View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3151_2D_low_11 (Length: 710)

Name: NF3151_2D_low_11
Description: NF3151_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3151_2D_low_11
NF3151_2D_low_11
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (19-690)||(2430401-2431078)
chr8 (33-338)||(2434339-2434645)
chr8 (44-302)||(1457834-1458092)
chr8 (44-302)||(2427541-2427799)
chr8 (122-277)||(2519215-2519370)
chr8 (122-281)||(2498881-2499037)
chr8 (122-277)||(2507413-2507568)
chr8 (122-277)||(2514503-2514658)
chr8 (627-691)||(2434040-2434104)
chr8 (405-442)||(2434227-2434264)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (483-604)||(8358469-8358591)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (461-600)||(22399105-22399247)
chr2 (512-603)||(474683-474775)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (545-603)||(45682541-45682600)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 604; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 2431078 - 2430401
Alignment:
Q  19 aaaataaattgatgaataataattgatgaaagagagagcatgacatacaaaaccaggggtgagagcaccaagttctgcagtagtgtctttggtcatgcgg 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2431078 aaaataaattgataaataataattgatgaaagagagagcatgacatacaaaaccaggggtgagagcaccaagttctgcagtagtgtctttggtcatgcgg 2430979  T
Q  119 attctcatgtaaggatcacaagacaagtacagattttttagcagaacaacatcatttgaaccttgtggaagcttgagagttatggtactgtctacaatat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2430978 attctcatgtaaggatcacaagacaagtacagattttttagcagaacaacatcatttgaaccttgtggaagcttgagagttatagtactgtctacaatat 2430879  T
Q  219 tcatgtctgattctttaggaaaaccagacacatagtccttcagaatcacttgcttgttcctcatttccgccatctcaggaattgtgttgcaaaaatcttt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2430878 tcatgtctgattctttaggaaaaccagacacatagtccttcagaatcacttgcttgttcctcatttccgccatctcaggaattgtgttgcaaaaatcttt 2430779  T
Q  319 gtggtgtttgtgttgtacatgtacacatctaatacaactggccacatggtctgtacattcatctaacaaattgccaaatatgtaccttaatttaatttca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2430778 gtggtgtttgtgttgtacatgtacacatctaatacaactggccacatggtctgtacattcatctaacaaattgccaaatatgtaccttaatttaatttca 2430679  T
Q  419 aggaacgatttagtcttttatct------tcnnnnnnnnncacattatttttgcccttttgatccatttgatatgaatattcaagttttaaatgtatgat 512  Q
    |||||||||||||||||||||||      |          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  2430678 aggaacgatttagtcttttatcttttatcttcttttttttcacattatttttgcccttttgatccatttgatatgaatattcaacttttaaatctatgat 2430579  T
Q  513 ttatttccttgtgacctctcagtctttagatttatggtctttcatccaagtttgcatatgaatctagatttggagcttgataattcatatgtcaattgtc 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2430578 ttatttccttgtgacctctcagtctttagatttatggtctttcatccaagtttgcatatgaatctagatttggagcttgataattcatatgtcaattgtc 2430479  T
Q  613 aatggaccaaaatcacgtgaacaaaatatagaagaccaaatacttatatgaagttaagttaaagaaccatgagtataa 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2430478 aatggaccaaaatcacgtgaacaaaatataaaagaccaaatacttatatgaagttaagttaaagaaccatgagtataa 2430401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 33 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 2434645 - 2434339
Alignment:
Q  33 aataataattgatgaaag-agagagcatgacatacaaaaccaggggtgagagcaccaagttctgcagtagtgtctttggtcatgcggattctcatgtaag 131  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||    
T  2434645 aataataattgatgaaaggagagagcatgacatacagaaccaggggtgagagcaccaagtcctgcagtagtgtccttggtcatcaggagtctcatgtaag 2434546  T
Q  132 gatcacaagacaagtacagattttttagcagaacaacatcatttgaaccttgtggaagcttgagagttatggtactgtctacaatattcatgtctgattc 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || | |||||||||    
T  2434545 gatcacaagacaagtacagatttttgagcaaaaccacatcattggaaccttgtggaagcttgagtgttatggtactgtcaacaatgttgaggtctgattc 2434446  T
Q  232 tttaggaaaaccagacacatagtccttcagaatcacttgcttgttcctcatttccgccatctcaggaattgtgttgcaaaaatctttgtggtgtttgtgt 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  2434445 tttaggaaaaccagacacatagtccttcagaatcacttgcttgttcctcacttccgccatctcaggaattgtgtcactaaaatctttgtggtgtttgtgt 2434346  T
Q  332 tgtacat 338  Q
    |||||||    
T  2434345 tgtacat 2434339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 44 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 1458092 - 1457834
Alignment:
Q  44 atgaaagagagagcatgacatacaaaaccaggggtgagagcaccaagttctgcagtagtgtctttggtcatgcggattctcatgtaaggatcacaagaca 143  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||| ||||   ||||||| |||||||||||| || |    
T  1458092 atgaaagagagagcatgacatacagaaccaggggtgagaccaccaagtcctgcaatagtgtccttggccatgaaaattctcaggtaaggatcacaggata 1457993  T
Q  144 agtacagattttttagcagaacaacatcatttgaaccttgtggaagcttgagagttatggtactgtctacaatattcatgtctgattctttaggaaaacc 243  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | || ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  1457992 agtagagattttttagcagaacaacatcattggaaccttgtggaaggttgagaataattgtactatcaacaacattcatgtctgattccttaggaaaacc 1457893  T
Q  244 agacacatagtccttcagaatcacttgcttgttcctcatttccgccatctcaggaattg 302  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||| || |||||| | ||||||||    
T  1457892 agacacatagtctctcaaaatcacttgcttgtttctcacttgcgccatgttaggaattg 1457834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 44 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 2427799 - 2427541
Alignment:
Q  44 atgaaagagagagcatgacatacaaaaccaggggtgagagcaccaagttctgcagtagtgtctttggtcatgcggattctcatgtaaggatcacaagaca 143  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||| ||||   ||||||| |||||||||||| || |    
T  2427799 atgaaagagagagcatgacatacagaaccaggggtgagaccaccaagtcctgcaatagtgtccttggccatgaaaattctcaggtaaggatcacaggata 2427700  T
Q  144 agtacagattttttagcagaacaacatcatttgaaccttgtggaagcttgagagttatggtactgtctacaatattcatgtctgattctttaggaaaacc 243  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | || ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  2427699 agtagagatttttgagcagaacaacatcattggaaccttgtggaaggttgagaataattgtactatcaacaacattcatgtctgattccttaggaaaacc 2427600  T
Q  244 agacacatagtccttcagaatcacttgcttgttcctcatttccgccatctcaggaattg 302  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||| || |||||| | ||||||||    
T  2427599 agacacatagtctctcaaaatcacttgcttgtttctcacttgcgccatgttaggaattg 2427541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 122 - 277
Target Start/End: Original strand, 2519215 - 2519370
Alignment:
Q  122 ctcatgtaaggatcacaagacaagtacagattttttagcagaacaacatcatttgaaccttgtggaagcttgagagttatggtactgtctacaatattca 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||    
T  2519215 ctcatgtaaggatcacaagacaagtagagatttttgagcagaagaacatcattggaagcttgtggaagcttgagagttatggtactgtcaatgatgttca 2519314  T
Q  222 tgtctgattctttaggaaaaccagacacatagtccttcagaatcacttgcttgttc 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  2519315 tgtctgattctttaggaaaaccagacacatagtgtttcagaattacttgcttgttc 2519370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 122 - 281
Target Start/End: Original strand, 2498881 - 2499037
Alignment:
Q  122 ctcatgtaaggatcacaagacaagtacagattttttagcagaacaacatcatttgaaccttgtggaagcttgagagttatggtactgtctacaatattca 221  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  |||| || | ||| ||||    
T  2498881 ctcatgaatggatcacaagacaagtataaattttttagcagaaca---tcattggaaccttgtggaagcttaagagtaattatactttcaataatgttca 2498977  T
Q  222 tgtctgattctttaggaaaaccagacacatagtccttcagaatcacttgcttgttcctca 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2498978 tgtctgattctttaggaaaaccagatacatagtccttcagaatcacttgcttgttcctca 2499037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 122 - 277
Target Start/End: Original strand, 2507413 - 2507568
Alignment:
Q  122 ctcatgtaaggatcacaagacaagtacagattttttagcagaacaacatcatttgaaccttgtggaagcttgagagttatggtactgtctacaatattca 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||  |||  |||||| ||||||| ||||||||| ||| |||| ||||| || ||||| || |    
T  2507413 ctcatgtaaggatcacaagacaagtaaagatttttaaccaatacagtatcattggaaccttctggaagcttaagatttatagtactatcaacaatgttga 2507512  T
Q  222 tgtctgattctttaggaaaaccagacacatagtccttcagaatcacttgcttgttc 277  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  2507513 ggtctgattctttaggaaaaccagacacatagtgtttcagaagcacttgcttgttc 2507568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 122 - 277
Target Start/End: Original strand, 2514503 - 2514658
Alignment:
Q  122 ctcatgtaaggatcacaagacaagtacagattttttagcagaacaacatcatttgaaccttgtggaagcttgagagttatggtactgtctacaatattca 221  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||  |||  |||||| ||||||| ||||||||| ||| |||| ||||| || ||||| || |    
T  2514503 ctcatttaaggatcacaagacaagtaaagatttttaaccaatacagtatcattggaaccttctggaagcttaagatttatagtactatcaacaatgttga 2514602  T
Q  222 tgtctgattctttaggaaaaccagacacatagtccttcagaatcacttgcttgttc 277  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||| ||||    
T  2514603 ggtctgattctttaggaaaaccagacacataatgtttcagaagcacttgctggttc 2514658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 627 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 2434104 - 2434040
Alignment:
Q  627 acgtgaacaaaatatagaagaccaaatacttatatgaagttaagttaaagaaccatgagtataat 691  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  2434104 acgtgaaaaacatataaaagaccaaatacttatctgaagttaagttaaagaaccacaagtataat 2434040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 405 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 2434264 - 2434227
Alignment:
Q  405 ttaatttaatttcaaggaacgatttagtcttttatctt 442  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  2434264 ttaatttaatttcaagtaacgatttagttttttatctt 2434227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 483 - 604
Target Start/End: Original strand, 8358469 - 8358591
Alignment:
Q  483 atatgaatattcaagttttaaatgtatgatttatttccttgtgacctctcagtctttagatttatggtctttcatccaagtttgcatatgaatc-tagat 581  Q
    |||||||| |||||| ||||| |  ||||||| ||| ||| |||||||| | |||||| | ||| ||||||||||  | ||||||||||||||| |||||    
T  8358469 atatgaattttcaagctttaattccatgattttttttcttatgacctcttaatctttaaacttacggtctttcatatatgtttgcatatgaatcttagat 8358568  T
Q  582 ttggagcttgataattcatatgt 604  Q
    ||| ||||||| |||||||||||    
T  8358569 ttgaagcttgaaaattcatatgt 8358591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 461 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 22399247 - 22399105
Alignment:
Q  461 ttttgcccttttgatccatttg-atatgaatattcaagttttaaatgtat-gatttatttccttgtgacctctcagtctttagatttatggtctttcatc 558  Q
    |||||| |||||| | |||||| |||||||| |||||| || |||| ||| | |||| || || ||||||||||||| || | ||||||||||||||| |    
T  22399247 ttttgctcttttggtacatttgcatatgaattttcaagcttcaaatatattgttttaatttctagtgacctctcagttttaaaatttatggtctttcacc 22399148  T
Q  559 caagtttgcatatgaatc-tagatttggagcttgataattcat 600  Q
     | |||| ||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||    
T  22399147 tatgtttacatttgaatcttagatttgaagcttgaaaattcat 22399105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 512 - 603
Target Start/End: Original strand, 474683 - 474775
Alignment:
Q  512 tttatttccttgtgacctctcagtctttagatttatggtctttcatccaagtttgcatatgaatc-tagatttggagcttgataattcatatg 603  Q
    ||||||| | |||||  |||||||||| | || ||||||| |||| ||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||||    
T  474683 tttattttcctgtgagttctcagtcttcaaatctatggtccttcacccatgtttgcatatgaatcttaaatttgaagcttgaaaattcatatg 474775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 545 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 45682600 - 45682541
Alignment:
Q  545 tatggtctttcatccaagtttgcatatgaatc-tagatttggagcttgataattcatatg 603  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||  ||||||| ||||||||||    
T  45682600 tatggtctttcatccatgtttgcatatgaatcttatatttaaagcttgaaaattcatatg 45682541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University