View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3151B-Insertion-4 (Length: 753)

Name: NF3151B-Insertion-4
Description: NF3151B
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3151B-Insertion-4
NF3151B-Insertion-4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (55-753)||(28608159-28608857)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (55-753)||(438047-438744)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (75-683)||(13659600-13660208)
chr3 (55-723)||(13652060-13652728)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 753
Target Start/End: Complemental strand, 28608857 - 28608159
Alignment:
Q  55 tttgcgtctcattcaagttgatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaagct 154  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608857 tttgcatcacattcaagtttatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaagct 28608758  T
Q  155 tgtatgtttttcgttaactaaattgtatatgtcttcctgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcctct 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608757 tgtatgtttttcgttaactaaattgtatatgtcttcgtgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcctct 28608658  T
Q  255 ctgagtgcttcaaatttattatcaatactttctaactctatctgggatctcgtaagattttgtgttctagattggccactaggcttctccatatgagaag 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608657 ctgagtgcttcaaatttattatcaatactttctaactctatctgggatcttgtaagattttgtgttccagattggccactaggcttctccatatgagaag 28608558  T
Q  355 caacaactgcaccatcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggctaat 454  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608557 caacaagtgcaccatcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggctaat 28608458  T
Q  455 aacccctacagcctgacgagtattatgaacacatgctagaatcctaagctctgcatcaagtctgagcttttgtatagtctttagcttgttttgctcatat 554  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608457 aacccctacagcttgacgagtattatgaacacatgctagaatcctaagctctgcatcaagtctgagcttttgtatagtctttagcttgttttgctcatat 28608358  T
Q  555 ctctttttgggcttgtatatgacatttatgatgggagctaccactatagtcattaaaataactgctgatgttaaaacaacataggttggtggagtaataa 654  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608357 ctctttttgggcttgtatatgacatttatgatgggagctaccactatagtcattaaaataactgctgatgttaaaacaacataggttggtggagtaataa 28608258  T
Q  655 tctgaaatgacacattataacaaatcaaaaattaaacatttataattttgaagtgtgagttattaaaaaaggtagtaaataataattttcaagtagatc 753  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28608257 tctgaaatgacacattataacaaatcaaaaattaaacatttataattttgaagtgtgagttattaaaaaagggagtaaataataattttcaagtagatc 28608159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 55 - 753
Target Start/End: Original strand, 438047 - 438744
Alignment:
Q  55 tttgcgtctcattcaagttgatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaagct 154  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||| | |||  || ||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  438047 tttgcatcacattcaagtttatatctttgtatgcagtattagttgtttcgagtgcaccttctgaacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaaact 438146  T
Q  155 tgtatgtttttcgttaactaaattgtatatgtcttcctgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcctct 254  Q
    ||||  |||||| ||| |  | |||||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  438147 tgtacatttttcattagccgagttgtatatatcttcgtgaatggttgcatagtttgacacaacatttagtgtttggactctaatagcatcatatgcctct 438246  T
Q  255 ctgagtgcttcaaatttattatcaatactttctaactctatctgggatctcgtaagattttgtgttctagattggccactaggcttctccatatgagaag 354  Q
     ||| |||||||||  ||||   ||| ||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  438247 ttgaatgcttcaaaggtattggtaatgctttctaactctagctgggattgtgtaagattttgtgttccagattggccactagatttttccatatgagaag 438346  T
Q  355 caacaactgcaccatcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggctaat 454  Q
    ||||||  |||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  438347 caacaagggcaccaacacgtccaacgatttcaacaaggtaaaggccaaaaacatgtataggggaaattctagtggcattgaaatattcaatgaggctaat 438446  T
Q  455 aacccctacagcctgacgagtattatgaacacatgctagaatcctaagctctgcatcaagtctgagcttttgtatagtctttagcttgttttgctcatat 554  Q
    ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | |||| ||    
T  438447 aactcctacggcctgacgagtattgtgaacacatgctagaatcctaagctctgcatcaagtctaagcttttgtatagtctttagcttattattctcaaat 438546  T
Q  555 ctctttttgggcttgtatatgacatttatgatgggagctaccactatagtcattaaaataactgctgatgttaaaacaacataggttggtggagtaataa 654  Q
    |||||| |||||||||||||| |||| ||||  ||||| |||||||||||||||| || |||||| || ||||||||| |||| |||||||||| || ||    
T  438547 ctctttctgggcttgtatatggcattgatgacaggagccaccactatagtcattagaagaactgcagaggttaaaacagcatatgttggtggagaaagaa 438646  T
Q  655 tctgaaatgacacattataacaaatcaaaaattaaac-atttataattttgaagtgtgagttattaaaaaaggtagtaaataataattttcaagtagatc 753  Q
    |||  ||  ||||||  || ||||||||| ||| |||  ||||||||||||| ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  438647 tctacaaatacacat--tagcaaatcaaagattgaactttttataattttgacgttagcgttattaaaaaagggagtaaataataattttcaagtagatc 438744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 75 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 13660208 - 13659600
Alignment:
Q  75 atatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaagcttgtatgtttttcgttaacta 174  Q
    ||||||||| | ||||||  ||||||||| | |||||||   | |||||  ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||  ||||||| ||| |      
T  13660208 atatctttgtatgcaacactagttgtttcgagtgcacctaatgaacttaagtgtttatggaatggaagtataatcatgcttgtgcgtttttcattagcag 13660109  T
Q  175 aattgtatatgtcttcctgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcctctctgagtgcttcaaatttatt 274  Q
    | || |||||||| || |||||||||| |||    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  13660108 agttatatatgtcctcatgaatggttgaataggatgacacaacatttaaggtttcgactctgacagcatcatatgcctctccaagtgcttcaaatgtatt 13660009  T
Q  275 atcaatactttctaactctatctgggatctcgtaagattttgtgttctagattggccactaggcttctccatatgagaagcaacaactgcaccatcacgt 374  Q
    || ||| ||||||  |||||  |||||||| ||||||||||| | || || ||||  ||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||  ||||    
T  13660008 attaatgctttcttgctctacttgggatcttgtaagattttgcgctccaggttggttactaggcttatccatatgagcggcaacaagtgcaccagtacgt 13659909  T
Q  375 ccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggctaataacccctacagcctgacgag 474  Q
    ||   |||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||  |||||| ||||    
T  13659908 cctttgagttcaataaggtaaagtgcgaaaacatgtataggggaaattctagtagcattgaaagattcaacgaggctgataacccctgtagcctggcgag 13659809  T
Q  475 tattatgaacacatgctagaatcctaagctctgcatcaagtctgagcttttgtatagtctttagcttgttttgctcatatctctttttgggcttgtatat 574  Q
     ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||||| |||||    
T  13659808 cattatgaacacatgtaagaatcctaagctctgcatcaagtctaagcttttgtatagtctttagcttgttctgctcaaatctctttctcggcttatatat 13659709  T
Q  575 gacatttatgatgggagctaccactatagtcattaaaataactgctgatgttaaaacaacataggttggtggagtaataatctgaaatgacacattataa 674  Q
    |||||| ||  ||||||  |||||||||||||||||||  ||||| |  ||||||||| ||| ||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  13659708 gacattgattgtgggaggcaccactatagtcattaaaagtactgcagcagttaaaacagcatgggtgggtggagaaagaatctgcaatgacacattataa 13659609  T
Q  675 caaatcaaa 683  Q
    |||||||||    
T  13659608 caaatcaaa 13659600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 55 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 13652728 - 13652060
Alignment:
Q  55 tttgcgtctcattcaagttgatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaagct 154  Q
    ||||| || |||||| ||| ||||||||| | ||||||  ||||||||| | |||||||   | |||||  ||||| ||||||||||| | ||||| |||    
T  13652728 tttgcatcacattcaggtttatatctttgtatgcaacactagttgtttcgagtgcacctaatgaacttaagtgtttatggaatggaagtataatcatgct 13652629  T
Q  155 tgtatgtttttcgttaactaaattgtatatgtcttcctgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcctct 254  Q
    ||| |||||||| ||| || |||| |||||||| || ||||||||||||||    |||||||||||||| |||   ||||| | |||||| || ||||||    
T  13652628 tgtgtgtttttcattagctgaattatatatgtcctcgtgaatggttgcataggatgacacaacatttaaggttcggactctaacagcatcgtacgcctct 13652529  T
Q  255 ctgagtgcttcaaatttattatcaatactttctaactctatctgggatctcgtaagattttgtgttctagattggccactaggcttctccatatgagaag 354  Q
    |  | |||||||||| |||||| ||| ||||||  ||||| |||||| || ||||||||||||| || || |||  |||||||||| |||||||||| ||    
T  13652528 ccaaatgcttcaaatgtattattaatgctttcttgctctacctgggaactggtaagattttgtgctccaggttgcacactaggcttatccatatgagcag 13652429  T
Q  355 caacaactgcaccatcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggctaat 454  Q
    |||||| ||||||   ||||||   |||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| | ||    
T  13652428 caacaagtgcaccggtacgtcctttgagttcaataaggtaaagtgaaaaaacatgtataggggaaattctagtggcattgaaagactgaatgaggttgat 13652329  T
Q  455 aacccctacagcctgacgagtattatgaacacatgctagaatcctaagctctgcatcaagtctgagcttttgtatagtctttagcttgttttgctcatat 554  Q
    |||||||| ||| || |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  13652328 aacccctatagcgtggcgagtattgtgaacacatgttagaatcctaagttctgcatcaagtctaagcttttgtatagtctttagcttgttctgctcaaat 13652229  T
Q  555 ctctttttgggcttgtatatgacatttatgatgggagctaccactatagtcattaaaataactgctgatgttaaaacaacataggttggtggagtaataa 654  Q
    |||||  ||||||| |||||  |||| || | | |||  ||||| |||||||||||||  || || |  | ||||||| |||  || |||  || || ||    
T  13652228 ctcttcctgggcttatatatcgcattaataacgagaggaaccacaatagtcattaaaaagaccgcagccgataaaacagcatgagtgggttcagaaaaaa 13652129  T
Q  655 tctgaaatgacacattataacaaatcaaaaattaaacatttataattttgaagtgtgagttattaaaaa 723  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||    ||||||||||||   ||||| ||||||||    
T  13652128 tctgcaatgagaaattataacaaatcaaaatttaaattgatataattttgaatcttgagtaattaaaaa 13652060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University