View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3154_high_3 (Length: 605)

Name: NF3154_high_3
Description: NF3154
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3154_high_3
NF3154_high_3
[»] chr2 (26 HSPs)
chr2 (39-586)||(32813371-32813917)
chr2 (267-586)||(32786387-32786706)
chr2 (267-586)||(32310566-32310885)
chr2 (267-586)||(32306436-32306755)
chr2 (267-586)||(32563936-32564254)
chr2 (267-586)||(28222014-28222333)
chr2 (267-586)||(28213951-28214270)
chr2 (267-509)||(32792770-32793012)
chr2 (17-271)||(32310905-32311158)
chr2 (267-467)||(32799438-32799638)
chr2 (37-203)||(32792566-32792732)
chr2 (52-191)||(32563727-32563866)
chr2 (17-196)||(28213660-28213837)
chr2 (308-524)||(28158816-28159032)
chr2 (17-164)||(28222469-28222616)
chr2 (302-524)||(28177479-28177707)
chr2 (98-271)||(32799246-32799418)
chr2 (94-194)||(32785109-32785210)
chr2 (17-81)||(32790307-32790371)
chr2 (304-420)||(28171760-28171876)
chr2 (345-420)||(28161723-28161798)
chr2 (25-71)||(32799198-32799244)
chr2 (45-100)||(28148180-28148235)
chr2 (219-271)||(32306775-32306827)
chr2 (352-408)||(28147825-28147881)
chr2 (103-135)||(28211804-28211836)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 486; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 586
Target Start/End: Original strand, 32813371 - 32813917
Alignment:
Q  39 aatatcatatctaagaatcatttattgatctctgattgtaagaattgaatagggagcttatacaaaaatatacttcaataccttggaatccaagttttaa 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32813371 aatatcatatctaagaatcatttattgatctctaattgtaagagttgaatagggagcttatacaaaaatatacttcaataccttggaatccaagttttaa 32813470  T
Q  139 taaaacataacagaacactttgatttgtttatatttattgcagccttgcaacactagagtaaacannnnnnnaacacagtgccatcaaaatcaataaatt 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||| |||||||||||||||||||    
T  32813471 taaaacataacagaacactttgatttgtttatatttattgcagccttgcaacactaaagtaaacagttttt-aacacagttccatcaaaatcaataaatt 32813569  T
Q  239 ctgtaacatttgtcattttacatggccaaaacttacataggaagagaacaaattttctaaaccagaatgaaatatatgaaccgactcacttaagagctta 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  32813570 ctgtaacatttgtcattttacatggccaaaacttgcataggaagagaacaaattttctaaaccagaatgaattatatgaaccaactcacttaagagctta 32813669  T
Q  339 caagacgggagcaattcagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggt 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32813670 caagacgggagcaattcagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggt 32813769  T
Q  439 tgatccgtcatctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaa 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32813770 tgatccgtcatctgaagcataagcaaaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaa 32813869  T
Q  539 ctctgatagtagtgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagat 586  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32813870 ctctgatagtagtgagtgtcaaaagatgctccagatggtactgcagat 32813917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 267 - 586
Target Start/End: Original strand, 32786387 - 32786706
Alignment:
Q  267 aaacttacataggaagagaacaaattttctaaaccagaatgaaatatatgaaccgactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32786387 aaacttacataggaagagaacaaatttgctaaaccagaatgaaatatatgaaccgactcacttaagagcttacaagatgggagcaattcagacgaacctg 32786486  T
Q  367 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786487 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 32786586  T
Q  467 accaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgagtgtcaaaagatg 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786587 accaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgagtgtcaaaagatg 32786686  T
Q  567 ctccagatggcactgcagat 586  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  32786687 ctccagatggcactgcagat 32786706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 267 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 32310885 - 32310566
Alignment:
Q  267 aaacttacataggaagagaacaaattttctaaaccagaatgaaatatatgaaccgactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310885 aaacttacataggaagagaacaaatttgctaaactagaatgaaatatatgaaccaactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 32310786  T
Q  367 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 466  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310785 accttgatttccagtcaaaacatcgaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 32310686  T
Q  467 accaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgagtgtcaaaagatg 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310685 accaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgagtgtcaaaagatg 32310586  T
Q  567 ctccagatggcactgcagat 586  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  32310585 ctccagatggcactgcagat 32310566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 267 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 32306755 - 32306436
Alignment:
Q  267 aaacttacataggaagagaacaaattttctaaaccagaatgaaatatatgaaccgactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32306755 aaacttacataggaagagaacaaatttgctaaactagaatgaaatatatgaaccaactcacttaagagtttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 32306656  T
Q  367 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32306655 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 32306556  T
Q  467 accaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgagtgtcaaaagatg 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32306555 accaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagaaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgagtgtcaaaatatg 32306456  T
Q  567 ctccagatggcactgcagat 586  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  32306455 ctccagatggcactgcagat 32306436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 267 - 586
Target Start/End: Original strand, 32563936 - 32564254
Alignment:
Q  267 aaacttacataggaagagaacaaattttctaaaccagaatgaaatatatgaaccgactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 366  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32563936 aaacttacattggaaaa-aacaaattttctaaaccagaatgaaatatatgaaccaactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 32564034  T
Q  367 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 466  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32564035 accttgatttcaagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggtagatccgtcatctgaagcataagcagaa 32564134  T
Q  467 accaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgagtgtcaaaagatg 566  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32564135 accaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgagtgtcaaaaaatg 32564234  T
Q  567 ctccagatggcactgcagat 586  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  32564235 ctccagatggaactgcagat 32564254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 267 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 28222333 - 28222014
Alignment:
Q  267 aaacttacataggaagagaacaaattttctaaaccagaatgaaatatatgaaccgactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 366  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  28222333 aaacttacataggaagagaaccaatttgctaagccagaatgaaatatatgaaccaactcgcttaagagcttacgacacgggagcaattcagacgaacctg 28222234  T
Q  367 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28222233 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcaaaa 28222134  T
Q  467 accaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgagtgtcaaaagatg 566  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28222133 accaatatggcagtcttctcttaagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgagtgtcaaaagatg 28222034  T
Q  567 ctccagatggcactgcagat 586  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  28222033 ctccagatgacactgcagat 28222014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 267 - 586
Target Start/End: Original strand, 28213951 - 28214270
Alignment:
Q  267 aaacttacataggaagagaacaaattttctaaaccagaatgaaatatatgaaccgactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 366  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  28213951 aaacttacataagaagagaacaaatttgctaaaccagaatgaaatatatgaaccaactcgcttaagagcttacgacacgggagcaattcagacgaacctg 28214050  T
Q  367 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28214051 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 28214150  T
Q  467 accaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgagtgtcaaaagatg 566  Q
    |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28214151 accaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaatctctgatagtagtgagtgtcaaaagatg 28214250  T
Q  567 ctccagatggcactgcagat 586  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  28214251 ctccagatgacactgcagat 28214270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 267 - 509
Target Start/End: Original strand, 32792770 - 32793012
Alignment:
Q  267 aaacttacataggaagagaacaaattttctaaaccagaatgaaatatatgaaccgactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32792770 aaacttacataggaagagaacaaatttgataaactagaatgaaatatatgaaccaactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 32792869  T
Q  367 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32792870 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 32792969  T
Q  467 accaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcag 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32792970 accaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcag 32793012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 32311158 - 32310905
Alignment:
Q  17 cacagaagcagttgtgacttgcaatatcatatctaagaatcatttattgatctctgattgtaagaattgaatagggagcttatacaaaaatatacttcaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32311158 cacagaagcagttgtgacttgcaatatcatatctaagaatcatttattgatctctaattgtaagagttgaatagggagcttatacaaaaatatacttcaa 32311059  T
Q  117 taccttggaatccaagttttaataaaacataacagaacactttgatttgtttatatttattgcagccttgcaacactagagtaaacannnnnnnaacaca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||       ||| ||    
T  32311058 taccttggaatccaagttttaataaaacataacagaacactttgacttgtttatatttattgcagccttgcaacactaaagtaaaca-tttttcaaccca 32310960  T
Q  217 gtgccatcaaaatcaataaattctgtaacatttgtcattttacatggccaaaact 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||    
T  32310959 gtgccatcaaaatcaataaattctgtaacagctgtcactttacatggccaaaact 32310905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 267 - 467
Target Start/End: Original strand, 32799438 - 32799638
Alignment:
Q  267 aaacttacataggaagagaacaaattttctaaaccagaatgaaatatatgaaccgactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799438 aaacttacataggaagagaacaaatttgctaaactagaatgaaatatatgaaccaactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctg 32799537  T
Q  367 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799538 accttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaa 32799637  T
Q  467 a 467  Q
    |    
T  32799638 a 32799638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 37 - 203
Target Start/End: Original strand, 32792566 - 32792732
Alignment:
Q  37 gcaatatcatatctaagaatcatttattgatctctgattgtaagaattgaatagggagcttatacaaaaatatacttcaataccttggaatccaagtttt 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32792566 gcaatctcatatctaagaatcatttattgatctctaattgtaagagttcaatacggagcttatacaaaaatatacttcaataccttggaatccaagtttt 32792665  T
Q  137 aataaaacataacagaacactttgatttgtttatatttattgcagccttgcaacactagagtaaaca 203  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32792666 aataaagcataacagaacaatttgatttgtttatatttattgcagccttgcaacactatagtaaaca 32792732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 52 - 191
Target Start/End: Original strand, 32563727 - 32563866
Alignment:
Q  52 agaatcatttattgatctctgattgtaagaattgaatagggagcttatacaaaaatatacttcaataccttggaatccaagttttaataaaacataacag 151  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32563727 agaatcatttattgatatctaattgtaagagctgaatagggagcttataaaaaaatatacttcaataccttggaatccaagttttaataaagcataacag 32563826  T
Q  152 aacactttgatttgtttatatttattgcagccttgcaaca 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32563827 aacactttgatttgtttatatttattgcagccttgcaaca 32563866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 196
Target Start/End: Original strand, 28213660 - 28213837
Alignment:
Q  17 cacagaagcagttgtgacttgcaatatcatatctaagaatcatttattgatctctgattgtaagaattgaatagggagcttatacaaaaatatacttcaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  28213660 cacagaagcagttgtgacttgcaatatcatatcatagaattattccaagatctctaattgtaagagttgaatagggagctta--caaaaatatacttcaa 28213757  T
Q  117 taccttggaatccaagttttaataaaacataacagaacactttgatttgtttatatttattgcagccttgcaacactaga 196  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28213758 taccttggaatccaagttttattaaggcataacagaacactttgatttattgatatttattgcagccttgcaacactaga 28213837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 308 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 28159032 - 28158816
Alignment:
Q  308 aaatatatgaaccgactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttca 407  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||| |||| ||    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  28159032 aaatatatcaaccaactcagttaagaacttataatttcggaacaattcagacgaacctgacctttatttccagtcaaaacatcaatattagacaatttca 28158933  T
Q  408 acataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatc 507  Q
    |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||  |||||| ||||||||||     
T  28158932 acaccacccttgccaaatccatccgaaaggttgatccgtcatcggaagcattagcagaaatcaatctagcagtgttctctccagccatgagctgttgatt 28158833  T
Q  508 agcaaacaataaccctc 524  Q
    ||| |||| || |||||    
T  28158832 agcgaacagtagccctc 28158816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 28222616 - 28222469
Alignment:
Q  17 cacagaagcagttgtgacttgcaatatcatatctaagaatcatttattgatctctgattgtaagaattgaatagggagcttatacaaaaatatacttcaa 116  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| |||  ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28222616 cacagaagcagctgtgacttgtattatcatatctaagaatgattccttgatctataattgtaagagttgaatagggagcttatacaaaaatatacttcaa 28222517  T
Q  117 taccttggaatccaagttttaataaaacataacagaacactttgattt 164  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||    
T  28222516 taccttggaatccaagttttattaaggcataacagaacactttgattt 28222469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 302 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 28177707 - 28177479
Alignment:
Q  302 agaatgaaatatatgaaccgactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagaca 401  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||| |||||| |||| ||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28177707 agaattaaatatatcaaccaactcagttaagaacttataatttgggaacaattcagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaagattagaca 28177608  T
Q  402 attt------caacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccat 495  Q
    ||||      |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| || ||| |  |||||  ||||||    
T  28177607 atttgaactccaacaccacccttgcaaaatccatccgaaaggttgatccgtcatcggaagcattagcagaaatcaacctagcactgctctctccagccat 28177508  T
Q  496 cagctgttgatcagcaaacaataaccctc 524  Q
    ||||||||||| ||| |||| || |||||    
T  28177507 cagctgttgattagcgaacagtagccctc 28177479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 98 - 271
Target Start/End: Original strand, 32799246 - 32799418
Alignment:
Q  98 atacaaaaatatacttcaataccttggaatccaagttttaataaaacataacagaacactttgatttgtttatatttattgcagccttgcaacactagag 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799246 atacaaaaatatacttcaataccttggaatctaagttttaataaggcataaaagaacactttgatttgttgatatttattgcagccttgcaacactagag 32799345  T
Q  198 taaacannnnnnnaacacagtgccatcaaaatcaataaattctgtaacatttgtcattttacatggccaaaact 271  Q
    ||||||       || |||||||||  |||||  ||||||||| ||| |  ||||| |||||||||||||||||    
T  32799346 taaacatattttaaa-acagtgccacaaaaatttataaattctataatagctgtcactttacatggccaaaact 32799418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 94 - 194
Target Start/End: Original strand, 32785109 - 32785210
Alignment:
Q  94 gcttatacaaaa-atatacttcaataccttggaatccaagttttaataaaacataacagaacactttgatttgtttatatttattgcagccttgcaacac 192  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  32785109 gcttattcaaaagatatacttcaataccttggaatccaagttttaataaggcataacagaacattttcatttgttgatatttactgcagccttgcaacac 32785208  T
Q  193 ta 194  Q
    ||    
T  32785209 ta 32785210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 81
Target Start/End: Original strand, 32790307 - 32790371
Alignment:
Q  17 cacagaagcagttgtgacttgcaatatcatatctaagaatcatttattgatctctgattgtaaga 81  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  32790307 cacagaagcagttgtgacttgcaatatcatatctaagaatcatttattaatctctaattgtaaga 32790371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 304 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 28171876 - 28171760
Alignment:
Q  304 aatgaaatatatgaaccgactcacttaagagcttacaagacgggagcaattcagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaat 403  Q
    |||||||||||| |||| || || || ||| |||| ||   |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  28171876 aatgaaatatatcaaccaacgcagttcagaacttataatttgggaacaattcagatgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaacattagacaat 28171777  T
Q  404 ttcaacataacccttgc 420  Q
    |||||||  ||||||||    
T  28171776 ttcaacaccacccttgc 28171760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 345 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 28161798 - 28161723
Alignment:
Q  345 gggagcaattcagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgc 420  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||    
T  28161798 gggaacaattcagacaaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaatattagacaatttcaacacaatccttgc 28161723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 25 - 71
Target Start/End: Original strand, 32799198 - 32799244
Alignment:
Q  25 cagttgtgacttgcaatatcatatctaagaatcatttattgatctct 71  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  32799198 cagttgtgacttgcaatatcatatctaagaatcattccttgatctct 32799244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 45 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 28148235 - 28148180
Alignment:
Q  45 atatctaagaatcatttattgatctctgattgtaagaattgaatagggagcttata 100  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28148235 atatataagaatcatttactgatctgtaattgtaagagttgaatagggagcttata 28148180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 219 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 32306827 - 32306775
Alignment:
Q  219 gccatcaaaatcaataaattctgtaacatttgtcattttacatggccaaaact 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  ||| | |||||||||||||||||    
T  32306827 gccatcaaaatcaataaattctgtaaaagctgtaactttacatggccaaaact 32306775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 352 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 28147881 - 28147825
Alignment:
Q  352 attcagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaa 408  Q
    |||||||| || |||||||||| ||| |||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  28147881 attcagaccaatctgaccttgacttcaagtcaatacatcaaaattagacaatttcaa 28147825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 103 - 135
Target Start/End: Original strand, 28211804 - 28211836
Alignment:
Q  103 aaaatatacttcaataccttggaatccaagttt 135  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28211804 aaaatacacttcaataccttggaatccaagttt 28211836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University