||||  |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  26041065 ttttttgtgtgt-ggggaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactac 26040972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 138 - 216
Target Start/End: Original strand, 13276567 - 13276645
Alignment:
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 216  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13276567 accacatggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactact 13276645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 165 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 40030890 - 40030838
Alignment:
Q  165 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40030890 tgtgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactactc 40030838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 29731340 - 29731194
Alignment:
Q  67 atacacacattgtatcact-ccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtag-gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 164  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||  | |  ||| ||| |||| |||   ||||||||| |||||| ||||| |||| |     
T  29731340 atacacacattgtatcacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgaatttcttgtgtgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattata 29731241  T
Q  165 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 211  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  29731240 tgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 39 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 40030966 - 40030887
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtg 118  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  40030966 ataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtg 40030887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 66 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 19989390 - 19989246
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactc-catgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 164  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||  | |||| |||||||| | ||| ||  |||||| |||||| ||||| | ||||     
T  19989390 catacacacattgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacacaaaatgtaagttttttatgtgt-ggaaaccacatggacacatgtcacacttgta 19989292  T
Q  165 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 210  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||    
T  19989291 tgtggatgtacaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatc 19989246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 40314196 - 40314095
Alignment:
Q  114 atgtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 212  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| || |||||||| | |||||||||||| ||||||||||    
T  40314196 atgtgagttttttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcac 40314097  T
Q  213 ta 214  Q
    ||    
T  40314096 ta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 214
Target Start/End: Original strand, 15225048 - 15225170
Alignment:
Q  95 agtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta---ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccac 191  Q
    ||||||||||||| |  | ||||||||||||||| |||    ||||||||   |||||  ||||| |||||  |||||||||| |||| |||||||||||    
T  15225048 agtgtgtgagagatataaaatgtgagttttttgtgtgtgtgtggggaccatgtggacatatgtcacaattgcatgtgggtgtataagttgtacatgccac 15225147  T
Q  192 ctaaggtggtctatgtatcacta 214  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15225148 ctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 145 - 217
Target Start/End: Original strand, 49430574 - 49430646
Alignment:
Q  145 ggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||| ||||| |||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49430574 ggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaccactc 49430646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Original strand, 40294848 - 40294913
Alignment:
Q  152 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||| |||||||| | |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40294848 tgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactactc 40294913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 135 - 215
Target Start/End: Original strand, 47571663 - 47571743
Alignment:
Q  135 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  47571663 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactac 47571743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 215
Target Start/End: Original strand, 33502641 - 33502704
Alignment:
Q  152 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    ||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||    
T  33502641 tgtcacaattgcatgtaggtgtacaagtggtacatgtcatctaatgtggtctatgtatcactac 33502704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 48489531 - 48489455
Alignment:
Q  135 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 211  Q
    ||||||||| |||||  ||||| |||| | | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  48489531 gggaccacatggacagatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatca 48489455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 194
Target Start/End: Original strand, 34311338 - 34311380
Alignment:
Q  152 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccaccta 194  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34311338 tgtcataactgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccaccta 34311380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 26)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 17044182 - 17044003
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||| || |||||| || ||| |||     
T  17044182 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgggactttttttgtgtgtgggga 17044083  T
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17044082 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 17044003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 39 - 216
Target Start/End: Original strand, 25164473 - 25164652
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||    
T  25164473 ataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggagg 25164572  T
Q  138 a-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 216  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25164573 aaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 25164652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 37605693 - 37605873
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  37605693 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 37605792  T
Q  138 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37605793 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 37605873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 45995897 - 45996076
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    |||||||||||||||||||        ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || |    
T  45995897 ataatgtttcatgtacacatttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgggag 45995996  T
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45995997 accacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 45996076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 55281388 - 55281208
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||| |||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  55281388 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 55281289  T
Q  138 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55281288 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 55281208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 43749274 - 43749092
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt---gtatgtag- 134  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||| | |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||||   || ||| |     
T  43749274 ataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccactccatgtaagagtgtgtgagggacaatatatgtgagcttttttgtgtgtgtgga 43749175  T
Q  135 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43749174 gggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 43749092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 66 - 217
Target Start/End: Original strand, 5817409 - 5817562
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttg-tatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 163  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||  ||||||||| || ||||||||||| | |||  |||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  5817409 catacacacattgtaccaccccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttggtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgt 5817508  T
Q  164 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5817509 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 5817562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 66 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 3287232 - 3287087
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtaggg-gaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 164  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||    ||||||||| | ||| | | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  3287232 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagataatac----gagttttttttgtgtggagagaccacaaggactcttgtcaaaattgtg 3287137  T
Q  165 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 214  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  3287136 tgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 106 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 51579432 - 51579323
Alignment:
Q  106 gacaatacatgtgagttttttgtatgtagggga-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtcta 204  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51579432 gacaataaatgtgagttttttgtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtcta 51579333  T
Q  205 tgtatcacta 214  Q
    ||||||||||    
T  51579332 tgtatcacta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 66 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 51579733 - 51579581
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtaggggac-cacaaggacacttgtcaaaattgt 163  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||  |||| |||||| ||||| ||||||    
T  51579733 catacacacattgtaccaccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtgagtttttttgtatgtgtgggaatcacatggacacatgtcacaattgt 51579634  T
Q  164 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51579633 atttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatcactactc 51579581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 24059137 - 24059315
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||| ||||||||||       ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||  | |||||| || ||| |||     
T  24059137 ataatgttttatgtacacactttcttccatacacacattgtaccaccccatgtaagagtgtgtaagagacaataaatgatattttttttgtgtgt-ggga 24059235  T
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24059236 accacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 24059315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 69 - 211
Target Start/End: Original strand, 26719936 - 26720077
Alignment:
Q  69 acacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtg 168  Q
    |||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||  | ||||||||||| ||  ||| ||||||||||| ||||| ||| | |||||  ||||    
T  26719936 acacacattgtaccaccccatgtgacagtgtgtgagagacacaaaatgtgagttttgtgcgtgt-ggggaccacaaagacacatgttacaattgaatgtg 26720034  T
Q  169 ggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 211  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  26720035 ggtgtagaagtggtacacgccacctaaggtggtttatgtatca 26720077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 138 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 20107190 - 20107110
Alignment:
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggg-tgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20107190 accacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 20107110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 116 - 217
Target Start/End: Original strand, 42179217 - 42179319
Alignment:
Q  116 gtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 214  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||| |||||| ||||| |||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  42179217 gtgagttttttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcatta 42179316  T
Q  215 ctc 217  Q
    |||    
T  42179317 ctc 42179319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 66 - 217
Target Start/End: Original strand, 32525051 - 32525204
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttt-tgtatgtagg-ggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 163  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||| |||| |||  ||||||| ||| |||  | ||| ||||  ||||| | ||| ||||||    
T  32525051 catacacacattgtatcaccccatatgagagtgtgtgagagataataaatgacagtttttgtgtgtgtgtgtggaacacatagacacatatcacaattgt 32525150  T
Q  164 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32525151 gtgtggatgtataagtggtatatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 32525204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 114 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 50498314 - 50498210
Alignment:
Q  114 atgtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 212  Q
    |||||||||| |||| |||  |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  50498314 atgtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcac 50498215  T
Q  213 tactc 217  Q
    |||||    
T  50498214 tactc 50498210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 95 - 217
Target Start/End: Original strand, 25783967 - 25784090
Alignment:
Q  95 agtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgt--atgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacc 192  Q
    |||||||| || |||||| | |||||||||||||  |||| |||||| ||| | | || ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25783967 agtgtgtgtgaaacaataaaagtgagttttttgtgtatgt-ggggactacatgaatacatgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacc 25784065  T
Q  193 taaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||| || |||||||||||||||||    
T  25784066 taagatgatctatgtatcactactc 25784090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 168 - 217
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631320
Alignment:
Q  168 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39631320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 152 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 32290279 - 32290215
Alignment:
Q  152 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 216  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32290279 tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 32290215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 134 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 41277298 - 41277220
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 212  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  41277298 ggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcac 41277220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 39 - 127
Target Start/End: Original strand, 39631012 - 39631100
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttg 127  Q
    ||||||||||||||||| ||       |||| |||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39631012 ataatgtttcatgtacatacttttttccatatacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttg 39631100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 116 - 217
Target Start/End: Original strand, 22364541 - 22364643
Alignment:
Q  116 gtgagttttttgtatgt-aggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 214  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||| | ||| |||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||    
T  22364541 gtgagtttcttgtgtgttaggggaccacatggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcacta 22364640  T
Q  215 ctc 217  Q
    |||    
T  22364641 ctc 22364643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 136 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 36851308 - 36851231
Alignment:
Q  136 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 213  Q
    |||| ||| |||||| ||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  36851308 ggactacatggacacatgtcacaatcatgcgtgggtgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgcatcact 36851231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 147 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 48525396 - 48525328
Alignment:
Q  147 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    |||| ||||| |||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  48525396 acacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 48525328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 170 - 217
Target Start/End: Original strand, 9118622 - 9118669
Alignment:
Q  170 gtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9118622 gtgtacaagttgtgcatgccacctaaagtggtttatgtatcactactc 9118669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 183 - 217
Target Start/End: Original strand, 14786853 - 14786887
Alignment:
Q  183 acatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14786853 acatgtcacctaaggtggtctatgtatcactactc 14786887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 39 - 216
Target Start/End: Original strand, 13696967 - 13697146
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  13696967 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 13697066  T
Q  138 a-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 216  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13697067 aaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 13697146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 32599250 - 32599430
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtag-gg 136  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| | ||    
T  32599250 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggagg 32599349  T
Q  137 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32599350 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 32599430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 39 - 214
Target Start/End: Original strand, 36272663 - 36272840
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgta-ggg 136  Q
    ||||||||||||||||||||       |||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||  |||    
T  36272663 ataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgtggg 36272762  T
Q  137 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36272763 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 17823759 - 17823579
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  17823759 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggg 17823660  T
Q  138 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  17823659 gaccacaaggacacttatcaaaattgtatgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactactc 17823579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 33555364 - 33555545
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta---gg 135  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||    ||    
T  33555364 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttttttgtgtgggg 33555463  T
Q  136 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  33555464 ggaccacaatgacacttgtcaaaattgtgtgtaagtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactactc 33555545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 36709194 - 36709373
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtagggg- 137  Q
    |||||||||||||||||||        |||||| |||||||| |||||||| | | | ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  36709194 ataatgtttcatgtacacatttttttccatacaaacattgtaccactccatatgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttgtgtgtgggggg 36709293  T
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  36709294 accacaatgacatttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacataccacctaagatggtctatgtatcagtactc 36709373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 96 - 216
Target Start/End: Original strand, 42061289 - 42061412
Alignment:
Q  96 gtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta---ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacc 192  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42061289 gtgtgagagagacaatacatgtgagttttttgtgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacc 42061388  T
Q  193 taaggtggtctatgtatcactact 216  Q
     || ||| ||||||||||||||||    
T  42061389 caaagtgctctatgtatcactact 42061412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 14242526 - 14242697
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgag-ttttttgtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||     
T  14242526 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtctgagaggcaatacatgtgagcttttttgtgtgtggggt 14242625  T
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |        |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14242626 a--------acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactactc 14242697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 66 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 40095416 - 40095263
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg-accacaaggacacttgtcaaaattgt 163  Q
    |||||| ||| |||| ||||| |||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  40095416 catacatacactgtaccactctatgcgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttttgtgtgtggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgt 40095317  T
Q  164 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
     ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  40095316 atgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactactc 40095263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 107 - 217
Target Start/End: Original strand, 23860234 - 23860346
Alignment:
Q  107 acaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg-accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtcta 204  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||| |||| | |||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23860234 acaataaatgtgagtttttttgtgtgtggggggatcacaagaacacttgtcaaaatagtgtgtgagtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtcta 23860333  T
Q  205 tgtatcactactc 217  Q
    |||||||||||||    
T  23860334 tgtatcactactc 23860346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 160 - 217
Target Start/End: Original strand, 14945861 - 14945918
Alignment:
Q  160 ttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14945861 ttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14945918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 3121693 - 3121610
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3121693 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 3121610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Original strand, 24475800 - 24475883
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||| ||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24475800 ggggactacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 24475883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 33300062 - 33299979
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||| | |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33300062 ggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcactactc 33299979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 140 - 217
Target Start/End: Original strand, 4434695 - 4434772
Alignment:
Q  140 cacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||| |||||| ||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  4434695 cacatggacacatgtcacaatagtgtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactactc 4434772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 135 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 40216491 - 40216411
Alignment:
Q  135 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||  || |||||||||| ||| |||||||||    
T  40216491 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaaggtggtttatatatcactac 40216411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 147 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 25333214 - 25333144
Alignment:
Q  147 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||| ||||| || ||||||| | |||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||    
T  25333214 acacatgtcacaaatgtgtgttgatgtacaagtggtacatgcgatccaaggtggtctatgtataactactc 25333144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 137 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 5563016 - 5562936
Alignment:
Q  137 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||  ||||| |||||||||| | | ||  |||| || |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  5563016 gaccacatcgacacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactactc 5562936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 46576244 - 46576424
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  46576244 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 46576343  T
Q  138 a-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46576344 aaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 46576424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 30922712 - 30922892
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  30922712 ataatgtttcatgtacatacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggg 30922811  T
Q  138 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
     || ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30922812 gactacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgaatgtacatgtggtacataccacctaaggtgatctatgtatcactactc 30922892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 33496679 - 33496499
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||    
T  33496679 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtggggg 33496580  T
Q  138 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
     | ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33496579 gatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatccctactc 33496499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 69 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 48460802 - 48460659
Alignment:
Q  69 acacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtg 168  Q
    |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||    ||||||| | | ||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  48460802 acacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatac----gagttttat-tgtgtgggggatcataaggacacttgtcaaaattgtatgtg 48460708  T
Q  169 ggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48460707 gatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 48460659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 66 - 217
Target Start/End: Original strand, 38754926 - 38755077
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 164  Q
    |||||| ||||| || ||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||| |||| |||||| ||||| |||| ||    
T  38754926 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttttgtgtgt-ggggatcacatggacacatgtcataattatg 38755024  T
Q  165 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38755025 tatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 38755077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 52117 - 51938
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtagg-gg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||| ||| | | |||||| |||||| ||||||| |||||||||| | ||| |  ||    
T  52117 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactacatatgagagtgtgagagagataatacatatgagttttttttgtgtggaagg 52018  T
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||| |||||| |||||||| | | | ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52017 accacaaggatacttgttaaaattgtatatagatgtacaaatagtacataccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 66 - 217
Target Start/End: Original strand, 47480043 - 47480194
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactcc-atgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 163  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||| | ||||||| |||||||||| |||| |||||||| || ||| ||| |||| | |||||| ||||| ||||||    
T  47480043 catacacacattgtaccacccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagtttttttgtgtgt-gggaaccatatggacacatgtcacaattgt 47480141  T
Q  164 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
     | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47480142 at-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 47480194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 115 - 215
Target Start/End: Original strand, 42974457 - 42974558
Alignment:
Q  115 tgtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 213  Q
    |||||||||||||| |||  |||||||| | | |||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42974457 tgtgagttttttgtgtgtgtggggaccatatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcact 42974556  T
Q  214 ac 215  Q
    ||    
T  42974557 ac 42974558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 146 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 31741114 - 31741043
Alignment:
Q  146 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31741114 gacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 31741043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 135 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 28713759 - 28713679
Alignment:
Q  135 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    |||| |||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28713759 gggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 28713679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 11752720 - 11752604
Alignment:
Q  95 agtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacct 193  Q
    |||||||||||||||  | | ||||||||||| | |||  |||||||||  | |||| ||||| |||| | ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  11752720 agtgtgtgagagacacaaaaggtgagttttttatgtgtgtggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacct 11752621  T
Q  194 aaggtggtctatgtatc 210  Q
    |||||||||||||||||    
T  11752620 aaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 135 - 215
Target Start/End: Original strand, 38349559 - 38349639
Alignment:
Q  135 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    |||| |||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  38349559 gggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactac 38349639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 215
Target Start/End: Original strand, 37536415 - 37536495
Alignment:
Q  135 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    |||||| || |||||| ||||| |||| | |||||||||||| ||| || |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  37536415 gggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacatgtgatatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 37536495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 147 - 213
Target Start/End: Original strand, 43068765 - 43068831
Alignment:
Q  147 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 213  Q
    |||| |||||||||| |||||||  ||  ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  43068765 acacatgtcaaaattatgtgtggaggtttaagtggtacatgcgacctaaggtggtatgtgtatcact 43068831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 34792653 - 34792833
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttt-tgtatgtaggg- 136  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |     
T  34792653 ataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttgtgtgtgtagaga 34792752  T
Q  137 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34792753 gaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 34792833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 9046012 - 9045833
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttt-tgtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||    
T  9046012 ataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttgtgtgtgtggagg 9045913  T
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9045912 accacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 9045833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 14313989 - 14314168
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  14313989 ataatgtttcatgtacacactttttc-catacacacattgtaccactttatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 14314087  T
Q  138 a-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14314088 aaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14314168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 39 - 214
Target Start/End: Original strand, 1244558 - 1244735
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    |||||||||||||||||||        |||||||||||||||  ||| ||| | | |||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  1244558 ataatgtttcatgtacacattttttttcatacacacattgtactacttcatatgagagtgttcgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggg 1244657  T
Q  138 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 214  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1244658 gaccacaaggacacttgccaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 23916055 - 23915972
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  23916055 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactactc 23915972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 217
Target Start/End: Original strand, 9521841 - 9521999
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta-----ggggaccacaaggacacttgtcaaaat 160  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||  ||||||||| || |||||||||||| |||      ||||| |||| | | |  ||||| |||    
T  9521841 catacacacattgtaccatcccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttgtgtgtgtatgtggggatcacatgaatatatgtcacaat 9521940  T
Q  161 t--gtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  9521941 tatgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtattactactc 9521999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 145 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 29429656 - 29429590
Alignment:
Q  145 ggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 211  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  29429656 ggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatca 29429590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 163 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 16718044 - 16717991
Alignment:
Q  163 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 216  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16718044 tgtgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 16717991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 12748290 - 12748217
Alignment:
Q  138 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 211  Q
    |||||| |||||  ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  12748290 accacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 21)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 14342189 - 14342371
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta---gg 135  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||   ||    
T  14342189 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgaattttttttgtgtatgggg 14342288  T
Q  136 ggaccacaaggacacttgtcaaaa-ttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14342289 ggaccacaaggacacttgtcaaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14342371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 66 - 216
Target Start/End: Original strand, 43065934 - 43066085
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 164  Q
    |||||| |||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43065934 catacatacattgtaccattccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 43066033  T
Q  165 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 216  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43066034 tgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 43066085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 1993641 - 1993822
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtagggg- 137  Q
    |||||||||| |||||||||       ||||||||||||||| || | ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||     
T  1993641 ataatgtttcgtgtacacactttttttcatacacacattgtaccatttcatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagttttttttatgtgtgggg 1993740  T
Q  138 --accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1993741 agaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 1993822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 231 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 32749016 - 32748905
Alignment:
Q  231 actcactctcaaaaatgtattatacaattttgattaggtgaaattgtatagaaatttcaaatttgcctgtaataatagagtnnnnnnntgtatgaattat 330  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       ||||||||||||    
T  32749016 actcactctcaaaaa-gtattatacaattttgattaggtgaaattgtatagaaatttcaaatttgcctgtaataatggagtaaaaaaatgtatgaattat 32748918  T
Q  331 tgtaccttagtct 343  Q
    |||||||||||||    
T  32748917 tgtaccttagtct 32748905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 90 - 209
Target Start/End: Original strand, 8368425 - 8368545
Alignment:
Q  90 gtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgc 188  Q
    |||| |||||||||||||||| | | |||| |||||| | |||| |||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8368425 gtaagagtgtgtgagagacaaaaaaagtgatttttttttttgtatggggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgc 8368524  T
Q  189 cacctaaggtggtctatgtat 209  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  8368525 cacctaaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Original strand, 4077060 - 4077143
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4077060 ggggaccacaagaacacttatcaaagttgtgtgtgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactactc 4077143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 2599614 - 2599531
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2599614 ggggaccacatgaacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 2599531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 28898078 - 28897995
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28898078 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 28897995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 66 - 212
Target Start/End: Original strand, 41075624 - 41075774
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactc-catgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta---ggggaccacaaggacacttgtcaaaatt 161  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||| | ||||||||| |||||  | ||||||||||||| | | |    |||||||||| | |||| ||||| ||||    
T  41075624 catacacacattgtaccactatcatgtgagagtgtgtgaaagacacaaaatgtgagttttttttttttttgtggggaccacatgaacacatgtcacaatt 41075723  T
Q  162 gtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 212  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41075724 gtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 41075774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 86 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 27497304 - 27497174
Alignment:
Q  86 ccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtagggga-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtac 184  Q
    |||||| | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| || | ||||| | |||| ||||  |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  27497304 ccatgttagagtgtgtgtgagacaatatatgtgagttttttgtgtgtatggaaaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtac 27497205  T
Q  185 atgccacctaaggtggtctatgtatcactact 216  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  27497204 atgccacctaaagtggtct-tgtatcactact 27497174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Original strand, 45413637 - 45413720
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||| | |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45413637 ggggaccatatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 45413720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 135 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 11904935 - 11904855
Alignment:
Q  135 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11904935 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 11904855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 134 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 31774807 - 31774729
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 212  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31774807 ggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 31774729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 134 - 217
Target Start/End: Original strand, 10391404 - 10391487
Alignment:
Q  134 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  10391404 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggcacatgccacctaagatgatctatgtatcattactc 10391487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 39 - 126
Target Start/End: Original strand, 4076771 - 4076858
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt 126  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4076771 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacatattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt 4076858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 35200708 - 35200559
Alignment:
Q  67 atacacacattgtatcact-ccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtag-gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 164  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| | ||||| |||||||||  | |  ||||||| ||||||||   |||||| || |||||| ||||| |||| |     
T  35200708 atacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtatgtgtagggaccgcatggacacatgtcacaattata 35200609  T
Q  165 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 214  Q
    |||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35200608 tgtgggtgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 212
Target Start/End: Original strand, 16465723 - 16465789
Alignment:
Q  146 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 212  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  16465723 gacacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 12142146 - 12142083
Alignment:
Q  152 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    ||||| |||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12142146 tgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 12142083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 66 - 170
Target Start/End: Original strand, 5749058 - 5749162
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgag-ttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 164  Q
    |||||| ||||| || ||| |||||| | |||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||| |||| |||||| ||||| |||| ||    
T  5749058 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtaagtttttttgtgtgt-ggggatcacatggacacatgtcataattatg 5749156  T
Q  165 tgtggg 170  Q
    ||||||    
T  5749157 tgtggg 5749162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 95 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 44081188 - 44081068
Alignment:
Q  95 agtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccaccta 194  Q
    ||||| ||||||| | || || |||||||||||| ||| ||| | |||  || ||| ||||| ||||  |||||| ||||||| || ||||||||| |||    
T  44081188 agtgtatgagagatattaaatatgagttttttgtgtgt-gggaatcacgtgggcacatgtcacaattacgtgtggatgtacaaatgatacatgccatcta 44081090  T
Q  195 aggtggtctatgtatcactact 216  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  44081089 aggtggtgtatgtatcactact 44081068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 137 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45502742 - 45502670
Alignment:
Q  137 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 209  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||| | ||  |||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  45502742 gaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatgtacaagtggtacataccacttaaggtggtttatgtat 45502670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 39 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 38247977 - 38247801
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 137  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  38247977 ataatgtttcatgtacacactttttc-catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 38247879  T
Q  138 a-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 214  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247878 aaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 67 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 50989355 - 50989203
Alignment:
Q  67 atacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg-accacaaggacacttgtcaaaattgtg 164  Q
    ||||||||||| || |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  50989355 atacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 50989256  T
Q  165 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50989255 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 50989203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 67 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 51092487 - 51092335
Alignment:
Q  67 atacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg-accacaaggacacttgtcaaaattgtg 164  Q
    ||||||||||| || |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  51092487 atacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 51092388  T
Q  165 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51092387 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51092335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 39 - 216
Target Start/End: Original strand, 12224006 - 12224184
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttt-ttgtatgt-aggg 136  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||| ||||| |||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  12224006 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacac-ttgtaccacttcaggtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttcttgtgtgtgaggg 12224104  T
Q  137 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12224105 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 12224184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 9271292 - 9271110
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt---gtatgtag- 134  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||| | |||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||   || ||| |     
T  9271292 ataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccacttcatgtaagagtgtgtgagggacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgtgga 9271193  T
Q  135 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9271192 gggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 9271110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 48034810 - 48034991
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt---gtatgtagg 135  Q
    ||||||||| ||||||||||       ||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||   || ||  ||    
T  48034810 ataatgttttatgtacacacttttttccatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgtgtgtggggg 48034909  T
Q  136 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  48034910 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcaccactc 48034991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 8496887 - 8496706
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagt---tttttgtatgtagg 135  Q
    ||||||||||||| ||||||       |||||||||||| || |||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||   ||||||  ||| ||    
T  8496887 ataatgtttcatgcacacactttttttcatacacacattctaccactccatgtgagagtatgtgagagacaatacatatgagtatttttttgcgtgtggg 8496788  T
Q  136 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8496787 ggaccacaaagacacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaatactc 8496706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 67 - 217
Target Start/End: Original strand, 8330623 - 8330774
Alignment:
Q  67 atacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgt 165  Q
    |||||||  ||||||||| |||||| | ||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||   || |||||||||| |||||  | ||| ||||||||    
T  8330623 atacacattttgtatcaccccatgtgagagtgtatgaaagataataaatgtgagttttttgtgcatatggggaccacatggacatatatcacaattgtgt 8330722  T
Q  166 gtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8330723 gtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 8330774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 114 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 23004859 - 23004757
Alignment:
Q  114 atgtgagttttt-tgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 212  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||| | | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23004859 atgtgagtttttatgtgtgt-ggggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 23004761  T
Q  213 tact 216  Q
    ||||    
T  23004760 tact 23004757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 99 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 33288252 - 33288136
Alignment:
Q  99 tgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagg-ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaag 196  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| || |||  | ||||||||  ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33288252 tgtgagagacaataaatgtgagtttttttgtgtgtgtgaggaccacatagacacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaag 33288153  T
Q  197 gtggtctatgtatcact 213  Q
    |||||||||||||||||    
T  33288152 gtggtctatgtatcact 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 73 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 54713670 - 54713532
Alignment:
Q  73 acattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtt-ttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggg 170  Q
    ||||| ||| || |||||| | |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||  |||||  ||| |||||| ||||| |||| |||||||     
T  54713670 acattatataaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatatgagttcttttgtatgtgtggggattacatggacacatgtcataattatgtgtgga 54713571  T
Q  171 tgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 209  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54713570 tgttcaagtggtacatgccacctaacgtggtctatgtat 54713532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 166 - 217
Target Start/End: Original strand, 29915090 - 29915141
Alignment:
Q  166 gtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29915090 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29915141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 166 - 217
Target Start/End: Original strand, 29964243 - 29964294
Alignment:
Q  166 gtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29964243 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29964294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 215
Target Start/End: Original strand, 36674624 - 36674699
Alignment:
Q  140 cacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 215  Q
    |||| |||||| ||||| |||| | |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  36674624 cacatggacacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactac 36674699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 140 - 211
Target Start/End: Original strand, 39947262 - 39947333
Alignment:
Q  140 cacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 211  Q
    |||| |||||| | ||| |||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  39947262 cacatggacacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctatatatca 39947333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 46135599 - 46135531
Alignment:
Q  145 ggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 213  Q
    |||||| ||||| |||||| ||| ||||||||| || |||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  46135599 ggacacatgtcacaattgtatgtaggtgtacaaatgatacatgccatttaagatggtctatgtatcact 46135531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 217
Target Start/End: Original strand, 44092518 - 44092572
Alignment:
Q  163 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| |||||    
T  44092518 tgtgtggatgtacaagtggcacatgccacctaaagtgatcaatgtatcattactc 44092572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 66 - 217
Target Start/End: Original strand, 10260 - 10413
Alignment:
Q  66 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgt-aggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 163  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||| |    
T  10260 catacacacattgtaccactccatgtgagagtatgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgagaggaccacaaggacacttgtcaaaattat 10359  T
Q  164 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
     ||||  | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10360 atgtgaatatacaagtagtacatgtcacctaaggtggtctatgtattactactc 10413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 74; Significance: 7e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 39 - 212
Target Start/End: Original strand, 3058 - 3231
Alignment:
Q  39 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtagggga 138  Q
    |||||||||||| |||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||| |||||| | |||  ||||    
T  3058 ataatgtttcatatacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtatgagagacaatacatatgaatttttt-tgtgtgaggga 3156  T
Q  139 ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtc-tatgtatcac 212  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||    
T  3157 ctacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcatctaagatggtcttatgtatcac 3231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 183 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 52877 - 52843
Alignment:
Q  183 acatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 217  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52877 acatgtcacctaaggtggtctatgtatcactactc 52843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University