View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3154_high_1 (Length: 738)

Name: NF3154_high_1
Description: NF3154
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3154_high_1
NF3154_high_1
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (339-728)||(16489409-16489800)
chr8 (463-704)||(7179003-7179244)
chr8 (470-681)||(41255033-41255244)
chr8 (515-681)||(38685697-38685863)
chr8 (591-679)||(33191201-33191289)
chr8 (611-697)||(10616937-10617023)
chr8 (578-696)||(38233202-38233320)
chr8 (612-677)||(37929141-37929206)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (325-712)||(42806254-42806643)
chr3 (325-712)||(22533747-22534137)
chr3 (325-705)||(29542359-29542741)
chr3 (325-712)||(41878437-41878826)
chr3 (460-692)||(53876866-53877098)
chr3 (460-689)||(6925833-6926062)
chr3 (538-704)||(19979251-19979417)
chr3 (493-668)||(47160903-47161078)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (346-712)||(28400261-28400629)
chr1 (431-706)||(28442116-28442391)
chr1 (460-692)||(48973533-48973765)
chr1 (463-704)||(5411624-5411865)
chr1 (266-328)||(14938486-14938548)
chr1 (464-691)||(45718219-45718445)
chr1 (577-690)||(12688177-12688290)
chr1 (636-678)||(4889508-4889550)
chr1 (612-674)||(26260785-26260847)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (23-265)||(14402292-14402524)
chr6 (325-705)||(29321296-29321678)
chr6 (406-705)||(11298564-11298863)
chr6 (463-703)||(32533038-32533278)
chr6 (577-697)||(18015725-18015845)
chr6 (515-697)||(18671972-18672153)
chr6 (577-690)||(15117238-15117351)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (576-728)||(34871564-34871716)
chr7 (436-703)||(27854740-27855007)
chr7 (463-703)||(40616708-40616948)
chr7 (463-704)||(38342849-38343090)
chr7 (480-671)||(8566778-8566969)
chr7 (571-630)||(11884359-11884418)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (469-696)||(11131168-11131395)
chr4 (460-692)||(54870803-54871035)
chr4 (568-703)||(10552628-10552763)
chr4 (577-696)||(18921911-18922030)
chr4 (577-696)||(30739500-30739619)
chr4 (580-671)||(37207401-37207492)
chr4 (578-692)||(42527327-42527441)
chr4 (612-667)||(40153935-40153990)
chr4 (612-669)||(52578018-52578075)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (443-703)||(24739682-24739942)
chr2 (463-697)||(841528-841762)
chr2 (523-689)||(40426914-40427080)
chr2 (577-696)||(1997678-1997797)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (460-689)||(21041831-21042060)
chr5 (469-703)||(7961118-7961352)
chr5 (469-699)||(32017962-32018192)
chr5 (578-696)||(7465223-7465341)
chr5 (612-671)||(16610602-16610661)
chr5 (636-677)||(39839962-39840003)
[»] scaffold0225 (1 HSPs)
scaffold0225 (460-671)||(6387-6598)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 280; Significance: 1e-156; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 339 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 16489800 - 16489409
Alignment:
Q  339 aatcatttgtttattcattgtaannnnnnnggttcggtttggggtgctatttttaaatggattggta--gttactgtagtgcctcaaaacattcaaaggc 436  Q
    |||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  16489800 aatcatttgtttattcattgtaatttttttggttcggtttggggtgctatttttcaatggattggtatagttactgtcgtgcctcataacattcaaaggc 16489701  T
Q  437 attttcagcagttcatttctttgggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacg 536  Q
    ||||| |||||||||||| |||  | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16489700 attttaagcagttcatttatttatgcggtgtctctaagacgaagcaatctatccttcaggtgatctggtacgcgactatgtgggagatttggaaggaacg 16489601  T
Q  537 aaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcat 636  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16489600 gaataataggatttttaatgccaaagtgagctctattaatcaggtggtggataggattaagttgttaactttccagtggttgaaggtgaagtttgttcat 16489501  T
Q  637 cttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgtttttggtggctagttctgtgctgct 728  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  16489500 cttctttttaactatcataggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaacggttgtttttggtggctagttgtgtggtgct 16489409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 463 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 7179244 - 7179003
Alignment:
Q  463 ggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaag 562  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |    
T  7179244 ggtgtctctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatttggtttgcgacaatgtaggagatttggaaggaaaggaataataggatttttaatgcaaagg 7179145  T
Q  563 tgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtg 662  Q
    | |||||||||   || |||||||| |  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||  |||||    
T  7179144 ttagttctattctgcaagtggtggacataattaagttgttaactttcaagtggttgaaggtgaagtttgtaactcttccctttaactatcatgattggtg 7179045  T
Q  663 gcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgtt 704  Q
    |||||||||| | |||||||| || ||||| |||| ||||||    
T  7179044 gcttagtccaattactttactaggaataggctaatagttgtt 7179003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 470 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 41255244 - 41255033
Alignment:
Q  470 ctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagttc 569  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||| | ||  ||||| |||||||| || ||||||||| | || || |  ||||||||||| ||    |||||    
T  41255244 ctaagtcgaggcaatctattcttcaggtgatttagtgtgcgactatgtgggaaatatggaaggaaaggaacaacataatttttaatgctaagaatagttc 41255145  T
Q  570 tattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagt 669  Q
     ||||  |||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||| || | || | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  41255144 cattatgcaggtggtggatcggattaagttactaacattcaagtggttgaaggttaactatgcttatcttccctttaactatcatggttggtggcttagt 41255045  T
Q  670 ccattcacttta 681  Q
    || ||| |||||    
T  41255044 ccgttcccttta 41255033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 515 - 681
Target Start/End: Original strand, 38685697 - 38685863
Alignment:
Q  515 tgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtg 614  Q
    ||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||| ||| |||   ||||| ||    ||||||||||| | |||||||||| |||| |   ||||    
T  38685697 tgtgggaaatttggaaggaaaggaataatagaatttttattgcaaaacatagttcaatcgttcaggtggtggacatgattaagttgctaacttataagtg 38685796  T
Q  615 gttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcacttta 681  Q
    || ||||||||||| || |  |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  38685797 gtcgaaggtgaagtatgctactcttccctttaactatcatggttggtggattagtccgttcacttta 38685863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 591 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 33191289 - 33191201
Alignment:
Q  591 gattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactt 679  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||||| |||| |||| |  |||||| || || |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  33191289 gattaagttgttaacatacacgtggttgaagttgaaatttgatactcttcccttcaattatcatggttggtggcttagtccgttcactt 33191201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 611 - 697
Target Start/End: Original strand, 10616937 - 10617023
Alignment:
Q  611 agtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaat 697  Q
    |||||||| |||||||||||| |  | ||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||| | |||||||| ||||    
T  10616937 agtggttggaggtgaagtttgctactattcctttcaactatcatggttggtggcttagttcgttcgctttattaggcataggctaat 10617023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 578 - 696
Target Start/End: Original strand, 38233202 - 38233320
Alignment:
Q  578 aggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcac 677  Q
    |||||||||| | ||||||| || |||| |   |||||||||||||||||| ||    |||||| ||||| |||||||| ||||||  |||||| |||||    
T  38233202 aggtggtggacaagattaagctgctaacttataagtggttgaaggtgaagtatgcatctcttccctttaattatcatggttggtggtctagtcctttcac 38233301  T
Q  678 tttacttggcataggttaa 696  Q
    |||| | ||||||||||||    
T  38233302 tttattaggcataggttaa 38233320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 612 - 677
Target Start/End: Original strand, 37929141 - 37929206
Alignment:
Q  612 gtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcac 677  Q
    ||||||||||||||| |||  |  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  37929141 gtggttgaaggtgaaatttcctactcttccctttaactatcatggttggtggcttagtccgttcac 37929206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 325 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 42806643 - 42806254
Alignment:
Q  325 tcattgaaacatctaatcatttgtttattcattgtaannnnnnnggttcggtttggggtgctatttttaaatggattggta--gttactgtagtgcctca 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  42806643 tcattgaaacatctaatcatttgtttattcattgtaatttttttggttcggtttggagtgctatttttcaatggattggtatagttactgtcgtgcctca 42806544  T
Q  423 aaacattcaaaggcattttcagcagttcatttctttgggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggag 522  Q
     ||||| |||||||||||| ||||||||| || |||  | ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||    
T  42806543 taacatccaaaggcattttaagcagttcagttatttatgcggtgtctctaagatgaagcaatctatccttcaggtgatctgtttcgcgactatgtgggag 42806444  T
Q  523 atttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaagg 622  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  42806443 atttggaaggaaaggaataataggatttttaatgccaaagtgagctctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaactttcctgtggttgaagg 42806344  T
Q  623 tgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgtttttggtgg 712  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42806343 tgaagtttgtcactcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggataatggttgtttttggtgg 42806254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 325 - 712
Target Start/End: Original strand, 22533747 - 22534137
Alignment:
Q  325 tcattgaaacatctaatcatttgtttattcattgtaannnnnnnggttcggtttggggtgctatttttaaatggattggta--gttactgtagtgcctca 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| |    
T  22533747 tcattgaaacatctaatcatttgtttattcattgtaatttttttgattcggtttggagtgctatttttcaatggattggtatagttactgtcgtgcctaa 22533846  T
Q  423 aaacattcaaaggcattttcagcagttcatttctttgggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggag 522  Q
     ||||||| |||||||||| ||||||||| || |||  | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| ||    
T  22533847 taacattctaaggcattttaagcagttcagttatttatgcggtgtctctaagacgaagcaatctatacttcaggtgatctggttcgcgactatgtggaag 22533946  T
Q  523 atttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaa-gttgttaacattccagtggttgaag 621  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  22533947 atttggaaggaaaggaataatatgatttttaatgccaaagtgagctctattatacaggtggtggataggattaaggttgttaactttccagtggttgaag 22534046  T
Q  622 gtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgtttttggtgg 712  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  22534047 gtgaagtttgtcactcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccatttactttacttggaataggttaatggttgttcttggtgg 22534137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 325 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 29542741 - 29542359
Alignment:
Q  325 tcattgaaacatctaatcatttgtttattcattgtaannnnnnnggttcggtttggggtgctatttttaaatggattggt--agttactgtagtgcctca 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||  |||||| || |||||| |    
T  29542741 tcattgaaacatctaatcatttgtttattcattgtaatttttttggttcagtttggagtgctatttttcaatggattggtgtagttacggtcgtgcctaa 29542642  T
Q  423 aaacattcaaaggcattttcagcagttcatttctttgggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggag 522  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||| || |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||    
T  29542641 taacattcaaaggcattttaagcagttcagttatttatgtggtgtctctaagacgaagcaatctattcttcaagtgatttggtttgcgactatgtgggag 29542542  T
Q  523 atttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaagg 622  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||| | |||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  29542541 atttggaaggaaaggaataataggatttttaatgccaaggttagctctattatacaggtggtggacatgattaacttgctaactttccagtggttgaagg 29542442  T
Q  623 tgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgttt 705  Q
    ||||||||||   |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || |||||| || |||||    
T  29542441 tgaagtttgtcactcttccctttaactatcatggttggtggcttagtccatttactttactaggaattggttaacgggtgttt 29542359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 325 - 712
Target Start/End: Original strand, 41878437 - 41878826
Alignment:
Q  325 tcattgaaacatctaatcatttgtttattcattgtaannnnnnnggttcggtttggggtgctatttttaaatggattggta--gttactgtagtgcctca 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||| || |||||| |    
T  41878437 tcattgaaacatctaatcatttgtttattcattgtaatttttttggttcggtttggagtgctatttttcaatggattggtatagttacggtcgtgcctaa 41878536  T
Q  423 aaacattcaaaggcattttcagcagttcatttctttgggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggag 522  Q
     ||| |||||||||||||| ||||||||| || |||  | ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||  ||||| |||||||||    
T  41878537 gaacgttcaaaggcattttaagcagttcagttatttatgcggtgtctctaagacgaagcaatcgatacttcaggtgatatggtttgcgactatgtgggag 41878636  T
Q  523 atttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaagg 622  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||  | | ||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  41878637 atttggaaggaaaggaataataggatttttaatgccaaggttggctatattatacaagtggtggacaggattaagttgctaactttccagtggttgaagg 41878736  T
Q  623 tgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgtttttggtgg 712  Q
    ||||||||||   |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| || ||||||||||||    
T  41878737 tgaagtttgtcactcttccctttaactatcatggttggtggcttagtccatttactttactaggaataggttaacgggtgtttttggtgg 41878826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 460 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 53877098 - 53876866
Alignment:
Q  460 ggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgcca 559  Q
    |||||||| |||||  | ||||||||||| || |||||||| ||||  || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |    
T  53877098 ggtggtgtctctaaatccaagcaatctatcctccaggtgatttggtttgcaacaatgtggaagatttggaaggaaagaaataataggatttttattgcaa 53876999  T
Q  560 aagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtg 659  Q
    | || |||||| ||| |||||||||||| |  ||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||   |||||| ||||| |||||||||||    
T  53876998 aggttagttctgttatacaggtggtggacaaaattaagttgttgactttcaagtggttaaaggtgaagtttgtaactcttccctttaattatcatgggtg 53876899  T
Q  660 gtggcttagtccattcactttacttggcatagg 692  Q
    ||||||| |||| || |||||||| ||||||||    
T  53876898 gtggcttggtccgtttactttactaggcatagg 53876866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 460 - 689
Target Start/End: Original strand, 6925833 - 6926062
Alignment:
Q  460 ggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgcca 559  Q
    |||||||| |||| | | ||||| |||||||| |||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |    
T  6925833 ggtggtgtctctaggtccaagcactctattctccaggtgatttggtttgcaacaatgtgggagatttggaaggaaagaaataataggatttttaatacaa 6925932  T
Q  560 aagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtg 659  Q
    | || |||||| ||| |||||||||||| |  ||||||||||| || | | ||||||| ||||||||||||||   |||||| ||||| |||||||||||    
T  6925933 aggttagttctgttatacaggtggtggacaaaattaagttgttgacttacaagtggttaaaggtgaagtttgtaactcttccctttaattatcatgggtg 6926032  T
Q  660 gtggcttagtccattcactttacttggcat 689  Q
    |||||||||||| || || ||||| |||||    
T  6926033 gtggcttagtccgtttacattactaggcat 6926062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 538 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 19979417 - 19979251
Alignment:
Q  538 aataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatc 637  Q
    |||||||||||||||||||| || |  |||||||||   ||||||||||| | ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||   ||    
T  19979417 aataataggatttttaatgcaaaggctagttctattctgcaggtggtggacatgattaagctgttaactttcaagtggttgaaggtgaagtttgtaactc 19979318  T
Q  638 ttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgtt 704  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||    
T  19979317 ttccctttaactatcatggttggtggcttagcccatttactttactagaaataggctaatggttgtt 19979251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 493 - 668
Target Start/End: Original strand, 47160903 - 47161078
Alignment:
Q  493 caggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggatagga 592  Q
    |||||||| ||||  ||||||| |||||| |||||||||||| | ||||| || ||||||||| |||| |  || || |||   || |||||||||||||    
T  47160903 caggtgatttggtttgcgacaacgtgggaaatttggaaggaaaggaataacagaatttttaatcccaaggaaagctcaattttgcaagtggtggatagga 47161002  T
Q  593 ttaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttag 668  Q
    ||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||  |  |||||| || || || ||||| |||||||||||    
T  47161003 ttaagttgttaacttttaagtggttgaaggtgaagtttccttctcttccattcaattaccatggttggtggcttag 47161078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 346 - 712
Target Start/End: Original strand, 28400261 - 28400629
Alignment:
Q  346 tgtttattcattgtaannnnnnnggttcggtttggggtgctatttttaaatggattggt--agttactgtagtgcctcaaaacattcaaaggcattttca 443  Q
    ||||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |    
T  28400261 tgtttattcattgtaatttttttggttcggtttggagtgctattttttaatggattggtttagttactgtcgtgcctcataacatccaaaggcattttaa 28400360  T
Q  444 gcagttcatttctttgggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataat 543  Q
    |||||||| || |||  | ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  28400361 gcagttcagttatttatgcggtgtctctaagatgaagcaatctatccttcaggtgatctggttcgcgactatgtgggagatttggaaggaaaggaataat 28400460  T
Q  544 aggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttcctt 643  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||    
T  28400461 aggatttttaatgccaaagtgagctctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaactttccagtggatgaaggtgaagtttgtcactcttcctt 28400560  T
Q  644 ttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgtttttggtgg 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28400561 ttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggataatggttgtttttggtgg 28400629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 431 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 28442391 - 28442116
Alignment:
Q  431 aaaggcattttcagcagttcatttctttgggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaa 530  Q
    |||| |||||| ||||||||| || |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||    
T  28442391 aaagacattttaagcagttcagttatttatgcggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaagtgatttggtttgcgactatgtgggagatttggaa 28442292  T
Q  531 ggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagttt 630  Q
    |||| | ||||||| ||||||||||||||| || || ||||||| ||| |||||||| |  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28442291 ggaaaggaataatatgatttttaatgccaaggttagctctattatacacgtggtggacaacattaagttgctaactttccagtggttgaaggtgaagttt 28442192  T
Q  631 gttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgtttt 706  Q
    ||   |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | || ||||||||| || ||||||    
T  28442191 gtctctcttccctttaactatcatggttggtggcttagtccatttactttattaggaataggttaacgggtgtttt 28442116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 460 - 692
Target Start/End: Original strand, 48973533 - 48973765
Alignment:
Q  460 ggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgcca 559  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  48973533 ggtggtgtctctaagtcgaagcaatctattctccaggtgatttggtttgcaacaatgtcggagatttggaaggaaagaaataatagaatttttaatgcaa 48973632  T
Q  560 aagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtg 659  Q
    | || |||||| ||| |||||||||||| |  ||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||   |||||| ||||| |||||||||||    
T  48973633 aggttagttctgttatacaggtggtggacaaaattaagttgttgactttcaagtggttaaaggtgaagtttgtaactcttccctttaattatcatgggtg 48973732  T
Q  660 gtggcttagtccattcactttacttggcatagg 692  Q
    |||||||||||| || || |||||  |||||||    
T  48973733 gtggcttagtccgtttacattactacgcatagg 48973765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 463 - 704
Target Start/End: Original strand, 5411624 - 5411865
Alignment:
Q  463 ggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaag 562  Q
    ||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||| ||   || ||||| ||||||||||| || |    
T  5411624 ggtgtctctaagtcgagacaatctattcttcaggtgatttggtttgcgacaatgtggaagatttggaagcaaatgaacaatagaatttttaatgcaaagg 5411723  T
Q  563 tgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtg 662  Q
      |  |||||||  || |||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||| || ||    
T  5411724 ataactctattatgcaagtggtggacaggattaagttgttaaatttcaagtggttgaaggtgaagtttgtaactcttccctttaactatcatggttgttg 5411823  T
Q  663 gcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgtt 704  Q
    ||||||||| || ||||||||  | ||||| |||| ||||||    
T  5411824 gcttagtccgtttactttactaagaataggctaattgttgtt 5411865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 266 - 328
Target Start/End: Original strand, 14938486 - 14938548
Alignment:
Q  266 attttcacctttaaagttaaatatccgtaaaaactataaaattctaatattaaataatatcat 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14938486 attttcacctttaaagttaaatatctgtaaaaactataaaattctaatattaaataatatcat 14938548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 464 - 691
Target Start/End: Original strand, 45718219 - 45718445
Alignment:
Q  464 gtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagt 563  Q
    ||||| ||||| ||| |||||| ||| | |||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||| | || || || ||||||||||| || |     
T  45718219 gtgttactaagtcgaggcaatcaattttacaggtgatctggtttgcgacaatgttggaaatttggaaggaaaggaacaacagaatttttaatgcaaagga 45718318  T
Q  564 gagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtgg 663  Q
     || || ||||  ||||||||||| | ||||||||||||||| ||  ||||| ||||| |||| ||||    |||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  45718319 tagctcaattatgcaggtggtggacaagattaagttgttaactttgaagtggctgaagatgaaatttgccactcttccctttaattatcatggttggtgg 45718418  T
Q  664 cttagtccattcactttacttggcatag 691  Q
    ||||| || || |||||||| |||||||    
T  45718419 cttag-ccgtttactttactaggcatag 45718445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 577 - 690
Target Start/End: Original strand, 12688177 - 12688290
Alignment:
Q  577 caggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattca 676  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||     |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  12688177 caggtggtggataagattaagttgctaacttttaagtggttgaaggtgaagtttccaactcttccctttaactatcatggatggtggcttagtccgttta 12688276  T
Q  677 ctttacttggcata 690  Q
    ||||||| ||||||    
T  12688277 ctttactaggcata 12688290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 636 - 678
Target Start/End: Original strand, 4889508 - 4889550
Alignment:
Q  636 tcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcact 678  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4889508 tcttccctttaactatcatgggtggtgacttagtccattcact 4889550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 612 - 674
Target Start/End: Original strand, 26260785 - 26260847
Alignment:
Q  612 gtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccatt 674  Q
    ||||||||||| |||||||| |  |||||| || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  26260785 gtggttgaaggcgaagtttgcttctcttcccttcaattatcatgggtggtggcttagtccatt 26260847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 159; Significance: 3e-84; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 23 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 14402524 - 14402292
Alignment:
Q  23 tctcccaaaagcactaaggctcccacaattcacgtaatgtgaattgttctgctaacataaaactcagctgagagactctctctccactatcccccttata 122  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14402524 tctcctaaaagcactaaggctcccacaattcatgtaatgtgaattgttctgctaacagaaaactcagctgagagactctctctccacta-cccccttata 14402426  T
Q  123 taatactagttccatgcatcacatgcatcattccctcgacgtcattacccttcatgtccttcttacgttttctctgataaactctccatactttgggctt 222  Q
    |||| |||||||         |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14402425 taatgctagttc---------catgcatcattccctccacgtcattacccttcatgcctttcttatgttttctctcataaactctccatactttgggctt 14402335  T
Q  223 ttgaccaaagtcaaggcccatttgctcatcaacatttctatca 265  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  14402334 ttgaccaaagtcaaggcccaattgctcatcagcatttctatca 14402292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 325 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 29321678 - 29321296
Alignment:
Q  325 tcattgaaacatctaatcatttgtttattcattgtaannnnnnnggttcggtttggggtgctatttttaaatggattgg--tagttactgtagtgcctca 422  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||        ||||||||||| |||  |||||| | ||||||||  | ||||| ||  |||||||    
T  29321678 tcattgaaacatccaatcatttatttcttcattgtaattttttttgttcggtttggagtgtcatttttcactggattggcgttgttacagtcatgcctca 29321579  T
Q  423 aaacattcaaaggcattttcagcagttcatttctttgggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggag 522  Q
     | | | |||||||||||||| ||||| | || |||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||    
T  29321578 taccgtccaaaggcattttcatcagtttagttttttatgcggtgtctctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatttggtttgcgactatgtgggag 29321479  T
Q  523 atttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaagg 622  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || || ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  29321478 atttggaaggaaaggaataataggatttttaatgcaaaggttagttctattatgcaggtggtggacaggattaagttgttaactttccagtggttgaaag 29321379  T
Q  623 tgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgttt 705  Q
    ||||||||||   |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||| ||||||||    
T  29321378 tgaagtttgtcactcttccctttaactatgatggttggtggcttagtccatttactttactaggaataggctaacggttgttt 29321296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 406 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 11298863 - 11298564
Alignment:
Q  406 gttactgtagtgcctcaaaacattcaaaggcattttcagcagttcatttctttgggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggt 505  Q
    ||||| || |||||||| ||| | |||||||||||||| ||||| | || |||  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  11298863 gttacagtcgtgcctcataacgtccaaaggcattttcatcagtttagttttttatgcggtgtctctaagacgaaacaatctattcttcaggtgatttggt 11298764  T
Q  506 acgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaac 605  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| || || || |||||||  || || ||||| | |||||||||||||||    
T  11298763 ttgcgactatgtgggagatttggaaggaaaggaataatagaatttttaatgcaaatgttagctctattatgcatgtagtggacatgattaagttgttaac 11298664  T
Q  606 attccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgttt 705  Q
     || |||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||| ||||||||    
T  11298663 ttttcagtggttgaaggtgaagtttgtcactcttccctttaactatcatggttggtggcttagtccatttactttactaggaataggctaacggttgttt 11298564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 463 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 32533278 - 32533038
Alignment:
Q  463 ggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaag 562  Q
    ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||||||||||||| || || |  ||||||||| | || |    
T  32533278 ggtgtctctaagtcgaggcaatctattcttcaggtgatttggtttgcgactatgtgggaaatttggaaggaacggaacaacaaaatttttaattctaagg 32533179  T
Q  563 tgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtg 662  Q
      || |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |  |||||| |||||||||||||| |||||    
T  32533178 atagctctattatgtaggtggtggataggattaagttgttaacattcaagtggttgaagatgaagtttgctactcttccctttaactatcatggttggtg 32533079  T
Q  663 gcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgt 703  Q
    ||||||||| |||||||||   |||||||| |||| |||||    
T  32533078 gcttagtccgttcactttatgaggcataggctaattgttgt 32533038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 577 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 18015845 - 18015725
Alignment:
Q  577 caggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattca 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||  ||||||||||     |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| || |    
T  18015845 caggtggtggataggattaagttgttaacgtttaagtggttgggggtgaagtttacaactcttccctttaactatcatggttggtggcttactccgttta 18015746  T
Q  677 ctttacttggcataggttaat 697  Q
    |||||||  ||||||| ||||    
T  18015745 ctttactacgcataggctaat 18015725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 515 - 697
Target Start/End: Original strand, 18671972 - 18672153
Alignment:
Q  515 tgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtg 614  Q
    ||||||| |||||||||||| | | ||| |  ||||||||||| ||||  || || ||||  |||| |||||| | |||||||||| |||| |   ||||    
T  18671972 tgtgggaaatttggaaggaaaggattaacataatttttaatgcaaaagatagctcaattattcagggggtggacaagattaagttgctaacttataagtg 18672071  T
Q  615 gttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaat 697  Q
    |||||||||||||| | | | |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  18672072 gttgaaggtgaagtatctac-tcttccctttaactatcatggttggtggctgagtccgttcaccttactaggcataggctaat 18672153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 577 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 15117351 - 15117238
Alignment:
Q  577 caggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattca 676  Q
    ||||||||||| | ||||||| || |||| |   |||||||||||||||||| || |  |||||| ||||| |||||||| ||||||  |||||| ||||    
T  15117351 caggtggtggacatgattaagctgctaacttataagtggttgaaggtgaagtatgctactcttccctttaattatcatggttggtggagtagtcctttca 15117252  T
Q  677 ctttacttggcata 690  Q
    ||||| | ||||||    
T  15117251 ctttattaggcata 15117238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 576 - 728
Target Start/End: Original strand, 34871564 - 34871716
Alignment:
Q  576 acaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattc 675  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34871564 acaggtggtggataggattaagttgttaactttccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttctttttaactatcataggtggtggcttagtccattc 34871663  T
Q  676 actttacttggcataggttaatggttgtttttggtggctagttctgtgctgct 728  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  34871664 actttacttggcataggttaacggttgtttttggtggctagttgtgtggtgct 34871716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 436 - 703
Target Start/End: Original strand, 27854740 - 27855007
Alignment:
Q  436 cattttcagcagttcatttctttgggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaac 535  Q
    |||||| ||||||||| |  ||| || | ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||||  ||||||| ||||||||||||     
T  27854740 cattttaagcagttcactcttttaggcgttgtctctaagtcgaggcaatctattcttcaggtgatatggtttgcgactttgtgggaaatttggaaggaaa 27854839  T
Q  536 gaaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttca 635  Q
    | |||||||| ||||||||| | || |  || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |      
T  27854840 ggaataatagaatttttaattctaaggatagctctattatgcaggtggtggataggattaagttgttaacattcaagtggttgaaggtgaagtatgctac 27854939  T
Q  636 tcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgt 703  Q
     ||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||| | || |||||||| ||||||||||    
T  27854940 ccttccctttaactatcatggttggtggcttagctcattcactattctaggcatagggtaatggttgt 27855007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 463 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 40616948 - 40616708
Alignment:
Q  463 ggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaag 562  Q
    ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||| ||||||| | ||  |  | ||||||||| | || |    
T  40616948 ggtgtctctaagtcgaggcaatctattcttcaggtgatttggtttgcgactatgtgggaaatttagaaggaaaggaacgacggaatttttaattctaagg 40616849  T
Q  563 tgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtg 662  Q
      || |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |  |||||| |||||||||| ||| |||||    
T  40616848 atagctctattatgcaggtggtggataggattaagttgttaaaattcaagtggttgaaggtgaagtatgctactcttccctttaactatcttggttggtg 40616749  T
Q  663 gcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgt 703  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||    
T  40616748 gcttagtccgttcactttactaggcataggctaattgttgt 40616708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 463 - 704
Target Start/End: Original strand, 38342849 - 38343090
Alignment:
Q  463 ggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaag 562  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||| | || ||||  ||||||||||| || |    
T  38342849 ggtgtctctaagtcgaggcaatctattattcaggtgatttggttaacgacaatgtgggagatttggaaggaaaggaacaatataatttttaatgcaaagg 38342948  T
Q  563 tgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtg 662  Q
    |  | |||||||  || |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||   |||||| |||||||||||||| |||||    
T  38342949 ttggctctattatgcaagtggtggacaggattaagttgttaactttcaagtggttgaaggtgaagcttgtaactcttccctttaactatcatggttggtg 38343048  T
Q  663 gcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgtt 704  Q
     |||| ||| || |||||||| || ||| | |||| ||||||    
T  38343049 acttaatccgtttactttactaggaatatgctaattgttgtt 38343090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 480 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 8566969 - 8566778
Alignment:
Q  480 gcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgcca-aagtgagttctattaaaca 578  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||  || ||| | ||||| |||||||||||| ||||||  | ||||||||| ||   |||| | |||| |||| ||    
T  8566969 gcaatctattttacaggttatctggtttgctacagtttgggaaatttggaaggaaagaaatagcatgatttttaacgcgttaagtaa-ttctcttaatca 8566871  T
Q  579 ggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtcc 671  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||    ||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||    
T  8566870 ggtggtggataggattaagttgctaactttccattggttaaaggtgaagttttccaatcttccttttaactataatggttggcggctaagtcc 8566778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 571 - 630
Target Start/End: Original strand, 11884359 - 11884418
Alignment:
Q  571 attaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagttt 630  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  11884359 attatacaggtggtggacaggattaagttgttaacttttaagtggttgaaggtgaagttt 11884418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 469 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 11131395 - 11131168
Alignment:
Q  469 tctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagtt 568  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| || |  |    
T  11131395 tctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatttggtttgcgactatgtgggagatttggaaggaaaggaataataggatctttaatgccaaggttacct 11131296  T
Q  569 ctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttag 668  Q
    |||||  ||||||||| ||||||||||||||| || | || |||||||||||||||||||||||   |||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
T  11131295 ctattctacaggtggtagataggattaagttgctatcttttcagtggttgaaggtgaagtttgtcactcttccctttaattatcatggttggtggcttag 11131196  T
Q  669 tccattcactttacttggcataggttaa 696  Q
    ||| || |||||| | || |||||||||    
T  11131195 tccttttactttattaggaataggttaa 11131168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 460 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 54871035 - 54870803
Alignment:
Q  460 ggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgcca 559  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  54871035 ggtggtgtctctaagtccaagcaatctattctacaggtgatttggtttgcaacaatgtgggagatttggaaggaaagaaataataggatttttaatgcaa 54870936  T
Q  560 aagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtg 659  Q
    | || |||||| ||| |||||||||||| | |||||| ||||| || ||| ||||||| || |||||||||||   |||||| ||||| |||||||| ||    
T  54870935 aggttagttctgttatacaggtggtggacaagattaaattgttgactttcaagtggttaaatgtgaagtttgtaactcttccctttaattatcatggttg 54870836  T
Q  660 gtggcttagtccattcactttacttggcatagg 692  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  54870835 gtggcttagtccgtttactttactaggcatagg 54870803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 568 - 703
Target Start/End: Original strand, 10552628 - 10552763
Alignment:
Q  568 tctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggctta 667  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |  |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  10552628 tctattatgcaggtggtggataggattaagttgttaacattcaagtggttgaaggtgaagtatgctactcttccctttaactatcatggttggtggctta 10552727  T
Q  668 gtccattcactttacttggcataggttaatggttgt 703  Q
    |||| ||||||||| | |||||||| |||| |||||    
T  10552728 gtccgttcactttagtaggcataggctaattgttgt 10552763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 577 - 696
Target Start/End: Original strand, 18921911 - 18922030
Alignment:
Q  577 caggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattca 676  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||| |   |||||||||||||||||| ||    |||||| ||||| |||||||| |||| |  |||||| ||||    
T  18921911 caggtggtggacaggattaagctgctaacttataagtggttgaaggtgaagtatgcatctcttccctttaattatcatggttggttgactagtcctttca 18922010  T
Q  677 ctttacttggcataggttaa 696  Q
    ||||| | ||||||||||||    
T  18922011 ctttattaggcataggttaa 18922030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 577 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 30739619 - 30739500
Alignment:
Q  577 caggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattca 676  Q
    ||||||||||| | ||||||| || |||| |   |||||||||||||||||| ||    |||||| ||||| |||||||| ||||||  |||||| ||||    
T  30739619 caggtggtggacatgattaagctgctaacttataagtggttgaaggtgaagtatgcatctcttccctttaattatcatggttggtggaatagtcctttca 30739520  T
Q  677 ctttacttggcataggttaa 696  Q
    ||||| | ||||||||||||    
T  30739519 ctttattaggcataggttaa 30739500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 580 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 37207492 - 37207401
Alignment:
Q  580 gtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtcc 671  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||| |||||||||||| |   |||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  37207492 gtggtggataggattaagttgctaactttcaattggttaaaggtgaagtttataactcttccctttaattatcatggttgatggctaagtcc 37207401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 578 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 42527441 - 42527327
Alignment:
Q  578 aggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcac 677  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||||| | | |||||||||||||||| |||  |  ||||||||  || |||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  42527441 aggtggcggacatgattaagttgttaacctacaagtggttgaaggtgaaattttctactcttccttccaattatcatggttggtggcttaatccgttcac 42527342  T
Q  678 tttacttggcatagg 692  Q
     |||||  |||||||    
T  42527341 attactaagcatagg 42527327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 612 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 40153990 - 40153935
Alignment:
Q  612 gtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggctta 667  Q
    ||||||||||||||| |||| | ||||||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  40153990 gtggttgaaggtgaaatttgctaatcttccctttaactatcatagttggtggctta 40153935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 612 - 669
Target Start/End: Original strand, 52578018 - 52578075
Alignment:
Q  612 gtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagt 669  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||| || || |||||||| ||||||||||||    
T  52578018 gtggttgaaggtgaagtttgtatctcttcccttcaattatcatggttggtggcttagt 52578075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 443 - 703
Target Start/End: Original strand, 24739682 - 24739942
Alignment:
Q  443 agcagttcatttctttgggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataa 542  Q
    ||||||||| || ||| || ||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||||  ||||||| || ||||||||| | |||||    
T  24739682 agcagttcacttttttaggcggtgtctctaaatcgaggcaatctattcttcaggtgatatggtttgcgactttgtgggaaatctggaaggaaaggaataa 24739781  T
Q  543 taggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttcct 642  Q
    ||| ||||||||| | || || || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |   |||||     
T  24739782 tagaatttttaattctaaggttagctctattatgcaggtggtggataggattaagttgttaacattcaagtggttgaaggtgaagtatgctacccttccc 24739881  T
Q  643 tttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcataggttaatggttgt 703  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | || |||||||| ||||||||||    
T  24739882 tttaactatcatggttggtggcttagtccgttcactattctaggcatagggtaatggttgt 24739942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 463 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 841762 - 841528
Alignment:
Q  463 ggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaag 562  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||  |||||  ||||||| |||||||||||| | || || |   ||||||||   || |    
T  841762 ggtgtctctaagtcgaggcaatctattctccaggtgatttggtttgcgactttgtgggaaatttggaaggaaaggaacaacaaattttttaattataagg 841663  T
Q  563 tgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtg 662  Q
      || |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |  |||||| |||||||||||||| |||||    
T  841662 atagctctattatgcaggtggtggataggattaagttgttaatattcaagtggttgaaggtgaagtatgctactcttccctttaactatcatggttggtg 841563  T
Q  663 gcttagtccattcactttacttggcataggttaat 697  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||    
T  841562 gcttagtctgttcactttactaggcataggctaat 841528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 523 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 40427080 - 40426914
Alignment:
Q  523 atttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaagg 622  Q
    |||||||||||| | ||||| |  |||||||| || ||||  || || ||||  ||||||||||| |||||||||||| |||| |   ||| |||||| |    
T  40427080 atttggaaggaaaggaataacataatttttaacgcaaaagatagctcaattatgcaggtggtggacaggattaagttgctaacttgtaagtagttgaaag 40426981  T
Q  623 tgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcactttacttggcat 689  Q
    |||||| ||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  40426980 tgaagtatgttactcttccctttaactatcatggttggtggcttaatccgttcactttactaggcat 40426914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 577 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 1997797 - 1997678
Alignment:
Q  577 caggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattca 676  Q
    ||||||||||| | ||||||| || |||| |   |||||||||||||||||| ||    |||||| ||||| |||||||| ||||||  |||||| ||||    
T  1997797 caggtggtggacatgattaagctgctaacttataagtggttgaaggtgaagtatgcatctcttccctttaattatcatggttggtggaatagtcctttca 1997698  T
Q  677 ctttacttggcataggttaa 696  Q
    ||||| | ||||||||||||    
T  1997697 ctttattaggcataggttaa 1997678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 460 - 689
Target Start/End: Original strand, 21041831 - 21042060
Alignment:
Q  460 ggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgcca 559  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  21041831 ggtggtgtctctaagtcgaagcaatctattctccaagtgatttggtttgcaacaatgtgggagatttggaaggaaagaaataataggatttttaatgcaa 21041930  T
Q  560 aagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtg 659  Q
    | || |||||| ||| |||||||||||| |  ||||||||||| || ||| |||||||  |||||||||||||   |||||| ||||| |||||||||||    
T  21041931 aggttagttctgttatacaggtggtggacaaaattaagttgttgactttcaagtggttataggtgaagtttgtaactcttccctttaattatcatgggtg 21042030  T
Q  660 gtggcttagtccattcactttacttggcat 689  Q
    |||||||||||| || || ||||| |||||    
T  21042031 gtggcttagtccgtttacattactaggcat 21042060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 469 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 7961352 - 7961118
Alignment:
Q  469 tctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagtt 568  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| || ||||||||| |||| || |  ||||||||||| || |  ||      
T  7961352 tctaagtcgaggcaatctattcttcaggtgatttggtttgcgactatgtgggaaatatggaaggaaagaaacaacataatttttaatgctaatgatagcg 7961253  T
Q  569 ctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttag 668  Q
    | ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| || |  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  7961252 ccattatgcaggtggtggataggattaagttgctaacattcaagtggttgaaggcgaagtatgctactcttcattttaactatcatggttggtggcttag 7961153  T
Q  669 tccattcactttacttggcataggttaatggttgt 703  Q
    | | ||||||||||| |||||||| |||| |||||    
T  7961152 ttcgttcactttactaggcataggataattgttgt 7961118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 469 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 32018192 - 32017962
Alignment:
Q  469 tctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgccaaagtgagtt 568  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||||  ||||||| |||||||||||| | ||||||||  |||||||| | || |  ||      
T  32018192 tctaagtcgaggcaatctattcttcaggtgatatggtttgcgactttgtgggaaatttggaaggaaaggaataatagattttttaattcgaaggatagcc 32018093  T
Q  569 ctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttag 668  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| || | | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
T  32018092 ctattatagaggtggtggataggattaagttgttaactttcaagtggttgaaggtgcagtatgctaaccttccctttaattatcatggttggtggcttag 32017993  T
Q  669 tccattcactttacttggcataggttaatgg 699  Q
    | ||||| || | || |||||||| ||||||    
T  32017992 ttcattctctattctaggcatagggtaatgg 32017962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 578 - 696
Target Start/End: Original strand, 7465223 - 7465341
Alignment:
Q  578 aggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcac 677  Q
    |||||||||| | ||||||| || |||| |   |||||||||||||||||| ||    |||||| ||||| |||||||| ||||||  |||||| |||||    
T  7465223 aggtggtggacaagattaagctgctaacttataagtggttgaaggtgaagtatgcatctcttccctttaattatcatggttggtggtctagtcctttcac 7465322  T
Q  678 tttacttggcataggttaa 696  Q
    |||| | ||||||||||||    
T  7465323 tttattaggcataggttaa 7465341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 612 - 671
Target Start/End: Original strand, 16610602 - 16610661
Alignment:
Q  612 gtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtcc 671  Q
    ||||||||||  ||||||||||  |||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  16610602 gtggttgaagacgaagtttgtttctcttcccttcaattatcatgggtggtggcttagtcc 16610661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 636 - 677
Target Start/End: Original strand, 39839962 - 39840003
Alignment:
Q  636 tcttccttttaactatcatgggtggtggcttagtccattcac 677  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  39839962 tcttccctttaactatcatggttggtggcttagtcccttcac 39840003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0225 (Bit Score: 56; Significance: 8e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0225
Description:

Target: scaffold0225; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 460 - 671
Target Start/End: Original strand, 6387 - 6598
Alignment:
Q  460 ggtggtgtttctaagacgaagcaatctattcttcaggtgatctggtacgcgacaatgtgggagatttggaaggaacgaaataataggatttttaatgcca 559  Q
    |||||||||||||   ||| |||||||||| | ||||| |||||||  || ||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||| ||      
T  6387 ggtggtgtttctagatcgaggcaatctattttacaggttatctggtgtgcaacagtttgggaaatttggaaggaaagaaatagtaggatttttaaggcgt 6486  T
Q  560 aagtgagttctattaaacaggtggtggataggattaagttgttaacattccagtggttgaaggtgaagtttgttcatcttccttttaactatcatgggtg 659  Q
     ||  ||  ||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||| ||| | ||||| ||||||||||||     |||||| |||||||||||||| ||    
T  6487 tagatagcactattattcaggtggtagataggattaagttgctaactttcaattggttaaaggtgaagtttacaactcttccctttaactatcatggttg 6586  T
Q  660 gtggcttagtcc 671  Q
    |||||| |||||    
T  6587 gtggctaagtcc 6598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University