View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3157_low_3 (Length: 524)

Name: NF3157_low_3
Description: NF3157
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3157_low_3
NF3157_low_3
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (79-510)||(36146452-36146883)
chr3 (86-490)||(36075097-36075501)
chr3 (362-471)||(36146443-36146552)
chr3 (82-330)||(36156509-36156757)
chr3 (81-330)||(36162540-36162789)
chr3 (399-471)||(36075068-36075140)
chr3 (362-422)||(36075069-36075129)
chr3 (361-422)||(36146444-36146505)
chr3 (393-465)||(36146362-36146434)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (79-493)||(26530139-26530553)
chr6 (364-501)||(26530568-26530704)
chr6 (373-501)||(26530529-26530657)
chr6 (362-510)||(26530470-26530618)
chr6 (82-319)||(26525749-26525986)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 412; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 79 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 36146883 - 36146452
Alignment:
Q  79 catttggacaggtttttaaaaagctacttgaacctataattgatcccaacactattcaaaggcatccagtcacagagcttcatgaagtttgtcaaaagaa 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36146883 catttggacaggtttttaaaaagctacttgaacctataattgatcccaacactattcaaaggcatccagtcacagagcttcatgaagtttgtcaaaagaa 36146784  T
Q  179 aagtctcaagttacaattcagagatttgtggaaagagactatgagagttgaagtccttataaatgaggagtttgttggaagtggtgtttatggctctaag 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36146783 aagtctcaagttacaattcagagatttgtggaaagagactatgagaattgaagtccttataaatgaggagtttgttggaagtggtgtttatggctctaag 36146684  T
Q  279 aaagaaattgcacacaatagggcagcaaaaaatgctttggaaaatatggaaaaaattcttggtataagcacgtctacaaaagaagatgttaccgaagatt 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36146683 aaagaaattgcacacaatagggcagcaaaaaatgctttggaaaatatggaaaaaattcttggtataagcacgtctacaaaagaagatgttaccgaagatt 36146584  T
Q  379 tagattccccttctaagtgcaatggaggtccagatgctaccgaaaatttaagttccccacctaaatgcaatggaggtcaagatgctaccgaagatttagg 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36146583 tagattccccttctaagtgcaatggaggttcagatgttaccgaaaatttaagttccccatctaaatgcaatggaggtcaagatgctaccgaagatttagg 36146484  T
Q  479 ttcccctcctaagtgcaatggagatctagatg 510  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36146483 ttctcctcctaagtgcaatggagatctagatg 36146452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 86 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 36075501 - 36075097
Alignment:
Q  86 acaggtttttaaaaagctacttgaacctataattgatcccaacactattcaaaggcatccagtcacagagcttcatgaagtttgtcaaaagaaaagtctc 185  Q
    |||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||   | |||||||| ||||| ||||||| |||| | |||||    
T  36075501 acagttttttaaaaagctactcgtacctgtaattgatccccacactattcaaaggcatcccagcgcagagcttaatgaattttgtcagaagagaggtctc 36075402  T
Q  186 aagttacaattcagagatttgtggaaagagactatgagagttgaagtccttataaatgaggagtttgttggaagtggtgtttatggctctaagaaagaaa 285  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||   ||  || ||||||||| ||||||| |||||| || |||||||||||    | |||||||||||||||||    
T  36075401 aagttgcaattcagagatttgtggaaagtatctgagatagttgaagttcttataagtgaggaattggttggaagtggcaagtgtggctctaagaaagaaa 36075302  T
Q  286 ttgcacacaatagggcagcaaaaaatgctttggaaaatatggaaaaaattcttggtataagcacgtctacaaaagaagatgttaccgaagatttagattc 385  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||   |||||||||| || ||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||    
T  36075301 ttgcacacaatagggcagcaaaaaatgctttggaatatatgaaaagaaaatttggtataagtacatctacaagagatgatgctaccgaagattttgattc 36075202  T
Q  386 cccttctaagtgcaatggaggtccagatgctaccgaaaatttaagttccccacctaaatgcaatggaggtcaagatgctaccgaagatttaggttcccct 485  Q
     ||| |||  |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||  ||| ||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36075201 tcctcctagatgcaatggaggtccagctgctatcgaagatttaagttttccatctaaatataatggaggttcagatgctaccgaagatttaggttcccct 36075102  T
Q  486 cctaa 490  Q
     ||||    
T  36075101 tctaa 36075097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 362 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 36146552 - 36146443
Alignment:
Q  362 agatgttaccgaagatttagattccccttctaagtgcaatggaggtccagatgctaccgaaaatttaagttccccacctaaatgcaatggaggtcaagat 461  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| || ||||| |||||||||| || ||||    
T  36146552 agatgttaccgaaaatttaagttccccatctaaatgcaatggaggtcaagatgctaccgaagatttaggttctcctcctaagtgcaatggagatctagat 36146453  T
Q  462 gctaccgaag 471  Q
    |||| |||||    
T  36146452 gctatcgaag 36146443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 82 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 36156757 - 36156509
Alignment:
Q  82 ttggacaggtttttaaaaagctacttgaacctataattgatcccaacactattcaaaggcatccagtcacagagcttcatgaagtttgtcaaaagaaaag 181  Q
    |||| |||||||| | |||  ||||||||||||||||||| || |||||  || | | |||||| ||  |||||||||| ||||||||||| |||||||     
T  36156757 ttggccaggttttcagaaaattacttgaacctataattgagccaaacaccgttgagaagcatcccgtttcagagcttcaagaagtttgtcagaagaaaaa 36156658  T
Q  182 tctcaagttacaattcagagatttgtggaaagagactatgagagttgaagtccttataaatgaggagtttgttggaagtggtgtttatggctctaagaaa 281  Q
      | || |||||||||  ||| |||||| || |  ||||||   |||| ||| | || |||||| | ||||||||||| ||   ||||||||||||||||    
T  36156657 attgaatttacaattcgtagacttgtgggaaaaatctatgaacattgatgtcttcatcaatgagaaatttgttggaagaggcacttatggctctaagaaa 36156558  T
Q  282 gaaattgcacacaatagggcagcaaaaaatgctttggaaaatatggaaa 330  Q
    || ||||||||  |||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  36156557 gacattgcacattatagagctgcaaaaaatgctttggataatatagaaa 36156509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 81 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 36162789 - 36162540
Alignment:
Q  81 tttggacaggtttttaaaaagctacttgaacctataattgatcccaacactattcaaaggcatccagtcacagagcttcatgaagtttgtcaaaagaaaa 180  Q
    ||||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||||| ||  || || |  | | ||||||  |||||||| |   |||||||||||| |||||||    
T  36162789 tttggacagattttcagaaaactacttgaacctataattgagccagacgctttcgagatgcatcccctcacagagttgactgaagtttgtcagaagaaaa 36162690  T
Q  181 gtctcaagttacaattcagagatttgtggaaagagactatgagagttgaagtccttataaatgaggagtttgttggaagtggtgtttatggctctaagaa 280  Q
       | || |||||||||  ||| |||||||||||  ||||||   |||| ||| ||||||||||| | ||||||||||| ||   |||||||||||||||    
T  36162689 aattgaatttacaattcgtagacttgtggaaagaatctatgaacattgatgtctttataaatgagaaatttgttggaagaggcacttatggctctaagaa 36162590  T
Q  281 agaaattgcacacaatagggcagcaaaaaatgctttggaaaatatggaaa 330  Q
    ||| |||||||   |||| || ||||| ||||||||| | ||||| ||||    
T  36162589 agacattgcacgttatagagctgcaaagaatgctttgaataatatagaaa 36162540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 399 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 36075140 - 36075068
Alignment:
Q  399 aatggaggtccagatgctaccgaaaatttaagttccccacctaaatgcaatggaggtcaagatgctaccgaag 471  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||||    
T  36075140 aatggaggttcagatgctaccgaagatttaggttccccttctaaatgtaacggaggtccagatgctaccgaag 36075068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 362 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 36075129 - 36075069
Alignment:
Q  362 agatgttaccgaagatttagattccccttctaagtgcaatggaggtccagatgctaccgaa 422  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  36075129 agatgctaccgaagatttaggttccccttctaaatgtaacggaggtccagatgctaccgaa 36075069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 361 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 36146505 - 36146444
Alignment:
Q  361 aagatgttaccgaagatttagattccccttctaagtgcaatggaggtccagatgctaccgaa 422  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  36146505 aagatgctaccgaagatttaggttctcctcctaagtgcaatggagatctagatgctatcgaa 36146444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 393 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 36146434 - 36146362
Alignment:
Q  393 aagtgcaatggaggtccagatgctaccgaaaatttaagttccccacctaaatgcaatggaggtcaagatgcta 465  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| |||  |  | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  36146434 aagtgcaatggaggcccagatgttaccgaagatttaggttttcttcataaatgcaatggaggtccagatgcta 36146362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 79 - 493
Target Start/End: Original strand, 26530139 - 26530553
Alignment:
Q  79 catttggacaggtttttaaaaagctacttgaacctataattgatcccaacactattcaaaggcatccagtcacagagcttcatgaagtttgtcaaaagaa 178  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||| || ||    
T  26530139 catttggataggtttttaaaaagttactcgaacccataattgatcccaacactattcaaaggcatccgatggcagagcttcatgaagtttgtcacaataa 26530238  T
Q  179 aagtctcaagttacaattcagagatttgtggaaagagactatgagagttgaagtccttataaatgaggagtttgttggaagtggtgtttatggctctaag 278  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26530239 aagactcaagttacaattcagagatttgtggaaagagtctatgagagttgaagtccttataaatgaggagtttgttggaagtggtgtttatggttctaag 26530338  T
Q  279 aaagaaattgcacacaatagggcagcaaaaaatgctttggaaaatatggaaaaaattcttggtataagcacgtctacaaaagaagatgttaccgaagatt 378  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||   || ||||||||||  | ||||| || |||| || |||| ||||||    
T  26530339 aaagaaattgcacgcaatagggcagcaaaaaatgttttgcaaaatatggaaattttttttggtataagtgcatctaccaacgaagttgctaccaaagatt 26530438  T
Q  379 tagattccccttctaagtgcaatggaggtccagatgctaccgaaaatttaagttccccacctaaatgcaatggaggtcaagatgctaccgaagatttagg 478  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| | || |||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||   |||| |||      
T  26530439 tagatttcccttctaagtgcgatgaaagttcagatgctaccgaagatttaagttccctacctaagtgcaatggaggtccaaatgctattaaagacttaca 26530538  T
Q  479 ttcccctcctaagtg 493  Q
    |||||||||||||||    
T  26530539 ttcccctcctaagtg 26530553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 364 - 501
Target Start/End: Original strand, 26530568 - 26530704
Alignment:
Q  364 atgttaccgaagatttagattccccttctaagtgcaatggaggtccagatgctaccgaaaatttaagttccccacctaaatgcaatggaggtcaagatgc 463  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||| ||||||||| |||| |||||||  ||||||    
T  26530568 atgttatcgaagatttaggttcccctcctaagtgcaatggaggtctagatgctacccaagatttaggtttcccacctaagtgcattggaggttcagatgc 26530667  T
Q  464 taccgaagatttaggttcccctcctaagtgcaatggag 501  Q
    | |||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||    
T  26530668 tgccgaagatttgggtttccct-ataagtgcaatggag 26530704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 373 - 501
Target Start/End: Original strand, 26530529 - 26530657
Alignment:
Q  373 aagatttagattccccttctaagtgcaatggaggtccagatgctaccgaaaatttaagttccccacctaaatgcaatggaggtcaagatgctaccgaaga 472  Q
    |||| ||| |||||||| |||||||  ||||| ||||| ||| || |||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  26530529 aagacttacattcccctcctaagtgtgatggaagtccaaatgttatcgaagatttaggttcccctcctaagtgcaatggaggtctagatgctacccaaga 26530628  T
Q  473 tttaggttcccctcctaagtgcaatggag 501  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  26530629 tttaggtttcccacctaagtgcattggag 26530657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 362 - 510
Target Start/End: Original strand, 26530470 - 26530618
Alignment:
Q  362 agatgttaccgaagatttagattccccttctaagtgcaatggaggtccagatgctaccgaaaatttaagttccccacctaaatgcaatggaggtcaagat 461  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| ||||||   || | |||  |||||| ||||| ||  ||||| ||| | ||    
T  26530470 agatgctaccgaagatttaagttccctacctaagtgcaatggaggtccaaatgctattaaagacttacattcccctcctaagtgtgatggaagtccaaat 26530569  T
Q  462 gctaccgaagatttaggttcccctcctaagtgcaatggagatctagatg 510  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26530570 gttatcgaagatttaggttcccctcctaagtgcaatggaggtctagatg 26530618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 82 - 319
Target Start/End: Original strand, 26525749 - 26525986
Alignment:
Q  82 ttggacaggtttttaaaaagctacttgaacctataattgatcccaacactattcaaaggcatccagtcacagagcttcatgaagtttgtcaaaagaaaag 181  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||  || | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  26525749 ttggccaggttttcaaaaaactacttgaacctataatcgaaccagacacggttgagaagcatcccgtcacagagcttcatgaagtttgtcagaagaaaaa 26525848  T
Q  182 tctcaagttacaattcagagatttgtggaaagagactatgagagttgaagtccttataaatgaggagtttgttggaagtggtgtttatggctctaagaaa 281  Q
      | || ||||||||   ||| |||||| || |  | ||||   |||| ||| | || |||||| | ||||||||||| ||   ||||||||||||||||    
T  26525849 atttaatttacaatttgtagacttgtgggaaaaatcaatgaacattgatgtcttcatcaatgagaaatttgttggaagaggcacttatggctctaagaaa 26525948  T
Q  282 gaaattgcacacaatagggcagcaaaaaatgctttgga 319  Q
    || |||| |||  |||| || |||||||||||||||||    
T  26525949 gacattgtacattatagagctgcaaaaaatgctttgga 26525986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University