View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3151_2D_low_14 (Length: 687)

Name: NF3151_2D_low_14
Description: NF3151_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3151_2D_low_14
NF3151_2D_low_14
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (1-668)||(15284909-15285576)
chr8 (1-668)||(15465278-15465945)
chr8 (59-666)||(15303426-15304042)
chr8 (59-666)||(15483795-15484411)
chr8 (3-668)||(15314289-15314952)
chr8 (3-668)||(15494658-15495321)
chr8 (145-504)||(15447303-15447662)
chr8 (543-668)||(15447172-15447297)
chr8 (133-386)||(18063981-18064234)
chr8 (565-655)||(18052925-18053015)
chr8 (3-152)||(15298622-15298761)
chr8 (3-152)||(15478991-15479130)
chr8 (19-48)||(15447665-15447694)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 656; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 656; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 15285576 - 15284909
Alignment:
Q  1 atgaagccaaggtcgttataacccaattgatactccatatgtgccacctgtatctatctatatatcatgcatccaacgtaactaattacaatatcttaaa 100  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15285576 atgaacccaaggttgttataacccaattgatactccatatgtgccacctgtatctatctatatatcatgcatccaacgtaactaattacaatatcttaaa 15285477  T
Q  101 ccttcgtatctactcataacatggtgagatctttctcctcccaaaatgcacccctctctctattattttcagttttaatcatattaaatataataatatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15285476 ccttcgtatctactcataacatggtgagatctttctcctcccaaaatgcacccctctctctattattttcagttttaatcatattaaatataataatatg 15285377  T
Q  201 tcagacaaatgcttcttgcaacataaaagacaaacaaatactcctcagttttaaacatggactcactgattcattaggcatgttgtcaacatggtccaac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15285376 tcagacaaatgcttcttgcaacataaaagacaaacaaatactcctcagttttaaacatggactcactgattcattaggcatgttgtcaacatggtccaac 15285277  T
Q  301 aaaaaagattgttgcgaatggagaggagttcattgtaatatcaatggcagagtcacaaatatcagcctcccttgttttactgatgatgaaatcattactg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15285276 aaaaaagattgttgcgaatggagaggagttcattgtaatatcaatggcagagtcacaaatatcagcctcccttgttttactgatgatgaaatcattactg 15285177  T
Q  401 aaaacaaaaagaacaaaacacattgtctggcaggtaaatttcatctttctatattcgagcttgaatttttgaactacttggatttgagcaacaatgactt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15285176 aaaacaaaaagaacaaaacacattgtctggcaggtaaatttcatctttctatattcgagcttgaatttttgaactacttggatttgagcaacaatgactt 15285077  T
Q  501 caacactatacaattgtcgttggattgtcaaaccatgtcatcagttaacacttctcatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttgacttgtct 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15285076 caacactatacaattgtcgttggattgtcaaaccatgtcatcagttaacacttcttatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttgacttgtct 15284977  T
Q  601 caaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctctcatcatccttacaatttct 668  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15284976 caaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctctcatcatccttacaatttct 15284909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 656; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 15465945 - 15465278
Alignment:
Q  1 atgaagccaaggtcgttataacccaattgatactccatatgtgccacctgtatctatctatatatcatgcatccaacgtaactaattacaatatcttaaa 100  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15465945 atgaacccaaggttgttataacccaattgatactccatatgtgccacctgtatctatctatatatcatgcatccaacgtaactaattacaatatcttaaa 15465846  T
Q  101 ccttcgtatctactcataacatggtgagatctttctcctcccaaaatgcacccctctctctattattttcagttttaatcatattaaatataataatatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15465845 ccttcgtatctactcataacatggtgagatctttctcctcccaaaatgcacccctctctctattattttcagttttaatcatattaaatataataatatg 15465746  T
Q  201 tcagacaaatgcttcttgcaacataaaagacaaacaaatactcctcagttttaaacatggactcactgattcattaggcatgttgtcaacatggtccaac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15465745 tcagacaaatgcttcttgcaacataaaagacaaacaaatactcctcagttttaaacatggactcactgattcattaggcatgttgtcaacatggtccaac 15465646  T
Q  301 aaaaaagattgttgcgaatggagaggagttcattgtaatatcaatggcagagtcacaaatatcagcctcccttgttttactgatgatgaaatcattactg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15465645 aaaaaagattgttgcgaatggagaggagttcattgtaatatcaatggcagagtcacaaatatcagcctcccttgttttactgatgatgaaatcattactg 15465546  T
Q  401 aaaacaaaaagaacaaaacacattgtctggcaggtaaatttcatctttctatattcgagcttgaatttttgaactacttggatttgagcaacaatgactt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15465545 aaaacaaaaagaacaaaacacattgtctggcaggtaaatttcatctttctatattcgagcttgaatttttgaactacttggatttgagcaacaatgactt 15465446  T
Q  501 caacactatacaattgtcgttggattgtcaaaccatgtcatcagttaacacttctcatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttgacttgtct 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15465445 caacactatacaattgtcgttggattgtcaaaccatgtcatcagttaacacttcttatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttgacttgtct 15465346  T
Q  601 caaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctctcatcatccttacaatttct 668  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15465345 caaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctctcatcatccttacaatttct 15465278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 59 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 15304042 - 15303426
Alignment:
Q  59 tatatatcatgcatccaacgta-actaattacaatatcttaaaccttcgtatctactcata--acatggtgagatctttctcctcccaaaatgcacccct 155  Q
    ||||||| ||||||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||  |||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  15304042 tatatatgatgcatctaaggtagactaattacaatatcataaaccttcatatctagtgatataacatggtgagatttatctcctctcaaaatgcacccct 15303943  T
Q  156 ctctctattattttcagttttaatcatattaaatataa------taatatgtcagacaaatgcttcttgcaacataaaagacaaacaaatactcctcagt 249  Q
    ||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||      |||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||    
T  15303942 ctctctattgttttcatttgtaatcatattaaatataaatatagtaatatgtgagacaaatacttcttgcaaccaaaaagacaaacaaatacttctctgt 15303843  T
Q  250 tttaaacatggactcactgattcattaggcatgttgtcaacatggtccaacaaaaaagattgttgcgaatggagaggagttcattgtaatatcaatggca 349  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  15303842 tttaaacatggaatcattgatccattaggcatgttggcaacatggtccaacaaagaggattgttgtaaatggagaggagttcattgtaacataaatggca 15303743  T
Q  350 gagtcacaaatatcagcctcccttgttttactgatgatgaaatcattactgaaaacaaaaagaacaaaacacattgtctggcaggtaaatttcatctttc 449  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||  | ||   |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||    
T  15303742 gagtcacaaatatcagtctcccttgttccactgatgatgacatcaccattgggcacaaaaagaacaaaacacattgcctaacaggtaaatttcacctttc 15303643  T
Q  450 tatattcgagcttgaatttttgaactacttggatttgagcaacaatgacttcaacactatacaattgtcgttggattgtcaaaccatgtcatcagttaac 549  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15303642 tatattcgagcttgaatttttaaactacttggatttgagcaacaatgacttcaacactatacaattgtcgttggattgtcaaaccatgtcatcagttaac 15303543  T
Q  550 acttctcatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttgacttgtctcaaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctct 649  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15303542 acttctcatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttgacttgtctcaaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctct 15303443  T
Q  650 catcatccttacaattt 666  Q
    |||||||||||||||||    
T  15303442 catcatccttacaattt 15303426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 59 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 15484411 - 15483795
Alignment:
Q  59 tatatatcatgcatccaacgta-actaattacaatatcttaaaccttcgtatctactcata--acatggtgagatctttctcctcccaaaatgcacccct 155  Q
    ||||||| ||||||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||  |||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  15484411 tatatatgatgcatctaaggtagactaattacaatatcataaaccttcatatctagtgatataacatggtgagatttatctcctctcaaaatgcacccct 15484312  T
Q  156 ctctctattattttcagttttaatcatattaaatataa------taatatgtcagacaaatgcttcttgcaacataaaagacaaacaaatactcctcagt 249  Q
    ||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||      |||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||    
T  15484311 ctctctattgttttcatttgtaatcatattaaatataaatatagtaatatgtgagacaaatacttcttgcaaccaaaaagacaaacaaatacttctctgt 15484212  T
Q  250 tttaaacatggactcactgattcattaggcatgttgtcaacatggtccaacaaaaaagattgttgcgaatggagaggagttcattgtaatatcaatggca 349  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  15484211 tttaaacatggaatcattgatccattaggcatgttggcaacatggtccaacaaagaggattgttgtaaatggagaggagttcattgtaacataaatggca 15484112  T
Q  350 gagtcacaaatatcagcctcccttgttttactgatgatgaaatcattactgaaaacaaaaagaacaaaacacattgtctggcaggtaaatttcatctttc 449  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||  | ||   |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||    
T  15484111 gagtcacaaatatcagtctcccttgttccactgatgatgacatcaccattgggcacaaaaagaacaaaacacattgcctaacaggtaaatttcacctttc 15484012  T
Q  450 tatattcgagcttgaatttttgaactacttggatttgagcaacaatgacttcaacactatacaattgtcgttggattgtcaaaccatgtcatcagttaac 549  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15484011 tatattcgagcttgaatttttaaactacttggatttgagcaacaatgacttcaacactatacaattgtcgttggattgtcaaaccatgtcatcagttaac 15483912  T
Q  550 acttctcatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttgacttgtctcaaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctct 649  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15483911 acttctcatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttgacttgtctcaaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctct 15483812  T
Q  650 catcatccttacaattt 666  Q
    |||||||||||||||||    
T  15483811 catcatccttacaattt 15483795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 15314952 - 15314289
Alignment:
Q  3 gaagccaaggtcgttataacccaattgatactccatatgtgccacctgtatctatctatatatcatgcatccaacgta-actaattacaatatcttaaac 101  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||          |||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  15314952 gaagccaaggtcgtta--acccaactgacactccatatgtgccacct----------atatataaggcatccaaggtagactaattacaatatcttaaac 15314865  T
Q  102 cttcgtatctactcataacatggtgagatctttctcctcccaaaatgcacccctctctctattattttcagttttaatcatattaaatataataatatgt 201  Q
    |||  |||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||    
T  15314864 ctttatatctagtgataacatggtgagatttatctcctcccaaaatgcaccattctctctattattttcatttataataatattaaatatagtaatatgt 15314765  T
Q  202 cagacaaatgcttcttgcaacataaaagacaaacaaatactcctcagttttaaacatggactcactgattcattaggcatgttgtcaacatggtccaaca 301  Q
     ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15314764 gagacaaatgcttcttgcaaccaaaaagacaaacaaatactcctttgttttaaacatggactcattgatccattaggcatgttgccaacatggtccaaca 15314665  T
Q  302 aaaaagattgttgcgaatggagaggagttcattgtaatatcaatggcagagtcacaaatatcagcctcccttgttttac---tgatgatgaa---atcat 395  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||   ||||     
T  15314664 aagaagattgttgcaaatggagaggagttcattgtaacatgaatggcagagtcacaaatatcagcctcccttgtttcaccgatgatgatgaagacatcac 15314565  T
Q  396 tactgaaaac---aaaaagaacaaaacacattgtctggcaggtaaatttcatctttctatattcgagcttgaatttttgaactacttggatttgagcaac 492  Q
    || ||  |||   |||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15314564 tattggcaacatgaaaacgaataaaccacattgtttggcaggtaaaattcatctttctttatttgaccttgaatttttgaactacttggatttgagcaac 15314465  T
Q  493 aatgacttcaacactatacaattgtcgttggattgtcaaaccatgtcatcagttaacacttctcatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttg 592  Q
    || || |||||  | ||||| ||| |  ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15314464 aacgatttcaaatccatacacttgccaatggattgtcaaaaattgtcatcagttaacacttctcatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttg 15314365  T
Q  593 acttgtctcaaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctctcatcatccttacaatttct 668  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15314364 acttgtctcaaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctctcgtcatccttacaatttct 15314289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 15495321 - 15494658
Alignment:
Q  3 gaagccaaggtcgttataacccaattgatactccatatgtgccacctgtatctatctatatatcatgcatccaacgta-actaattacaatatcttaaac 101  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||          |||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  15495321 gaagccaaggtcgtta--acccaactgacactccatatgtgccacct----------atatataaggcatccaaggtagactaattacaatatcttaaac 15495234  T
Q  102 cttcgtatctactcataacatggtgagatctttctcctcccaaaatgcacccctctctctattattttcagttttaatcatattaaatataataatatgt 201  Q
    |||  |||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||    
T  15495233 ctttatatctagtgataacatggtgagatttatctcctcccaaaatgcaccattctctctattattttcatttataataatattaaatatagtaatatgt 15495134  T
Q  202 cagacaaatgcttcttgcaacataaaagacaaacaaatactcctcagttttaaacatggactcactgattcattaggcatgttgtcaacatggtccaaca 301  Q
     ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15495133 gagacaaatgcttcttgcaaccaaaaagacaaacaaatactcctttgttttaaacatggactcattgatccattaggcatgttgccaacatggtccaaca 15495034  T
Q  302 aaaaagattgttgcgaatggagaggagttcattgtaatatcaatggcagagtcacaaatatcagcctcccttgttttac---tgatgatgaa---atcat 395  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||   ||||     
T  15495033 aagaagattgttgcaaatggagaggagttcattgtaacatgaatggcagagtcacaaatatcagcctcccttgtttcaccgatgatgatgaagacatcac 15494934  T
Q  396 tactgaaaac---aaaaagaacaaaacacattgtctggcaggtaaatttcatctttctatattcgagcttgaatttttgaactacttggatttgagcaac 492  Q
    || ||  |||   |||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15494933 tattggcaacatgaaaacgaataaaccacattgtttggcaggtaaaattcatctttctttatttgaccttgaatttttgaactacttggatttgagcaac 15494834  T
Q  493 aatgacttcaacactatacaattgtcgttggattgtcaaaccatgtcatcagttaacacttctcatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttg 592  Q
    || || |||||  | ||||| ||| |  ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15494833 aacgatttcaaatccatacacttgccaatggattgtcaaaaattgtcatcagttaacacttctcatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttg 15494734  T
Q  593 acttgtctcaaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctctcatcatccttacaatttct 668  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15494733 acttgtctcaaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctctcgtcatccttacaatttct 15494658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 145 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 15447662 - 15447303
Alignment:
Q  145 aatgcacccctctctctattattttcagttttaatcatattaaatataataatatgtcagacaaatgcttcttgcaacataaaagacaaacaaatactcc 244  Q
    |||||||| || ||||||||| | ||| || || ||||||  |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  15447662 aatgcaccactttctctattactatcatttgtattcatatataatatagtaatatgtgagataaatgcttcttgcaaccaaaaagacaaacaaatactcc 15447563  T
Q  245 tcagttttaaacatggactcactgattcattaggcatgttgtcaacatggtccaacaaaaaagattgttgcgaatggagaggagttcattgtaatatcaa 344  Q
    ||  ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||    
T  15447562 tctcttttacacatggactcattgatccattaggcatgttgcgaacatggtcaaacaaaaaagattgttgcaaatggagaggagttcattgtaacatgaa 15447463  T
Q  345 tggcagagtcacaaatatcagcctcccttgttttactgatgatgaaatcattactgaaaacaaaaagaacaaaacacattgtctggcaggtaaatttcat 444  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  15447462 tggtagagtcacaaatatcagtctcccttgtttcactgatgatgacattattattgggaacaaaaagaacaaaacacattgtctggcaggtaagttgcat 15447363  T
Q  445 ctttctatattcgagcttgaatttttgaactacttggatttgagcaacaatgacttcaac 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15447362 ctttctatattcgagcttgaatttttgaactacttgaatttgagcaacaatgacttcaac 15447303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 543 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 15447297 - 15447172
Alignment:
Q  543 agttaacacttctcatgggagtggaaacttttccaatgtttttcatcttgacttgtctcaaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttctt 642  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15447297 agttaacacttcttatgggagtggaaacttttcaaatgttgttcaccttgacttgtctcaaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttctt 15447198  T
Q  643 cgtctctcatcatccttacaatttct 668  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  15447197 cgtctctcatcatccttacaatttct 15447172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 133 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 18064234 - 18063981
Alignment:
Q  133 ttctcctcccaaaatgcacccctctctctattattttcagttttaatcatattaaatataataatatgtcagacaaatgcttcttgcaacataaaagaca 232  Q
    ||||| ||||||| |||||| || | ||||||||| ||| || ||||  |||  || |||  |||||| ||  |||||||||||||||||  ||| ||||    
T  18064234 ttctcttcccaaagtgcaccactttttctattattgtcatttataattgtatgcaaaatagcaatatgccatgcaaatgcttcttgcaaccaaaaggaca 18064135  T
Q  233 aacaaatactcctcagttttaaacatggactcactgattcattaggcatgttgtcaacatggtccaacaaaaaagattgttgcgaatggagaggagttca 332  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18064134 aacaaatactcctttgttttaaacatggactcaccgactcattagacatgttgtcaacatggtccaacaaagaagattgttgtgaatggagaggagttca 18064035  T
Q  333 ttgtaatatcaatggcagagtcacaaatatcagcctcccttgttttactgatga 386  Q
     ||||| |||||||| ||||| |||||| |||  ||||||||||| | ||||||    
T  18064034 atgtaacatcaatggtagagtaacaaatctcaatctcccttgtttcattgatga 18063981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 565 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 18053015 - 18052925
Alignment:
Q  565 ggaaacttttccaatgtttttcatcttgacttgtctcaaaatgagaatcttgtgattaatgatttgagatggcttcttcgtctctcatcat 655  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  18053015 ggaaacttttccgatgttgttcatcttgatttgtcaggaaatgagaatcttgtgattgatgatttgaaatggcttcttcgcctatcatcat 18052925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 15298761 - 15298622
Alignment:
Q  3 gaagccaaggtcgttataacccaattgatactccatatgtgccacctgtatctatctatatatcatgcatccaacgta-actaattacaatatcttaaac 101  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||          |||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  15298761 gaagccaaggtcgtta--acccaactgacactccatatgtgccacct----------atatataatgcattcaaggtagactaattacaatatcttaaac 15298674  T
Q  102 cttcgtatctactcataaca-tggtgagatctttctcctcccaaaatgcacc 152  Q
    |||| |||||| | |||||| |||| |||| | |||||| ||||||||||||    
T  15298673 cttcatatctagtgataacattggtcagatttatctccttccaaaatgcacc 15298622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 15479130 - 15478991
Alignment:
Q  3 gaagccaaggtcgttataacccaattgatactccatatgtgccacctgtatctatctatatatcatgcatccaacgta-actaattacaatatcttaaac 101  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||          |||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  15479130 gaagccaaggtcgtta--acccaactgacactccatatgtgccacct----------atatataatgcattcaaggtagactaattacaatatcttaaac 15479043  T
Q  102 cttcgtatctactcataaca-tggtgagatctttctcctcccaaaatgcacc 152  Q
    |||| |||||| | |||||| |||| |||| | |||||| ||||||||||||    
T  15479042 cttcatatctagtgataacattggtcagatttatctccttccaaaatgcacc 15478991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 15447694 - 15447665
Alignment:
Q  19 taacccaattgatactccatatgtgccacc 48  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15447694 taacccaattgatactccatatgtgccacc 15447665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University